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沙龙
1
回答
如何解决Java未找到类的异常?
java
、
python
、
bioinformatics
、
fastq
我是生物信息学的新手,我正在尝试运行一个使用程序
FastQC
v0.11.3的管道。我在本地
linux
服务器上下载了该程序(没有sudo权限)。据我所知,
FastQC
是一个java编写的程序,需要Java 1.6或更高版本。当我检查我的Java版本java -version时,它返回:openjdk version "11.0.6" 2020-01-14 LTS 但是当我尝试运行
fastqc
时,无论是在我的流水线中还是单独运行: java.lang.ClassNotFoundException: uk.
浏览 35
提问于2020-05-19
得票数 0
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2
回答
运行依赖于java的程序不起作用
java
、
linux
、
ubuntu
、
bioinformatics
例如,对于
fastqc
软件:
fastqc
: /usr/bin/
fastqc
/usr/bin/X11/
fastqc
/usr/share/
fastqc
/usr/share/man/man1/
fastqc
.1.gz li
浏览 2
提问于2016-06-13
得票数 0
1
回答
无法在HPC上的SLURM作业中使用Java
java
、
bash
、
slurm
、
hpc
、
sbatch
我试图在
Linux
上运行一个简单的脚本,在该脚本中,我遍历了大量的RNA-seq文件,并希望调用基于
fastQC
的程序,它是基于每个文件的。在脚本中,我调用了一个运行Java程序的包装器脚本。end#SBATCH --partition=serial_stddone echo "
fastQC
is
浏览 5
提问于2022-03-08
得票数 1
1
回答
如何创建针织品报表,在文件夹中循环并返回表和绘图
r
、
loops
、
latex
、
knitr
############## ## plot stats and xtable(fastq.lib) stats.path <- paste(fqc.folder, "/&
浏览 1
提问于2013-10-22
得票数 2
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1
回答
从Bash的文本文件创建作业数组
bash
我正在尝试创建一个同时运行的作业数组,从文本文件"somemore.txt“中获取每一行,其中我有一些我想要通过程序"
fastqc
”运行的文件的目录。脚本是这样的:cd /emc/cbmr/users/czs772//home/czs772/
FastQC
/
fastqc
$FILENAME
浏览 2
提问于2021-02-03
得票数 0
2
回答
用
conda安装构建Docker映像
docker
、
conda
我试着
用
conda建立一个码头形象,这就是我到目前为止所得到的,ENV PATH="/root/miniconda3/bin:${PATH}" https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-
Linux</
浏览 10
提问于2021-03-04
得票数 0
2
回答
zcat读取gzip文件,然后在Perl中将它们连接起来。
perl
、
concatenation
、
gzip
、
zcat
Filelist.txt \n";use File::Slurp; for my $
fastqc
_file (@
fastqc
_files)
浏览 0
提问于2015-12-01
得票数 0
1
回答
请解释一下为什么我在蛇形蛋糕上会有这个错误?我已经胡思乱想好几天了,请告诉我出了什么问题。
python
、
pipeline
、
wildcard
、
snakemake
、
rna-seq
我
用
snakemake编写了这个管道,以处理我的fastq文件并获取原始计数,但由于某些原因,我在最后一条规则(特性计数)中不理解这个错误: expand("rawQCexpand("trimmedQC/
浏览 7
提问于2022-07-03
得票数 0
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1
回答
蛇形规则错误。如何选择规则顺序?
snakemake
home/baelab2/miniconda3/envs/snakemake/lib/python3.10/concurrent/futures/thread.py", line 58, in run expand("qc/
fastqc
/{sample}_
浏览 12
提问于2022-07-18
得票数 1
1
回答
Snakemake不识别多个文件作为输入
python
、
shell
、
yaml
、
bioinformatics
、
snakemake
我想用
FastQC
对一些RNA-Seq散装样品进行质量控制.我编写代码的方式是,所有遵循模式{sample}_{replicate}.fastq.gz的文件都应该用作输入,其中{sample}是示例idconfigfile: "config.yaml" input: expand("raw_qc/{sample}_{replicate}_
fastqc
.{extension}", sample=config["samples"], replicate=[1,
浏览 4
提问于2022-04-04
得票数 2
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2
回答
使用Nextflow和Docker的FileNotFoundException (权限被拒绝)
docker
、
permissions
、
nextflow
虽然其中一些进程运行良好,但其中一个进程出现错误: java.io.FileNotFoundException: file_
fastqc
.zip (Permission denied)java.iat uk.ac.babraham.
