Linux学习系列文章是生信宝典最开始主推的一块,力图从一个新额视角帮助初学者快速入门Linux系统,熟悉Linux下的文件和目录,文件操作, 文件内容操作。而且教程摒弃了完美操作,列举出常见错误和解决方式,管道、标准输入输出解惑Linux下多种信息输出方式。 在文件排序和FASTA文件操作中简述了awk和sed的使用,作为一个引子。本篇则详细列举关于awk常用的操作和一些偏门的操作。 awk基本参数解释 awk擅长于对文件按行操作,每次读取一行,然后进行相应的操作。 awk读取单个文件时的基本语法格式是a
这条命令的作用是将标准输出1重定向到/dev/null中。 /dev/null代表linux的空设备文件,所有往这个文件里面写入的内容都会丢失,俗称“黑洞”。那么执行了>/dev/null之后,标准输出就会不再存在,没有任何地方能够找到输出的内容。
更详细的介绍和安装见推文seqkit:序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能。
它处理文本的速度是快得惊人的,现在很多基于shell 日志分析工具都可以用它完成。特点是设计简单,速度表现很好,本文将介绍awk内置变量。
NR:NR表示从awk开始执行后,按照记录分隔符读取的数据次数,默认的记录分隔符为换行符,因此默认的就是读取的数据行数,NR可以理解为Number of Record的缩写。
#! /bin/bash # 删除文件 和 新建文件 file=readme function delFile(){ if [ -e ./$file ];then rm -f ./$file echo "del $file ..." fi } function addFile(){ if [ ! -f ./$file ];then touch $file echo "add $file ..." fi } delFile addFile
awk -F ‘:’ ‘BEGIN{语句} {if(条件){语句1;语句2;语句3} } END{语句}’ filename
awk不仅仅是linux系统中的一个命令,而且是一种编程语言;它可以用来处理数据和生成报告(excel);处理的数据可以是一个或多个文件;可以是直接来自标准输入,也可以通过管道获取标准输入;awk可以在命令行上直接编辑命令进行操作,也可以编写成awk程序来进行更为复杂的运用。
是这样的,我前两天遇到一个问题,需要排查一下,有个排查需要使用到的命令我死活想不起来。
awk是一个报告生成器,拥有强大的文本格式化能力。它的命名方式也是由三位大佬,分别叫Aho,Weinberger,Kernighan,的三个人,awk命令取得他们的名字首字母。
Linux 的 awk 命令相信不少人都用过,但是真正研究它的人应该不多。因为,我们多数人都是面向百度编程的。今天我们抽个时间,简单的来说一下它。
awk是linux中处理文本的强大工具,或者说是一种专门处理字符串的语言,它有自己的编码格式。awk的强大之处还在于能生成强大的格式化报告。 awk的命令格式如下:
awk(分析&处理) awk是一个数据处理工具,相比于sed常常作用于一整行的处理,awk则比较倾向于将一行分成数个”字段“来处理。
awk 是一个强大的文本分析工具,相对于grep 的查找,sed的编辑,awk 在其对数据分析并生成报告时,显得非常强大,awk 其实是一门语言,”格式扫描和处理语言“,它允许您创建简短的程序,这些程序读取输入文件 ,为数据排序,处理数据,对输入执行计算以及生成报表等。
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扩展 awk 中使用外部shell变量http://ask.apelearn.com/question/199 命令示例:A=44echo "ABCD" | awk -v GET_A=$A '{print GET_A}'
awk在处理文件的时候,常常比编写脚本更加方便,处理速度也更快,下边总结了一些awk的常用用法。
现有如下文本,格式如下:即左边是随机字母,右边是随机数字, 即将相同的字母后面的数字加在一起,按字母的顺序输出
更多请参考:Linux sed 命令在新窗口打开 或者 Linux sed命令详解在新窗口打开
脚本是解决问题的有效方法,而awk是编写脚本的出色语言。 它特别擅长简单文本处理,并且它可以带您完成配置文件的某些复杂重写或目录中文件名的格式重新格式化。
