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3
回答
包含
字符
串的打印行:奇数行为
loops
、
for-loop
、
python-3.x
我正在使用Python3试图模仿我编写了一些可以工作的代码,但是它停止在第一个实例上,而不是找到包含指定
字符
/
字符
串的所有行。/usr/bin/env python3#Made by Devyn Collier Johnson, NCLA,
Linux+
, LPIC-1, DCTS我正在使用这个文件和
字符
串进行测试。#!
浏览 4
提问于2013-12-06
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1
回答
具有定向
字符
的任意
字符
串的多序列比较
python
、
string
、
algorithm
、
character
、
levenshtein-distance
核心问题是:细菌
基因组
中的基因可以认为是定向性状(A,0),(B,0)。通过确定序列距离,两个相关细菌同源基因的
基因组
定位可作为进化标记。细菌
基因组
是一个循环
字符
串
浏览 3
提问于2013-08-23
得票数 7
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3
回答
Matlab中的带
替换
采样
matlab
、
genetic-algorithm
我有一套n
基因组
,和n对应的适应值。我想对
基因组
进行采样,根据它们的比例适应值进行
替换
,这样P(genome) = fitness(genome) / sum(fitness(genomes))。
浏览 0
提问于2012-04-25
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6
回答
缩短FASTA头Perl
perl
、
sed
、
bioinformatics
我需要从这种格式转换FASTA头: NW中的W可以是其他地址中的C,下划线之后的数字数也会有所不同然而,将$1改为随机文本确实会使它在NW
替换
,所以我不太确定。此外,
替换
管
浏览 8
提问于2012-12-17
得票数 1
1
回答
Perl:如何大写正则表达式匹配?
regex
、
perl
、
capitalization
我正在使用这个正则表达式来查找
基因组
中的模式。为了使输出更容易阅读,我想修改它,使其大写它匹配的任何4到7个
字符
的长度。我的输出方式是从更大的
字符
串文件中获取基于'$+‘和'$+’的子
字符
串。我不想打印正则表达式匹配,我要打印出大量的校正器
字符
串,我希望匹配突出显示出来。 如果您确实需要查看我正在处理的代码,可以获取
浏览 0
提问于2011-06-28
得票数 5
1
回答
如何修改GenBank记录的顺序?
python
、
sequence
、
biopython
、
genome
我想要做的是在
基因组
文件中将GenBank记录的所有非假定序列都用小写字母表示。end = feature.location.nofuzzy_end现在我有了
基因组
中序列的开始和结束位置但是我如何修改
基因组
文件呢?gb_record.seq[start:end].lower()或类似的东西不能做到这一点。当我分配gb_record.seq = gb_rec
浏览 0
提问于2012-03-12
得票数 0
2
回答
DNA序列中的丛集发现
python
、
sequence
问题是 查找在
字符
串中形成丛集的模式。返回:
基因组
中所有不同的k-mers形成(L,
浏览 4
提问于2016-01-28
得票数 0
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1
回答
从for循环的每次迭代中创建一个新变量
c++
我正在尝试写一个函数,它有两个
字符
串:一个是细菌的“
基因组
”,例如ATACGAGA或类似的东西。另一个
字符
串是DNA序列,例如必须在
基因组
中找到的ATA。该函数应该返回在将DNA序列与
基因组
进行比较时找到的最佳相似性分数。因此,由于ATA是3个
字符
,它会将ATA与
基因组
中的前三个
字符
进行比较,然后是第二个、第三个和第四个
字符
,然后是第三个、第四个和第五个
字符
,依此类推。由于ATA是
基因组
的前三个<e
浏览 17
提问于2019-09-25
得票数 0
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1
回答
只有当用户id是当前用户时,我才能覆盖models.py条目?
