今天又有小伙伴微信问我perl模块安装的问题，因为ENSEMBL发布的大多数数据库以及软件都是基于perl的，尤其是分量很重的VEP，所以即使你再如何如何的讨厌perl，也不得不与之打交道。 这种细节问题问我，我当然无法直接给出答案咯。毕竟，我的知识积累都不是靠死记硬背的。所以需要取回过头查看一下我的博客，才意识到，我竟然已经写了7篇教程，关于perl的模块。目录如下： ubuntu服务器解决方案第七讲-perl安装模块 Perl用cpan在linux上面安装模块 Perl及R及python模块碎碎念 pe
tRNAscan是一款tRNA预测工具，支持不同类型基因组的tRNA预测，包括以下四种类型
环境：AIX 6.1 + Oracle 10.2.0.4 现象：在做xtts测试时，源环境使用Oracle自带的perl执行xttdriver.pl报错如下：
OrthoMCL能做什么 Orthologs are homologs separated by speciation events. Paralogs are homologs separated by duplication events. Detection of orthologs is becoming much more important with the rapid progress in genome sequencing. OrthoMCL is a genome-scale algor
很多时候，在推出一个完整的补丁集之前，Oracle会依据Bug的严重程度发布一些过渡性或临时性Patch，修正一些Bug。 这些Patch通常没有setup安装程序，需要使用Oracle的opatch工具安装，本文就opatch的使用进行示范说明。
root还是不要轻易使用，不那么安全，万一不慎rm -rf / 就惨了。而且近期网络环境好像又不辣么安全了，最近听到了几起服务器被hacker登录或植入矿机的情况。
为了其它相关软件的顺利运行，我们根据教程来设置默认的安装目录及变量环境：Ensembl's VEP ， If you don't have VEP installed, then follow this gist.
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原作者：Bane Radulovic 译者： 邱大龙 审核： 魏兴华 DBGeeK社区联合出品 Find block in ASM 在本系列文章【 Where is my data】中，我已经演示了如何从ASM磁盘中定位和抽取一个Oracle的block，为了让这件事做起来不那么复杂，我又写了一个perl脚本find_block.pl来简化整个操作，只需要提供数据文件的名称和需要提取的block，这个脚本就可以输出从ASM磁盘组中抽取块的命令。 find_block.pl find_block.
对于大部分用户，推荐下载Windows的二进制发布，它在PostgreSQL 的网站上作为一个图形化安装包可供下载。从源代码构建的方式只适合于希望开发或者扩展 PostgreSQL的人们。
# 包名 use Cow; Cow->speek; # 变量 my $beast = 'Cow'; $beast->speek;
安装Expect 可以使用下面方法安装 cpanm cpanm Expect CPAN shell perl -MCPAN -e shell install Expect 或直接在cpan中进行安装 cpan[2]> install Expect CPAN: Storable loaded ok (v2.20) CPAN: LWP::UserAgent loaded ok (v5.833) CPAN: Time::HiRes loaded ok (v1.9721) Fetching with LWP:
我们先来说下OTRS的简介：OTRS的名字是由Open-source Ticket Request System首字母缩略字而来，是一个开源的缺陷跟踪管理系统软件。OTRS将电话，邮件等各种渠道提交进来的服务请求归类为不同的队列，服务级别，服务人员通过OTRS系统来跟踪和回复客户，相对传统的处理流程来而言，OTRS提供了一个部门或团队的协调环境，以更有效率的方式处理，查询和跟踪。
本系列的定位是对XTTS及相关技术进行深入的学习研究。作为本系列的开篇，本着实用性的原则，我先把一次实际生产环境U2L的迁移实战实施方案进行提炼简化，旨在能清楚说明该如何使用XTTS这种解决方案来进行U2L迁移，先达到可以跟着做下来的初级目标，如果有兴趣再去深入研究相关细节。
smokeping是一款监控网络状态和稳定性的开源软件（它是rrdtool的作者开发的），通过它可以监控到公司IDC的网络状况，如延时，丢包率，是否BGP多线等； smokeping会向目标设备和系统发送各种类型的测试数据包，测量、记录，并通过rrdtool制图方式，图形化地展示网络的时延情况，进而能够清楚的判断出网络的即时通信情况； 通过smokeping来监控IDC机房网络质量情况，可以从监控图上的延时与丢包情况分辨出机房的网络是否稳定，是否为多线，是否为BGP机房以及到各城市的三个运行商网络各是什么情
习惯了Windows电脑下的所见即所得，找到程序或文件双击即可运行或打开；于是我们被惯得以为电脑会像人一样聪明，给他一个名字就可以运行程序或打开文件；于是在命令行下或程序里不断碰壁，为啥这个命令不运行了呢？
由于 Linux 命令行没有图形化界面，因此，所有的设置都采用文本的方式来完成，而其中最重要的用户设置则为 bashrc 文件，bashrc 配置文件非常重要，相当于图形化界面的设置选项。很多时候，命令找不到，缺少 XXX，都可能与这个有关。如果 bashrc 修改错误，会造成严重的影响。下面系统来介绍一下 bashrc 文件。
