awk、grep、sed是linux操作文本的三大利器,也是必须掌握的linux命令之一。三者的功能都是处理文本,但侧重点各不相同,其中属awk功能最强大,但也最复杂。grep更适合单纯的查找或匹配文本,sed更适合编辑匹配到的文本,awk更适合格式化文本,对文本进行较复杂格式处理。
cut应用场景:通常对数据进行列的提取 (在工作中,我们通常会对数据库或者查出来的日志进行列的提取)
原文链接:https://rumenz.com/rumenbiji/linux-awk-skills.html
chattr 命令用于改变文件属性 这项指令可改变存放在ext2文件系统上的文件或目录属性,这些属性共有以下8种模式:
打印文件的第一列 > awk '{print $1}' rumenz.txt 打印文件的前两列 > awk '{print $1,$2}' rumenz.txt 打印文件的最后一列 > awk '{print $NF}' rumenz.txt 打印文件的总行数 > awk 'END{print NR}' rumenz.txt 打印文件的第一行 > awk 'NR==1{print}' rumenz.txt NR是指awk正在处理的记录位于文件中的位置(行号) 打印文件的第3行第2列 > sed -
Linux Shell是一种基本功,由于怪异的语法加之较差的可读性,通常被Python等脚本代替。既然是基本功,那就需要掌握,毕竟学习Shell脚本的过程中,还是能了解到很多Linux系统的内容。
精心整理了生物信息学中常用的 Linux 命令,很不容易。所有命令的用法都经本人亲自测试。掌握这些命令,是每一个生信人基本的自我修养。
作者精心整理了生物信息学中常用的 Linux 命令,很不容易。所有命令的用法都经本人亲自测试。掌握这些命令,是每一个生信人基本的自我修养。
本文将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具:find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk;
在Shell编程工具中,四剑客工具的使用更加的广泛,Shell编程四剑客包括:find、sed、grep、awk,熟练掌握四剑客会对Shell编程能力极大的提升。
本文将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具:find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk;提供的例子和参数都是最常用和最为实用的;对shell脚本使用的原则是命令单行书写,尽量不要超过2行;如果有更为复杂的任务需求,还是考虑python吧.
本文将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具:find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk; 提供的例子和参数都是最常用和最为实用的; 我对shell脚本使用的原则是命令单行书写,尽量不要超过2行; 如果有更为复杂的任务需求,还是考虑python吧; find 文件查找 查找txt和pdf文件 find . \( -name "*.txt" -o -name "*.pdf" \) -print 正则方式查找.txt和pdf find . -
前篇文章由案例驱动,总结了Sell中的基本语法,这篇文章带大家由案例驱动学习下Sell中的自带的工具命令。
find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk;
文件管理不外乎文件或目录的创建、删除、查询、移动,有mkdir/rm/mv 文件查询是重点,用find来进行查询;find的参数丰富,也非常强大; 有时候,需要给文件创建一个别名,我们需要用到ln,使用这个别名和使用原文件是相同的效果; 2.1. 创建和删除 创建:mkdir 删除:rm 删除非空目录:rm -rf file目录 删除日志 rm *log (等价: $find ./ -name “*log” -exec rm {} ;) 移动:mv 复制:cp (复制目录:cp -r ) 查看当前目录下文件个数: $find ./ | wc -l 复制目录: $cp -r source_dir dest_dir 2.2. 目录切换 找到文件/目录位置:cd 切换到上一个工作目录: cd - 切换到home目录: cd or cd ~ 显示当前路径: pwd 更改当前工作路径为path: $cd path 2.3. 