随着基因组和宏基因组的测序成本逐渐降低,直接获取环境中微生物的基因组变得越来越容易,大大促进了科学家们对微生物尤其是无法纯培养微生物的了解。当我们通过基因组测序或者宏基因组测序binning获得一个新的基因组时,我们如何判断其处于哪一个系统发育分支?也许搜寻其中的16S序列并与数据库进行比对是个可行的方法,然而宏基因组binning获得的基因组(bins)常常丢失16S序列。本文将介绍两个基于全基因组的系统发育分类工具PhyloPhlAn与GTDB-Tk。
是时候进行一些语言考古了!Tcl/Tk 是一种大家很少再看到的语言,但它在当时比较流行。它对嵌入非常友好——最初是一种用于编写现有应用程序的语言,而不是用于创建独立程序。它还带有内置的图形工具包(“Tk”部分),在它非常罕见的时候。
Tkinter模块("Tk 接口")是Python的标准Tk GUI工具包的接口.Tk和Tkinter可以在大多数的Unix平台下使用,
Note: 在Ubuntu下才需要事先安装这些依赖库。 其他Linux系统不需要,可直接跳至工具安装。
在使用Linux之前,我想大家最先接触的都应该是Windows吧,但是一般接触过Linux之后,在回过头来使用windows是内心是十分拒绝的,大多数人产生这个原因到底是为什么呢?
熟悉电脑的人都知道,Linux 相比较于 Windows 有着众多的优势,所以现在越来越多的电脑用户开始使用 Linux 进行办公、学习。总体来讲,Linux 的优势主要有以下几个方面。
语言的问题,见仁见智,基本上属于信仰,无法强求一致。不过作为Python的爱好者,我想在这里为Python做一点辩护。
如今工业控制系统设计的领域包括交通运输、能源行业、装备制造、机械制造等多个国家关键基础领域。工业控制系统的信息安全问题关系到国家安全和社会稳定。Modbus 协议是一种典型的工业控制系统通信协议,是目前应用最为广泛的工业控制协议之一。由于其设计简单、容易开发的特性,使得Modbus TCP 协议极易被恶意攻击者利用,从而对工业控制系统造成破坏和损失。
Tkinter———— Python默认的图形界面接口。 Tkinter是一个和Tk接口的Python模块,Tkinter库提供了对 Tk API的接口,它属于Tcl/Tk的GUI工具组。Tcl/Tk是由John Ousterhout发展的书写和图形设备。Tcl(工具命令语言)是个宏语言,用于简化shell下复杂程序的开发,Tk工具包是和Tcl一起开发的,目的是为了简化用户接口的设计过程。Tk工具包由许多不同的小部件,如一个按钮、一个滚动条等。通过Tk提供的这些小部件,我们就可快速地进行GUI开发。Perl、Scheme等语言也利用Tk库进行GUI开发。Tkinter是跨平台,在各种平台下都能使用。 Python Imaging Library(PIL)————python提供强大的图形处理的能力,并提供广泛的图形文件格式支持,该库能进行图形格式的转换、打印和显示。还能进行一些图形效果的处理,如图形的放大、缩小和旋转等。是Python用户进行图象处理的强有力工具。 Pmw(Python megawidgets)Python超级GUI组件集————一个在python中利用Tkinter模块构建的高级GUI组件,每个Pmw都合并了一个或多个Tkinter组件,以实现更有用和更复杂的功能。 PyXML———— 用Python解析和处理XML文档的工具包,包中的4DOM是完全相容于W3C DOM规范的。它包含以下内容: xmlproc: 一个符合规范的XML解析器。 Expat: 一个快速的,非验证的XML解析器。 还有其他 和他同级别的还有 PyHtml PySGML PyGame———— 用于多媒体开发和游戏软件开发的模块。 PyOpenGL———— 模块封装了“OpenGL应用程序编程接口”,通过该模块python程序员可在程序中集成2D和3D的图形。 NumPy、NumArray和SAGE———— NumArray是Python的一个扩展库,主要用于处理任意维数的固定类型数组,简单说就是一个矩阵库。它的低层代码使用C来编写,所以速度的优势很明显。NumPy是Numarray的后继者,用来代替NumArray。SAGE是基于NumPy和其他几个工具所整合成的数学软件包,目标是取代 Magma, Maple, Mathematica和Matlab 这类工具。 MySQLdb模块———— 用于连接MySQL数据库。还有用于zope的ZMySQLDA模块,通过它就可在zope中连接mysql数据库。 PyGTK ———— 用于python GUI程序开发的GTK+库。