把当前文件夹的文件名用","连接成一行,或者将多行转变为一行 ls | paste -s -d "," # -s 选项将输入进行一次性粘贴 ls | xargs | sed 's/ /,/g' #xargs 将输入作为参数(空格分隔)传入 ls | awk '{printf "%s,",$0}' 将行逆序输出 sed '1!G;h;$!d'file # 1!G 第一行不执行G命令,从第二行开始执行;$!d 最后一行不删除;第一行自动存入模式空间,将模式空间内容(第一行)放到保持空间(h),然后删除模式
原文链接:https://rumenz.com/rumenbiji/linux-grep.html
Linux下文件内容操作 常用的文件内容操作有文件压缩解压缩、文件大小行数统计、文件内容查询等。 gzip: 压缩文件; gunzip: 解压缩文件 # gzip -c 把压缩的文件输出到标准输出 (一般是屏幕) # '>' 输出重定向,输出写入文件 ct@ehbio:~/ehbio_project$ gzip -c ehbio.fa >ehbio.fa.gz # 多了一个.gz文件 ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls ehbio3.fa ehbio4.fa ehbio5.fa
Linux系统中grep命令是一种强大的文本搜索工具,它能使用正则表达式搜索文本,并把匹 配的行打印出来。grep全称是Global Regular Expression Print,表示全局正则表达式版本,它的使用权限是所有用户。 grep的工作方式是这样的,它在一个或多个文件中搜索字符串模板。如果模板包括空格,则必须被引用,模板后的所有字符串被看作文件名。搜索的结果被送到标准输出,不影响原文件内容。 grep可用于shell脚本,因为grep通过返回一个状态值来说明搜索的状态,如果模板搜索成功,则返回0
描述: 不管对于那一门编程语言,字符串类型都是及其重要的,所以在学习编程语言后会发现近40%左右都与字符串有关,特别是PHP当然在Linux中的shell脚本开发也同样存在;所以下面主要是字符串搜索命令采用正则匹配的命令,都是在shell编程中比较常用的;
https://github.com/mingongge/Learn-a-Linux-command-every-day
seq 100 |awk '{sum=sum+$1;print sum}END{print sum}'
awk在处理文件的时候,常常比编写脚本更加方便,处理速度也更快,下边总结了一些awk的常用用法。
grep 日常 Linux 运维过程中,最多的就是对 Linux 文件进行处理,grep(global search regular expression (RE) and print out the line)作为一款非常方便且强大的文本搜索工具,其能使用正则表达式搜索文本,并把匹配的行打印出来,其使用对象为 Linux 系统的所有用户,使得我们日常操作更加方便简单。 为什么要用grep 在 Linux 系统中一切皆文件,我们日常的工作就是与文件打交道,能够运用 grep 这款文件搜索工具,可以大大提高我
本文介绍基于Python语言,针对一个文件夹下大量的Excel表格文件,基于其中每一个文件,首先依据某一列数据的特征截取我们需要的数据,随后对截取出来的数据逐行求差,并基于其他多个文件夹中同样大量的Excel表格文件,进行数据跨文件合并的具体方法。
cd命令用于切换当前目录,它的参数是要切换到的目录的路径,可以是绝对路径,也可以是相对路径[1]。
目录 Linux 三剑客之awk 简介 应用场景 awk执行流程图 awk生命周期 awk内置(预定义)变量 行与列描述 取行 取列 awk中的函数 条件的分类 awk正则详细: 普通正则和awk正则区别 范围表达式 逻辑表达式 算术表达式 特殊模式BEGIN{}和END{} awk数组 awk 的 判断、循环 if循环 循环 总体练习 易错点: Linux 三剑客之awk 📷 简介 awk主要是用来格式化文本,也有人称awk是一种语言,类似 C,awk 是三剑客的老大,利剑出鞘,必会不同凡响。 应
为了更方便的使用vi编辑器,我们需要先对vi编辑器进行一些配置。打开虚拟机终端,输入以下命令:
2、按文件名搜索 在当前目录及子目录下,查找名字为 test-imagetools.sh 的文件
(文中图片引用于生信技能树小洁老师PPT,仅用于自己学习,不用于商业目的,如有侵权,立即删除)
这篇文章其实来源于自己的数据挖掘课程作业,通过完成老师布置的作业,感觉对于使用python中的pandas模块读取表格数据进行操作有了更深层的认识,这里做一个整理总结。
一行命令将count转为CPM/TPM/FPKM 的软件为rnanorm,是一个基于Python开发的命令行工具。安装可以通过命令安装:
前言 这两天自己挽起袖子处理日志,终于把AWK给入门了。其实AWK的基本使用,学起来也就半天的时间,之前总是靠同事代劳,惰性呀。 此文仅为菜鸟入门,运维们请勿围观。 下面是被处理的日志的示例,不那么标准,但不标准的日志正是标准的情况。 [2015-08-20 10:00:55.600] - [192.168.0.73/192.168.0.75:1080 com.vip.xxx.MyService_2.0 0 106046 100346 90ms 110ms] 基本语句 最基本的语句,以空格做分割,提取所
这篇文章展示了一些使用dir命令列出目录的内容。这dircommand 不是 Linux 中常用的命令。尽管它的工作方式更不像大多数 Linux 用户喜欢使用的[ls 命令]。我们将讨论dir命令,我们将在其中查看如何使用不同的选项和参数。 dir 命令语法 # dir [OPTION] [FILE] 📷 1. dir 命令的简单输出 # dir / 📷 输出dir命令与/etc目录文件如下。 # dir /etc 📷 要每行列出一个文件,请使用-1选项如下。 # dir # dir -1 📷 2.