python
、
django
、
django-models
、
django-views
、
userid
我有
基因组
文件,我希望每个用户都能上传他们自己的
基因组
文件,但是他们只能有一个。我希望这样,如果他们试图上传另一个,那么他们将只是
替换
基因组
和形成数据为他们的最后一个条目。我正在使用他们的条目,以及使用这个站点的n个人(每人也有一个条目)作为样本,根据这个人的
基因组
进行分析,所以我想要保存一个模型文件,里面装满了
基因组
,名字,性别等等。但每个用户只有一个。render(request, 'Upload.html', { 'form
浏览 5
提问于2022-01-27
得票数 0
1
回答
条件跳转或移动取决于在for循环中使用strcat的未初始化值。
c++
、
c
、
malloc
、
valgrind
我有一个包含3个染色体
字符
串的文件,我想把它连接到一个
基因组
中。然后,我必须跨多个线程访问这个连接
字符
串(我使用pthread_t)。SOLVES VALGRIND ISSUE ONE BUT DOES NOT GIVE A CONCATENATED CHAR*所有这些都很有效,但是我得到了未初始化的值是通过引用"char*
基因组
= (char*) malloc(sizeof(char) *(genome_size+
浏览 1
提问于2021-10-01
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1
回答
在所有
字符
串中发现的最大序列
c++
、
contest-problem
问题描述ACCC GTT给定一组
基因组
,你必须找到在所有给定
基因组
中重复的最大
字符
序列的大小。输入2CTCGTCGTCCCCGTCGTCGTGTC整数,表
浏览 0
提问于2013-04-17
得票数 2
2
回答
替换
列中每个符号(+/-)的值
awk
我正试图用
基因组
坐标构建一个.bed文件,而且我非常接近。只是错过了最后一步。BEL-1_PH-I 3181我需要用标记
替换
5列,用的是
基因组
中的方向。
浏览 0
提问于2020-06-28
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6
回答
Hamming距离的逆
python
、
string
、
algorithm
、
bioinformatics
、
hamming-distance
我试图用给定的Hamming距离生成所有
字符
串,以有效地解决生物信息分配问题。[ACGT]TGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCT #ACGTA[CGTT]GCATGTCGCATGATGCATGAGAGCT#CGTTACGTTG
浏览 5
提问于2013-11-12
得票数 22
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1
回答
Bowtie背后的算法或需求?
bioinformatics
、
jscience
、
genome
将测试读数映射到参考
基因组
。参照串可以是由A、C、T和G的组合构成的一百万个碱基对, 那么,将测试称为匹配、突变、SPM不匹配、雪茄等的标准是什么?我从一个角度思考,如果我必须用我喜欢的语言写我的领结,那么我需要遵循的测试阅读,参考
基因组
比较规则。
浏览 7
提问于2013-06-07
得票数 0
3
回答
在不匹配("N")的引用上查找
字符
串(DNA序列)的位置
python
、
string
、
bioinformatics
、
biopython
、
dna-sequence
我试图沿着
基因组
对齐找到起始和结束位置,因为启动区域是不连续的,所以本质上有两个区域。我需要找到这个启动区在
基因组
上的起始和结束位置。我试着简单地将N拆分为
字符
串,如下所示: regions = primer.split('N')end = genome.find(regions[-1]) + len(regions[-1]) 这样做的问题是,在大的
基因组
比对中,经常会有较短区域的重复,所以我最终得到了错误的位置。
浏览 34
提问于2020-12-08
得票数 0
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1
回答
如何找到最长的公共子
字符
串
algorithm
搜索最长的公共子
字符
串的最佳可用算法是什么?
字符
串包含16000+
字符
,字母表是ACDT。实际上,我想计算两个
基因组
的平均公共子串。
浏览 0
提问于2015-04-17
得票数 1
1
回答
在python中有什么方法和两个
字符
串吗?
python
、
python-2.7
、
filtering
、
mask
所以我有几个很大的文件代表了人类
基因组
中的每一个位置。这两个文件都是
基因组
中每个位置的某种类型的“分数”的二进制掩码,我有兴趣获得一个新的掩码,其中两个分数都是"1“,也就是两个掩码的交集。00100010101Desired output: 00100010001bin(int('0001
浏览 4
提问于2015-12-09
得票数 0
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2
回答
unix:获取文件中的
字符
10至80
text-processing
、
awk
、
wc
10到80,所以:GTCGAGCCT wc-m file awk '{print substr($0,2,6)}' file有什么想法吗? 是的,这是DNA,来自全
基因组
。我从包含不同脚手架的fasta文件中提取了这段DNA (在本例中是10和11 )。
浏览 0
提问于2017-04-06
得票数 4
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1
回答
Linux只读取第一行文件
linux
、
loops
、
unix
、
fasta
我试图在一个类似于这样的文件中
替换
头部:蜜蜂 NC_037638.1 DH4连锁群LG1 Amel_HAv3.1全
基因组
猎枪序列 LG1我试图用以下代码
替换
文件中的头文件: #!
浏览 7
提问于2022-11-19
得票数 1
1
回答
在本地MySQL EnsEMBL数据库中通过PyCogent列出物种名称?
python
、
mysql
、
database
、
bioinformatics
、
biopython
我们有一个本地的EnsEMBL MySQL数据库,其中包含带注释的蚊子
基因组
。但我无法访问这些数据,因为函数的先验假设是,我知道物种的确切名称(
字符
串),我试图查询它们的
基因组
.在网上搜索了几个小时之后,如果有人能告诉我如何列出物种的名称( PyCogent会理解的),我会非常感激,这样我才能最终查询本地数据库中的
基因组
数据。
浏览 3
提问于2014-01-20
得票数 0
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