publish\ D:\Walterlv\DemoRepo\bin\Debug\publish\ 使用 .NET/C# 实现 本文的代码主要参考自 jeff.brown 在 Manipulating NTFS Junction...- Stack Overflow Manipulating NTFS Junction Points in .NET - CodeProject Reparse Points - Windows applications...- Microsoft Docs 本文会经常更新,请阅读原文: https://blog.walterlv.com/post/mklink-junction-in-dotnet.html ,以避免陈旧错误知识的误导
same folder or file in difference paths. mklink Using mklink command, you can create a “hard link”, “junction.../J Creates a Directory Junction. Link Specifies the new symbolic link name....Specifies the path (rel e.g: 1 mklink /J current %APPDATA%\walterlv\packages\1.0.0 That is to create a junction...Then I’ve post them below: Hard Link Junction Point Symbolic Link Command mklink /H Link Target mklink...Extras If you create shortcuts in your start menu, and the shortcuts are linking to files that are in junction
Each junction of the city is marked with a positive integer (≤ 20) denoting the busyness of the junction...Whenever someone goes from one junction (the source junction) to another (the destination junction),...The next q lines each contain a destination junction-number....There can be at most one direct road from a junction to another junction....1 (the zero point) to the given junction.
pn结和半导体二极管 正向和反向偏置 二极管作为电路组件 结论 The pn Junction and the Semiconductor Diode Forward and Reverse Bias...原文链接:The PN Junction Diode and Diode Characteristics[2]该篇教程探讨了通过将n型半导体材料与p型半导体材料接触而形成的电子结构的物理和电气行为。..., we use the term pn junction; when we’re focusing on circuit design, we use the term diode....In a silicon pn-junction diode, the contact potential is about 0.6 V....在这里插入图片描述 Applying a reverse-bias voltage widens the junction’s depletion region.
4C在junction reads基础上,进行二次酶切,形成包含junction reads的环状序列,然后针对感兴趣的基因组区域,设计PCR引物,将包含该基因组区域的环状片段扩增出来,从而可以研究该基因组片段与其他片段的相互作用关系...5C采用事先设计好的,两端带有通用引物的探针与junction reads杂交,进行PCR扩增,PCR产物两端包含了通用引物,下游可以结合芯片或者高通量测序来分析基因组区域的互作。...3C,4C,5C都是基于最原始的junction reads, 不同之处就在于不同引物设计策略导致的通量的差异。...Hi-C在原始3C基础上有所变化,junction reads产生过程中添加生物素标记,然后采用抗体富集带有标记的junction reads, 再构建普通的测序文库,进行高通量测序。
对于输入的sam文件,需要经过两次扫描,在第一次扫描时,根据双端数据的比对情况筛选候选的环状RNA,这一步通过判断SAM文件中CIGAR那一列的值来实现,本质上是检测覆盖环状RNA连接点处的junction...图A表示junction read只覆盖了起始外显子和终止外显子的部分序列,这两部分reads在基因组上的比对位置是相反的,绝大部分的环状RNA都符合这种模型。...图B表示junction read除了覆盖了起始外显子和终止外显子的两部分序列外,还覆盖了中间的一个外显子的部分序列,这种情况下reads可以分成3个部分比对到基因组上。...图C表示junction read除了覆盖了整个环状RNA外,还重复又读了一部分序列,这个只有当环状RNA的序列长度小于测序读长时才可能出现。...在后续验证时,可以挑选表达量较高的来验证,在软件对应的文章中,挑选了junction reads数大于5的环状RNA来进行验证。
_outdir/Chimeric.out.junction 106M 1月 31 12:32 K001392N_HLMGGDSXY-L2_outdir/Chimeric.out.junction 68M..._outdir/Chimeric.out.junction 342M 1月 31 14:56 K001451T_HLMGGDSXY-L4_outdir/Chimeric.out.junction 151M..._outdir/Chimeric.out.junction 191M 1月 31 13:55 K003021N_HLW7YDSXY-L4_outdir/Chimeric.out.junction 378M..._outdir/Chimeric.out.junction 最耗时的步骤已经是过去了,理论上这个时候star-fusion流程内部的一个perl脚本去解析star比对过程中输出的Chimeric.out.junction...文件,但是star这个比对软件本身就修改了Chimeric.out.junction文件的格式,导致后面的解析Chimeric.out.junction文件的perl脚本也不得不与时俱进。