GTK就是用来实现GIMP和Gnome的那个库。有了它,你完全可以自信的尝试自己制造Photoshop PyQt ———— 用于python的Qt开发库。QT就是实现了KDE环境的那个库,由一系列的模块组成,有qt, qtcanvas, qtgl, qtnetwork, qtsql, qttable, qtui and qtxml,包含有300个类和超过5750个的函数和方法。PyQt还支持一个叫qtext的模块,它包含一个QScintilla库。该库是 Scintillar编辑器类的Qt接口。 PyMedia ———— 用于多媒体操作的python模块。它提供了丰富而简单的接口用于多媒体处理(wav, mp3, ogg, avi, divx, dvd, cdda etc)。可在Windows和Linux平台下使用。 Psyco ———— 一个Python代码加速度器,可使Python代码的执行速度提高到与编译语言一样的水平。 Python-ldap ———— 提供一组面向对象的API,可方便地在python中访问ldap目录服务,它基于OpenLDAP2.x。 smtplib模块 ———— 发送电子邮件。 ftplib模块 ———— 定义了FTP类和一些方法,用以进行客户端的ftp编程。我们可用python编写一个自己的ftp客户端程序,用于下载文件或镜像站点。如果想了解ftp协议的详细内容,请参考RFC959。 xmpppy模块 ———— Jabber服务器采用开发的XMPP协议,Google Talk也是采用XMPP协议的IM系统。在Python中有一个xmpppy模块支持该协议。也就是说,我们可以通过该模块与Jabber服务器通信,是不是很Cool。 下面这些就不详细介绍,只列出名字和功能 adodb ———— ADO数据库连接组件 bsddb3 ———— BerkeleyDB的连接组件 chardet ———— 编码检测 Cheetah ———— 构建和扩充任何种类的基于文本的内容 cherrypy ———— 一个WEB framework ctypes ——
kernel版本信息 [root@CentOS1 ~]# cat /etc/redhat-release CentOS Linux release 7.7.1908 (Core) [root@CentOS1 ~]# uname -r 3.10.0-1062.el7.x86_64 配置lustre安装源 // lustre-2.14.0 内核刚好匹配 kernel 3.10.0-1062.el7.x86_64 [root@CentOS1 lustre]# pwd /root/lustre [root@Ce
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一、新系统更新源 $ sudo yum install update $ sudo yum insatll upgrade 二、安装git $ sudo yum install git 运行结果如下 CentOS-8 - AppStream 16 kB/s | 4.3 kB 00:00 C
在tkinter里有三种布局管理,分别是pack、grid、和place,这三种方式各有各的好处,需要注意的是这三种布局管理在同一个父容器里面一定不能混用,在一个父容器里选择一种方式便足够了。
本文介绍镜像构建解决所有报错,并设置时区、字符集,可直接应用于生产环境,不妥之处欢迎指正。centos-7.3.1611-x86_64-docker.tar.xz包下载参见:https://gitee.com/cxwn/images.git
python是免费的,也就是开源的。编程软件的盈利方式就是你使用它, 用的人越多越值钱。
1.简单:Python是一种代表简单主义思想的语言。阅读一个良好的Python程序就感觉像是在读英语一样。它使你能够专注于解决问题而不是去搞明白语言本身。
Perl是典型的脚本语言,短小精悍,非常容易上手,尤其适合处理文本,数据,以及系统管理。它在老一辈的生物信息学分析人员中非常流行,出于历史遗留原因大家肯定会或多或少地接触 Perl,即使你再怎么推崇P
以上大家有可能知道,也有可能不知道,但我相信python自动化和python爬虫我相信大家一定听说过。这也是我为什么要学习python的原因了。
接着上篇tkinter的学习记录 1、tkinter之单选和多选 #coding:utf-8 from tkinter import * # 定义一个root主窗口 root = Tk() root.title("应用程序窗口") # 定义两个变量,用于判断复选框状态 box_1 = False box_2 = False # 列表,用于存放选中内容 List_Content = [] def click_c1(): global box_1 # 复选框被选中,box_1置为True
