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1
回答
如何通过git为
Gromacs
建立"Drude模型“
、
、
我可以在
Linux
(OS7)中安装任何版本的
Gromacs
:$cd grommacs-5.0.7$ccmake$make 然后设置.bashrc 本网页为
gromacs
提供了安装"Drude“的功能,以及如何通过git为
gromacs
$git clone git://git.<
浏览 2
提问于2017-06-22
得票数 2
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1
回答
gromacs
编译提供了未定义的引用错误。
、
我想在我开放的suse 12.3平台上使用
gromacs
,但是它有问题。/x86_64-suse-
linux
/bin/ld: /usr/local /
gromacs
/lib/libgmx.a(pthreads.c.o): undefined reference/x86_64-suse-
linux
/bin/ld: note: 'pthread_getaffinity_np@@GLIBC_
浏览 1
提问于2013-08-26
得票数 0
1
回答
Linux
上缺少适用于
GROMACS
的
Linux
可执行文件
、
、
我正在尝试为我的硕士项目在
Linux
上安装
GROMACS
。我已经按照本指南中给出的说明进行了,我已经接近最后一步,运行这行代码: sudo cmake ..See also "/home/er/Downloads/GromacsDownload/
gromacs
-2020/build/CMakeFiles/CMakeError.log".这是我第一次使用
GROMACS
,
Linux
,并以这种方式安装软件。所以,
浏览 103
提问于2021-02-14
得票数 0
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1
回答
需要在GPU上进行非键合交互,但这些模拟设置不支持
、
、
、
、
当我在GPU上运行
Gromacs
时,我会得到这个错误:问题在哪里?谢谢Executable: /opt/
Gromacs
-5.1.4/bin/gmxWorking dir: /home/
linux
/Downloads/test gmx
浏览 0
提问于2018-10-11
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1
回答
GROMACS
OpenCl生成错误:检测到HWLOC标头和库之间的版本不匹配
、
、
我首先用conda下载了
GROMACS
,但发现它不能识别我的GPU。我的系统运行的是ubuntu 19.10和ryzen 3600x & Radeon RX Vega 56。我尝试自己编译
gromacs
,遵循http://manual.
gromacs
.org/documentation/2019-rc1/install-guide/index.html上的说明,并使用以下cmake-DGMX_GPU=on -DGMX_USE_OPENCL=on,但我有错误的"hw
浏览 28
提问于2020-04-05
得票数 0
2
回答
CMake错误:源目录“/home/name/ does”似乎不包含CMakeLists.txt
、
我想安装
Gromacs
,并且我遵循了从这个到它告诉我输入以下命令的步骤: 名称@myname:~/下载/
gromacs
另见"/home/name/Downloads/
gromacs
-5.1.1/build/CMakeFiles/
浏览 1
提问于2018-03-22
得票数 1
2
回答
Ubuntu中运行
GROMACS
的问题
、
、
、
我刚刚使用以下命令在Ubuntu (16.04)上安装了
gromacs
(Version5.1.2):但我不能运行这个程序。usr/bin/gmx我的计算机处理器类型是x86-64.我还尝试从http://www.
gromacs
.org/Downloads手动安装
gromacs</em
浏览 0
提问于2017-02-03
得票数 2
2
回答
从我的python脚本加载集群上的环境模块
、
例如,稍后我希望能够使用需要intel/2016.4的
gromacs
版本,但它失败了。 我有点困惑,因为我以为我可以通过Popen使用bash命令,而'module load‘是一个bash命令。
浏览 27
提问于2019-01-10
得票数 2
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1
回答
主工人系统中支持MPI应用程序的HPC SLURM和批处理调用
、
、
、
、
外部可执行文件(
Gromacs
)本身是启用MPI的。将有25名工人和许多批次的计算。
浏览 4
提问于2021-02-16
得票数 2
回答已采纳
3
回答
nvcc致命:安装cuda9.0时不支持gpu架构'compute_20‘
、
、
、
安装
GROMACS
-5.1.2时出现问题。该错误说明不支持gpu架构'compute_20‘。我有CUDA9.0、g++4.9.3和GTX1080图形处理器。我现在该怎么做?有什么问题吗?[ 0%] Built target fftwBuild [ 1%] Building NVCC (Device) object src/
gromacs
/CMakeFiles/libgromacs.dir/build-
gromacs
/src/
gromacs
&
浏览 2
提问于2017-11-06
得票数 1
1
回答
TypeError:预期的字符串或缓冲区
、
re.compile(r'gaussian').search(data_str): elif re.compile(r'
gromacs
').search(data_str): else: cleaned_str = 'ns'
浏览 3
提问于2017-05-22
得票数 0
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1
回答
如何修复“无法找到-lccp4c”来安装密度合适的
Gromacs
?
