Jalview是一个用于多序列比对编辑、可视化和分析的免费程序。使用系统发育树和主成分分析 (PCA) 图对序列进行分析,并探索分子结构和注释。
MEGA是一个用于多序列比对和可视化、以及构建系统发育树的免费程序。自1993年发布以来,MEGA共更新9个版本 (没有第八、九版),今年发布的MEGA 11为处理更大的数据集进行了优化。
我认识的第一个操作系统就是windows,而认识了Linux之后我就开始逐步的往Linux上迁移…… 比如我的习惯、比如我的服务、比如…… 大部分人觉得Linux是高端产品,是IT专属,其实不然,Linux发展到今天,已经有了很大的改变,特别是在桌面世界,抛开应用来讲完全不输Windows。
Clustalw http://www.clustal.org/download/
4、如图所示可以下载到fasta格式的序列,注意这里下载的是基因或者蛋白质的全序列
atbus是我按之前的思路写得服务器消息通信中间件,目标是简化服务器通信的流程,能够自动选择最优路线,自动的断线重连和通信通道维护。能够跨平台并且高效。
Oracle11gR2的具体版本是11.2.0.1.0,适用于64位的Linux平台,包含两个软件包,名称分别为:
UCSF Chimera是一个用于分子结构和相关数据的交互式可视化和分析工具。主要包括:密度图,超分子组合,顺序排列,对接结果,轨迹和构象整合。也可以生成高质量图像和动画。
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常惊喜,不需要怎么沟通和指导,就默默的完成了一个实战!
很多人刚刚买来电脑,也有人刚刚重新装完系统。拿到一个除了预装应用外什么都没有的电脑,你知道你应该装什么应用吗,怎样安装应用安全吗。今天这篇教程就着手于上述问题,具体讲一讲拿到一个全新的电脑该怎么安装软件。
目前,已经实现全工作环境Linux化,电脑Linux+手机Linux+机器人Linux。
当研究一条DNA或蛋白质序列时,主要关注的是其包含的遗传信息;当研究两条或多条DNA或蛋白质序列时,则主要关注不同序列之间的差别与联系。在生物信息学中,对生物大分子的序列比对是非常基本的工作。
rMATS最近刚现在出了rMATS 4.0.1版,相比之间的rMATS 3.2.5版,其用C,Python,Cython重写了该软件,运算速度提升了100倍,并且可支持多线程执行(明显感觉到计算速度的提升),并且新版的安装也简便好多了。PS.老版的rMATS我那时都是用bioconda安装的,不然太折腾了。。
Ghostscript是一套建基于Adobe、PostScript及可移植文档格式(PDF)的页面描述语言等而编译成的免费软件。
东映动画近日发表公告称,其公司网络在周末遭到了第三方非法入侵,导致内部系统发生故障,大面积停止工作。东映表示详细情况还在调查中,受到此次攻击影响,被迫延迟播放的动画片包括《海贼王》《数码宝贝幽灵游戏》《勇者斗恶龙:达伊的大冒险》《Delicious Party 光之美少女》等作品。
通过上边的资料我们大概可以知道,MD5是一种难以逆向(逆转)的加密方式,那么我们在程序中,究竟怎么使用呢??
我基于公司申请的Ubuntu20.10系统的服务器搭建过可供多人使用Jupyter Hub建模平台,支持Python工作、R工作和Linux工作三种方式,同时,也可以做账户管理、权限管理、共享管理等。我也基于自己的本地机器,在Win系统上面搭建建模工作环境,支持Python工作和R工作。顺便说一下,我在金融科技行业做数据科学工作,Python语言和R语言,我都会使用。我从不做语言的好坏选择,只看语言是否有利于我解决问题。
接下来又认识了免疫组库测序数据,知道了免疫组库测序数据的一些特性,现在就面临免疫组库数据分析流程的搭建啦,这个其实非常复杂, 今天我只能勉强介绍一下使用igblast进行免疫组库分析,希望大家能跟上来。其实igblast这个软件早在六年前我就介绍过,差不多是重新看着自己的教程,一点一滴复现了一遍。真的要吹爆生信技能树和生信菜鸟团教程,极大的便利了生信工程师的工作。
ftp客户端--FileZilla ftp服务端--FileZilla Server 软件下载地址:https://filezilla-project.org/index.php
Cornerstone 4 for Mac是一款专业的源代码管理软件,特别适用于开发人员和团队使用。它提供了强大的工具和功能,使得您可以轻松地管理您的整个项目。
MySQL :: Download MySQL Community Server (Archived Versions) (opens new window)
Qt5.12下载网址: http://download.qt.io/archive/qt/5.12/5.12.2/
老板最近比较痴迷于各种seq,由于俩师姐外加一师妹的chip-seq建库老不成功,于是改成了CUTTAG建库,其实读了文献,发现都是相似的原理,只不过是CUTTAG用的细胞起始量远低于chip-seq,同时用的酶不同,建库的时间相对少很多。具体可以参考一下这篇文献CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cell(doi:10.1038/s41467-019-09982-5)。
原核生物的基因没有内含子,其基因预测相对真核生物简单。本期将以大肠杆菌基因组为例,讲解如何使用GeneMarks对原核基因组进行预测。