python作为一门高级编程语言,它的诞生虽然很偶然,但是它得到程序员的喜爱却是必然之路。
最近Lady遇到不少Jetson TK1的新手,在用JetPack刷机的过程遭遇到各种问题,于是Lady特意召唤东莞理工学院Robot Pioneer战队,请他们录制刷机教程! 准备工作 1、从吉浦
Linux top命令用于实时显示 process 的动态,当我们在命令框中敲入top命令然后回车之后,可以看到如下输出:
cut命令是一个常用的linux命令,它从文件的每一行剪切字节、字符和字段并将这些剪切出来的东西写到标准输出。它有一些常用的参数,先看两个:
长期的运维工作中难免会遇到需要查看脚本或工具源码的情况,这时单纯地使用文本编辑器来检索与跳转就很不方便了,如果有方法可以对代码进行索引就能很明显提升定位效率,减少垃圾时间,将注意力更多分配到有价值的事情上
Python由荷兰数学和计算机科学研究学会的[Guido van Rossum](https://baike.baidu.com/item/Guido van Rossum/3225314) (龟叔)于1990 年代初设计,作为一门叫做ABC语言的替代品。 Python提供了高效的高级数据结构,还能简单有效地面向对象编程。Python语法和动态类型,以及解释型语言的本质,使它成为多数平台上写脚本和快速开发应用的编程语言,随着版本的不断更新和语言新功能的添加,逐渐被用于独立的、大型项目的开发。
其它之前很多人都用过Conda,特别是生信科学家近两年都在用Bioconda,那叫一个妙不可言、根本停不下来。这里我郑重通知大家,Bioconda于今年6月2号正式发表于Nature Methods(IF=26.9)。吃水不忘挖井人,用过的写文章记得引用它。
su:Swith user 切换用户,切换到root用户 cat: Concatenate 串联 uname: Unix name 系统名称 df: Disk free 空余硬盘 du: Disk usage 硬盘使用率 chown: Change owner 改变所有者 chgrp: Change group 改变用户组 ps:Process Status 进程状态 tar:Tape archive 解压文件 chmod: Change mode 改变模式 umount: Unmount 卸载
简单————Python是一种代表简单主义思想的语言。阅读一个良好的Python程序就感觉像是在读英语一样,尽管这个英语的要求非常严格!Python的这种伪代码本质是它最大的优点之一。它使你能够专注于解决问题而不是去搞明白语言本身。
主要是因为下面这两个原因,所以决定从源码编译安装去折腾一下 tkinter,以下是一些记录。
Listbox 为列表框控件,它可以包含一个或多个文本项(text item),可以设置为单选或多选
【注】笔者使用的是 Arch Linux 系统,Arch Linux 上的中文字体安装可参考 Fonts。如果是其它 Linux 发行版,也可以这篇文章,其中很多中文字体都是开源的,在其它 Linux 发行版上一般也有对应安装包。
关于Whapa Whapa是一款功能强大的WhatsApp消息解析和取证工具,该工具提供了友好的图形化界面,该工具可以帮助广大研究人员分析Android和iOS设备上WhatsApp的通信数据。该工具的所有组件都采用了Python 3.8开发,并在Linux、Windows和macOS操作系统上进行过完整测试。 需要注意的是,Whapa在Linux操作系统上的性能是Windows系统上的十倍,而且Bug更少。而且Whapa是Tsurugi Linux(数字取证)和BlackArch Linux(渗透测试
最小化安装Python8后安装Python3.8.1,网上找了一圈教程,没有一个能完全成功的。或者能安装成功,但pip无法使用。最后根据多个教程整理了一份命令,测试成功,安装使用完全没有问题。
CustomLog ” /var/log/httpd/access_log” combined
安装python3.7 https://www.python.org/downloads/
git bash 是 Windows 用户安装 git 时默认安装的命令行工具,不仅界面漂亮功能也不错,大多数情况下可以替代 Windows 原生的 cmd 命令行.