列出目录项 显示当前目录下的文件 ls 按时间排序,以列表的方式显示目录项 ls -lrt 以上这个命令用到的频率如此之高,以至于我们需要为它建立一个快捷命令方式: 在.bashrc 中设置命令别名: alias lsl='ls -lrt' alias lm='ls -al|more' 这样,使用lsl,就可以显示目录中的文件按照修改时间排序;以列表方式显示; 给每项文件前面增加一个id编号(看上去更加整洁): >ls | cat -n 1 a 2 a.out 3 app 4 b 5 bin 6 config 注:.bashrc 在/home/你的用户名/ 文件夹下,以隐藏文件的方式存储;可使用 ls -a 查看; 2.4. 查找目录及文件 find/locate 搜寻文件或目录: $find ./ -name "core*" | xargs file 查找目标文件夹中是否有obj文件: $find ./ -name '*.o' 递归当前目录及子目录删除所有.o文件: $find ./ -name "*.o" -exec rm {} \; find是实时查找,如果需要更快的查询,可试试locate;locate会为文件系统建立索引数据库,如果有文件更新,需要定期执行更新命令来更新索引库: $locate string 寻找包含有string的路径: $updatedb 与find不同,locate并不是实时查找。你需要更新数据库,以获得最新的文件索引信息。 2.5. 查看文件内容 查看文件:cat vi head tail more 显示时同时显示行号: $cat -n 按页显示列表内容: $ls -al | more 只看前10行: $head - 10 ** 显示文件第一行: $head -1 filename 显示文件倒数第五行: $tail -5 filename 查看两个文件间的差别: $diff file1 file2 动态显示文本最新信息: $tail -f crawler.log 2.6. 查找文件内容 使用egrep查询文件内容: egrep '03.1\/CO\/AE' TSF_STAT_111130.log.012 egrep 'A_LMCA777:C' TSF_STAT_111130.log.035 > co.out2 2.7. 文件与目录权限修改 改变文件的拥有者 chown 改变文件读、写、执行等属性 chmod 递归子目录修改: chown -R tuxapp source/ 增加脚本可执行权限: chmod a+x myscript 2.8. 给文件增加别名 创建符号链接/硬链接: ln cc ccAgain :硬连接;删除一个,将仍能找到; ln -s cc ccTo :符号链接(软链接);删除源,另一个无法使用;(后面一个ccTo 为新建的文件) 2.9. 管道和重定向 批处理命令连接执行,使用 | 串联: 使用分号 ; 前面成功,则执行后面一条,否则,不执行:&& 前面失败,则后一条执行: || ls /proc && echo suss! || echo failed. 能够提示命名是否执行成功or失败; 与上述相同效果的是: if ls /proc; then echo suss; else echo fail; fi 重定向: ls proc/*.c > list 2> &l 将标准输出和标准错误重定向
grep命令是Linux系统中最重要的命令之一,功能是从文本文件或管道数据流中筛选匹配的行和数据,如果再配合正则表达式,功能十分强大,是Linux运维人员必备的命令
netstat 命令用于显示各种网络相关信息,如网络连接, 路由表, 接口状态等等; 列出所有处于监听状态的tcp端口:
tail -n 2000 表示的是显示文件最后2000行,差别很大,注意灵活使用。
本节将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具: find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk; 提供的例子和参数都是常用的; 我对shell脚本使用的原则是命令单行书写,尽量不要超过2行; 如果有更为复杂的任务需求,还是考虑python吧;
本系列文章一共三篇,分别为《脚本编程与 Linux 命令》、《接入层与网络基础》和《 MySQL 与 SQL 优化》,由腾讯高级工程师 luaruan(阮永顺) 原创、张戈博客整理分享,如有勘误请在博客留言。
[https://www.runoob.com/linux/linux-comm-
继续总结一下linux 的文本处理。包括但不限于awk, sed, paste,split,grep....