Owner SELECT Dog.dogId AS dogId, Dog.dogOwnerId AS dogOwnerId, Dog.name AS name, _junction.ownerId...FROM DogOwnerCrossRef AS _junction INNER JOIN Dog ON (_junction.dogId = Dog.dogId) WHERE _junction.ownerId...我们通过使用 Junction 引用这张表。...Relation( parentColumn = "ownerId", entityColumn = "dogId", associateBy = Junction...(DogOwnerCrossRef::class) ) val dogs: List ) Junction: developer.android.google.cn/reference
Chimeric.out.junction文件,看看能否修改格式,让它符合star-fusion的输入呢?...首先看,正确的格式: $head Lib_FUSCCTNBC001_Chimeric.out.junction chrX 153959404 + chr11 65441502 -...那我们现在看看这个参数修改后的Chimeric.out.junction文件增加的两个井号键开头的注释信息到底是什么吧: # 2.7.3a /home/yb77613/biosoft/STAR-2.7.3a...:# Nreads 41047586 NreadsUnique 31992503 NreadsMulti 6000335 Lib_FUSCCTNBC003_Chimeric.out.junction...:# Nreads 34291126 NreadsUnique 27037183 NreadsMulti 4164969 Lib_FUSCCTNBC004_Chimeric.out.junction
在v1版本中只支持tophat-fusion和STAR两款软件进行序列比对来识别junction reads,在v2版本中,扩展到了以下5种软件 Tophat-Fusion STAR BWA MapSplice...软件的使用过程就显得简单多了,该软件分为以下5个功能模块 Align Parse Annotate Assemble Denovo Align用于将序列比对到参考基因组上;Parse用于从比对结果中挑选junction...2. parse parse用于解析序列比对的结果,支持多款软件,以常用的STAR为例,代码如下 CIRCexplorer2 parse \ -t STAR \ Chimeric.out.junction...\ > CIRCexplorer2_parse.log 对于其他软件的用法,具体请参考官方文档,无论是什么比对软件,该命令最终都会生成以下文件 back_spliced_junction.bed 3...ref hg19_ref.txt 预测环状RNA的代码如下 CIRCexplorer2 annotate \ -r hg19_ref.txt \ -g hg19.fa \ -b back_spliced_junction.bed
define to enhance class " + enhanceOriginClassName); } ElementMatcher.Junction... junction = not(isStatic()).and(instanceMethodsInterceptPoint.getMethodsMatcher())...= junction.and(ElementMatchers....else { newClassBuilder = newClassBuilder.method(junction...else { newClassBuilder = newClassBuilder.method(junction
crosslinking, 反交联,用蛋白酶消除DNA的交联状态 通过以上步骤处理之后,可以得到不同染色质片段连接在一起的DNA,这样的片段是一个嵌合体,由来自空间结构相近的两个不同DNA片段构成,称之为junction...通过分析junction reads中的不同部分分别对应哪些基因组区域,可以得到DNA之间的相互作用关系。...在传统的3C技术中,得到junction reads后,需要针对感兴趣的两个目标片段设计引物,通过PCR反应将这两个区域构成的junction reads扩增出来,通过PCR产物的有无和定量,可以评估目的片段之间相互作用关系的有无和强度
Windows支持 4 种 ”链接” 机制,分别是shortcut(快捷方式)、hard link(硬链接)、junction point(软链接)、symbolic link(符号链接)。...\Demo.txt junction point/softlink/reparsepoint junction point/softlink/reparsepoint 中文名 交接点 / 软链接 /...即使创建junction point时使用了相对路径,保存到NTFS中时将隐式转换成绝对路径。...使用限制 junction point必须与target directory位于同一local computer,可以简单理解成不能跨主机, 在local computer范围内,可以跨盘符。...关联 删除target directory,junction point仍将存在,但失效了,变得不可用。这个很好理解,因为此时junction point指向不存在的目录。
mklink 使用 mklink 命令,你可以创建“硬链接(Hard Link)”、“目录联接(Junction Point)”和“符号链接(Symbolic Link)”。...有关使用 .NET/C# 来创建目录联接的方法,可以阅读我的另一篇博客: .NET 实现 NTFS 文件系统的硬链接 mklink /J(Junction) - walterlv 快捷方式 快捷方式是一个单纯...硬链接(Hard Link) 目录联接(Junction Point) 符号链接(Symbolic Link) 命令 mklink /H Link Target mklink /J Link Target...额外的坑 如果你在开始菜单里面有快捷方式指向了一个目录联接(Junction Point)中的文件,那么在 Windows 10 操作系统更新后这个快捷方式便会消失。...包输出目录来快速调试公共组件代码 - walterlv 参考资料 NTFS reparse point - Wikipedia windows - What is the difference between NTFS Junction
环境准备 PyTorch:深度学习框架 DGL:用于图上的深度学习,支持PyTorch、MXNet等多种深度学习框架 RDKit:用于构建分子图并从字符串表示形式绘制结构式 分子生成与Junction...药物发现的的目标是产生对疾病有效的药物,副作用更少且易合成 Junction Tree VAE JT-VAE (junction tree variational autoencoder) ?..."Junction Tree Variational Autoencoder for Molecular Graph Generation." ICML. 2018.
