前面我们简单介绍过什么是gmt文件，基因矩阵转置文件格式（* .gmt）。今天我们就用R来去读gmt文件。...首先我们从GESA(https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp)的官网上，下载一个gmt文件。...这里以KEGG的gmt文件为例，其他gmt文件的读取方法一样。 ? c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt这个文件里面保存的是基因的名字， ?...而c2.cp.kegg.v7.0.entrez.gmt这个文件里面保存的是基因的Entrez gene id， ?...下面我们会用两种不同的方法来将KEGG symbol的gmt文件读到R里，并转换成列表。由于gmt文件的每一行都是不一样长的，所以传统的read.table在这里是毫无用武之地的。
欢迎订阅微信公众号:『气象学家』 阅读建议 仅仅就macOS安装GMT5为例来展开，Linux平台和GMT6暂时不介绍。 后续会增加更多气象领域的更多应用实例。.../) GMT安装,以macOS为例 安装 Homebrew: $ /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com.../Homebrew/install/master/install)" 安装 GMT: $ brew update && brew upgrade $ brew install gmt 安装...ghostscript: $ brew install ghostscript 测试安装是否成功: $ gmt --version 5.4.5 如果是使用的dmg安装包安装的话， 1...GMT 默认会安装到 /Applications/GMT-5.4.5.app/ 目录下。
UTC（Coordinated Universal Time，世界协调时间） 多数的两地时间表都以GMT来表示，但也有些两地时间表上看不到GMT字样，出现的反而是UTC这3个英文字母，究竟何谓UTC？...”为单位的国际原子时所综合精算而成的时间，计算过程相当严谨精密，因此若以「世界标准时间」的角度来说，UTC比GMT来得更加精准。...所以基本上UTC的本质强调的是比GMT更为精确的世界时间标准，不过对于现行手表来说，GMT与UTC的功能与精确度是没有差别的。...一个简单的时间转换，如北京东8区为例： GMT + 8 = UTC + 8 = CST GMT与UTC区别 GMT和UTC都以伦敦格林威治时间为准，不同点是UTC比GMT更精准！...在UTC中，每一年或两年会有一个“闰秒”，而我们一般不理会这个“闰秒” 参考推荐： GMT，UTC，DST，CST时间表示的区别 UCT和GMT时间 双重标准？ Retina屏科学原理
GMT GMT是指格林尼治标准时间，它对应位于英国伦敦郊区的皇家格林威治天文台的标准时间。 理论上来说，格林威治标准时间的正午是指当太阳横穿格林威治子午线时（也就是在格林威治上空最高点时）的时间。
GMT-格林尼治标准时 GMT 的全名是格林威治标准时间或格林威治平时 （Greenwich Mean Time），这个时间系统的概念在 1884 年确立，由英国伦敦的格林威治皇家天文台计算并维护，并在往后的几十年往欧陆其他国家扩散...在刚开始的几十年，GMT 的测量方法非常简单：观测者随时监控太阳在天空的位置，并且把每天太阳爬升到仰角最高的时候记录下来，这个时间点称呼为“过中天”。...这个就是 GMT。 GMT 12:00 就是指的是英国伦敦郊区的皇家格林尼治天文台当地的中午12:00，而GMT+8 12:00，则是指的东八区的北京当地时间的12:00。...如果上述时间指的是纽约时间，那么纽约是GMT-5，所在地北京GMT+8，相差13个小时,转换成北京时间为2019年2月1号09:00。...如果上述时间指的是东京时间，那么东京是GMT+9，所在地北京GMT+8，相差1个小时,转换成北京时间为2019年2月1号21:00。
R里面，就可以自己写一个函数，比如 write.gmt 进行输出到gmt文件（本质上仍然是文本文件）： library(msigdbr) all_gene_sets = msigdbr(species...(gs,file) 读取gmt文件 假如你拿到了gmt文件，很容易读取它并且去做分析，下面有两个不同包的函数： file="Homo-H-examp.txt" gmt <- GSEABase::getGmt...( file ) #GeneSetCollection 对象 gmt clusterProfiler::read.gmt( file ) # 普通数据框 跨越gmt文件 其实完全没必要写出gmt文件...和GSEA 首先呢，clusterProfiler重新改写了gmt文件和做gsea的方法，所以代码稍微有一点点不同。...安装方法非常简单： install.packages("msigdbr") 包括H和C1-C7八个系列（Collection），每个系列分别是： H: hallmark gene sets （癌症）特征基因集合
gmt文件可能对于很多人来说比较陌生，但是对于使用GSEA（https://www.gsea-msigdb.org/）做过基因富集分析的人应该并不陌生。...gmt（Gene Matrix Transposed，基因矩阵转置）文件，里面保存的是一些基因列表的信息。每一行代表一个基因列表，基因之间以制表符隔开。下面是一个gmt文件的示例。...下期我们将来谈谈如何用R读取gmt文件，为后续富集分析做准备。
