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linux内核IDR机制详解【转】

举一个例子大家就会明白了:在IPC通信的时候先要动态获取一个key值或者使用现有的key值进行通信,那么系统怎么知道这个key值是否使用了呢?这个就需要IDR来进行判断了。...传统上我们对于未使用的ID进行管理的时候可以使用位图进行管理,也可以使用数组进行管理,也可以使用链表进行ID管理,三个个各有优缺点: 使用位图进行管理的时候优点是使用空间少,但是对于位图对应的数据结构支持不太友好...使用数组进行管理的时候寻址快速,但是只能管理比较少量的ID数目。 使用链表进行管理的时候虽然可以支持大量的数据ID,但是通过链表的指针寻址比较慢。 所以引入了以上三者的优点进行IDR管理。...上图中只是使用IDR的32个数组表示,并没有给出IDR的位图以及层数标志,下面给出相应的数据结构: IDR 数据结构: struct idr_layer { //位图,ary数组结构哪个有效...的初始化以及增删改查ID问题: IDR的初始化 IDR的增加 IDR的查找 IDR的初始化: IDR的初始化相对来说比较简单,使用IDR_INIT可以初始化一个IDR,原型如下: #define IDR_INIT

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    使用IDR软件处理生物学重复样本的peak calling

    IDR软件中,摒弃了这种用经验阈值来区分signal和noise的方法,直接输入全部的结果即可,软件会自动根据在生物学重复样本中的分布来确定合适的阈值,所以要强调一点,对于IDR的输入文件,事先不需要做任何过滤和筛选...,直接使用最原始的peak calling结果即可。...最终根据IDR value的阈值,筛选小于阈值的peak即可。 IDR软件的算法对数据的分布没有任何先验假设,适用范围广泛,Encode在其官方流程中也适用这个软件来处理生物学重复的peak。...默认情况下统计IDR < 0.05的peak, 这个阈值可以通过soft-idr-threshold参数来调整。...在输出文件中,保存的是所有peak的结果,需要自己通过IDR value的值来进行筛选,输出文件的第12列记录了peak对应的global IDR value的值,通过这个值进行筛选即可。

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    一个小BUG,引出对Linux启动机制Systemd的代码分析

    一般来说用户只需要在启动的时候自动挂载文件系统,在日常使用中激活卷组后,用户很可能希望把这个卷组挂载到其它位置上,而非默认位置,Systemd和fstab这样的联动操作其实给用户日常的使用带来了不少的困扰...:要挂载设备或是分区的文件系统类型, :挂载时使用的参数,这个是我们重点要说的。 其中auto:在启动时时自动挂载。...初识systemd 在Cent os 7版本之前,红帽系的Linux一直采用init机制来进行系统初始化,现在还有很多经典书籍在介绍Linux启动时还是会详细说明0号init进程的由来,总体来说systemd...systemd的出现颇有后来者居上的气势,目前已经基本统一了linux初始化工具的江湖,它克服 sysvinit串行执行启动步骤的,大幅提高系统的启动速度。...*idr = &group->inotify_data.idr; spinlock_t *idr_lock = &group->inotify_data.idr_lock;//直接上spinlock

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    LinuxLinux调试器-gdb使用

    前言 在前面的博客【Linux】编译器-gcc/g++使用已经分享了关于编译器的使用,而编译器的使用离不开调试,这次就来分享一下Linux调试器-gdb使用。 2....使用 3.1 进入gdb 默认系统中会安装gdb,使用方法就是gdb后面直接加上调试的可执行程序名: gdb myprocess-debug 就会默认进入到调试模式 想要退出就直接输入quit或者...如果想要从程序第一行开始查就用命令: l 0 还可以使用l加程序名再加0的方式 l myprocess.c:0 不可以直接查文件,但是加上行号就可以查。...进入到函数体里面就退不出来 如果想要跳转到某一行,就用到命令: until 试一下跳转到12行: 总结一下gdb使用就是: set var:修改变量的值 把指定变量直接修改为目标值

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    Linux Deploy:使用Repository部署Linux系统

