Anaconda 是一个包含数据科学常用包的发行版本。它基于 conda(一个包和环境管理器) 衍生而来。应用程序 conda 是包和环境管理器:
安装 官网 https://www.anaconda.com/ 选择 Python 3.7 版本
安装部分 准备工作 下载各平台对应的安装包,各平台安装包下载链接如下: Windows macOs Linux 安装过程 安装过程在此不给出具体过程,可参照官方给出教程,各平台对应教程如下: Windows中Anaconda安装教程 macOS中Anaconda安装教程 Linux中Anconda安装教程 常用命令 查看安装版本 conda --version 查看帮助信息 conda --help conda -h 卸载conda # Linux/macOS conda -rc ~/anaconda3 查
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今天学习的是linux环境下的软件安装,因为花花老师的教程特别棒,所以操作上基本没出现特别难的地方。
【友情提示:可以放到家目录的bashrc下,方便以后修改。输入:/home/你的用户名/.bashrc。只不过这种安完以后需要再source ~/.bashrc激活环境变量】
1、Anaconda简介2、Anaconda安装(Linux和Windows)3、Conda的包管理与环境管理
安装/卸载第三包,注意对于windows用户请使用管理员身份打开命令端口,能避免各种莫名其妙的错误:
conda install fastqc -y 安装软件fastqc (-y是yes,指安装过程中conda问你的问题全部回答yes)
在minicondon 清华镜像网站中下载最新的miniconda版本https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.10.0-1-Linux-x86_64.sh
Python是一种面向对象的解释型计算机程序设计语言,其使用,具有跨平台的特点,可以在Linux、macOS以及Windows系统中搭建环境并使用,其编写的代码在不同平台上运行时,几乎不需要做较大的改动,使用者无不受益于它的便捷性。
miniconda 官网:https://conda.io/miniconda.html anaconda 官网: https://www.anaconda.com/download/#macos
今天是学习的第三天重点学习Linux环境下软件的安装,开始用我不怎么灵光的脑子努力学习,哈哈哈~
Linux操作系统为32位的 要下载armv7结尾的.sh文件,但是Miniconda对armv7的支持版本已经很古老了,在创建虚拟环境Python3.7以上貌似都会出现问题,勉强支持到Python3.4版本左右,而且官方的作者对armv7结尾的.sh文件已经停更很久了,不建议安装使用,推荐树莓派安装64位的Linux。
Anaconda是一个开源的Python发行版本,包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项,可以用于包管理器和环境管理。比如A项目中用了Python2,而B项目使用Python3,而同时安装两个Python版本可能会造成许多混乱和错误,这是使用Anaconda就可以为不同的项目建立不同的运行环境。
摘要总结:本文主要介绍了如何安装 scikit-learn 库以及它的贡献者。首先,文章介绍了如何通过 pip 或 conda 安装 scikit-learn,并提供了安装示例。其次,文章列出了 scikit-learn 的贡献者名单,包括其名称、邮箱和贡献的模块。最后,文章提供了贡献者的维护建议,旨在帮助社区成员更好地参与和维护 scikit-learn 项目。
直接去anaconda官网下载安装文件即可,具体网站自行搜索。 官网提供linux版本,windows版本,mac版本。 同时提供Anaconda完整版和miniconda最小版(无软件界面的,仅支持命令行执行),新手推荐使用Anaconda版,熟悉之后推荐改用miniconda版,占用存储空间小,使用起来感受一样。
这是我写Ng的dp作业做的准备,好像需要安装特定版本的tensorflow 根据https://blog.csdn.net/ccgcccccc/article/details/89058445的配置要求来配置文件
使用Python的一定对著名的科学计算集成环境Anaconda(miniconda)并不陌生,而无论是使用Anaconda还是miniconda都必然会用到其包管理器——conda。作为一款管理python安装包的包管理器,其功能要比python自带的pip强大不少。
linux环境下的软件安装下载miniconda到服务器step 1:查看服务器位数uname -awget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #复制的链接# wget 是Linux用于从web上下载的命令,支持通过 HTTP、HTTPS、FTP协议下载step 2: 进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
参考网页 Raspbian 下载 Miniconda 的方法和下载 Anacodna 差不多,可以使用 wget 命令:
wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 下载miniconda安装包
Conda类似于Linux的应用商店,一个方便的软件管理工具,适用于生物信息学软件,建议使用Miniconda
本文最先发布在:https://www.itcoder.tech/posts/how-to-install-anaconda-on-ubuntu-20-04/
ERROR: Cannot uninstall ‘wrapt’. It is a distutils installed project and thus we cannot accurately determine which files belong to it which would lead to only a partial uninstall.
