老规矩,总结一下linux 的文本处理。包括但不限于awk, sed, paste,split,grep....
在从Windows下移植某脚本文件到Linux环境之后会出现无法编译的情况,遇到类似如下的错误提示:
这是linux文本操作常用的几个命令,现在进行总结下 命令 常用用法 参数意义/示例 常用作用 cut cut -d '分隔符号'-f fileds cut -d ":" -f 3,5 切,纵向切,切列,相当于剪切,取的是某1列或某几列 cut -c 字符范围 cut -c 12- 切割排列整齐的信息 paste paste [-d] file1 file2 -d后面是分隔符,默认[tab]分隔 追加列,纵向添加,和cut反向对应 cat file1|paster file2 - -如果是管道命令,fi
[] eg: TATA-box 则可表示为:TATAATAAT. (这里的塔塔盒是指TATAWAWN 其中W=A/T N=ATC/G)
简介 本文主要介绍 Linux 系统的两个神级工具:sed 和 awk ,他们是Linux高手们必备的技能,很值得我们去研究的东西。 这里是我在网上书上收集的相关资料,因为这两个工具很有名也很重要,所以这些资料会帮助我更好的了解和熟悉它们。 什么是sed 在《sed and awk》一书中(1.2 A Stream Editor)的解释是: Sed本质上是一个编辑器,但是它是非交互式的,这点与VIM不同;同时它又是面向字符流的,输入的字符流经过Sed的处理后输出。这两个特性使得Sed成为命令行下面非常有用的
文章涉及到vim\grep\cat\more\less\echo\sed\awk的入门用法。
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从ENSEMBL的注释来看,人基因组中包含60,676个注释的基因,19968个蛋白编码基因。这些基因长度不同、位置不同、转录出的转录本不同,下面我们用几篇推文一步步去了解下基因组中的基因都有哪些令我们惊讶的地方。
编写shell脚本时,您可能需要将多行文本或代码块传递给交互式命令,例如tee,cat或sftp。在Bash和其他类似Zsh的shell中,Here document(Heredoc)是一种重定向,允许您将多行输入传递给命令。
date - print or set the system date and time
grep awk sed是Linux下文本处理常用的命令,能完成很多神奇的操作,今天就分享一下这三个命令最常见的用法
继续总结一下linux 的文本处理。包括但不限于awk, sed, paste,split,grep....
精心整理了生物信息学中常用的 Linux 命令,很不容易。所有命令的用法都经本人亲自测试。掌握这些命令,是每一个生信人基本的自我修养。
作者精心整理了生物信息学中常用的 Linux 命令,很不容易。所有命令的用法都经本人亲自测试。掌握这些命令,是每一个生信人基本的自我修养。
Linux命令中有一些常用符号,看到时不一定好查询它们的功能和含义,这里列举一些常见的符号和解释,欢迎大家补充完善。
Sed is a stream editor. sed全称是:stream editor 流编辑器 对文件的操作无非就是”增删改查“,sed命令就是实现对文件的”增删改查“。
----------文本操作命令---------- sed命令:文本编辑工具 sed是一个很好的文件处理工具,本身是一个管道命令,主要是以行为单位进行处理,可以将数据行进行替换、删除、新增、选取等特定工作,下面先了解一下sed的用法 sed命令行格式为: sed [-nefri] ‘command’ 输入文本 常用选项: -n∶使用安静(silent)模式。在一般 sed 的用法中,所有来自 STDIN的资料一般都会被列出到萤幕上。但如果加上 -n 参数
现在很多人命名的时候都喜欢用空格,例如“An Introduction.doc”。但是这种命名方式给Linux命令行工具和Shell带来了困扰,因为大多数命令中,都是默认以空格做为值与值之间的分隔符,而不是做为文件名的一部分。
grep (缩写来自Globally search a Regular Expression and Print)是一种强大的文本搜索工具,它能使用特定模式匹配(包括正则表达式)搜索文本,并默认输出匹配行,grep和sed的区别在于,grep是以行为单位,进行字符串的对比,sed则可以进行删除、替换等更多的功能
awk -F ‘:’ ‘BEGIN{语句} {if(条件){语句1;语句2;语句3} } END{语句}’ filename
