publish\ D:\Walterlv\DemoRepo\bin\Debug\publish\ 使用 .NET/C# 实现 本文的代码主要参考自 jeff.brown 在 Manipulating NTFS Junction...- Stack Overflow Manipulating NTFS Junction Points in .NET - CodeProject Reparse Points - Windows applications...- Microsoft Docs 本文会经常更新，请阅读原文： https://blog.walterlv.com/post/mklink-junction-in-dotnet.html ，以避免陈旧错误知识的误导
same folder or file in difference paths. mklink Using mklink command, you can create a “hard link”, “junction.../J Creates a Directory Junction. Link Specifies the new symbolic link name....Specifies the path (rel e.g: 1 mklink /J current %APPDATA%\walterlv\packages\1.0.0 That is to create a junction...Then I’ve post them below: Hard Link Junction Point Symbolic Link Command mklink /H Link Target mklink...Extras If you create shortcuts in your start menu, and the shortcuts are linking to files that are in junction
Each junction of the city is marked with a positive integer (≤ 20) denoting the busyness of the junction...Whenever someone goes from one junction (the source junction) to another (the destination junction),...The next q lines each contain a destination junction-number....There can be at most one direct road from a junction to another junction....1 (the zero point) to the given junction.
pn结和半导体二极管 正向和反向偏置 二极管作为电路组件 结论 The pn Junction and the Semiconductor Diode Forward and Reverse Bias...原文链接：The PN Junction Diode and Diode Characteristics[2]该篇教程探讨了通过将n型半导体材料与p型半导体材料接触而形成的电子结构的物理和电气行为。..., we use the term pn junction; when we’re focusing on circuit design, we use the term diode....In a silicon pn-junction diode, the contact potential is about 0.6 V....在这里插入图片描述 Applying a reverse-bias voltage widens the junction’s depletion region.
4C在junction reads基础上，进行二次酶切，形成包含junction reads的环状序列，然后针对感兴趣的基因组区域，设计PCR引物，将包含该基因组区域的环状片段扩增出来，从而可以研究该基因组片段与其他片段的相互作用关系...5C采用事先设计好的，两端带有通用引物的探针与junction reads杂交，进行PCR扩增，PCR产物两端包含了通用引物，下游可以结合芯片或者高通量测序来分析基因组区域的互作。...3C,4C,5C都是基于最原始的junction reads, 不同之处就在于不同引物设计策略导致的通量的差异。...Hi-C在原始3C基础上有所变化，junction reads产生过程中添加生物素标记，然后采用抗体富集带有标记的junction reads, 再构建普通的测序文库，进行高通量测序。
对于输入的sam文件，需要经过两次扫描，在第一次扫描时，根据双端数据的比对情况筛选候选的环状RNA，这一步通过判断SAM文件中CIGAR那一列的值来实现，本质上是检测覆盖环状RNA连接点处的junction...图A表示junction read只覆盖了起始外显子和终止外显子的部分序列，这两部分reads在基因组上的比对位置是相反的，绝大部分的环状RNA都符合这种模型。...图B表示junction read除了覆盖了起始外显子和终止外显子的两部分序列外，还覆盖了中间的一个外显子的部分序列，这种情况下reads可以分成3个部分比对到基因组上。...图C表示junction read除了覆盖了整个环状RNA外，还重复又读了一部分序列，这个只有当环状RNA的序列长度小于测序读长时才可能出现。...在后续验证时，可以挑选表达量较高的来验证，在软件对应的文章中，挑选了junction reads数大于5的环状RNA来进行验证。