在Anaconda官网或者在清华 Anaconda 镜像下载。根据自己电脑配置选择32位还是64位,下在最新版本。 我安装的链接:https://pan.baidu.com/s/1P9gTwLRDp9f770rK_D1clQ 提取码:1xqf
输入 uname -a 查看服务器是多少位的(查看过后是x86_64即64-bit) 进入biosoft cd biosoft wget 下载链接https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Miniconda是最方便快捷的软件下载和管理器,相当于应用商店,大多软件都能搜到,一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。学习linux要丢弃之前的图形界面思维
运行 :bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
(下载链接https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh)
选择对应的64位,.sh是脚本文件后缀;注:64-bit(x86_64)、32-bit(x86)
生物信息学的日常就是利用五花八门的工具和各种各样的数据打交道,很多时候需要在命令行安装软件或者包。我相信每一个生信人都碰到过安装软件或包时无法解决依赖的囧况,安装软件或者包,听起来是一件很简单的一件事,实际情况却不是如此。比如说编译时碰到系统lib不存在或版本太低,安装一个python/R包却需要升级当前的python/R,而这又会导致之前安装好的包不能使用。今天给大家介绍一下跨平台包管理神器Anaconda,学习一下它在Linux下的正确使用姿势。
1.通过miniconda 清华镜像uname -a务必通过此代码查看服务器位数查找适合自己的版本,注意区分X86_64与ppc64le的区别
按照更新时间查找最新版Linux的miniconda软件,通过命令 uname -a查看服务器是多少位的(我的是x86_64),复制相应的下载链接。
5.添加镜像(镜像网站就相当于主网站的副本,conda主体在国外,因而在国内下载速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。)
今天,安装conda因为默认安装时,环境变量选择的是on,然后我不小心点了过去,于是 开始,一个小时的安装记。。。。。 写一遍文章,记录一下,防止自己不再掉坑 先说一下conda吧 Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。 下面是conda的一些基本命令: 升级 conda update conda conda update anaconda conda update anaconda-navigator //update最新版本的anaconda-navigator 卸载 计算机控制面板->程序与应用->卸载 //windows rm -rf anaconda //ubuntu 最后,建议清理下.bashrc中的Anaconda路径。 conda环境使用基本命令: conda update -n base conda //update最新版本的conda conda create -n xxxx python=3.5 //创建python3.5的xxxx虚拟环境 conda activate xxxx //开启xxxx环境 conda deactivate //关闭环境 conda env list //显示所有的虚拟环境
Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版,支持 Linux, Mac, Windows系统,提供了包管理与环境管理的功能,可以很方便地解决多版本python并存、切换以及各种第三方包安装问题。Anaconda利用工具/命令conda来进行package和environment的管理,并且已经包含了Python和相关的配套工具。所以conda 是开源包(packages)和虚拟环境(environment)的管理系统。
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh (这里用tab键的自动补全功能很方便) 一顿enter加yes就安装好了激活Minicondasource ~/.bashrc
Miniconda是什么? 要解释Miniconda是什么,先要弄清楚什么是Anaconda,它们之间的关系是什么? 而要知道Anaconda是什么,最先要明白的是搞清楚什么是Conda,参考:Conda简单教程。 一言以蔽之,Conda是Python中用于管理依赖包和虚拟环境的工具,Anaconda是一个带有Conda工具的软件包(附带了Conda、python和150多个科学软件包及其相关的包),而Miniconda是一个Anaconda的轻量级替代,默认只包含了Python和Conda。 也就是说,安装了Miniconda,就可以直接使用Python和Conda了。
Anaconda是一个开源包管理器,环境管理器,以及Python和R编程语言的发行版。它专为数据科学和机器学习工作流程而设计,通常用于大规模数据处理,科学计算和预测分析。
之前看到说有vina1.2需要编译安装,我嫌麻烦找到了别的方法,使用apt安装,但运行到两个ligand时发现无论如何也无法执行,查看版本才发现我安装的是旧旧版本,故在此记录下安装新版本的过程。
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
Anaconda专为数据科学和机器学习工作流程而设计,是一个开源包管理器,环境管理器,以及Python和R编程语言的分发。它通常用于大规模数据处理,科学计算和预测分析。
意思为建立一个名字为rnaseq的conda环境,指定pathon版本为3,安装fastqc\trimmomatic这两个软件。
注:虽有的卡驱动更新至较新版本,且CUDA Toolkit及PyTorch也可对应更新至新版本。但有的对应安装包无法使用,有可能是由于卡太旧的原因。
不同的分析需要的软件/软件版本不同,即环境不同,则需要不同的conda environment
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