-多年互联网运维工作经验,曾负责过大规模集群架构自动化运维管理工作。 -擅长Web集群架构与自动化运维,曾负责国内某大型金融公司运维工作。 -devops项目经理兼DBA。 -开发过一套自动化运维平台(功能如下): 1)整合了各个公有云API,自主创建云主机。 2)ELK自动化收集日志功能。 3)Saltstack自动化运维统一配置管理工具。 4)Git、Jenkins自动化代码上线及自动化测试平台。 5)堡垒机,连接Linux、Windows平台及日志审计。 6)SQL执行及审批流程。 7)慢查询日志分析web界面。
正则表达式(或称Regular Expression,简称RE)就是由普通字符(例如字符 a 到 z)以及特殊字符(称为元字符)组成的文字模式。
一、 正则表达式: 正则表达式(或称 Regular Expression,简称 RE)就是由普通字符(例如字符a 到z)以及特殊字符(称为元字符)组成的文字模式。 该模式描述在查找文字主体时待匹配的一个或多个字符串。 正则表达式作为一个模板,将某个字符模式与所搜索的字符串进行匹配。简单的说,正则表示式就是处理字符串的方法,它是以行为单位来进行字符串的处理行为,正则表示式通过一些特殊符号的辅助,可以让使用者轻易的达到搜寻/删除/取代某特定字符串的处理程序。vim、grep、find、awk、sed
碎碎念 今天梳理了这篇文章,同一个地方只能跌一次跟头,再重复错误肯定被老码农敲脑袋 梳理这篇文章源于3月份参加NOI Online测试赛没有全文比较输出文件内容,只是对比了几个值,导致爆零( ̄﹏ ̄;) 标题是老码农起的,心灵鸡汤太多了,以后想管他叫”唐鸡汤“了。(*^_^*) 准备测试文件 mode_ex1.ans 4 1 5 1 4 2 4 8 2 1 2 3 4 5 mode_ex1-2.ans 修改了第13行数据:4 -> 6 4 1 5 1 4 2 4 8 2 1 2 3 6 5 mode_ex
标题党了,其实是论VIM的使用。 做生物信息分析最合适的还是Linux操作系统,所以生信宝典在最开始就推出了Linux学习系列,由浅入深的讲述了Linux学习中的关键点。 主要文章列举如下: Linux学习-文件和目录 Linux学习-文件操作 Linux文件内容操作 Linux学习-环境变量和可执行属性 Linux学习 - 管道、标准输入输出 Linux学习 - 命令运行监测和软件安装 Linux学习-常见错误和快捷操作 Linux学习-文件列太多,很难识别想要的信息在哪列;别焦急,看这里。 Linux学
描述:在进行shell脚本语言编写的时候,不仅要注意写的功能,更要注意他的美观以及通用性,还需要让其他参与运维的人都能看懂;
本文介绍了如何使用流编辑器sed和编程语言awk对文本进行编辑和处理。首先介绍了流编辑器sed,它是一种非交互式编辑器,可以用于删除、替换和插入文本。然后介绍了编程语言awk,它是一种功能强大的文本处理工具,可以用于各种文本处理任务,包括从文本中提取信息、过滤和转换文本以及处理文本数据。
我们整个系统运行的时候可能需要很多后台的服务来支撑,这些服务往往都是在系统一启动的时候就开始了,直到系统关闭的时候才会被终止,所有的这些服务,我们称作系统服务,而具体执行这些服务的进程,我们往往把他们叫做守护进程(deamon).
Linux下文件内容操作 常用的文件内容操作有文件压缩解压缩、文件大小行数统计、文件内容查询等。 gzip: 压缩文件; gunzip: 解压缩文件 # gzip -c 把压缩的文件输出到标准输出 (一般是屏幕) # '>' 输出重定向,输出写入文件 ct@ehbio:~/ehbio_project$ gzip -c ehbio.fa >ehbio.fa.gz # 多了一个.gz文件 ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls ehbio3.fa ehbio4.fa ehbio5.fa
tr命令可以对来自标准输入的字符进行替换、压缩和删除。它可以将一组字符变成另一组字符,经常用来编写优美的单行命令,作用很强大。
由于工作需要,最近重新开始拾掇 shell 脚本。虽然绝大部分命令自己平时也经常使用,但是在写成脚本的时候总觉得写的很难看。而且当我在看其他人写的脚本的时候,总觉得难以阅读。毕竟 shell 脚本这个东西不算是正经的编程语言,他更像是一个工具,用来杂糅不同的程序供我们调用。因此很多人在写的时候也是想到哪里写到哪里,基本上都像是一段超长的 main 函数,不忍直视。同时,由于历史原因,shell 有很多不同的版本,而且也有很多有相同功能的命令需要我们进行取舍,以至于代码的规范很难统一。