_outdir/Chimeric.out.junction 106M 1月 31 12:32 K001392N_HLMGGDSXY-L2_outdir/Chimeric.out.junction 68M..._outdir/Chimeric.out.junction 342M 1月 31 14:56 K001451T_HLMGGDSXY-L4_outdir/Chimeric.out.junction 151M..._outdir/Chimeric.out.junction 191M 1月 31 13:55 K003021N_HLW7YDSXY-L4_outdir/Chimeric.out.junction 378M..._outdir/Chimeric.out.junction 最耗时的步骤已经是过去了，理论上这个时候star-fusion流程内部的一个perl脚本去解析star比对过程中输出的Chimeric.out.junction...文件，但是star这个比对软件本身就修改了Chimeric.out.junction文件的格式，导致后面的解析Chimeric.out.junction文件的perl脚本也不得不与时俱进。
Owner SELECT Dog.dogId AS dogId, Dog.dogOwnerId AS dogOwnerId, Dog.name AS name, _junction.ownerId...FROM DogOwnerCrossRef AS _junction INNER JOIN Dog ON (_junction.dogId = Dog.dogId) WHERE _junction.ownerId...我们通过使用 Junction 引用这张表。...Relation( parentColumn = "ownerId", entityColumn = "dogId", associateBy = Junction...(DogOwnerCrossRef::class) ) val dogs: List ) Junction: developer.android.google.cn/reference
在v1版本中只支持tophat-fusion和STAR两款软件进行序列比对来识别junction reads,在v2版本中，扩展到了以下5种软件 Tophat-Fusion STAR BWA MapSplice...软件的使用过程就显得简单多了，该软件分为以下5个功能模块 Align Parse Annotate Assemble Denovo Align用于将序列比对到参考基因组上;Parse用于从比对结果中挑选junction...2. parse parse用于解析序列比对的结果，支持多款软件，以常用的STAR为例，代码如下 CIRCexplorer2 parse \ -t STAR \ Chimeric.out.junction...\ > CIRCexplorer2_parse.log 对于其他软件的用法，具体请参考官方文档，无论是什么比对软件，该命令最终都会生成以下文件 back_spliced_junction.bed 3...ref hg19_ref.txt 预测环状RNA的代码如下 CIRCexplorer2 annotate \ -r hg19_ref.txt \ -g hg19.fa \ -b back_spliced_junction.bed
Chimeric.out.junction文件，看看能否修改格式，让它符合star-fusion的输入呢？...首先看，正确的格式： $head Lib_FUSCCTNBC001_Chimeric.out.junction chrX 153959404 + chr11 65441502 -...那我们现在看看这个参数修改后的Chimeric.out.junction文件增加的两个井号键开头的注释信息到底是什么吧： # 2.7.3a /home/yb77613/biosoft/STAR-2.7.3a...:# Nreads 41047586 NreadsUnique 31992503 NreadsMulti 6000335 Lib_FUSCCTNBC003_Chimeric.out.junction...:# Nreads 34291126 NreadsUnique 27037183 NreadsMulti 4164969 Lib_FUSCCTNBC004_Chimeric.out.junction
define to enhance class " + enhanceOriginClassName); } ElementMatcher.Junction... junction = not(isStatic()).and(instanceMethodsInterceptPoint.getMethodsMatcher())...= junction.and(ElementMatchers....else { newClassBuilder = newClassBuilder.method(junction...else { newClassBuilder = newClassBuilder.method(junction
crosslinking, 反交联，用蛋白酶消除DNA的交联状态 通过以上步骤处理之后，可以得到不同染色质片段连接在一起的DNA，这样的片段是一个嵌合体，由来自空间结构相近的两个不同DNA片段构成，称之为junction...通过分析junction reads中的不同部分分别对应哪些基因组区域，可以得到DNA之间的相互作用关系。...在传统的3C技术中，得到junction reads后，需要针对感兴趣的两个目标片段设计引物，通过PCR反应将这两个区域构成的junction reads扩增出来，通过PCR产物的有无和定量，可以评估目的片段之间相互作用关系的有无和强度
Windows支持 4 种 ”链接” 机制，分别是shortcut（快捷方式）、hard link（硬链接）、junction point（软链接）、symbolic link（符号链接）。...\Demo.txt junction point/softlink/reparsepoint junction point/softlink/reparsepoint 中文名 交接点 / 软链接 /...即使创建junction point时使用了相对路径，保存到NTFS中时将隐式转换成绝对路径。...使用限制 junction point必须与target directory位于同一local computer，可以简单理解成不能跨主机, 在local computer范围内，可以跨盘符。...关联 删除target directory，junction point仍将存在，但失效了，变得不可用。这个很好理解，因为此时junction point指向不存在的目录。
