我正在使用KEGG下载基因组数据并将其写入文件。总共有26个文件,其中一些文件包含字典'COMPOUND'。我想将它们分配给CompData,并将它们写入输出文件。我试着把它写成一个if True语句,但这是行不通的。
# Read in hsa links
hsa = []
with open ('/users/skylake/desktop/pathway-HSAs.txt', 'r') as file:
for line in file:
line = line.strip()
hsa.append
我想在180个文件中运行这个命令:
cat kegg_random.tsv | while read line ; do
echo "$line" | join -1 2 -2 1 -e"NA" -o1.1,0,2.2,2.3,2.4,2.5 -t 我是怎么做到的?我试图在bash中运行,但有些地方不对劲:#!/bin/bash
for f in *.txt; do
cat "$f" | while read line ; do
echo "$line" |
join -1 2 -2 1 -e"N
我想从文件的每一行提取Pfam_A信息: item_1 ID=HJNANFJJ_180142;inference=ab initio prediction:Prodigal_v2.6.3;locus_tag=HJNANFJJ_180142;partial=01;product=unannotated protein;KEGG=K03531
item_4 ID=HJNANFJJ_87662;inference=ab initio prediction:Prodigal_v2.6.3;locus_tag=HJNANFJJ_87662;partial=10;product=unanno
我一直在尝试导入以下web服务:带有${JAVA_HOME}/bin/wsimport的:
wsimport -version
JAX-WS RI 2.1.6 in JDK 6
但我得到了以下错误:
parsing WSDL...
[WARNING] src-resolve: Cannot resolve the name 'soapenc:Array' to a(n) 'type definition' component.
line 19 of http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl#types?schema1
[ERROR]
我试图省略以"KO“开头的代码行,但是当我运行代码时,这些行仍然会写入输出文件。我试着调用一个布尔表达式,看看"KO“是否在geneData中,结果是真的。我被这部分卡住了。
#Read in hsa links
hsa = []
with open ('/users/skylake/desktop/pathway-HSAs.txt', 'r') as file:
for line in file:
line = line.strip()
hsa.append(line)
#Import Modules
我是Cytoscape的新手,我的目标是可视化路径中的基因表达数据。我已经成功地将Kegg路径上传到Cytoscape,但与在线Kegg路径相比,缺少节点/边的情况很常见,所以我希望转向Wikipathways。
然而,我无法加载维基路径:我已经尝试使用Cytoscape 3.8.2和3.6 (版本列为“工程与维基路径应用程序版本3.3.7"):我安装维基路径应用程序使用应用程序管理器,在网络搜索工具中,我能够选择Wikipathways在下拉菜单中搜索路径,但没有打开的结果列表。任务历史记录中出现异常执行任务:文件过早结束。
我使用的是MAC OS 10.13.6 (high sie
我正在尝试使用机械化来审查和收集各种网站的数据。我遇到了一个错误,说明
No handlers could be found for logger "mechanize"
此错误没有给出错误发生的具体位置,这使得调试非常困难。我在网上看过,机械化版本0.1.11已经解决了这个问题。我已经下载了一个更新版本的mechanize,我想这应该不再是问题了。导致这个问题的代码是
def KEGG(textfile):
KEGGString = ''
KEGGList = []
original = open('Final.tx
我有一个如图所示的html文件:kegg mapper result,我想构建一个包含三列的表:“with”、"KO“和"Query":"pathway”列将包含"01100代谢途径“,"KO”列应包含"K00166“,"Query”应包含"Trinity_GG_60253_c0_g1_i9.p2“这里是html源文件 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/