一旦你完成了一个优秀的 Python 图形用户界面( GUI )应用程序,下一步就是将其发布到不同的操作系统平台上,以供用户下载和使用。发布应用程序涉及到多个方面,包括准备应用程序、创建安装程序、处理依赖关系和发布到不同平台。在本篇博客中,我们将详细讨论如何发布 Python GUI 应用程序,以便用户可以在 Windows 、 macOS 和 Linux 等不同平台上使用它。
为了维护世界的和平,为了童鞋们的电脑少挂几次,为了俊俊学长不总被骚扰 ,于是,就有了本贴,
在IC领域中常用的脚本有Tcl、Perl、Shell、Python等,在这些脚本里面,Tcl(“工具命令语言”( 即Tcl的全称Tool Command Language))由于其语法简单,易上手等特点,在FPGA开发中越来越受到重视。
第一个“#”表示是这一行是注释 第二个“!”表示这一行不是普通注释,而是解释器路径的声明行 后面的“/usr/bin/perl”是perl解释器的安装路径,也有可能是:“/usr/local/bin/perl”,如果那个不行,就换这个 use strict是严格检查语法
B. 当IIS中的ASP仅用于后台,同时使用人数较少.前台页面主要以HTML静态页面展示,ASP用来做的事情较少,本身对系统的负担很轻
最近的MHA验证时,遭遇了DBD::mysql::dr::imp_data_size unexpectedly这个错误。而DBD这个包已经是安装过了的。下面是这个问题的描述和解决方案。
Perl 是一种功能丰富的计算机程序语言,运行在超过 100 种计算机平台上,适用广泛,从大型机到便携设备,从快速原型创建到大规模可扩展开发。在生物信息分析领域,Perl 主要是做数据预处理、文本处理和格式转换、对算法效率要求不高的分析软件开发,系统管理和 pipeline 搭建等工作。这里对 Linux(主要是 CentOS)、Windows 下 Perl 的安装做一个备忘。
[root@MHA3 ~]# /usr/bin/purge_relay_logs --user=root --password=123456 -disable_relay_log_purge --port=3306 --workdir=/opt/mysql/data/ 2014-08-27 09:19:30: purge_relay_logs script started. install_driver(mysql) failed: Can't locate DBD/mysql.pm in @INC (@INC contains: /usr/lib64/perl5/site_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/site_perl /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.8.8 .) at (eval 6) line 3. Perhaps the DBD::mysql perl module hasn't been fully installed, or perhaps the capitalisation of 'mysql' isn't right. Available drivers: DBM, ExampleP, File, Gofer, Proxy, Sponge. at /usr/bin/purge_relay_logs line 162
adodb:我们领导推荐的数据库连接组件 bsddb3:BerkeleyDB的连接组件 Cheetah-1.0:我比较喜欢这个版本的cheetah cherrypy:一个WEB framework ctypes:用来调用动态链接库 DBUtils:数据库连接池 django:一个WEB framework docutils:用来写文档的 dpkt:数据包的解包和组包 MySQLdb:连接MySQL数据库的 py2exe:用来生成windows可执行文件 Pylons:我们领导推荐的web framework pysqlite2:SQLite的连接组件 pythonwin:Python的Windows扩展 setuptools:无奈,PEAK的一套python包管理机制 sqlalchemy:数据库连接池 SQLObject:数据库连接池 twisted:巨无霸的网络编程框架 wxPython-2.6:因为需要保持与linux相同的版本才没用最新的,GUI编程框架 pypcap:抓包的 python-dnet:控制网络安全的其他设备 pyevent:Python的事件支持 pydot:画图的,graphiz sendpkt:Python发包 simplejson:JSON的支持 DPKT:raw-scoket网络编程 Cx-oracle:连接oracle的好东东 Mechanize:爬虫连接网站常用 PIL:图像处理工具包 reportlab for PDF 文件。 PyQt4 for GUI界面 feedparser: rss解析 chardet:编码检测 scons: 项目构建工具,写好了模板用起来还是很方便的 scapy: 网络包构建分析框架,可编程的wireshark,有兴趣的google “Silver Needle in the Skype” pefile: windows pe文件解析器 winpdb: 自己的程序或者用别的库不太明白的时候就靠它了 pywmi: 省了好多折腾功夫 pylint: 培养良好的编码习惯 下面是准备用的,不做评论: pygccxml pyparsing pymacs idapython paimei pysvn pyLucene wikidpad
CentOS 8操作附带一个定制内核,以确保其完整性和与支持的硬件的兼容性。CentOS 8 Linux中附带的内核版本为4.18。Linux内核包括基本内核本身和许多内核模块。
Tkinter(即 tk interface) 是 Python 标准 GUI 库,简称 “Tk”;从本质上来说,它是对 TCL/TK 工具包的一种 Python 接口封装。 Tkinter 是 Python 自带的标准库,因此无须另行安装,它支持跨平台运行,不仅可以在 Windows 平台上运行,还支持在 Linux 和 Mac 平台上运行。
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