FastQC
.Report.HTMLReportArchive.<init>(HTMLReportArchive.java:80) at uk.ac.babraham.
FastQC
.Analysis.
浏览 111
提问于2020-01-18
得票数 1
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1
回答
如何将正则表达式作为参数python传递
python
、
regex
、
arguments
、
optparse
我有一个包含多个文件的
linux
文件夹: Sample_6_5_control1.fastq我想向我的python脚本传递一个正则表达式(regex)来描述它们中的一些,例如 python Syncit.py -I /Files_samples
浏览 34
提问于2017-01-16
得票数 0
1
回答
ValueError: Pycharm中非包中的相对导入尝试
python
、
python-2.7
、
pycharm
in <module>ValueError: Attempted relative import in non-package ├── README.rst│ ├── __init__.py│ ├── cli.py我错过了什么?
浏览 5
提问于2016-12-14
得票数 2
1
回答
Formik + Yup,数组被转换为对象,然后验证失败
javascript
、
reactjs
、
formik
、
yup
: { [ "type": "samplemeta", "key": "
fastqc
\"0\": {\n \"type\": \"\\\"samplemeta\\\"\",\n \"cmp\": \"\
浏览 18
提问于2020-07-08
得票数 0
回答已采纳
2
回答
在bash中执行字符串中的命令
bash
、
fastq
我该
怎么
做呢?很抱歉问了这么基本的问题,但我是bash的新手。这是我的代码:我想要执行end_cm1变量中的指令。
浏览 1
提问于2012-06-18
得票数 0
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1
回答
conda创建NGS环境,sra-tools
fastqc
multiqc samtools bowtie2 hisat2子读
installation
、
anaconda
、
conda
、
bioinformatics
、
apple-m1
虽然所有的包都可以通过生物can获得,但我唯一能添加到我的env的是
fastqc
和multiqc。在此之前,我可以
用
miniconda3在基本env中安装sra-tools和
fastqc
。我
用
anaconda的清理过程卸载了miniconda,在那之后,我还删除了我最初安装的应用程序文件夹中的python 3.9.5,这是在我认识conda之前就开始学习的。**Env creation command and console output:** (基地) mymac:~ D____$ cond
浏览 27
提问于2022-06-19
得票数 1
2
回答
Linux系统怎么通过远程桌面连接?
linux
图片剪头指的地方输入不了 按回车后输入 又立刻跳出来下面那些图片
浏览 448
提问于2016-02-15
1
回答
在perl中动态创建文件
perl
、
directory
当我运行我的代码时,我会得到以下错误:sh:1: cannot create /destination/
Fastqc
.R2.fastq.gz: Directory nonexistentsystem("zcat $parent/$_/
浏览 3
提问于2013-08-26
得票数 0
回答已采纳
1
回答
构建Docker镜像
docker
、
nextflow
& rm -rf /var/lib/apt/lists/* https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-
Linux
-x86_64.sh \ && bash Miniconda3-latest-
Linux
-x86_64.sh -b \ &&
浏览 63
提问于2021-03-24
得票数 1
1
回答
Perl6安装失败,没有注册的操作处理程序
raku
install/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/illumina/runs/RNASeq/stringtie-1.3.3b.
Linux
_x86_64:/illumina/runs/RNASeq/subread-1.6.0-
Linux
-x86_64/bin:/illumina&
浏览 9
提问于2019-01-22
得票数 8
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