根据给出的文章摘要,总结为一句话,不超过200个字符。
在UCSC网站上,对于不同的参考基因组,提供了许多数据,这些数据中只要是提供了基因组区域的,理论上都可以用于annovar region-based annotation。在选择时,只需要根据目的选择对应的数据库即可。annovar 官方的文档中,给出了以下几种用法。
上一篇文章我们简单举了几个例子了解了一下awk命令的基本语法,这里,再次贴出来这个命令的基本语法,如下:
最近有粉丝自告奋勇希望可以把他自己在简书等平台的生物信息学笔记分享在我们生信技能树公众号,在专业的舞台上跟大家切磋!
磁盘的io是一个非常重要的指标,所以要更详细的查看磁盘状态,需要用到iostat命令,如果之前已经安装了sysstat包的话,在安装sysstat包时iostat命令就已经被安装了。
上一年由于备战考研,最近论文答辩结束,计划重启公众号。本篇文章主要是记录总结毕业论文中使用Pandas模块的常用操作,感兴趣的可以作为参考。
grep指令用于查找内容包含指定的范本样式的文件,如果发现某文件的内容符合所指定的范本样式,预设grep指令会把含有范本样式的那一列显示出来。若不指定任何文件名称,或是所给予的文件名为"-",则grep指令会从标准输入设备读取数据。
约束是一种限制,它通过对表的行或列的数据做出限制,来确保表的数据的完整性、唯一性。
install.packages("AnnoProbe")#用于下载GEO数据的包
stringr包是Hadley Wickham大神贡献的R包之一,主要用于字符串的处理。对于经常需要对数据进行预处理的分析人员来说,简直是一把“利器”,可谓是上能屠龙,下能剔牙。其用法相比于R自带的函数,更加简单明了。stringr包在我工作中,是属于频繁使用的R包之一。简单的用法也是深入我心,强烈推荐使用该包进行字符串的预处理。 接下来,根据我在工作中使用到的stringr包的场景,介绍一下这些函数的用法。 字符拼接 场景:在读入csv或者xlsx格式文件时,根路径一般不一致,然后我一般使用全名路径。
cut应用场景:通常对数据进行列的提取 (在工作中,我们通常会对数据库或者查出来的日志进行列的提取)
python实现word转成自定义格式的excel文档(解决思路和代码)支持按照文件夹去批量处理,也可以单独一个文件进行处理,并且可以自定义标识符。
通配符是shell在做PathnameExpansion时用到的。说白了一般只用于文件名匹配,它是由shell解析的,比如find,ls,cp,mv等。
ls(list directory contents,列出目录内容)命令是linux最常用的命令之一,通过man ls可以看到,ls的参数很多,但是本文不准备列出或者介绍这些参数的具体含义或用法,而是挑选一些实际应用中最常见的用法。
sed是对行进行处理,而awk是对列做处理。看下面这个例子: 将上次登录的用户前三行列出来,只显示用户名和IP
通过Hi-C技术可以得到全基因组范围内的染色质交互信息, 在不同的分辨率下,首先得到bin之间的交互矩阵contact matrix, 通过热图的形式来展示该交互矩阵,即得到了contact map。在完整的contac matrix的基础上,可以进行A/B隔室,拓扑结构域,染色质环等不同层级空间结构单元的分析。
即将ex3.csv中的内容提取出来,传递给变量test,生成一个数据框。后续对数据框的操作,对文件无影响。
约等于表格 但是:列有要求(同一列只允许同一种数据类型);不是文件(可以导出来成为一个文件);
Linux系统中grep命令是一种强大的文本搜索工具,它能使用正则表达式搜索文本,并把匹 配的行打印出来。grep全称是Global Regular Expression Print,表示全局正则表达式版本,它的使用权限是所有用户。
awk 是处理文本文件的一个应用程序,几乎所有的Linux以及MacOS都自带这个程序。
When you click the Knit button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:
内置数据多用于新手练习,eg:iris、volcano、letters、LETTERS
根据阿里专家Spark的DataFrame不是真正的DataFrame-秦续业的文章-知乎[1]的文章:
功能富集泡泡图 功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路,对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用,也是文章发表中一个有意义的美图。通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过,这次介绍下富集分析泡泡图, 其展示的信息是最为全面的,也是比较抓人眼球的。 做基因功能富集分析、KEGG富集分析、GSEA分析首选clusterProfiler,Y叔的良心之作,数据集更新及时,结果准确,自带语义分析合并相似条目、出图漂亮。 但有时出
1:取出文件中的第i行到第j行:awk 'NR>=i && NR<=j {print $0}' filename
根据用户输入的关键词(java), 应用服务器使用SQL语句查询数据库, 将查询到的结果返回给用户.
目录 Linux 三剑客之grep 搭配命令-find 三剑客之grep: 正则表达式: Linux 三剑客之grep 📷 搭配命令-find find命令是根据文件的名称或者属性查找文件,并不会显示文件内容 格式:find [查找范围] [参数] 参数: -name: 按照文件的名字查找文件 -iname :按照文件的名字查找文件(忽略大小写) -size :按照文件的大小查询文件(搭配size使用得符号:+表示大于,-表示小于,没符号表示等于) -mtime :按照修改时
在Linux系统中,wc是一个非常有用的命令行工具,用于统计文件中的字符、单词和行数。wc命令可以帮助我们快速了解文件的基本信息,包括字符数、单词数和行数等。本文将详细介绍在Linux中使用wc命令进行字符统计的方法和示例。
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