我使用的是64位的crunnchbang linux。我安装了atom文本编辑器,但当我试图启动它时,它给出了错误。输出如下:
shunya@crunchbang:~$ atom
shunya@crunchbang:~$ /usr/share/atom/atom: /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by /usr/share/atom/atom)
/usr/share/atom/atom: /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version
我为正在构建的平台定义了一个toolchain.cmake,并在其中指定了要安装文件的位置。但是,当我运行make install时,文件会转到默认位置/usr/....。我的toolchain.cmake设置如下:
# this one is important
SET(CMAKE_SYSTEM_NAME Linux)
#this one not so much
SET(CMAKE_SYSTEM_VERSION 1)
# specify the cross compiler
SET(CMAKE_C_COMPILER /usr/local/naoqi-sdk-2.1.4.13-mac64
这是文件的一小部分:
ATOM 1276 HB1 ALA 81 9.959 6.292 8.850
ATOM 1277 HB2 ALA 81 9.327 5.104 10.015
ATOM 1264 HG21 THR 80 7.466 11.485 7.678
ATOM 1265 HG22 THR 80 6.093 12.332 8.430
ATOM 1278 HB3 ALA 81 8.579 5.259 8.408
ATOM 1279 C
在linux中,可以通过命令atom来运行atom编辑器吗?我试过了
atom
Command 'atom' is available in '/snap/bin/atom'
The command could not be located because '/snap/bin' is not included in the PATH environment variable.
atom: command not found
我有一个家庭网络,有几个窗口和安装了samba的Linux机器。
在Windows上,我可以通过主机名找到彼此的计算机。
然而,在Linux计算机上,我无法通过主机名找到任何其他计算机--只有IP地址才能工作。
实际上,Linux似乎甚至无法解决它自己:
user@atom:~$ host atom
Host atom not found: 3(NXDOMAIN)
使用Linux命令行,我需要合并在文件2的指定部分中集成几个file1副本的两个填充。
ATOM 1 N SER A 1 -2.390 4.343 -17.003 1.00 27.76 N1+
ATOM 2 CA SER A 1 -2.066 5.647 -16.370 1.00 27.12 C
ATOM 3 C SER A 1 -2.394 5.608 -14.874 1.00 26.29 C
ATOM 4
我是Linux新手,很难更新应用程序和软件。
今天我需要安装atom。这很容易,但事实证明它需要GLIBC 2.28。
当我继续更改atom主题时,它将不会运行并得到以下错误消息:
/usr/share/atom/resources/app/apm/bin/node:
/lib/i386-linux-gnu/libc.so.6: version `GLIBC_2.28' not found
(required by /usr/share/atom/resources/app/apm/bin/node)
我的薄荷安装是完全最新的,但它只有一个旧版本的GLIBC。
请帮助
我有一个文件system.xyz,它有几个列:
43
Built with Packmol
O 37.536208 36.873149 9.514500
C 37.768292 35.784076 10.014380
N 37.749829 34.667899 9.235406
C 38.014779 33.336113 9.750827
C 37.9
运行(sudo) apm install minimap(或任何其他软件包)时出现的错误:
gyp info it worked if it ends with ok
gyp info using node-gyp@1.0.2
gyp info using node@0.10.35 | linux | x64
gyp http GET https://atom.io/download/atom-shell/v0.21.0/node-v0.21.0.tar.gz
gyp WARN install got an error, rolling back install
gyp ERR! instal
我在我的机器上运行linux debian 9.4.0 64位。因为我安装了atom文本编辑器,所以在运行ap-get update时收到一个错误。该错误将读取以下内容:
