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    生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)

    在生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 里面,我提到过Linux基本上几十年都没有怎么变动过基础知识的,哪怕你现在搜索到十几年前的Linux教学视频,也不会觉得尴尬。而且Linux属于IT工程师必备技能,IT的发展程度远超于我们,再加上各种马哥鸟叔,还有黑马训练营公开30天完整教学视频,按照道理我是没有必要在他们IT专业人士面前班门弄虎的, 毕竟他们随便拿几个偏门知识点就可以问倒我了!不过我们生信技能树的特色是主打生物信息学方向技能建设,而它作为一个典型的教交叉学科,想在此领域成为一个专业靠谱的生信工程师,我们实在是做不到在任何一个非核心知识点投入过多的时间和精力。

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    使用UniMoVib+PyVibMS显示其他量化程序振动分析结果

    1. 前言 在之前的《使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式》一文中,笔者介绍了PyVibMS插件的基本使用方法。目前对于量子化学程序计算的分子体系,PyVibMS已经可以原生支持高斯、ORCA、xtb和Q-Chem四款主流软件。然而对于CFOUR、MOLPRO、BDF等较少使用的量子化学程序计算的振动分析的结果,PyVibMS支持通过先载入XYZ坐标文件、再载入mode文本文件的方式进行振动可视化。其中,mode文本文件的准备可能需要用户有一定的脚本编写水平。 本文介绍一种不需要用户编写脚本制作mode文件就可以对非主流量子化学程序计算得到的振动分析结果进行可视化的方法。此方法的基本原理是先利用UniMoVib程序读取量子化学计算程序给出的Hessian矩阵信息,然后生成可以让PyVibMS读取的统一格式的XYZ和mode文件,最后将这两个文件载入PyVibMS即可。 UniMoVib是一款可以从近30种量子化学计算程序中读取Hessian、坐标等数据计算谐振频率和(可选)红外强度的Fortran程序。可以将它理解成一个加强版的freqchk程序。目前UniMoVib的代码、手册和例子文件在GitHub上托管:

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    配置点击就能运行Python程序的bat批处理脚本

    在编写和调试程序时,一般我们会在集成编辑环境里写代码和运行,但如果程序比较完善需要快速运行,或者让同事在其他电脑上快速运行时,再打开IDE(Integrated Development Environment , 集成开发环境)运行就有些麻烦了,对方也不一定很熟练使用命令行进行运行,因此在Windows下要解决这个问题一般有两种思路:1,把程序编译为exe文件,就是一个小软件,和QQ等软件的运行方式基本无差别,通过鼠标点击运行;2,另外的做法是编写批处理文件,点击批处理文件就会按顺序执行命令行(在其他电脑运行是需要保证对方正确安装了编程/编译环境,例如是运行Python程序需要安装好Python、Java程序需要安装好JDK并配置好环境变量)。

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    领券