的下载地址 https://mirrors.edge.kernel.org/pub/software/scm/git/ http://mirrors.jenkins.io/war-stable/ 找到对应想安装的版本...下载下来 git使用make命令进行编译，可以指定路径也可以不指定目录 默认安装到了，usr/local/bin下面了，然后在root下加上软连接 ln -snf /usr/local/bin/git
linux下，如何安装rpm命令？ 更新时间：2019-05-20 07:50 最满意答案 rpm默认就安装在了发行版本里，比如RedHat和centos。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具，它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具，它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具，它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...rpm软件包的信息 2 查询rpm软件包安装文件的信息 3 安装rpm软件包到当前linux系统 4 从linux系统中卸载已安装的rpm软件包 5 升级当前linux系统的rpm软件包 (1)#rpm
Linux的使用相信大家都要用到java吧！...在使用java前我们得先安装jdk以及配置环境变量等工作；下面小编给大家分享关于Linux安装jdk的详细步骤： 一、登录虚拟机进入终端切换到root用户，输入：su 接着输入密码 再输入：cd … 回到...root用户 二、查看Linux系统是否有自带的jdk： 1、输入：java -version 2、发现有输入：rpm -qa | grep java 检测jdk的安装包，（注意：rpm命令符没有时记得下载一个输入...六、下载完后用FileZilla文件传输器，把jdk安装包传到虚拟机对应的文件夹当中；或者直接在Linux下载即可 七、在终端进入对应的文件的目录，进一步解压，输入tar -zxvf...、输入：javac 3、输入：java 到此Linux安装jdk就完成啦！
linux安装Node.js（详细）Node.js安装教程 文章目录 linux安装Node.js（详细）Node.js安装教程 1：下载 2：解压 3：移动目录 1：创建目录 2：移动目录并重命名 4...：设置环境变量 5：刷新修改 6：安装完成，查看版本号 1：下载 wget https://nodejs.org/dist/v14.17.4/node-v14.17.4-linux-x64.tar.xz...更多版本选择： ===》更多nodejs版本下载 2：解压 tar xf node-v14.17.4-linux-x64.tar.xz 可以查看当前目录下的文件，执行：ls （命令） 解压成功后可以选择删除压缩包...：rm -rf node-v14.17.4-linux-x64.tar.xz 其中：-f 会提醒是否删除 ；-rf 会强制删除，不会提醒。...5：刷新修改 source /etc/profile 6：安装完成，查看版本号 node版本号： node -v npm版本号： npm -v 注意：配合pm2使用npm可以让程序在后台运行。
linux安装.net 下载.net https://dotnet.microsoft.com/download/thank-you/dotnet-sdk-2.1.4-linux-x64-binaries...下载安装包后执行命令： dotnet-sdk-2.1.302-linux-x64.tar.gz yum install libicu -y cd /root ln -s /data1/soft /data.../soft tar zxvf dotnet-sdk-2.1.302-linux-x64.tar.gz -C /data1/soft/dotnet/ echo 'export DONET_ROOT=$PATH
1、安装zookeeper，将zookeeper上传到三个服务器，保存在/usr/local/zookeeper目录下，解压tar包 tar -xzvf zookeeper-3.4.6.tar.gz...ZOOKEEPER=/usr/local/zookeeper/zookeeper-3.4.6 PATH=PATH:ZOOKEEPER/bin 并执行 source /etc/profile 6、安装成功
本章节我们将为大家介绍 Linux 的安装，安装步骤比较繁琐，现在其实云服务器挺普遍的，价格也便宜，如果直接不想搭建，也可以直接买一台学习用用，参考各大云服务器比较。...-1503-01.iso : 网络安装镜像（从网络安装或者救援系统） CentOS-7.0-x86_64-Everything-1503-01.iso: 对完整版安装盘的软件进行补充，集成所有软件。...64位Linux系统。...旧版本下载地址：https://wiki.centos.org/Download 接下来你需要将下载的Linux系统刻录成光盘或U盘。...注：你也可以在Window上安装VMware虚拟机来安装Linux系统。 ---- Linux 安装步骤 1、首先，使用光驱或U盘或你下载的Linux ISO文件进行安装。 界面说明： ?