    文章更新   20170408 初次成文 问题提出:   在之前的文章中,小苏为大家介绍过使用常规方式和使用镜像方式部署Linux系统的方法,但是这两种方法各有利弊:   使用常规方式部署时,镜像大小可以灵活调节...使用镜像方式部署Linux系统时,虽然可以免去部署时下载大量数据的麻烦,但是使用别人部署好的镜像,初始实现的功能依别人部署好的镜像而定,不能个性化定制系统,也不能调整镜像大小。   ...那就是先在Linux Deploy中部署和安装所需要的环境和软件包,然后使用Linux Deploy的导出功能,将Rootfs打包为tar.gz文件,之后,我们只需要将此tar.gz文件导入Linux...Deploy,就可以完整还原打包时的Linux系统了。...因为在Repository中,作者使用各发行版的官方软件源作为软件源,这样一来,一是服务器节点远离中国,软件包下载速度一般都很慢,二是在我国ipv6还未普及,使用官方软件源在部署过程中有一定几率解析到ipv6

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    Linux 之 crontab 使用

    定时任务 任务调度的crond常驻命令 crond 是linux用来定期执行程序的命令。当安装完成操作系统之后,默认便会启动此任务调度命令。...而linux任务调度的工作主要分为以下两类: 1、系统执行的工作:系统周期性所要执行的工作,如备份系统数据、清理缓存 2、个人执行的工作:某个用户定期要做的工作,例如每隔10分钟检查邮件服务器是否有新信...Day 每月的第几天执行该任务 Month 每年的第几个月执行该任务 DayOfWeek 每周的第几天执行该任务 对于程序员来说最关注的莫过于使用示例...,通过示例可以一目了然的掌握如何使用定时任务 注意:在 crontab 命令中只有 “绝对路径”,不存在相对路径,故执行任何命令都需要写绝对路径 1、每小时的第5分钟执行 ls 命令 5 * * * *...对应的 mdd.toml 和 mdd.log 都是在 cd 到的目录下,此时就不需要全部写全目录了,如果不使用 cd 命令,最终的写法如下: 0 * * * * /data/GoProjects/bin

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    Linux终端的使用

    也就是说终端就是为主机提供了人机接口,每个人都通过终端使用主机的资源。 终端有字符终端和图形终端两种模式。...在linux的图形环境下,我们可以通过鼠标点击来完成所有的管理任务,这是图形界面终端,另外一种就是文本界面的终端,在这个界面的终端下我们可以使用linux命令来控制系统完成响应的工作,而这个文本终端也是服务器常用的模式...命令控制系统的工具,我们点击屏幕左上角的“活动”就可以找到这个它 打开之后我们会看到linux的命令行,在这里面我们可以输入linux命令来进行操作 第二种 打开文本终端,这个需要键盘上的组合键[Ctrl...] + [Alt] + [F1] - [F6] ,其中F1和F2是两个可供登录的图形终端,F3-F6为文本终端,现在我们使用[Ctrl] + [Alt] + [F3]打开文本终端,然后使用root用户登录...以上的快捷键都是在工作中可能会经常用到的,不论是在图形界面打开的终端还是字符界面的终端都可以使用,在这里面就不挨个演示了,各位可以在终端中使用任意字幕和空格模拟命令输入然后多多熟悉,尽快掌握。

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    Linux终端使用总结

    基础常识 ---- 使用 ls 命令显示文件或目录时的不同颜色:(一般情况下) 白色 —— 普通文件 蓝色 —— 目录 绿色 —— 可执行文件(相当于 Windows .EXE) 红色 ——...压缩文件 青色 —— 链接文件(相当于 Windows 快捷方式) 黄色 —— 设备文件 灰色 —— 其他文件 Linux 下的文件类型: 普通文件类型 (-) Linux 中最多的一种文件类型...引自 Linux 下的 7 种文件类型 - CYYZ 古月 ls -a 显示路径下全部文件(包括隐藏的) ls -l 查看路径下文件的详细信息 tip:在 Linux 下文件夹(目录...)所占用的磁盘空间都是 4096byte,目录大小不包括目录内的文件大小 目录必须有执行权限才能进入 Linux 下隐藏文件以。...gzip 和 bzip2 默认都不保留源文件,只有 bzip2 可以加 - k 参数保留源文件 # 进阶工具 tar —— 不使用 z/j 参数,该命令只能对文件或目录打包 参数: c —— 创建

