类似于没有有效答案的问题。
我尝试在linux redhat 6.6上使用Rscript,但是Rscript使用了不正确的R版本。如何让Rscript使用最新的R版本?
运行Rscript --version的结果
R scripting front-end version 2.13.0 (2011-04-13)
而运行R则会产生以下结果:
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Pl
我在perl-cgi上使用
my $call = qx(Rscript tcga_analysis.R $bg_name $ctr_name $set $user);
当我在服务器上使用unix中的Rscript myRscript.R时,它可以工作,但在perl中,我似乎无法加载任何包。我得到以下错误(来自Apache日志):
Error in library(gplots) : there is no package called 'gplots'
使用.libPaths():
> .libPaths()
[1] "/home/sbattaglia/R/x86
我有一个简单的脚本foo.R,其中只有一行:
library("argparse")
当我从bash调用脚本时,我得到了以下错误:
$r foo.R
Error in library("argparse") : there is no package called ‘argparse’
OTOH,当我调用Rscript时,一切看起来都很好:
$ Rscript foo.R
Loading required package: proto
为什么会有区别?小小的自述式自述对加载库的问题只字未提。
我使用64位Linux 15 (基于Ubuntu13.04),R
我有以下dockfile # Base image https://hub.docker.com/u/rocker/
FROM rocker/shiny:latest
# system libraries of general use
## install debian packages
RUN apt-get update -qq && apt-get -y --no-install-recommends install \
libxml2-dev \
libcairo2-dev \
libsqlite3-dev \
libmariadbd
我正在尝试使用Rscript从命令行运行一些R脚本。我在mac和linux上都试过了,在这两种情况下都遇到了以下问题。下面的测试脚本非常好,只要我将它输入R:
is
脚本只打印出函数"is“。但是,如果我把它放在这样的文件中:
#!/usr/bin/Rscript
is
然后使用"./test.R“或"Rscript test.R”运行它,我将得到以下错误:
Error: object 'is' not found
Execution halted
似乎在Rscript中没有定义" is“函数,就像在R中那样。我如何才能使我的脚本工作?
Note
我想为R中的text-package构建一个奇异容器(它使用网状来访问python)。奇异容器生成,并且安装了文本包,并且可以作为安装过程的一部分运行textEmbed("hello")。
但是,当我启动奇点容器,然后运行:Rscript -e 'text::textEmbed("hello")'。我看到一个错误的读数:
Error: Python shared library not found, Python bindings not loaded.
Use reticulate::install_miniconda() if you'
我使用EOF来生成运行Rscript的bash脚本。在Rscript中,我使用basename来指定输出文件名。
当我使用EOF生成bash脚本列表时,basename无法工作。错误消息如下所示。我仍然能够生成bash脚本,但是${AF}在它出现的两个地方都变成了空白。很奇怪!
我对bash脚本进行了测试,它正在运行,所以我知道问题在EOF和basename之间。
如何将basename与EOF结合使用?或者有没有其他的方法?谢谢。
for letter in {A..Z}
do cat <<- EOF > batch_${letter}.sh
#!/bi
我在centos7上安装redux软件包时出错了,并且不知道如何修复它。以前有人遇到过吗?
我的Dockerfile是:
FROM centos:centos7
RUN yum -y install wget git tar
RUN yum -y install https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-7.noarch.rpm
RUN yum -y install epel-release openssh-server
ENV R_VERSION=4.0.5
RUN wget https://cdn.rstu
当我试图通过docker容器运行一个项目时,我得到了错误。尽管在Dockerfile中调用了ggmap,但镜像失败并显示ggmap未安装。
下面是我的存储库的链接:
这是我的dockerfile的样子:
FROM rocker/tidyverse
RUN Rscript -e "install.packages('devtools')"
RUN Rscript -e "install.packages('ezknitr')"
RUN Rscript -e "install.packages('lubridate
我写了这段代码,它正在工作,但只能在Linux上运行。
import subprocess as sub
sub.Popen([r"Rscript","diccionari.R"])
其中"diccionari.R“是R中我的脚本的名称。错误文本消息:系统无法找到特定的文件。
有没有人能帮帮我,它能在windows上工作吗?谢谢。
我在linux集群上运行一个R程序,因为它对我的处理器要求很高。我的程序被设计为将多个(大约15个)绘图作为PDF输出到程序从中收集输入的文件夹中。
我希望我的程序在后台运行,并在我注销集群时继续运行。
首先,我尝试了一下:
cd /Users/The/Folder/With/My/RScript #changed working directory
nohup ./BatchProgram.R &
然而,这不起作用,因为它将输出附加到一个名为nohup.out的文件中,并且没有输出我需要的任何PDF。
接下来,我尝试了一下:
cd /Users/The/Folder/With/My/
在用R中的glmnet包创建预测模型时,我观察到了这里提到的相同的错误和。但是,建议的重新安装glmnet包的解决方案并没有解决我的问题。
my_glmnet_script.R**:** 最小工作示例
#!/usr/bin/env Rscript --vanilla
# load libraries
library(methods)
library(glmnet)
library(doParallel)
# create toy model
n = 100
p = 250
x = matrix(rnorm(n*p), n, p)
y = matrix(rnorm(n), n, 1)