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linux内核IDR机制详解【转】

举一个例子大家就会明白了:在IPC通信的时候先要动态获取一个key值或者使用现有的key值进行通信,那么系统怎么知道这个key值是否使用了呢?这个就需要IDR来进行判断了。...传统上我们对于未使用的ID进行管理的时候可以使用位图进行管理,也可以使用数组进行管理,也可以使用链表进行ID管理,三个个各有优缺点: 使用位图进行管理的时候优点是使用空间少,但是对于位图对应的数据结构支持不太友好...使用数组进行管理的时候寻址快速,但是只能管理比较少量的ID数目。 使用链表进行管理的时候虽然可以支持大量的数据ID,但是通过链表的指针寻址比较慢。 所以引入了以上三者的优点进行IDR管理。...上图中只是使用了IDR的32个数组表示,并没有给出IDR的位图以及层数标志,下面给出相应的数据结构: IDR 数据结构: struct idr_layer { //位图,ary数组结构哪个有效...的初始化以及增删改查ID问题: IDR的初始化 IDR的增加 IDR的查找 IDR的初始化: IDR的初始化相对来说比较简单,使用IDR_INIT可以初始化一个IDR,原型如下: #define IDR_INIT

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    使用IDR软件处理生物学重复样本的peak calling

    在IDR软件中,摒弃了这种用经验阈值来区分signal和noise的方法,直接输入全部的结果即可,软件会自动根据在生物学重复样本中的分布来确定合适的阈值,所以要强调一点,对于IDR的输入文件,事先不需要做任何过滤和筛选...,直接使用最原始的peak calling结果即可。...最终根据IDR value的阈值,筛选小于阈值的peak即可。 IDR软件的算法对数据的分布没有任何先验假设,适用范围广泛,Encode在其官方流程中也适用这个软件来处理生物学重复的peak。...默认情况下统计IDR idr-threshold参数来调整。...在输出文件中,保存的是所有peak的结果,需要自己通过IDR value的值来进行筛选,输出文件的第12列记录了peak对应的global IDR value的值,通过这个值进行筛选即可。

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    一个小BUG,引出对Linux启动机制Systemd的代码分析

    一般来说用户只需要在启动的时候自动挂载文件系统,在日常使用中激活卷组后,用户很可能希望把这个卷组挂载到其它位置上,而非默认位置,Systemd和fstab这样的联动操作其实给用户日常的使用带来了不少的困扰...:要挂载设备或是分区的文件系统类型, :挂载时使用的参数,这个是我们重点要说的。 其中auto:在启动时时自动挂载。...初识systemd 在Cent os 7版本之前,红帽系的Linux一直采用init机制来进行系统初始化,现在还有很多经典书籍在介绍Linux启动时还是会详细说明0号init进程的由来,总体来说systemd...systemd的出现颇有后来者居上的气势,目前已经基本统一了linux初始化工具的江湖,它克服 sysvinit串行执行启动步骤的,大幅提高系统的启动速度。...*idr = &group->inotify_data.idr; spinlock_t *idr_lock = &group->inotify_data.idr_lock;//直接上spinlock

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    【Linux】Linux调试器-gdb使用

    前言 在前面的博客【Linux】编译器-gcc/g++使用已经分享了关于编译器的使用,而编译器的使用离不开调试,这次就来分享一下Linux调试器-gdb使用。 2....使用 3.1 进入gdb 默认系统中会安装gdb,使用方法就是gdb后面直接加上调试的可执行程序名: gdb myprocess-debug 就会默认进入到调试模式 想要退出就直接输入quit或者...如果想要从程序第一行开始查就用命令: l 0 还可以使用l加程序名再加0的方式 l myprocess.c:0 不可以直接查文件,但是加上行号就可以查。...进入到函数体里面就退不出来 如果想要跳转到某一行,就用到命令: until 试一下跳转到12行: 总结一下gdb使用就是: set var:修改变量的值 把指定变量直接修改为目标值

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    Linux Deploy:使用Repository部署Linux系统

