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“undefined JNI_GetCreatedJavaVM”和“File format not recognized”错误原因分析

如果编译时,报如下所示错误: ../../third-party/hadoop/lib/libhdfs.a(jni_helper.c.o): In function `getGlobalJNIEnv': /root/hadoop-2.4.0-src/hadoop-hdfs-project/hadoop-hdfs/src/main/native/libhdfs/jni_helper.c:446: undefined reference to `JNI_GetCreatedJavaVMs' /root/hadoop-2.4.0-src/hadoop-hdfs-project/hadoop-hdfs/src/main/native/libhdfs/jni_helper.c:505: undefined reference to `JNI_CreateJavaVM' /root/hadoop-2.4.0-src/hadoop-hdfs-project/hadoop-hdfs/src/main/native/libhdfs/jni_helper.c:505: undefined reference to `JNI_CreateJavaVM' 是因为链接时,没有加上库文件libjvm.so。加上libjvm.so重编译,如果又遇到如下所示的错误: ../../third-party/libjvm.so: file not recognized: File format not recognized 这问题是因为libjvm.so不能被识别,libjvm.so的版本过高导致的 nm ../../third-party/libjvm.so | grep JNI_CreateJavaVM nm: ../../third-party/libjvm.so: 不可识别的文件格式 查看nm的版本: nm --version GNU nm 2.16.91.0.5 20051219 (SUSE Linux) Copyright 2005 Free Software Foundation, Inc. 本程序是自由软件;您可以按照 GNU 通用公共许可证 的条款对其进行再发行。本程序没有任何担保。 现在换成高一点的版本试试: ./nm --version GNU nm 2.17.50.0.6-20.el5 20061020 Copyright 2005 Free Software Foundation, Inc. This program is free software; you may redistribute it under the terms of the GNU General Public License.  This program has absolutely no warranty. 再次执行,一切正常,需要升级ld了,或者降低JRE或JDK的版本试试: ./nm libjvm.so | grep JNI_CreateJavaVM 00000000006307c0 T JNI_CreateJavaVM

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Linux上编译hadoop-2.7.1的libhdfs.so和libhdfs.a

hadoop提供了CMake来编译libhdfs,因此在编译之前需要先安装好CMake工具。 然后进入libhdfs的源代码目录,如:/data/hadoop-2.7.1-src/hadoop-hdfs-project/hadoop-hdfs/src 执行cmake以生成Makefile文件(假设jdk的安装目录为/data/jdk1.7.0_55): cmake -DGENERATED_JAVAH=/data/jdk1.7.0_55 -DJAVA_HOME=/data/jdk1.7.0_55 . 成功之后,会在目录下生成Makefile文件,接下来就可以执行make编译生成libhdfs.so和libhdfs.a了。 如果遇到下面这样的错误: /data/jdk1.7.0_55/jre/lib/amd64/server/libjvm.so: file not recognized: File format not recognized 则需要考虑升级链接器ld,参考说明:http://blog.chinaunix.net/uid-20682147-id-4239779.html。 ld是GNU binutils的成员,可以从http://ftp.gnu.org/gnu/binutils/下载到新的版本。 注意在升级gcc和ld之后,需要更新下环境变量PATH,再重执行cmake,否则可能引用的仍然是老版本的gcc和ld。 /data/hadoop-2.7.1-src/hadoop-hdfs-project/hadoop-hdfs/src # cmake -DGENERATED_JAVAH=/data/java_1_7 -DJAVA_HOME=/data/java_1_7 -- The C compiler identification is GNU 4.1.2 -- The CXX compiler identification is GNU 4.1.2 -- Check for working C compiler: /usr/bin/cc -- Check for working C compiler: /usr/bin/cc -- works -- Detecting C compiler ABI info -- Detecting C compiler ABI info - done -- Detecting C compile features -- Detecting C compile features - done -- Check for working CXX compiler: /usr/bin/c++ -- Check for working CXX compiler: /usr/bin/c++ -- works -- Detecting CXX compiler ABI info -- Detecting CXX compiler ABI info - done -- Detecting CXX compile features -- Detecting CXX compile features - done JAVA_HOME=/data/java_1_7, JAVA_JVM_LIBRARY=/data/java_1_7/jre/lib/amd64/server/libjvm.so JAVA_INCLUDE_PATH=/data/java_1_7/include, JAVA_INCLUDE_PATH2=/data/java_1_7/include/linux Located all JNI components successfully. -- Performing Test HAVE_BETTER_TLS -- Performing Test HAVE_BETTER_TLS - Success -- Performing Test HAVE_INTEL_SSE_INTRINSICS -- Performing Test HAVE_INTEL_SSE_INTRINSICS - Success -- Looking for dlopen in dl -- Looking for dlopen in dl - found -- Found JNI: /data/java_1_7/jre/lib/amd64/libjawt.so   -- Found PkgConfig: /usr/bin/pkg-config (found version "0.20")  -- checking for module 'fuse' --   package 'fuse' not found