、
、
、
、
我正在尝试安装
gromacs
5.0.7,并按照这个链接底部提供的协议:https://www.mpibpc.mpg.de/grubmueller/densityfitting,自动配置[ 97%] Building C object src/
gromacs
/CMakeFiles/libgromacs.dir/utility/baseversion-gen.c.o/lib/
浏览 0
提问于2019-07-03
得票数 1
1
回答
如何安装
gromacs
4.5.5并升级到
gromacs
4.6.3?
因此,我尝试安装
gromacs
4.6.3和4.6.5。而且"genbox“程序目前还没有安装。您可以通过键入: sudo apt-get install
gromacs
来安装它。 所以我就这么做了。我现在拥有的是
gromacs
4.5.5。
浏览 0
提问于2014-01-14
得票数 1
1
回答
如何在python中使用连续循环来改变目录?
/
gromacs
.sh') print(os.getcwd()) os.chdir('/home/abhi/screening/without
浏览 18
提问于2019-04-18
得票数 0
1
回答
GROMACS
4.6,Ubuntu
在Ubuntu软件中心有
Gromacs
4.6吗?我看了一眼,却找不到。非常感谢
浏览 0
提问于2013-06-30
得票数 0
1
回答
Gromacs
5.0.2安装
我是
Gromacs
的初学者,我试着安装5.0.2版本并执行所有步骤,而且我几乎相信在命令pdb2gmx之后已经成功地安装了它。但是又有一天,我打开了终端,在-version命令之后,我遇到了这个错误:
gromacs
版本是4.6.6!我该怎么办?耽误您时间,实在对不起
浏览 0
提问于2014-12-16
得票数 0
1
回答
对循环文件应用预定义过滤器
、
、
例如,我有一个复杂名称的文件,其中关键字出现在不同的部分:08_29_2017.
gromacs
_AT1_dry_Apo.1rep.step7_1.pdb08_30_2017.
gromacs
_AT1_wat_Na.2rep.step7_1.pdb08_30_2017.
gromacs
_AT1_wat_N
浏览 2
提问于2017-09-01
得票数 1
2
回答
我想在我的
Linux
Mint上安装G++,但无法这样做
、
、
我想在
Linux
mint上安装g++来使用
GROMACS
。
浏览 4
提问于2020-03-10
得票数 0
1
回答
dyld:库未加载-如何正确使用ln -s?
我刚刚从维修店拿回了我的MacBook,虽然(几乎)一切都很好,但我不能启动
Gromacs
来运行一些模拟:(dyld: Library not loaded: /usr/local/lib/libfftw3f.3.dylib Reason: image not found Trace
浏览 15
提问于2016-12-02
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1
回答
在ubuntu 16.04安装
gromacs
和VMD
、
我在ubuntu15.10中安装了
gromacs
和vmd,它们工作得很好。但是,在我升级到ubuntu14.04之后,我无法再次安装它们,vmd不可能被提取。在安装
gromacs
之前,我安装了cmake和FFTW。我可以看到cmake已经安装,但是
gromacs
并不存在。现在我升级到了ubuntu 16.04,但仍然不能安装它们。
浏览 0
提问于2016-04-27
得票数 0
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