配置示例 user www www; worker_processes 2; error_log /var/log/nginx-error.log info; events { use kqueue; worker_connections 2048; } accept_mutex 用法 accept_mutext on | off; 默认值 off,在1.11.3版本前是on. 在events块中使用。 如果开启了这个指令，那么worker进程就会按顺序接受新的连接。否则所有的worker进程只是被通知
CustomLog ” /var/log/httpd/access_log” combined
最近的MHA验证时，遭遇了DBD::mysql::dr::imp_data_size unexpectedly这个错误。而DBD这个包已经是安装过了的。下面是这个问题的描述和解决方案。
[root@MHA3 ~]# /usr/bin/purge_relay_logs --user=root --password=123456 -disable_relay_log_purge --port=3306 --workdir=/opt/mysql/data/ 2014-08-27 09:19:30: purge_relay_logs script started. install_driver(mysql) failed: Can't locate DBD/mysql.pm in @INC (@INC contains: /usr/lib64/perl5/site_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/site_perl /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.8.8 .) at (eval 6) line 3. Perhaps the DBD::mysql perl module hasn't been fully installed, or perhaps the capitalisation of 'mysql' isn't right. Available drivers: DBM, ExampleP, File, Gofer, Proxy, Sponge. at /usr/bin/purge_relay_logs line 162
此工具要求用户 ptcheck 对所检查的库或表有读权限和对 ptcheck.checksum 有写权限 ，有在 ptcheck 库中创建表的权限
Centromics software (https://github.com/ShuaiNIEgithub/Centromics) was used to identify centromeres
利用转录组数据比对到细胞器参考基因组得到vcf文件，比对工具使用GSNAP或者BWA，检测变异使用GATK或者SAMtools.
Perl 是一种功能丰富的计算机程序语言，运行在超过 100 种计算机平台上，适用广泛，从大型机到便携设备，从快速原型创建到大规模可扩展开发。在生物信息分析领域，Perl 主要是做数据预处理、文本处理和格式转换、对算法效率要求不高的分析软件开发，系统管理和 pipeline 搭建等工作。这里对 Linux（主要是 CentOS）、Windows 下 Perl 的安装做一个备忘。
下载地址：http://www.erlang.org/download.html
目前最新版本是1.1.1，可以通过修改版本号的方式下载最新版本，最新版本可以在这个网站下载：https://www.openssl.org/source
某日开发说，一台测试用虚机可以PING通SSH不能连了。运维同学就赶紧去查，SSHD_CONFIG配置文件都正确啊，一点错误都没有，那为什么呢？
安装好了mysql监控神器innotop，正得意，innotoop不可用，其错误提示为install_driver(mysql) failed: Can't load '/usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/auto/DBD/mysql/mysql.so' for module DBD::mysql: libmysqlclient.so.15: cannot open shared object file:...经查原有又是DBD惹的祸，这个问题已经发生过好几次了。 1、故障现象 [root@dbsrv1 ~]# cat /etc/issue CentOS release 5.11 (Final) Kernel \r on an \m [root@dbsrv1 ~]# innotop localhost PROCESSLIST_NO_IS: install_driver(mysql) failed: Can't load '/usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/auto/DBD/mysql/mysql.so' for module DBD::mysql: libmysqlclient.so.15: cannot open shared object file: No such file or directory at /usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/DynaLoader.pm line 230. at (eval 504) line 3 Compilation failed in require at (eval 504) line 3. Perhaps a required shared library or dll isn't installed where expected at /usr/bin/innotop line 7601 2、安装perl-DBD-MySQL [root@dbsrv1 ~]# yum install perl-DBD-MySQL Loaded plugins: fastestmirror, security Repository base is listed more than once in the configuration Repository