    文章更新   20170408 初次成文 问题提出:   在之前的文章中,小苏为大家介绍过使用常规方式和使用镜像方式部署Linux系统的方法,但是这两种方法各有利弊:   使用常规方式部署时,镜像大小可以灵活调节...使用镜像方式部署Linux系统时,虽然可以免去部署时下载大量数据的麻烦,但是使用别人部署好的镜像,初始实现的功能依别人部署好的镜像而定,不能个性化定制系统,也不能调整镜像大小。   ...那就是先在Linux Deploy中部署和安装所需要的环境和软件包,然后使用Linux Deploy的导出功能,将Rootfs打包为tar.gz文件,之后,我们只需要将此tar.gz文件导入Linux...Deploy,就可以完整还原打包时的Linux系统了。...因为在Repository中,作者使用各发行版的官方软件源作为软件源,这样一来,一是服务器节点远离中国,软件包下载速度一般都很慢,二是在我国ipv6还未普及,使用官方软件源在部署过程中有一定几率解析到ipv6

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    Linux系统使用基础

    Linux基本使用 交互接口,前面简单介绍了shell的使用,通过shell用户就可以和系统进行交互,也可以称shell为命令解释器,我们通过shell来实现Linux系统操作功能。...我们可以通过echo $SHELL来看当前所使用的shell [09:16:55 root@centos7 ~]#echo $SHELL /bin/bash Linux命令执行过程和命令类型 命令到底是如何执行的呢...encoding是charset endcoding的简写,即字符集编码,简称编码,实现如何将字符转化为实际的二进制进行存储或相反,编码决定了空间的使用的大小。...root@centos7 ~]#echo '$PASH' $PASH 转义符\,如果输出\\需要两个转义符 [01:30:45 root@centos7 ~]#echo \\\\ \\ 或者使用单引号输出...,使用方法为: export [-fnp][变量名称]=[变量设置值] -f  代表[变量名称]中为函数名称。

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    Linux find命令使用

    最近在工作中学习了不少Linux方面的命令,比如vim的使用命令、find命令、rpm打包spec配置文件等等。 鸟哥私房才基础版给了我不少帮助,在这里感谢鸟哥。     ...遇到的其中一个问题是使用ubuntu12.04往公司的SVN上传一个目录,不过之前这个目录是从SVN下载下来的,更改了目录后需要删除原来的所有.svn目录。...上网找了一下Linux下删除目录下所有.svn的方法,方法如下: Linux下删除这些目录是很简单的,主要是使用了find工具,命令如下 find ....-type d -iname ".svn" -exec rm -rf {} \;      感觉Linux下的subersion客户端速度蛮快的,5.8G的目录花10多分钟就能下载到本地,但是使用Windows...可以在终端下使用man find来查询find命令的相关参数。

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    Linux的fork使用

    Linux的fork使用 fork函数可以算是Linux里有点不好明白的函数了,调用一次,返回两次,虽然在平时的写法中,有基本固定的写法,但是有时候看起来还是有些让人头疼的。...因此,使用 fork()函数的代价是很大的。 ? 日常使用fork 简单来说, 一个进程调用 fork() 函数后,系统先给新的进程分配资源,例如存储数据和代码的空间。...实际上,更准确来说,Linux 的 fork() 使用是通过写时拷贝 (copy- on-write) 实现。写时拷贝是一种可以推迟甚至避免拷贝数据的技术。...这取决于内核所使用的调度算法。 因此,在实际的使用过程中,一般都需要对fork()的返回值进行判断,看我们操作的是父进程还是子进程。...Linux中的用fork()由一个父进程创建同时多个子进程 的格式如下: int main(){ pid_t p1,p2; int i; int N=100; for(

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    Linux 之 crontab 使用

    定时任务 任务调度的crond常驻命令 crond 是linux用来定期执行程序的命令。当安装完成操作系统之后,默认便会启动此任务调度命令。...而linux任务调度的工作主要分为以下两类: 1、系统执行的工作:系统周期性所要执行的工作,如备份系统数据、清理缓存 2、个人执行的工作:某个用户定期要做的工作,例如每隔10分钟检查邮件服务器是否有新信...Day 每月的第几天执行该任务 Month 每年的第几个月执行该任务 DayOfWeek 每周的第几天执行该任务 对于程序员来说最关注的莫过于使用示例...,通过示例可以一目了然的掌握如何使用定时任务 注意:在 crontab 命令中只有 “绝对路径”,不存在相对路径,故执行任何命令都需要写绝对路径 1、每小时的第5分钟执行 ls 命令 5 * * * *...对应的 mdd.toml 和 mdd.log 都是在 cd 到的目录下,此时就不需要全部写全目录了,如果不使用 cd 命令,最终的写法如下: 0 * * * * /data/GoProjects/bin

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