https://www.oracle.com/java/technologies/javase/javase-jdk8-downloads.html
这里就是{1..25}语法,是shell的扩展,shell扩展有以下几种,并按以下顺序处理,当然如果没找到匹配的扩展格式,那就不处理:
常用压缩格式:.zip, .gz ,.bz2,tar.gz, .tar.bz2 Linux中常用的软件包都是用红色展示的 压缩文件不一定比原文件小,因为压缩文件还包括压缩格式,当原文件比较小时,压缩文件可能会比原文件大
bed格式文件至少包括前3列,分别是:染色体的名字、染色体上的起始位置、染色体上的终止位置。这一步无论用写字板、excel、R等进行处理都可以,文件的后缀名也不重要,因为强行将文件后缀改为bed时,在后面的Linux系统中进行bedtools处理时也会报错。所需的bed格式文件参见下图。
1. 压缩格式的介绍 Linux默认支持的压缩格式: .gz .bz2 .zip 说明: .gz和.bz2的压缩包需要使用tar命令来压缩和解压缩 .zip的压缩包需要使用zip命令来压缩,使用unzip命令来解压缩 压缩目的: 节省磁盘空间 2. tar命令及选项的使用 命令 说明 tar 压缩和解压缩命令 tar命令选项: 选项 说明 -c 创建打包文件 -v 显示打包或者解包的详细信息 -f 指定文件名称, 必须放到所有选项后面 -z 压缩或解压缩(.gz) -j 压缩或解压缩(.bz2) -x
GEMMA (Genome-wide Efficient Mixed Model Association) 是基于混合模型进行全基因组关联分析的工具。运行速度非常快,结果准确,使用也十分方便,非常适合初学者做GWAS分析。
此包,是让一些人需要在VPS上DD,修改默认网络这些。 适合那些VPS商家没有给你的VPS自动DHCP分配的,你需要先在linux环境记录你这VPS网络这些,然后操作。
linux下经常使用tar来打包文件,这样做的原因是tar打包可以保持原有文件夹的属性,比如可执行或者可读可写等。
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19年开学的时候是打算自学,偶然间发现生信技能树,然后在b站上看了生信技能树的视频,基础不够,看了一部分R语言的相关视频就没有继续看下去了。我在天津上学,一开始还想等生信技能树来天津然后报线下课,由于这次疫情的我,有机会上了线上班。我是第五期学员,现在已经是上完课的状态,虽然自己上完课了依旧很菜,但是至少让我有勇气,有底气觉得自己有一点点入门的希望,有可以让自己继续学下去的勇气。也把如此好的课程推荐给大家,生信技能树官方举办的学习班:
大家好,我是邓飞。前一段时间有小伙伴在星球提问:想将不同版本的SNP数据合并,不想重新call snp,想把绵羊的V2和V4版本的数据合并,具体来说,是V2转为V4然后与V4合并。
由于换行符(为不可见字符),在 Windows 为 CR+LF(Carriage-Return+Line-Feed:回车加换行),而在 Linux/Unix 上为 LF(换行)。因此在linux 编辑的文本,在windows 显示会是没有换行的。
OTA(Over-the-Air)是一种通过无线通信网络(如Wi-Fi、蜂窝网络)远程下载和安装设备固件或软件更新的方式。这种方式广泛应用于智能手机、物联网设备、汽车电子等领域。 小米发烧友估计对此并不陌生,线刷、卡刷、各种系统的刷机包,最近的澎湃OS不知道各位米友试着刷了没有。当然还有路由器、汽车,甚至台灯等各种智能家居,都是通过OTA的方式进行升级更新。 这里笔者通过两个固件解压包分析案例,来学习固件安全相关内容。
Linux操作系统广泛应用于服务器和开发环境中,而在Linux系统中经常会遇到以.Z为扩展名的压缩文件。.Z是一种使用Unix标准的压缩格式,通常由compress工具创建。本文将详细介绍在Linux中如何解压缩.Z文件,以及相关的基本知识和实用技巧。
Annovar是一款对基因组数据进行注释的软件。所谓注释,可以这样简单理解:我们知道二代测序下机后的序列经过比对后,会得到一系列变异数据,这些变异数据只是告诉我们在基因组的某个位置发生了一段序列的改变,至于这个改变会不会影响生物学功能,我们并不清楚。而注释就是将基因组的序列变异数据转化为我们更关心的生物学功能变化的信息。
在Linux系统中所有的设备都统称为文件,所以同样必须要去学习下linux文件系统到底是何物???