updates is listed more than once in the configuration Repository extras is listed more than once in the configuration Repository centosplus is listed more than once in the configuration Repository contrib is listed more than once in the configuration Loading mirror speeds from cached hostfile * base: mirrors.163.com * epel: mirrors.ustc.edu.cn * extras: mirrors.skyshe.cn * updates: mirrors.pubyun.com Setting up Install Process Package perl-DBD-MySQL-3.0007-2.el5.x86_64 already installed and latest version Nothing to do ###上面描述已经perl-DBD-MySQL已经安装，且为最新的版本 [root@dbsrv1 yum.repos.d]# rpm -qa |grep -i dbd perl-DBD-MySQL-3.0007-2.el5 ###首先先卸载perl-DBD-MySQL，然后再次使用yum安装 [root@dbsrv1 yum.repos.d]# rpm -e --nodeps perl-DBD-MySQL-3.0007-2.el5 [root@dbsrv1 yum.repos.d]# rpm -qa |grep -i dbd [root@dbsrv1 yum.repos.d]# yum install perl-DBD-MySQL Loaded plugins: fastestmirror, security Repository base is listed more than once in the configuration Reposit
Perl语言入门 /** * prism.js Github theme based on GitHub's theme. * @author Sam Clarke */ code[class*="language-"], pre[class*="language-"] { color: #333; background: none; font-family: Consolas, "Liberation Mono", Menlo, Courier, monospace; text-align: left; white-space: pre; word-spacing: normal; word-break: normal; word-wrap: normal; line-height: 1.4; -moz-tab-size: 8; -o-tab-size: 8; tab-size: 8; -webkit-hyphens: none; -moz-hyphens: none; -ms-hyphens: none; hyphens: none; } /* Code blocks */ pre[class*="language-"] { padding: .8em; overflow: auto; /* border: 1px solid #ddd; */ border-radius: 3px; /* background: #fff; */ background: #f5f5f5; } /* Inline code */ :not(pre) > code[class*="language-"] { padding: .1em; border-radius: .3em; white-space: normal; background: #f5f5f5; } .token.comment, .token.blockquote { color: #969896; } .token.cdata { color: #183691; } .token.doctype, .token.punctuation, .token.variable, .token.macro.property { color: #333; } .token.operator, .token.important, .token.keyword, .token.rule, .token.builtin { color: #a71d5d; } .token.string, .token.url, .token.regex, .token.attr-value { color: #183691; } .token.property, .token.number, .token.boolean, .token.entity, .token.atrule, .token.constant, .token.symbol, .token.command, .token.code { color: #0086b3; } .token.tag, .token.selector, .token.prolog { color: #63a35c; } .token.function, .token.namespace, .token.pseudo-element, .token.class, .token.class-name, .token.pseudo-class, .token.id, .token.url-reference .token.variable, .token.attr-name { color: #795da3; } .token.entity { cursor: help; } .token.title, .token.title .token.punctuation { font-weight: bold; color: #1d3e81; } .token.list { color: #ed6a43; } .token.inserted { background-color: #eaffea; color: #55a532; } .token.deleted { background-color: #ffecec; color: #bd2c00; } .token.bold { font-weight: bold; } .token.italic { font-style: italic; } /* JSON */ .lan
