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如何在perl中基于作业名自动执行LSF等待
perl、lsf
我有一段perl代码，我通过LSF bsub命令一次并行提交几个作业，一旦所有这些作业完成，我想提交最后一个作业。例如，我有三个bsub命令，其中前两个bsub命令提交作业t1和t2，第三个命令检查t1和t2是否已完成，并使用-w参数等待它们。system(" bsub -E "xyz" -n 1 -q queueType -J t1 sleep 30")
system("bsub</e
浏览 67提问于2019-08-05得票数 2
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从perl脚本运行bsub命令
perl、shell、lsf
我试图以以下方式从perl脚本中运行bsub命令：但是我认为perl由于"testid::1"中的双引号而感到困惑
浏览 6提问于2014-08-20得票数 1
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LSF (bsub)：如何指定要在所有其他任务完成后运行的单个“结束”作业？
cluster-computing、lsf
基本问题：，我希望将N + 1作业提交到LSF管理的Linux集群中，使(N + 1)-st“结束”作业在所有前面的N个作业完成后才能运行。这个问题(或者至少是标有“基本问题”的部分)比LSF的bsub看起来要处理的要简单得多，所以我很难仔细阅读大量的bsub文档，找出最简单的方法来完成我想做的事情。实现这种安排的最简单的bsub命令是什么？
bsub -q someq ???
浏览 8提问于2012-10-17得票数 8
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在复杂bash表达式中分组命令
bash
我可以访问计算集群(LSF)，向计算节点发送数据的基本方法是：我把这个放在档案里： && make -j8 \但是，我刚刚注意到，实际上只有第一个命令(配置)在集群上运行，其余的两个命令在本地运行。将整个命令分组并将其传递给bsub的最佳方法是什么？
浏览 4提问于2014-08-26得票数 1
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对多行命令使用os.system
python
shell代码如下：#BSUB -e ~/logs/proc.%I.%J.err#BSUB -R "span[hosts=1]"python main.pyfrom os importsystem
system('bsub -n 1
浏览 5提问于2016-02-03得票数 2
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如何检索作业信息LSF存档
linux、lsf
我们在Linux操作系统中通过bsub命令执行作业应用程序。作业完成后，从LSF存档中检索作业信息的命令是什么。我知道有像bacct jobNo这样的命令。但是它不会检索信息。请帮帮忙。
浏览 12提问于2015-06-10得票数 0
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资源需求语法错误
memory、resources、csh、lsf
我正在尝试使用LSF中可用的内存资源分配命令。命令的正常格式是：这是我的剧本：set bsub_option = ( "$bsub_option" "-R" "$tmp") #method2
set cmd = &
浏览 11提问于2012-05-15得票数 0
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通过bsub提交时包含bash脚本参数
bash、shell、batch-processing
/bin/bash --login
#BSUB -J psipred#BSUB -n 64module load compiler/gnu-4.8.0export OMP_NUM_THREADS=4
bsub
浏览 41提问于2015-07-10得票数 6
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如何获取命令的进程id
shell、background-process
我们正在批处理模式下运行一些命令。当现有命令完成后，我们需要执行更多的任务，所以我们需要等到这个命令完成后再执行。例如：wait
您能告诉我们如何获得等待命令中提到的这个作业的进程id，或者等待到现有命令终止时的其他一些选择吗？
浏览 0提问于2014-09-25得票数 1
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在LSF命令中返回管道命令的退出代码
perl、pipe、exit-code、lsf
有很多关于如何返回一个命令的退出代码的问题和答案，但我的案例有点不同……bsub <switches> "command | colorize"bsub <switches> "
浏览 8提问于2015-01-23得票数 1
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bsub命令中的输出重定向
bash、unix
是否可以在bsub命令中使用输出重定向，例如：当前，此bsub执行失败。此外，我逃避重定向标志和括号的尝试都失败了，例如：bsub -q short"cat <\(h
浏览 0提问于2018-05-30得票数 0
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我试图用bsub向LSF调度程序提交命令，但是这个命令包含一个必须引用的参数值，并包含分号。这里有一个简单的命令来说明我的问题它在“第8行: bar:命令未找到”中失败，所以我想我可以转义分号，但是导致相同的错误，因此
bsub -o t.o -e t.e echo
浏览 3提问于2015-06-05得票数 5
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传递提交给bsub的命令行内变量的内容
bash、unix
如果我执行以下命令：此bsub提交工作正常，生成的Output.txt文件为：因此，bsub知道如何使用在bsub之外赋值的变量。为了便于学习，我想知道如何在bsub命令中创建新的变量，并将外部生成的
浏览 6提问于2015-11-27得票数 1
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UNIX和LINUX bsub命令-W限制
linux、bash、unix、lsf
我试图提交10个作业使用bsub命令在一个特定的位置。> -J "Array_#4[1-10]"\-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=我不知道为什么会出现这样的错误，因为我显然限制了在最后一行使用-W命令
浏览 15提问于2021-12-15得票数 1
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将参数传递给脚本，然后将脚本重定向为bsub的输入。
scripting、io-redirection、arguments、platform-lsf
我目前正在使用平台LSF的bsub作业提交系统。我需要提交作业脚本，但在向作业脚本传递参数时遇到了问题。另一种方法：bsub < "script.bsub 1"这种方法使bsub将整个双引号行视为文件名。是否有一种方法可以先将命令行参数应用于脚本，然后将带有参数的脚本重定向到另一个程序作为输入？如果有人有使用bsub的经验，那就更
浏览 0提问于2014-07-14得票数 5
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在单个bsub命令中应用Bourne背景符号
linux、bash、shell、ampersand、lsf
我想使用Bourne背景代码，并将其作为bsub执行命令的一部分。
注意，我不想使用.bash文件，而是使用一个bsub命令行来执行整个过程。请注意，我也不希望将bsub内容拆分为几个相互等待的bsub命令，而是将一些内部unix命令包装到单个bsub命令行中，这些命令使用Bourne背景符号互相等待。下面的尝试只产生第一个内部命令( liftOver命令)的输出
浏览 8提问于2016-02-23得票数 3
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Bash解决方法，在注释中打印环境变量
bash、makefile
/bin/bash#BSUB -n 32 # number of cores injob
#BSUB -o output.
浏览 17提问于2017-01-27得票数 0
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KeyError脚本中用于生成Bash脚本的
python、bash、awk、keyerror
/bin/bash#BSUB -e /scratch/username/renaming_SNPs/renaming_{line}.err#BSUB -n 8
#BSUB -R "span[ptile=
浏览 3提问于2017-11-30得票数 0
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但是，我无法在参数中使用LSB_JOBINDEX：它只作为初始命令字符串的一部分工作。例如，在bash中，我使用了test命令： 'echo $LSB_JOBINDEX' \ \$LSB_JOBINDEX \ "\$LSB_JOBINDEX"
例如，<e
浏览 2提问于2019-04-02得票数 1
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BSUB很多matlab作业到一个集群？
linux、bash、matlab、cluster-computing、lsf
/bin/bash#BSUB -J matlab.01#BSUB -n 32#BSUB-W 20:00#BSUB -e %J.err
# th
浏览 9提问于2015-12-17得票数 2
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