原文链接:https://rumenz.com/rumenbiji/linux-wget.html
在“后渗透测试阶段”中,假设当我们获取到了服务器的权限后,此服务器中没有压缩工具,但又需要将一个文件传输至本地计算机中查看,此时我们会用到文件打包、文件传输等技术。简单来说“文件传输技术”就是在目标服务器中获取的信息传递出来的一系列技术。下面将介绍一下具体Linux文件传输技巧详解。
目前新冠病毒的鉴定可以采用抗体抗原反应的快速鉴定,荧光定量 PCR 以及宏基因组测序等方法。这里我们主要介绍宏基因组测序的方法如何来鉴定新冠病毒。该方法无需扩增,通过测序的方法直接测序新冠病毒序列,可以得到全基因组序列,准确性更高。但该方法受限于成本,目前主要用于科学研究中。
之前写 datamash 的使用教程 linux 极简统计分析工具 datamash 必看教程,收到了一位读者的私信,内容如上。
1.Gene Expression Omnibus (GEO): GEO是基因表达数据,竟然还有很多单细胞测序数据。
在PCA(Principal Component Analysis)分析中,常用的工具有EIGENSOFT工具的smartpca,GCTA工具的PCA模块和R包中做PCA分析的princomp函数或glPCA功能。EIGENSOFT工具只支持linux系统,从安装到使用都很复杂。GCTA工具支持不同平台(wins/linux/mac),常用于群体遗传相关分析。在群体遗传中,R包从读取vcf文件、PCA分析到可视化,对内存要求较高。
在过去几年里,研究发现long non-coding RNAs (lncRNAs)在疾病和生物调控过程中扮演着重要角色。但在大量非模式物种中lncRNA的鉴定仍是一项富有挑战性的工作。该工作需要确定的序列信息,注释信息以及构建物种特有的训练集,但具有lncRNA研究所需的足够完整的序列与注释的物种只占很少数。
刷了一波视频,现在把Linux的一些常用基本命令总结了下。学会这些,Linux的基本操作就会了。
# yum -y install make gcc gcc-c++ kernel-devel m4 ncurses-devel openssl-devel
Linux 是在计算机上面运行的,那么它是一组软件还是一段程序?又或者它是操作系统或者应用程序?又或者它是在计算机软件上运行还是在计算机硬件上运行?Linux和Windows谁厉害?
Alevin 是一个专为单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据设计的软件工具,它是Salmon软件的一个组成部分,由Rob Patro及其研究团队开发。其具有以下特性
Docker 提供了两种方法来创建基础镜像,一种是通过引入tar包的形式,另外一种是通过一个空白的镜像来一步一步构建,本文使用的是第二种方法,既FROM scratch
首先从github官网上下载minimap2的二进制文件压缩包,minimap2-2.26_x64-linux.tar.bz2,然后上传到服务器上。
软链接:类似于Windows下的快捷方式,当一个源文件的目录层级比较深,我们想要方便给源文件创建一个软链接。可以指向目录。
之前在介绍高维数据可视化时说过后面会说WRF模式后处理的高维可视化,这跳票一跳就是差不多一年半,今天从其Vis5d的角度说一下WRF模式的高维可视化。
做转录组测序,通常公司是不给分析的,分析也要自己多花钱,当然不同公司收费不一样,有的可能带有简单的分析。之前测序的第一家公司给了简单的分析,后面换了一家测序公司,不给分析。所以我得自己分析啦,在分析的时候顺便写一下教程。分享给大家,要分析转录组数据,首先得知道测序原理【参考文章:illumina、Sanger、第三代和第四代测序技术原理】,还有就是了解生信分析中一些文件格式【参考文章:生信中常见的数据文件格式】,当然,还有其他一些生物背景知识,除此以外,还需要会Linux,这个是一个漫长的学习过程。本文就介绍转录组数据分析的第一步分析:质控,主要就是fastqc这个软件的使用和结果解读。
接触Freescale/NXP的I.MX6处理器大概有了两年多的时间,对于一个最初玩MCU的我来说,真是面临了很多的挑战。最让我感到郁闷和崩溃的是那个官方的基于Yocto的开发环境,搭建它要求真是太高了,机器得有上百G的空间,Ubuntu系统版本也有要求,另外还得去理解Yocto的架构。我在尝试过两次之后准备彻底的放弃研究它了。前两天由于工作需要,不得不再一次面对要自己去编译文件系统的问题,碰巧在网上看到有人用Buildroot弄成功过,我尝试了下,没太费力气就成功了,Buildroot比Yocto简单太多了。特以此文记录下,希望对大家有所帮助。