平时的工作中经常碰到很多疑难问题的处理,在解决问题的同时,有一些工具起到了相当大的作用,在此书写下来,一是作为笔记,可以让自己后续忘记了可快速翻阅,二是分享,希望看到此文的同学们可以拿出自己日常觉得帮助很大的工具,大家一起进步。
AWK是一门解释型的编程语言。用于文本处理,它的名字来源于它的三位作者的姓氏:Alfred Aho, Peter Weinberger 和 Brian Kernighan
AWK是一种处理文本文件的语言,是一个强大的文本分析工具。之所以叫AWK是因为其取了三位创始人Alfred Aho,Peter Weinberger, 和 Brian Kernighan 的 Family Name 的首字符。
比较表达式采用对文本进行比较,只有当条件为真,才执行指定的动作。比较表达式使用关系运算符,用于比较数字与字符串
测试文件test.file [root@localhost ~]# cat test.file 111111111111111 222222222222222 333333333333333 444444444444444 555555555555555 666666666666666 777777777777777 888888888888888 999999999999999 1010101010101010 1) 打印奇数行的方法 [root@localhost ~]# sed -n '1~2p' t
本文介绍了如何使用流编辑器sed和编程语言awk对文本进行编辑和处理。首先介绍了流编辑器sed,它是一种非交互式编辑器,可以用于删除、替换和插入文本。然后介绍了编程语言awk,它是一种功能强大的文本处理工具,可以用于各种文本处理任务,包括从文本中提取信息、过滤和转换文本以及处理文本数据。
awk是一种模式扫描和处理工具,相对于grep的查找,sed的编辑,它在对数据进行分析生成报表时显得尤为强大。awk通过逐行遍历一个或多个 文件的方式,查找模式匹配到的行,而后以指定的分隔符(缺省为空格)进行切片,然后针对切片数据进行处理和分析。事实上,gawk有自己的语言,其本身就 相当于一个解释器,允许用户创建简短的程序读取输入文件,对输入数据执行排序、计算以及生成报表操作,甚至可以类似bash shell实现诸如循环、数组、条件判断、函数、变量等功能,进而完成更为复杂的数据分析处理任务。
把这个两个文件都存在的用户的密码输出出来 [root@sentinel student]# head file1 file2 ==> file1 <== oldboy 1234 alex 4567 lidao 9999 ==> file2 <== 001 lidao 002 alex 003 oldboy 004 oldgirl 提示:需要用到如何判断这两个文件不是一个文件。 解题思路 awk 'FNR==NR{h[$1]=$2}FNR!=NR{print h[$2]}' file1 fi
看了网上好多关于AWK内建变量的文章,这里加上个人的理解和记忆,可以让大家掌握这些变量的基本用法。
awk是一个处理文本的编程语言工具,能用简短的程序处理标准输入或文件、数据排序、计算以及生成报表等等。 在Linux系统下默认awk是gawk,它是awk的GNU版本。可以通过命令查看应用的版本:ls -l /bin/awk 基本的命令语法:awk option 'pattern {action}' file 其中pattern表示AWK在数据中查找的内容,而action是在找到匹配内容时所执行的一系列命令。花括号用于根据特定的模式对一系列指令进行分组。 awk处理的工作方式与数据库类似,支持对记录和字段处理,这也是grep和sed不能实现的。 在awk中,缺省的情况下将文本文件中的一行视为一个记录,逐行放到内存中处理,而将一行中的某一部分作为记录中的一个字段。用1,2,3...数字的方式顺序的表示行(记录)中的不同字段。用$后跟数字,引用对应的字段,以逗号分隔,0表示整个行。
这是一篇来源于阿里内部技术论坛的文章,原文在阿里内部获得一致好评。作者已经把这篇文章开放到云栖社区中供外网访问。文章内容做了部分删减,主要删减掉了其中只有阿里内部才能使用的工具的介绍,并删减掉部分只有通过阿里内网才能访问到的链接。
(用sort将a.txt b.txt文件进行排序,uniq使得两个文件中的行唯一,使用-d输出两个文件中次数大于1的内容,即是得到交集)