W: GPG-Fehler: any InRelease: Die folgenden Signaturen konnten nichtüberprüft werden,weil ihröffentlicher Schlüssel nicht verfügbar ist: NO_PUBKEY 4C6E74D6C0A35108 W:存储库' any InRelease‘未签名。N:来自这样的存储库的数据无法进行身份验
我需要将ori_file2.pdb中的第1和第2列与来自new_file1.pdb的第1和第2列相匹配。如果匹配,则将new_file1.pdb中的3、4、5和6列替换为ori_file2.pdb中相同列中的数据,而不更改new_file1.pdb列之间的空格。
ori_file2.pdb
HELIX 1 1 PHE A 2 ALA A 7 1 6
ATOM 1 N PHE A 1 -3.631 -3.776 -2.910 1.00 0.00
我有几百个数据文件,结构如下: ATOM 1 CG TYR C 58 121.612 160.894 112.763 1.00 0.00 C
ATOM 2 CD1 TYR C 58 120.943 162.067 113.040 1.00 0.00 C
ATOM 3 CD2 TYR C 58 121.188 159.746 113.389 1.00 0.00 C
ATOM 4 CE1 TYR C 58 119.873 162.092
目标:应该使用Biopython合并来自PDB的两条链。在下面的示例中,我希望将两个链A和B合并为C。
ATOM 1133 N VAL A 100 12.484 -30.583 106.831 1.00 30.28 N
ATOM 1134 CA VAL A 100 11.430 -31.194 106.033 1.00 34.41 C
ATOM 1135 C VAL A 100 11.985 -32.402 105.259 1.00 39.25 C
ATOM 1136
我的awk脚本
awk 'FNR == NR {print; next} !/^HETATM/' file 1 file 2 > file3
取文件1,
ATOM 2333 O GLY A 302 4.437 -5.416 -15.061 1.00 0.00 O
ATOM 2334 N VAL A 303 6.125 -4.263 -14.046 1.00 0.00 N
ATOM 2335 CA VAL A 303 6.912 -5.471 -13
归档a
ATOM 1149 N MET B
ATOM 1150 CA MET B
ATOM 1151 C MET B
ATOM 1152 O MET B
ATOM 1153 CB MET B
ATOM 1154 CG MET B
ATOM 1155 SD MET B
ATOM 1156 CE MET B
ATOM 1157 N SER B
ATOM 1158 CA SER B
档案b
1
1
1
1
1
1
1
1
2
2
档案c
-16.
我有一些文本文件,只有当列有四个字符时,我才需要从第四列中删除第一个字符。
file1如下所示
ATOM 5181 N AMET K 406 12.440 6.552 25.691 0.50 7.37 N
ATOM 5182 CA AMET K 406 13.685 5.798 25.578 0.50 5.87 C
ATOM 5183 C AMET K 406 14.045 5.179 26.909 0.50 5.07 C
ATOM 51
File1是一个硬格式的pdb文件,包含蛋白质坐标:
ATOM 1 N MET A 1 -37.809 27.446 34.618 1.00 43.34 N
ATOM 2 CA MET A 1 -37.480 26.307 33.746 1.00 43.34 C
ATOM 3 C MET A 1 -36.495 25.493 34.556 1.00 43.34 C
ATOM 4 CB MET A 1
这是我的数据集的一个示例:
>data
C1 C2 C3 C4 C5 C6
ATOM 1 -4.794 -7.29 6.756 C
ATOM 1 -4.357 -6.181 6.473 O
ATOM 2 -5.878 -8.511 5.233 C
ATOM 2 -7.02 -9.179 5.732 C
ATOM 3 -7.479 -9.499 6.108 C
ATOM 5 -4.873 -7.021 6.767 C
ATOM 8 -3.8
我正在尝试对我的单链PDB文件(766个残基)进行一些分析,但它需要一个链ID,目前还没有。 下面是pdb文件的一个片段: ATOM 1 N MET 1 -69.269 78.953 -91.441 1.00 0.00 N
ATOM 2 CA MET 1 -69.264 78.650 -92.891 1.00 0.00 C
ATOM 4 C MET 1 -69.371 79.939 -93.633 1.00 0.00
我有一个PDB文件,简而言之,它看起来有点像这样
ATOM 1189 CA ILE A 172 4.067 0.764 -48.818 1.00 19.53 C
ATOM 1197 CA ATHR A 173 7.121 3.051 -48.711 0.50 17.77 C
ATOM 1198 CA BTHR A 173 7.198 2.978 -48.704 0.50 16.94 C
ATOM 1208 CA ALA A 174