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fio基础11

rdma The RDMA I/O engine supports both RDMA memory semantics (RDMA_WRITE/RDMA_READ) and channel semantics (Send/Recv) for the InfiniBand, RoCE and iWARP protocols. falloc IO engine that does regular fallocate to simulate data transfer as fio ioengine. DDIR_READ does fallocate(,mode = keep_size,) DDIR_WRITE does fallocate(,mode = 0) DDIR_TRIM does fallocate(,mode = punch_hole) e4defrag IO engine that does regular EXT4_IOC_MOVE_EXT ioctls to simulate defragment activity in request to DDIR_WRITE event rbd IO engine supporting direct access to Ceph Rados Block Devices (RBD) via librbd without the need to use the kernel rbd driver. This ioengine defines engine specific options. gfapi Using Glusterfs libgfapi sync interface to direct access to Glusterfs volumes without options. gfapi_async Using Glusterfs libgfapi async interface to direct access to Glusterfs volumes without having to go through FUSE. This ioengine defines engine specific options. libhdfs Read and write through Hadoop (HDFS). The 'filename' option is used to specify host, port of the hdfs name-node to connect. This engine interprets offsets a little differently. In HDFS, files once created cannot be modified. So random writes are not possible. To imitate this, libhdfs engine expects bunch of small files to be created over HDFS, and engine will randomly pick a file out of those files based on the offset generated by fio backend. (see the example job file to create such files, use rw=write option). Please note, you might want to set necessary environment variables to work with hdfs/libhdfs properly. mtd Read, write and erase an MTD character device (e.g., /dev/mtd0). Discards are treated as erases. Depending on the underlying device type, the I/O may have to go in a certain pattern, e.g., on NAND, writing sequentially to erase blocks and discarding before overwriting. The w

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编译hadoop的libhdfs.a

进入hadoop-hdfs-project/hadoop-hdfs/src目录,执行cmake以生成Makefile文件。 如果遇到如下的错误: ~/hadoop-2.7.1-src/hadoop-hdfs-project/hadoop-hdfs/src]$ cmake . JAVA_HOME=, JAVA_JVM_LIBRARY=/data/jdk/jre/lib/amd64/server/libjvm.so JAVA_INCLUDE_PATH=/data/jdk/include, JAVA_INCLUDE_PATH2=/data/jdk/include/linux Located all JNI components successfully. CMake Error at CMakeLists.txt:84 (MESSAGE):   You must set the CMake variable GENERATED_JAVAH -- Configuring incomplete, errors occurred! 则指定一下cmake参数即可,如下所示: cmake -DJAVA_HOME=/data/jdk -DGENERATED_JAVAH=/data/jdk . 然后带参数再次执行cmake: ~/hadoop-2.7.1-src/hadoop-hdfs-project/hadoop-hdfs/src]$ cmake -DJAVA_HOME=/data/jdk -DGENERATED_JAVAH=/data/jdk . 下面的显示表示cmake成功,会在当前目录下生成Makefile文件: JAVA_HOME=/data/jdk, JAVA_JVM_LIBRARY=/data/jdk/jre/lib/amd64/server/libjvm.so JAVA_INCLUDE_PATH=/data/jdk/include, JAVA_INCLUDE_PATH2=/data/jdk/include/linux Located all JNI components successfully. -- Found PkgConfig: /usr/bin/pkg-config (found version "0.23")  -- checking for module 'fuse' --   package 'fuse' not found -- Failed to find Linux FUSE libraries or include files.  Will not build FUSE client. -- Configuring done -- Generating done -- Build files have been written to: /data/hadoop-2.7.1-src/hadoop-hdfs-project/hadoop-hdfs/src 接下来就可以执行make来编译生成libhdfs.a了。

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HAWQ技术解析(一) —— HAWQ简介

一、SQL on Hadoop 过去五年里,许多企业已慢慢开始接受Hadoop生态系统,将它用作其大数据分析堆栈的核心组件。尽管Hadoop生态系统的MapReduce组件是一个强大的典范,但随着时间的推移,MapReduce自身并不是连接存储在Hadoop生态系统中的数据的最简单途径,企业需要一种更简单的方式来连接要查询、分析、甚至要执行深度数据分析的数据,以便发掘存储在Hadoop中的所有数据的真正价值。SQL在帮助各类用户发掘数据的商业价值领域具有很长历史。 Hadoop上的SQL支持一开始是Apache Hive,一种类似于SQL的查询引擎,它将有限的SQL方言编译到MapReduce中。Hive对MapReduce的完全依赖会导致查询的很大延迟,其主要适用场景是批处理模式。另外,尽管Hive对于SQL的支持是好的开端,但对SQL的有限支持意味着精通SQL的用户忙于企业级使用案例时,将遇到严重的限制。它还暗示着庞大的基于标准SQL的工具生态系统无法利用Hive。值得庆幸的是,在为SQL on Hadoop提供更好的解决方案方面已取得长足进展。 1. 对一流的SQL on Hadoop方案应有什么期待 下表显示了一流的SQL on Hadoop所需要的功能以及企业如何可以将这些功能转变为商业利润。从传统上意义上说,这些功能中的大部分在分析数据仓库都能找到。