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    Linux 之 crontab 使用

    定时任务 任务调度的crond常驻命令 crond 是linux用来定期执行程序的命令。当安装完成操作系统之后,默认便会启动此任务调度命令。...而linux任务调度的工作主要分为以下两类: 1、系统执行的工作:系统周期性所要执行的工作,如备份系统数据、清理缓存 2、个人执行的工作:某个用户定期要做的工作,例如每隔10分钟检查邮件服务器是否有新信...Day 每月的第几天执行该任务 Month 每年的第几个月执行该任务 DayOfWeek 每周的第几天执行该任务 对于程序员来说最关注的莫过于使用示例...,通过示例可以一目了然的掌握如何使用定时任务 注意:在 crontab 命令中只有 “绝对路径”,不存在相对路径,故执行任何命令都需要写绝对路径 1、每小时的第5分钟执行 ls 命令 5 * * * *...对应的 mdd.toml 和 mdd.log 都是在 cd 到的目录下,此时就不需要全部写全目录了,如果不使用 cd 命令,最终的写法如下: 0 * * * * /data/GoProjects/bin

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    linux shell快速使用

    (1) who是查看当前谁登录了linux系统 |是在两个程序之间建立一个管道, who | wc -l who的输出成为了wc 的输入 当然也可以自己创建linux的命令,创建一个文件,赋值给其执行的权限...x ,当然也可以直接在脚本中使用set -x 来打开执行跟踪的功能,使用set +x 来关闭执行跟踪功能 ctrl +a 快速切换命令到行首 ctrl + e 快速切换命令到行尾 (2)查找与替换...sed 命令进行替换 's;被替换值;要替换的值;'使用s后紧跟的界定符分割; 如果末尾是以g结尾则会进行全局替代,当然在后面添加数字代表替代哪一个,使用p结尾代表是否打印 当然可以将替换的命令放入脚本中使用...; anonuid/anongid :要和root_squash 以及 all_squash一同使用,用于指定使用NFS的用户限定后的uid和gid,前提是本机的/etc/passwd中存在这个uid...启动完NFS后,就该使用NFS服务了。

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    Linux 了解内存使用

    注意:实际上,内核完全控制着内存的使用情况,linux会在需要内存的时候,或在系统运行逐步推进时,将buffers和cached状态的内存变为free状态的内存,以供系统使用。...2.从应用层的角度来看系统内存的使用状态 也就是linux上运行的应用程序可以使用的内存大小,即free命令第三行“(-/+ buffers/cached)”的输出,可以看到,此系统已经使用的内存才...Linux操作系统的内存运行原理,很大程度上是根据服务器的需求来设计的,例如系统的缓冲机制会把经常使用到的文件和数据缓存在cached中,linux总是在力求缓存更多的数据和信息,这样再次需要这些数据时可以直接从内存中取...3)、如何回收cached Linux内核会在内存将要耗尽的时候,触发内存回收的工作,以便释放出内存给急需内存的进程使用。...Linux SWAP使用情况 ---- 如果系统的物理内存用光了,则会用到swap。系统就会跑得很慢,但仍能运行;如果Swap空间用光了,那么系统就会发生错误。

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    Alpine Linux使用入门

    Docker使用Alpine Linux 使用命令docker run -it alpine /bin/sh可运行Alpine Linux,由于Alpine Linux没有内置bash,所以这里使用的sh...作为伪终端,在为Alpine Linux编写shell脚本的时候也需要注意,使用sh而不是bash Alpine Linux镜像非常小巧,不到6M的大小,所以特别适合容器打包。...Alpine Linux软件管理 Alpine Linux使用apk指令来管理软件,类似CentOS的yum或Debian的apt-get,首次使用建议用apk update更新下软件,以免无法正常使用...默认没有bash,需要使用sh Alpine Linux使用apk作为包管理器 首次使用建议更新软件apk update以免出现一些异常 Alpine Linux体积非常小巧,但功能不输其它Linux发行版...此文部分内容参考了: Alpine修改时区 Alpine Linux 配置使用技巧

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