那么如何区分剪切的spliced read 和 来自环状RNA的junction read呢，从上面的示意图我们可以直接看出，spliced read 的两部分比对在基因组上的前后位置和转录本中的位置保持一致...，而来自circRNA的junction read 其比对的位置是相反的。...具体操作的时候，首先从junction read的5’端和3’端取一部分序列，分别叫做5’ anchor 和 3’ anchor, 如果两个序列比对的位置是相反的，这条reads 就是一个可能的junction...结果筛选 根据以下规则对结果进行筛选 根据关键词CIRCULAR筛选环状RNA 去除线粒体上的环状RNA 筛选unique junction reads数至少为2的环状RNA 去除断裂点不明确的环状RNA
mklink 使用 mklink 命令，你可以创建“硬链接（Hard Link）”、“目录联接（Junction Point）”和“符号链接（Symbolic Link）”。...有关使用 .NET/C# 来创建目录联接的方法，可以阅读我的另一篇博客： .NET 实现 NTFS 文件系统的硬链接 mklink /J（Junction） - walterlv 快捷方式 快捷方式是一个单纯...硬链接（Hard Link） 目录联接（Junction Point） 符号链接（Symbolic Link） 命令 mklink /H Link Target mklink /J Link Target...额外的坑 如果你在开始菜单里面有快捷方式指向了一个目录联接（Junction Point）中的文件，那么在 Windows 10 操作系统更新后这个快捷方式便会消失。...包输出目录来快速调试公共组件代码 - walterlv 参考资料 NTFS reparse point - Wikipedia windows - What is the difference between NTFS Junction
环境准备 PyTorch：深度学习框架 DGL：用于图上的深度学习，支持PyTorch、MXNet等多种深度学习框架 RDKit：用于构建分子图并从字符串表示形式绘制结构式 分子生成与Junction...药物发现的的目标是产生对疾病有效的药物，副作用更少且易合成 Junction Tree VAE JT-VAE (junction tree variational autoencoder) ?..."Junction Tree Variational Autoencoder for Molecular Graph Generation." ICML. 2018.
geneBody_coverage.py geneBody_coverage2.py infer_experiment.py inner_distance.py insertion_profile.py junction_annotation.py...junction_saturation.py mismatchprofile.pynormalizebigwig.pyoverlay_bigwig.py read_distribution.py read_duplication.py...用 来计算RNA-seq 在基因上的覆盖度，这里推荐对所有的样本的 文件一起运行该程序进行诊断，如图： junction_annotation.py: 输入一个 或 文件和一个 格式的参考基因文件,这个模块将根据参考基因模型计算剪切融合...(splice junctions)事件. splice read: 一个RNA read,能够被剪切一次或多次 splice junction:多个跨越同一个内含子的剪切事件能够合并为一个 ....一般来说，novel的junction区域总是有的，因为我们用的是ucsc的refseq参考注释集，本身就是不够完整的。
., "Operation mechanism of the single-mode optical-waveguide Y junction", Opt. Lett. 7,136(1982) Y....Zhang, et.al., "A compact and low loss Y-junction for submicron silicon waveguide", Opt....Lin, et.al., "Broadband, low-loss silicon photonic Y-junction with an arbitrary power splitting ratio
在定量的准确性上，高通量测序采用覆盖连接点的junction reads来作为环状RNA的表达量，由于环状RNA相比线性RNA占比低，且随机打断检测到junction reads的概率问题，导致高通量测序得到的环状...RNA表达量普遍较低，且样本间差异较大，往往只在某一个或者某几个样本中有表达，在其他样本中没有检测到；环状RNA芯片也是采用探针来捕获junction reads, 在不同样本中覆盖度较为均一，在大多数样本中都能够检测到环状
Hi-C基于传统的染色质构象捕获技术，在DNA连接时引入生物素标记分子，标记交联的染色质，然后富集带有生物素标记的junction reads, 再结合高通量测序和下游的生物信息学分析，可以在全基因组范围内研究染色质的空间互作关系...图中蓝色和红色对应的染色质区域有互作，黑色和黄色对应的染色质区域有互作，在对应的Hi-C文库中，我们可以得到如下所示的junction reads ?...将这些reads正确比对到参考基因组上之后，就可以确定对应的染色质区域之间存在互作，而对应的junction reads的数目越多，则代表两个区域交互作用发生的频率越高。 ?
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