Linux常用命令:awk 显示指定行 cat /proc/meminfo |awk 'NR==1' #显示第一行 awk '/^[0-9]/ && NR==1 {print $1}' /data/hostlist # 过来数字开头而且是第一行,打印第一列;&&和
cut 译为“剪切, 切割”,是一个强大文本处理工具,它可以将文本按列进行划分的文本处理。cut命令逐行读入文本,然后按列划分字段并进行提取、输出等操作。
修改工作目录,cd 和 ls 应该是使用最多的两个命令,尤其是对于 Linux 目录结构不熟的用户。
(说明:我们拿到的bed文件时常是客户在Windows系统下编辑好的,其行尾是\r\n,在进行NGS分析前最好将其转换为Unix风格的行尾\n。)
1.在给定文件中查找与条件相符字符串的命令及查找某个目录下相应文件的命令为:(多选)(AC)
写在前面: 博主是一名大数据行业的蒟蒻小白,昵称来源于《爱丽丝梦游仙境》中的Alice和自己的昵称。作为一名互联网小白,写博客一方面是为了记录自己的学习历程,一方面是希望能够帮助到很多和自己一样处于起步阶段的萌新。由于水平有限,博客中难免会有一些错误,有纰漏之处恳请各位大佬不吝赐教!个人小站:http://alices.ibilibili.xyz/ , 博客主页:https://alice.blog.csdn.net/ 尽管当前水平可能不及各位大佬,但我还是希望自己能够做得更好,因为一天的生活就是一生的
“too many open files”这个错误大家经常会遇到,因为这个是Linux系统中常见的错误,也是云服务器中经常会出现的,而网上的大部分文章都是简单修改一下打开文件数的限制,根本就没有彻底的解决问题。
date - print or set the system date and time
如:邮箱的书写格式为:XXXX@XXXX.XXX,此格式即为邮箱地址的正则表达式。
如何获取目标基因的转录因子(上)一文中我们以人类基因组为例,从ensemble网站下载了基因组中基因位置信息矩阵GRCh38.gene.bed和基因组中转录因子结合位点信息矩阵GRCh38.TFmotif_binding.bed)
Linux 三剑客一直以来都是备受赞誉的工具集合。它们分别是:grep、sed 和awk。这三个工具,常常被形容为Linux系统中的"魔杖",因为它们提供了无与伦比的文本处理和分析能力,是每个程序员的得力助手。本文将深入探讨这三个强大的工具,展示它们如何在Linux世界中施展魔法般的力量。
awk、sed、grep是linux操作文本的三大利器,合称文本三剑客,也是必须掌握的linux命令之一。三者的功能都是处理文本,但侧重点各不相同,grep更适合单纯的查找或匹配文本,sed更适合编辑匹配到的文本,awk更适合格式化文本,对文本进行较复杂格式处理。
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为了方便以后工作使用和复习,吐血整理记录一下学习shell脚本的笔记,看这篇文章需要对linux系统熟悉,希望对大家有所帮助!
Linux 系统中文本处理有多种不同的方式,系统为我们提供了三个实用命令,来实现对行列的依次处理功能,grep命令文本过滤工具,cut列提取工具,sed文本编辑工具,以及awk文本报告生成工具,利用这三个工具可以灵活的过滤截取任何系统文本内容。
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AWK是一门解释型的编程语言。用于文本处理,它的名字来源于它的三位作者的姓氏:Alfred Aho, Peter Weinberger 和 Brian Kernighan
Grep是用于快速搜索匹配模式的简单工具,但是awk更像是一种编程语言,用于处理文件并根据输入值生成输出。
简介 本文主要介绍 Linux 系统的两个神级工具:sed 和 awk ,他们是Linux高手们必备的技能,很值得我们去研究的东西。 这里是我在网上书上收集的相关资料,因为这两个工具很有名也很重要,所以这些资料会帮助我更好的了解和熟悉它们。 什么是sed 在《sed and awk》一书中(1.2 A Stream Editor)的解释是: Sed本质上是一个编辑器,但是它是非交互式的,这点与VIM不同;同时它又是面向字符流的,输入的字符流经过Sed的处理后输出。这两个特性使得Sed成为命令行下面非常有用的
/home 普通用户的宿主目录,用户数据存放在其主目录中lib 存放必要 的运行库
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grep (缩写来自Globally search a Regular Expression and Print)是一种强大的文本搜索工具,它能使用特定模式匹配(包括正则表达式)搜索文本,并默认输出匹配行,grep和sed的区别在于,grep是以行为单位,进行字符串的对比,sed则可以进行删除、替换等更多的功能
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