我没有Linux、Ubuntu、bash、Perl、Python等方面的背景。我尝试使用以前在这台机器上安装和使用的几个程序,主要是bioperl模块。
似乎旧版本起作用了,但新版本却不行。我可以使用blastall,但不能使用blastn、fastacmd或blastdbcmd,即使这些模块存在并显示为可执行文件。我得到的错误是no such file or dir。
我正在尝试仅从NCBI xml BLAST文件中提取第一个命中。接下来,我只想获得第一个HSP。在最后阶段,我想得到这些基于最好的分数。为了让事情变得清晰,这里有一个xml文件的示例:<!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN" "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dtd/NCBI_BlastOutput.dtd"> <BlastOu