那么如何区分剪切的spliced read 和 来自环状RNA的junction read呢,从上面的示意图我们可以直接看出,spliced read 的两部分比对在基因组上的前后位置和转录本中的位置保持一致...,而来自circRNA的junction read 其比对的位置是相反的。...具体操作的时候,首先从junction read的5’端和3’端取一部分序列,分别叫做5’ anchor 和 3’ anchor, 如果两个序列比对的位置是相反的,这条reads 就是一个可能的junction...结果筛选 根据以下规则对结果进行筛选 根据关键词CIRCULAR筛选环状RNA 去除线粒体上的环状RNA 筛选unique junction reads数至少为2的环状RNA 去除断裂点不明确的环状RNA
geneBody_coverage.py geneBody_coverage2.py infer_experiment.py inner_distance.py insertion_profile.py junction_annotation.py...junction_saturation.py mismatchprofile.pynormalizebigwig.pyoverlay_bigwig.py read_distribution.py read_duplication.py...用 来计算RNA-seq 在基因上的覆盖度,这里推荐对所有的样本的 文件一起运行该程序进行诊断,如图: junction_annotation.py: 输入一个 或 文件和一个 格式的参考基因文件,这个模块将根据参考基因模型计算剪切融合...(splice junctions)事件. splice read: 一个RNA read,能够被剪切一次或多次 splice junction:多个跨越同一个内含子的剪切事件能够合并为一个 ....一般来说,novel的junction区域总是有的,因为我们用的是ucsc的refseq参考注释集,本身就是不够完整的。
., "Operation mechanism of the single-mode optical-waveguide Y junction", Opt. Lett. 7,136(1982) Y....Zhang, et.al., "A compact and low loss Y-junction for submicron silicon waveguide", Opt....Lin, et.al., "Broadband, low-loss silicon photonic Y-junction with an arbitrary power splitting ratio
在运用OpenDRIVE格式规范表述道路时,会涉及Section、Lane、Junction、Tracking四个概念。 无论车道线变少或变多,都是从中间的灰线切分。...Junction是OpenDRIVE格式规范中的路口概念。Junction中包含虚拟路,虚拟路用来连接可通行方向,用红色虚线来表示。
Windows 的 NTFS 文件系统支持三种链接:硬链接(Hard Link)、符号链接(Symbolic Link)和目录链接(junction point),此外还有一个大家非常熟悉链接机制:快捷方式...详细对比 几种链接方式详细比较如下表所示 shortcut hard link junction point symbolic link 创建方式 右键 -> 创建快捷方式 mklink /H Link...即使创建junction point时使用了相对路径,保存到NTFS中时将隐式转换成绝对路径。 同时适用于文件、目录。这是一种超级shortcut,文件大小为0字节和不占用空间。...junction point必须与target directory位于同一local computer,可以简单理解成不能跨主机, 在local computer范围内,可以跨盘符。...删除target directory,junction point仍将存在,但失效了,变得不可用。这个很好理解,因为此时junction point指向不存在的目录。
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