这里我们主要介绍ChIPseeker包用于ChIP-seq数据的注释与可视化,主要分为以下几个部分。
图 13总结:通过测试,在本次实验中我们得出的以下几点结论:1. 小文件(最好是大于 0.5M,如果文件太小,在进行 tar 打包并压缩或者 zip 压缩时,其占用的磁盘空间会比源文件大很多)在进行 tar 打包并压缩或者 zip 压缩时,其占用磁盘的大小不变;中等文件(100M 左右的 pdf 格式文件) ,在进行 tar 打包并压缩或者zip 压缩时时,大约节省 20%-30%的空间;对于大文件(500M 左右的视频文件)基本上没有节省多少磁盘空间。2. 在 Radhat5.5 中对于 tar 打包并压缩测试和 zip 压缩测试中,tar 和 zip 对文件的压缩是一样的,对磁盘的节省程度是一样的。3. 本次测试中由于选择文件的特殊性,不能够完全模仿在真实情况下的操作,所以得出的结论会有一定程度的误差。由于 cuizong007 的水平有限,难免有错误的地方,还请多多包涵。欢迎各位技术好友进行技术方面的交流。cuizong007 的邮箱是:cuizong007sina.com图 5图 67.对文件 2 进行查看(如图 7 和图 8):图 7图 88. 对文件 3 进行 tar 和 zip 压缩(如图 9 和图 10):图 9图 109. 对文件 2 进行查看(如图 11 和图 12):图 11图 1210.在将所有的文件进行 tar 和 zip 压缩完后,查看压缩完后的情况(如图 13):在 linux 下人们不免会遇到要压缩一些文件,但是究竟要那种方式压缩,所得到的结果最能够节省磁盘的空间,而且有不容易出现错误呢?本次实验结果只做技术讨论,相互的学习。实验环境:在 xp 系统下安装在虚拟机上的 redhat5.5 的系统。本次实验结果将主要测试最常用的、最简单的(即没有添加太复杂的命令选项)tar 和 zip命令。1. 我们选择了三个不同大小的文件(文件名分别为:1、2 和 3;文件 1 和文件 2 都是 pdf文档;文件 3 为视频文件)如图 1 所示:图 12. 我们首先使用命令 tar 将第一个小文件(即 1)进行压缩。 (使用命令: tar zcvf 1.tar.gz 1)如图 2 所示:图 23.再使用命令 zip 压缩第一个小文件(即 1)进行压缩。 (使用命令: zip 1.zip 1)如图 3所示:图 34.使用命令查看 tar 和 zip 压缩同一文件 1 的大小(使用命令:
这篇博文记录HoneyDrive_3_Royal_Jelly(1)系统应用整体的简介和(2)初期准备或相关具体功能的介绍说明,和(3)HoneyDrive_3的基本使用或基础理论。
宿主机运行的是标准Linux操作系统,编译出的程序却需要在目标处理器(S3C2440@ARM920T)上跑,这就叫交叉编译,编译器叫做交叉编译器。
ls命令是Linux系统使用频率最多的命令,它的参数也是Linux命令中最多的。使用ls命令时会有几种不同的颜色,其中蓝色表示是目录,绿色表示是可执行文件,红色表示是压缩文件,浅蓝色表示是链接文件,加粗的黑色表示符号链接,灰色表示是其它格式文件。ls最常使用的是ls- l
Linux下用户经常需要备份计算机系统中的数据,为了节省存储空间,常常将备份文件进行压缩,本文是对压缩和解压命令的大致总结
wget 命令是 Linux 系统一个免费实用的文件下载工具,支持 HTTP、HTTPS,或者 FTP。
程序非常小,解压后也不到100K http_load以并行重复的方式运行,并测试Web服务器的量子与负载。但是它大部分压力测试工具,它可以以一个单一的进程运行,一般不会把损坏搞死。还可以测试HTTPS类的网站请求。
initramfs概述 initramfs与initrd类似,也是初始化好了且存在于ram中的,可以压缩也可以不压缩。但是目前initramfs只支持cpio包格式,它会被populate_rootfs->unpack_to_rootfs(&__initramfs_start, &__initramfs_end – &__initramfs_start, 0)函数(解压缩、)解析、安装。
dos2unix 是将 Windows 格式文件转换为 Unix/Linux 格式的实用命令。
可分享的,可分享给其他系统挂载使用的目录,即执行文件,用户邮件,可分享给网络上其他用户的
大家自行去GEO官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds)搜索下载自己想要的单细胞测序数据。本文后面会提供数据用于示例代码测试。
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