打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein,输入BopA,search
5.添加镜像(镜像网站就相当于主网站的副本,conda主体在国外,因而在国内下载速度会很慢,因此配置镜像,从镜像网站下载,可以加快下载速度。)
重要:越狱骨灰级玩家请忽略本篇文章,篇幅较长,大约2500+字,突有不适感,请返回上一页,继续忙你的事情
RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释,并分类统计的软件,几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。很多small RNA, lncRNA与Repeat区有密切关系。 之前我在2013在PLOB发布过《RepeatMasker安装方法与使用 》,阅读近7000次。相关百度云中Repbase也被下载几千次。但目前软件和数据库均更新很多次,旧版在主流系统安装也会出一些问题,重复序列发现种类也已经翻倍,故重发新版软件安装和使用方法。 软件安装与配置
官网:https://hfish.io/ Gitee项目地址:https://gitee.com/lauix/HFish/
Annovar是一款对基因组数据进行注释的软件。所谓注释,可以这样简单理解:我们知道二代测序下机后的序列经过比对后,会得到一系列变异数据,这些变异数据只是告诉我们在基因组的某个位置发生了一段序列的改变,至于这个改变会不会影响生物学功能,我们并不清楚。而注释就是将基因组的序列变异数据转化为我们更关心的生物学功能变化的信息。
全基因组甲基化测序(WGBS)是一种研究DNA甲基化的方法,以全面了解在基因组水平上的表观遗传变化。在进行WGBS数据分析时,通常需要使用专门的比对工具,因为这些工具需要能够处理亚硫酸盐转化后的数据。
Miniconda是最方便快捷的软件下载和管理器,相当于应用商店,大多软件都能搜到,一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。学习linux要丢弃之前的图形界面思维
大家好!我们都知道在进行生物信息分析的时候,会用到原始数据fastq文件。但是,我们想利用别人的测序数据进行重分析时,一般不能直接从NCBI数据库中下载到fastq文件,而是要先下载SRA数据。那么,如何能高效下载SRA数据呢,目前主要的方式包括5种:通过NCBI官方提供的SRA Toolkit工具进行下载;通过链接直接下载或Linux中的wget下载;利用aspera 高速下载;利用grabseqs 工具下载;运用python爬虫等工具进行辅助下载。这几种方式已有很多小伙伴发了帖子,想要使用哪种方式直接问度娘就好!
Aspera是IBM公司的一款高速传输软件,创造了新一代的传输技术(faspTM),不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制,以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据。解决方案的核心是fasp传输专利技术,它是一项突破性传输协议,充分利用现有的WAN 基础设施和通用硬件,传输速度比FTP和 HTTP快达数百倍。
通常都是使用 SSH 远程连接的方式来连接 Linux 主机,那么,当需要图形化桌面进行操作时,就可以配置 VNC 远程桌面来进行操作!
本文来源:原创投稿 *爱可生开源社区出品,原创内容未经授权不得随意使用,转载请联系小编并注明来源。
(错误:java.lang.UnsupportedClassVersionError: Unsupported major.minor version 51.0)
输入 uname -a 查看服务器是多少位的(查看过后是x86_64即64-bit) 进入biosoft cd biosoft wget 下载链接https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
近日,我们针对腾讯云海外各数据中心到腾讯云广州,做了一系列大文件传输对比评测。
运行 :bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
某位大神说过:我们都是被windows惯坏的人!确实如此,习惯了鼠标点点点,在没有双击只有代码的linux环境下真的非常陌生……每一步都有如履薄冰的感觉……如果有具体需要分析的数据以及实战经历的话可能更好理解呜呜┭┮﹏┭┮
备注:docker运行的操作系统,推荐为Linux,windows,macOS系统改下docker可能部分功能(网络)不能正常运行
1.创建biosoft(mkdir biosoft),然后进入biosoft(cd biosoft)
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shLinux
意思为建立一个名字为rnaseq的conda环境,指定pathon版本为3,安装fastqc\trimmomatic这两个软件。
http://software.broadinstitute.org/software/igv/download
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云