我正在尝试制作一个旧版本的灯笼-13Jull11。我在src目录:make openmpi中使用了这个命令,但是由于以下错误,它失败了:
make[1]: Entering directory '/home/alireza/lammps-13Jul11/src/Obj_openmpi'
make[1]: *** No rule to make target '/usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/huge_val.h', needed by 'bond_fene.o'. Stop.
make[1]: Le
lammps安装到最后的主程序编译一直显示找不到之前安装好的并行程序路径,代码如下,请求大神指点
root@yjb-Inspiron-5537:/home/yjb/lammps/lammps-7Aug19/src# make mpi
Gathering installed package information (may take a little while)
make[1]: Entering directory '/home/yjb/lammps/lammps-7Aug19/src'
make[1]: 'lmpinstalledpkgs.h' is up
我不太熟悉bash编程。我试着写一个bash脚本来减少我的工作量。我想要的是打开这个目录中每个文件夹中的in.lammps文件,并替换in.lammps文件中的一些字符串。但它显示出这样一个错误。我也试过:
#!/bin/bash
for file in temp-*;
do
cd $file;
sed -i -f mycommands "$file/in.lammps";
done
以下是文件“mycommands”的内容:
s/0.080/0.039/g
s/2.45/2.93/g
s/2.625/3.382/g
s/Pt/AU/g
你对此有
这里有谁有创建Debian / Ubuntu包的经验吗?我正在尝试将lammps包(http://packages.ubuntu.com/quantal/lammps)从Ubuntu12.10(全塔)移植到Ubuntu12.04
我只需要非正式地使用它--为了方便起见,在创建自定义虚拟机映像以部署到IaaS平台时,只需要一个IaaS包。
按照https://wiki.ubuntu.com/PackagingGuide的Ubuntu,我可以成功构建,除非我尝试使用debuild命令重新构建,否则通常会出现以下错误:
dpkg-source: error: aborting due to une
我正在尝试解压缩一个文件(Windows上的Ubuntu上的Bash是新的),但是它显示了一个错误。我已将文件保存在适当的目录中。
drsonamani@LAPTOP-23SII9GR:/$ tar xvzf lammps-stable.tar.gz tar (child): lammps-stable.tar.gz: Cannot open: No such file or directory tar (child): Error is not recoverable: exiting now tar: Child returned status 2 tar: Error is not re
我使用下载的tarball中的cmake安装了LAMMPS二进制文件。不过,我忘了把包裹包括进去。我后来通过
make yes-all
在此之后,我通过以下方式重建:
cmake ../cmake
make
然而,在它构建之后,它仍然显示没有安装任何额外的软件包。我想我已经跳过了一步,在安装了一个新的包后重新构建二进制文件。我试着查看LAMMPS和Ubuntu论坛,但没有找到我要找的东西。
目前的计划:
#!/usr/bin/python
lookup = 'Loop time'
with open('log.lammps') as myFile:
found = []
for num, line in enumerate(myFile, 1):
if lookup in line:
print 'found at line:', num
found.append(num)
print found
a = int(found[0])
b =
我刚开始使用灯笼灯,我在阅读tersoff方面遇到了困难。数据。我该怎么解决呢?
lmp_serial.exe -in main.in
LAMMPS (4 Jan 2019)
using 5 OpenMP thread(s) per MPI task
Reading data file ...
ERROR on proc 0: Cannot open file tersoff.data (../read_data.cpp:1938)
Last command: read_data tersoff.data
我得到了这个错误
转储导入转储中的行给出了标题中的错误。
#!/usr/bin/env python
# make new dump file by combining snapshots from multiple NEB replica dumps
# Syntax: neb_combine.py -switch arg(s) -switch arg(s) ...
# -o outfile = new dump file
# each snapshot has NEB atoms from all replicas
# -r dump1 dump2 .
我有一个大的文本文件(几个GBs)。我想跳过固定数量的行,这些行在我的文本文件中重复几次。我编写了以下代码,它也在工作。我只是想知道是否有人能提出一个更有效的方法来完成这项任务。
coordinate = []
with open('Lammps_D.txt', 'r') as file:
data = file.readlines()
data_iter = iter(data)
for lines in data_iter:
if lines[0] == "I":
next(da
首先,我想为我对编码的基本知识表示歉意。然后,我希望我能够正确地表达我的问题。请不要犹豫地要求进一步的澄清或其他任何事情.
我遇到麻烦后处理数据..。
我的目标是重组被交换的数据。
编辑:这是一个.rar文件夹,其中包含了我的测试示例,以及我试图让它工作的例子.(在处理数据所需的时间之前不要害怕)
编辑2:这是我在纸上所期望的(这是我在rar档案中的TestReorder3OK文件夹)。
编辑3:最小完整示例
脚本:
#!/bin/bash
# Definir le nombre de replica
NP=3
NP1=$[NP-1]
rm torder*
for repl in `s