实例介绍 首先准备一个rumenz.txt文件: $ cat rumenz.txt 1 rumenz.com 2 rumenz 3 入门 4 小站 5 入门小站 6 小站入门 7 门小 8 入站 9 123 10 rumenxiaozhan 如上面的输出所示,我们的rumenz.txt包含十行。 现在,假设我们要从rumenz.txt文件中删除最后三行 ( n=3 ) 。 在本教程中,我们将使用四种技术解决问题: 使用 head命令 使用 wc和sed 命令 使用 tac和sed命令 使
表示从awk开始执行后,按照记录分隔符读取的数据次数,默认的记录分隔符为换行符,因此默认的就是读取的数据行数。
#!/bin/bash /// ./flowdata.log 2017-02-02 15:29:19,390 [views:111:ebitpost] [INFO]- ebitapi: http://218.85.118.8:8000/api/user/query, ebit response: src_ip: 110.86.101.119:63688, content: {"data":{"basic_rate_down":20480,"basic_rate_up":2048,"dial_acct":"f
发现awk比较的时候可以用-代替某一个文件,这样让整个代码更灵活: cat 2.txt | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' 1.txt - 取代第一个文件的位置: cat 2.txt | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' - 1.txt 这样在提取bam文件的信息的时候比较方面,比如: samtools view -@ 8 reads.bam | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' rea
收了本论坛的三个例子 QUOTE: 1、用某一文件的一个域替换另一个文件中的的特定域? http://bbs.chinaunix.net/forum/viewtopic.php?t=50001
平时的工作中经常碰到很多疑难问题的处理,在解决问题的同时,有一些工具起到了相当大的作用,在此书写下来,一是作为笔记,可以让自己后续忘记了可快速翻阅,二是分享,希望看到此文的同学们可以拿出自己日常觉得帮助很大的工具,大家一起进步。 闲话不多说,开搞。
AWK, 数据过滤工具 (类似于grep,比grep强大),属数据处理引擎,基于模式匹配检查输入文本,逐行处理并输出。通常用在Shell脚本中,获取指定的数据,单独使用时,可对文本数据做统计
AWK 专家必备的12个技巧案例1:字符切割案例2:格式化输出案例3:不显示文件最后一行案例4:不显示最后一列案例5:多列求和案例6:求每行最大值/最小值/平均值案例7:awk的三元表达式案例8:打印第一列相同且第二列最大的行案例9:多列比较求最大值案例10:除第一列外所有值求和案例11:构建不同文件相同列的映射关系案例12:行列调换/矩阵转换案例13:不同文件相同字段匹配至同一个文件,空字段补齐
1.其它编程语言数组的下标一般从0开始,awk中数组下标默认从1开始,也可以从0开始设置:
By HKL, on Monday 2021-05-31 15:20, tagged: 🏷️Linux 🏷️Operating 🏷️Networking
http://bbs.chinaunix.net/thread-4157887-1-1.html
注: NR: 表示从所有文件中已读取的行数。 FNR:表示当前文件中已读取的行数。 举个栗子: 有两个文件,第一个文件有10行,第二个文件有15行。在读第一个文件的第5行时,NR=5,FNR=5。在读第二个文件的第8行的时候,NR=18,FNR=8。 所以NR==FNR表示在读取第一个文件。
1. test01 test02 1 200 1 100 2 500 2 300 3 200 3 50 4 100 4 150 输出 200 100 100 500 300 200 300 50 150 100 150 -50 awk 减法数组 awk ‘ NR == FNR { a[NR]=$2 } NR != FNR { print a[FNR], $2,(a[FNR]-$2)} ' /root/test* 2. 123abc456 45
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