最近在向Linux内核提交一些驱动程序,在提交的过程中,发现自己的代码离Linux内核的coding style要求还是差很多。当初自己对内核文档里的CodingStyle一文只是粗略的浏览,真正写代码的时候在很多细节上会照顾不周。不过, 在不遵守规则的程序员队伍里,我并不是孤独的。如果去看drivers/staging下的代码,就会发现很多驱动程序都没有严格遵守内核的coding style,而且在很多驱动程序的TODO文件里,都会把"checkpatch.pl fixes"作为自己的目标之一(checkpatch.pl是用来检查代码是否符合coding style的脚本)。
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环境变量的补充 PATH只是众多环境变量中的一个变量,用于存储可执行文件所在的目录,以便在用户输入命令时可以查询的到。尤其是自己写的脚本或安装的程序,系统不会知道它们在哪个路径下,需要我们去提供给系统这些新的路径,学名叫设置环境变量。 此外常用到的环境变量还有LD_LIBARY_PATH: 指定动态链接库 (so文件)的位置,一般在安装软件出错时会用到;PYTHONPATH: 指定Python的安装包的路径;PERL5LIB: 指定perl的安装包的路径。 设置环境变量要注意2点:1. 设置新的环境变量时一
sed 是一个流编辑器。 它可以对文件和输入流(如管道)执行基本的文本操作。 使用 sed,您可以搜索、查找和替换、插入和删除单词和行。 它支持基本的和扩展的正则表达式,允许您匹配复杂的模式。
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通配符是shell在做PathnameExpansion时用到的。说白了一般只用于文件名匹配,它是由shell解析 的,比如 find,ls,cp,mv等 shell常见通配符
history # 表示上一条 !! # 上一条命令的最后一个参数 !$ # 执行history的第555条 !!555 # 执行最近的一条以vi开头的 !vi # 键补全 vi 按两下出来全部v
语法:sed 选项 's/搜索的内容/替换的内容/动作' 需要处理的文件 动作一般是打印p和全局替换g
问题导读 1.Shell该如何学习? 2.Shell和传统编程语言有哪些相同? 3.Shell和传统编程语言有哪些不同? 4.你认为Shell还有哪些便捷的地方? 由于行业的发展,对程序员的要求越来越
本文主要介绍了Linux系统下文件操作和文件管理的一些知识点,包括Linux文件系统、文件权限、文件所有者、文件访问控制、文件搜索、文件压缩与归档、文件备份与恢复、Linux系统日志、Linux系统启动与关闭、Linux系统启动原理、Linux系统升级、Linux系统硬件监控、Linux系统软件管理、Linux系统网络管理、Linux系统安全与防御、Linux系统故障排除和调试等。本文旨在帮助读者掌握Linux系统下的文件操作和文件管理,提高工作效率和安全性。"
由于工作需要,最近重新开始拾掇shell脚本。虽然绝大部分命令自己平时也经常使用,但是在写成脚本的时候总觉得写的很难看。而且当我在看其他人写的脚本的时候,总觉得难以阅读。毕竟shell脚本这个东西不算是正经的编程语言,他更像是一个工具,用来杂糅不同的程序供我们调用。因此很多人在写的时候也是想到哪里写到哪里,基本上都像是一段超长的main函数,不忍直视。同时,由于历史原因,shell有很多不同的版本,而且也有很多有相同功能的命令需要我们进行取舍,以至于代码的规范很难统一。 考虑到上面的这些原因,我查阅了一些相关的文档,发现这些问题其实很多人都考虑过,而且也形成了一些不错的文章,但是还是有点零散。因此我就在这里把这些文章稍微整理了一下,作为以后我自己写脚本的技术规范。
Linux/UNIX中的sed命令是Stream Editor文本流编辑的缩写,它能同时处理多个文件多行的内容,比如文搜索,查找和替换,插入或删除。虽然sed命令在Linux/UNIX中最常见的用途是替代或查找。通过使用sed,您甚至可以在不打开文件的情况下编辑文件,这比先在VI编辑器中打开文件然后更改文件要快得多。
在使用MySQL的过程中,我们知道可以通过mysqldump或者select into outfile的方法将MySQL中的数据给转换成csv文件,这里简单介绍一下:
sed是一种流编辑器,也是文本处理中非常好的工具,配合正则使用更强大处理时,把当前处理的行存储在临时缓冲区中,称为“模式空间”,接着用sed命令处理缓冲区的内容,完成后输出到屏幕,接着处理下一行
今天在修改rpm打包的spec配置文件时,遇到一个问题就是:需要将100个左右源代码中的spec配置文件中的Release一行中的发布版本号使用宏变量%{_release}进行替换。
sed命令是利用脚本来处理文本文件,可依照脚本的指令来处理、编辑文本文件,主要用来自动编辑一个或多个文件、简化对文件的反复操作、编写转换程序等。
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