文章目录 一、下载Python包 二、安装依赖环境 三、安装Python3 四、建立Python3和pip3的软链 五、检查是否安装成功 ---- 【Python测试交流群:8140 78962】 --...所以这里建议通过国内镜像进行下载 例如：淘宝镜像 http://npm.taobao.org/mirrors/python/ ---- 大部分版本和各系统包都提供，这里的教程用Python3.9.6来举例： 1）Linux...可以通过wget命令进行下载（在任意目录执行下面的命令,如果找提示找不到wget可以使用yum -y install wget进行安装）： wget http://npm.taobao.org/mirrors.../python/3.9.6/Python-3.9.6.tgz ---- 2）如果没有wget又不想额外安装的话可以先通过网页下载到本地，然后上传到Linux服务器： ---- 二、安装依赖环境 1...gcc：yum install gcc 3.Python3.7版本之后需要安装libffi-devel：yum install libffi-devel -y ---- 三、安装Python3 1.创建
官方下载: 最新版下载地址: http://nodejs.cn/download/ v14.3.x 下载地址： https://nodejs.org/download/release/v14.3.0/ 安装...Node环境 我们下载Linux 二进制文件进行安装： # 下载 wget https://nodejs.org/download/release/v14.3.0/node-v14.3.0-linux-x64....tar.gz ## 解压 tar -xzf node-v14.3.0-linux-x64.tar.gz ## mv node-v14.3.0-linux-x64 /usr/local/node 环境变量配置...NODE_HOME=/usr/local/node export PATH=$PATH:$NODE_HOME/bin 查看是否生效 source /etc/profile ## $ node -v v14.3.0 安装...安装方式如下: $ npm install -g cnpm --registry=https://registry.npm.taobao.org npm WARN deprecated request@
wget命令是linux系统下的一个常用命令。下面由学习啦小编为大家整理了linux安装wget命令的相关知识，希望大家喜欢!...linux安装wget命令方法一 debian 或者 ubuntu : sudo apt-get install wget centos : sudo yum -y install wget linux...安装wget命令方法二 我们先安装linux系统比如centos7.1里面有的就没有wget下载工具。...07-30 03:09:43 (1.50 MB/s) – ‘lanmp_laster.tar.gz’ saved [81312101/81312101] [root@localhost ~]# 这个命令安装
1、先去官网下载好对应的linux版本的压缩包，https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#java8 2、将压缩包通过ftp进行上传至服务器...3、进入目录，进行解压 cd /压缩包目录 tar -zxvf jdk-8u131-linux-x64.tar.gz 4、进入环境变量文件 vi /etc/profile 5、增加环境变量 //JAVA_HOME...JAVA_HOME=/usr/local/java/jdk1.8.0_181 export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH 6、配置文件生效 source /etc/profile 7、查看是否安装成功
一、下载安装 mariadb是属于mysql的一个分支，是其创始人在mysql被卖给oracle之后重新分出来的，maria取自于他女儿的名字。...-10.5.0-linux-systemd-x86_64.tar.gz 1 wgethttps://downloads.mariadb.com/MariaDB/mariadb-10.5.0/bintar-linux-systemd-x86..._64/mariadb-10.5.0-linux-systemd-x86_64.tar.gz 首先把安装包下载到本地，然后解压到/usr/local目录： tar -zxvf mariadb-10.5.0...-linux-systemd-x86_64.tar.gz -C /usr/local/ ln -s /usr/local/mariadb-10.5.0-linux-systemd-x86_64/ /usr...Examinethelogsin /udata/mariadbformoreinformation. … 说明系统缺少组件库libaio，需要安装手动安装： # centos yum install libaio
二、下载RabbitMQ所需要的安装包，即Erlang 和 RabbitMQ 1、RabbitMQ是Erlang语言编写的，所以在安装RabbitMQ之前，需要先安装Erlang。...RabbitMQ downloads链接并点击，进入到RabbitMQ的下载页面 6、在右边的In This Section 下找到 Install：Generic binary build下载链接并点击，进入到Linux...Download下的 rabbitmq-server-generic-unix-3.7.16.tar.xz下载链接并点击，开始进行下载RabbitMQ 三、把下载好的RabbitMQ 和 Erlang上传到Linux...服务器上 1、打开WinSCP，把我们下载好的RabbitMQ 和 Erlang安装包，上传到Linux的 /mnt/ 文件目录下 2、使用putty连接到我们的Linux服务器，进入到/mnt/ 文件目录中...PID file not written; -detached was passed. 5、在浏览器的地址栏中输入你 服务器的ip地址:15672，即可访问RabbitMQ的管理登录界面，例如我的Linux
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