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Ubuntu下GDAL读取HDF4(MODIS影像)开发环境搭建

今天打算使用GDAL读取MODIS影像数据,由于我的MODIS是HDF4格式,而默认的GDAL是不包含HDF数据驱动的,所以必须重新编译GDAL。 我的开发环境是Ubuntu 14.04,首先安装需要的HDF包。 sudo apt-get install libhdf4-alt-dev libhdf5-dev libnetcdf-dev hdf4-tools hdf5-tools libgeos-dev libproj-dev 其中,libhdf4-alt-dev,libhdf5-dev,libnetcdf-dev分别是HDF4, HDF5, NetCDF数据的开发库,hdf4-tools和hdf5-tools分别是HDF4和HDF4的命令行工具。libgeos-dev和libproj-dev分别是GEOS和Proj.4的库。 特别需要注意的是:对于HDF4不要安装libhdf4-dev而需要安装libhdf4-alt-dev。我今天刚开始安装的是libhdf4-dev,编译安装都没有问题。但是读数据的时候一直提示打不开HDF4的数据。折腾了好久,最后,网上查询到说是libhdf4-dev包中含有一个NetCDF库的兼容API导致的。 接下来是下载源码进行编译,进入源码目录,执行下面命令。 ./configure --with-geos --with-static-proj4 --with-hdf4 --with-hdf5 --with-netcdf --enable-debug make sudo make install 将lib库添加到用户环境变量中,我是在~/.profile文件中进行的配置: export LD_LIBRARY_PATH=/lib:/usr/lib:/usr/local/lib 最后使用sudo ldconfig命令使之生效。 利用其读取MODIS数据如下图:

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安装hue-3.11.0

1) 配置HDFS HttpFS和WebHDFS 如果HDFS是HA方式部署的,则只能使用HttpFS,而不能用WebHDFS。 2) 安装依赖: apr-iconv-1.2.1 confuse-3.0 apr-util-1.5.4 libpng-1.6.26 apr-1.5.2  expat-2.2.0 pcre-8.38 libxml2-devel libxslt-devel sqlite-devel 。。。。。。 3) 编译安装Hue 解压Hue安装包,然后执行 make install PREFIX=/usr/local 进行安装! 可以考虑修改下Makefile.vars.priv中的INSTALL_DIR值为$(PREFIX),而不是默认的$(PREFIX)/hue, 这样改为执行: make install PREFIX=/usr/local/hue-3.11.0 带上版本号是个好习惯,安装好后再建一个软链接,如:ln -s /usr/local/hue-3.11.0 /usr/local/hue。 编译安装过程中最常遇到的是缺乏依赖库,只需要按提示进行补充然后重复继续即可。 4) 修改desktop/conf/hue.ini A) [desktop] I) 为secret_key指定一个值,如ABC123,可以不指定,但Hue Web将不能保持会话。 II) 修改http_port为Web端口,如80或8080等。 III) 建议time_zone为北京时区Asia/Shanghai B ) [[hdfs_clusters]] I) 修改fs_defaultfs的值为core-site.xml中的fs.defaultFS的值 II) logical_name值HDFS集群名 III) webhdfs_url值为http://$host:14000/webhdfs/v1,其中“$host”值需为提供HttpFS服务的IP或主机名 IV) 修改hadoop_conf_dir的值为hadoop配置目录路径 C) [[yarn_clusters]] I) 修改resourcemanager_host值为主ResourceManager的IP地址(默认为8032端口所在地址), 注意不能为备ResourceManager的IP,原因是备ResourceManager不会打开端口8032。 II) 修改logical_name值为集群名。 III) 修改resourcemanager_api_url的值,将localhost替换成ResourceManager的8088端口地址。 D) [hbase] I) 修改hbase_conf_dir为HBase的配置目录路径 II) 修改thrift_transport为HBase Thrift2 Server采用的Transport,两者必须一致。 III) 注意截止hue-3.11.0版本,只支持HBase ThriftServer,而不支持HBase Thrift2Server 因此hbase_clusters的值要配置指向ThriftServer,其中Cluster可以为其它自定义值,只是为在Web上显示, Cluster后面的值必须为HBase ThriftServer的服务地址和端口。 如果需要同时运行HBase ThriftServer和HBase Thrift2Server,请为两者指定不同的服务端口和信息端口。 E) [beeswax] 修改hive_conf_dir为Hive的配置目录路径。 5) 启动Hue 进入Hue的build/env/bin目录,然后执行supervisor即可启动Hue服务。 6) 打开Web 假设Hue安装在192.168.1.22,服务端口号为8080,则只需要在浏览器中输入:http://192.168.1.22:8080即可进入Hue Web界面。 如果是第一次运行,则必须先创建好管理员帐号才能进入。 如果遇到错误,则可以检查Hue的错误日志文件error.log来了解是什么错误。 Hue ERROR日志: 1) Failed to obtain user group information: org.apache.hadoop.security.authorize.AuthorizationException is not allowed to impersonate (error 403) 一般是因为core-site.xml或httpfs-site.xml没配置正确。 /////////////////////

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