其中star比对过程已经是超级简单了，但是perl脚本就比较麻烦，因为perl本身是上古语言，STAR-Fusion 这个perl脚本依赖的环境会难倒很多人，如下所示的代码架构：
1 ifconfig 2 vi /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 3 vi 4 vi /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules 5 reboot 6 ifconfig 7 vi /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 8 reboot 9 ifconfig 10 serv
linux的发行版非常多，其实本质上差别不大，哪怕是mac的OS应该是也是同样的管理操作模式。以下针对于ubuntu适用，当然ubuntu本身也有版本的区别，目前是16，我下面的操作是在12上进行的。 java1.7.0_03的安装 1、JDK官网上 http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html选择 2、将打开终端，建立目录： Sudo mkdir /usr/lib/java 3、将下载的jdk-7u3-linux-i5
官网下载地址： https://www.openssl.org/source/ Github地址：https://github.com/openssl/openssl/releases
交换机的配置信息十分关键，如果可以对这类信息进行自动备份并且进行版本控制就可以有效降低生产风险
conda这个东西，非常多人给我推荐过，即使是像我这样安装过上千款生物信息学软件的高手有时候也很痛苦各个软件的依赖关系，如果有省事的，我也比较乐意迁移我的习惯，但是，悲剧来了。
Perl5是一种全功能的编程语言。它用于所有类型的生产项目，包括世界各地的商业业务系统。Perlbrew是Perl5的安装和版本切换工具，您可以安装，删除，并在之间切换Perl版本。
注意：语言本身的位置好说，但是dev开发库就不一样了。 比如，一般我们本机只安装python，而不会安装python-dev。这是两个完全不一样的概念。第一个我们直接使用的语言，第二个是本机编译、开发能够引用的开发lib库。 所以，根据语言支持的需要，我们要安装这些开发库：
几年下来，PVE集群上面跑的虚拟机和容器超过两百了，因为种种原因，其中部分不在监控里面。这两周打算全部放入监控，想来想去还是snmp+centreon-plugin最省事。
在日常的linux运维工作中，大数据量备份与还原，始终是个难点。关于mysql的备份和恢复，比较传统的是用mysqldump工具，今天这里推荐另一个备份工具innobackupex。innobackupex和mysqldump都可以对mysql进行热备份的，mysqldump对mysql的innodb的备份可以使用single-transaction参数来开启一个事务，利用innodb的mvcc来不进行锁表进行热备份，mysqldump备份是逻辑备份，备份出来的文件是sql语句，所以备份和恢复的时候很慢，但
1、下载安装包“mysql-5.6.33-linux-glibc2.5-x86_64.tar.gz”
需要Linux版本：centos7 64位 好，我们开始了 1、下载安装包“mysql-5.6.33-linux-glibc2.5-x86_64.tar.gz” # 安装依赖 yum -y install perl perl-devel autoconf 2、把下载的安装包移动到/usr/local/下。 3、解压 tar zxvf mysql -5.6.33-linux-glibc2.5-x86_64.tar.gz 4、复制解压后的mysql目录到系统的本地软件目录 cp mysq
学完数据库基础知识，要想更深入地了解数据库，就需要学习数据库进阶知识，今天我们就先来聊一聊慢SQL查询那些事儿。
Unity3D打包android应用程序时，如果不对DLL加密，很容易被反编译，导致代码的泄露。通常的做法是通过加密DLL或者对代码进行混淆。本文的所要探讨的是通过加密的方式来对DLL进行保护，并详细记录加密的操作过程。
最近的MHA测试过程中，碰到了mysqlbinlog客户端的版本低于服务端版本的问题。即这个错误提示：mysqlbinlog is 3.2 (included in MySQL Client 5.0 or lower), but MySQL server version is 5.6.22-log. mysqlbinlog can not parse row based events。这个应该是个比较常见的错误。主要是由于在安装Linux期间通常在自带安装mysql相关rpm包，后来又安装了高版本的mysql而引发的一些版本问题。下面是这个问题的主要描述。
LFS: http://www.linuxfromscratch.org/lfs/
chroot，即 change root directory (更改 root 目录)。在 linux 系统中，系统默认的目录结构都是以 `/`，即是以根 (root) 开始的。而在使用 chroot 之后，系统的目录结构将以指定的位置作为 `/` 位置。
最近PHP爆出漏洞，老高也在升级PHP版本，并加入一些支持，但是遇到这个问题很蛋疼
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