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Nature|癌症基因组学如何改变诊断和治疗

现在,技术再次改变了我们对癌症起源和复杂性的理解。基因组测序不是基于肿瘤的位置进行广泛分类,而是提供了触发或帮助个体癌症发展的遗传突变组合的详细表征。...对于某些人来说,这些信息将挽救他们的生命-癌症遗传驱动因素的知识已经在改变某些人的癌症治疗方式。对于其他人来说,它目前仅添加新数据,而不增加他们的生命或新的治疗选择。...这些基因改变中的一些改变了肿瘤抑制基因的正常功能,该基因调节细胞的生长和死亡,通常对癌症具有保护作用。例如,肿瘤抑制基因BRCA1和BRCA2的突变与乳腺癌,卵巢癌和前列腺癌的高发风险有关。...基因突变并不是在所有癌症诊断中都起着如此中心的作用,但是即使不是,基因突变的存在与否也可能会改变每个人对癌症的描述方式。...即使某些基因突变不直接针对突变,某些基因突变也可以显着改变治疗选择。例如,在慢性淋巴细胞性白血病中,TP53基因突变的存在意味着该癌症可能对化学免疫疗法无反应。

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JavaSE基础(83) StringBuffer可变字符串(值可以改变)

参考链接: Java中的不可变字符串 StringBuffer可变字符串  == 》值可以改变 构造方法:        StringBuffer()  : 创建一个空的可变字符串对象        StringBuffer...(String s)  : 创建一个指定字面量的可变字符串对象 方法:(具体查api文档)        append(任何类型的参数):把指定的参数拼接到当前字符串的末尾。 ...:  /*  * 此代码创建了10个字符串对象,对内存是极大的浪费  * 像这种需要频繁的修改字符串值的情况,不建议使用不可变字符串:Stirng  * 建议使用可变字符串:StringBuffer  ...如果打印的值发生了变化,说明:是在本来的基础上改变了值         sb2.append("+hello");         System.out.println(sb2);        ...//删除sb2中索引0到索引3范围的字符串。

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python 如何改变字符串中某一个值_python替换字符串中的某个字符

、替换字符串  中的某个字符等,下面介绍下这几个功能的使用。  ...一、            Split()  作用:将字符串分割成为列表,不改变字符串原始值  这里以x为分割符,将a分成了含有三个元素的列表并输出。但不...  ...Python中的序列——字符串  字符串是零个或多个的字符所组成的序列,字符串是Python内建的6种序列之一,在Python中字符串是不可变的。  1....格式化字符串  字符串格式化使用字符串格式化操作符即百分号%来实现。在%左侧放置一个字符串(格式化字符串),而右侧则放置希望格式化的值(可以是元组或字典等)。  注意:  如果格式化...  ...的字符串类型是不可以改变的,你无法将原字符串进行修改,但是可以将字符串的一部分复制到新的字符串中,来达到相同的修改效果。

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反转字符串列表、改变递归次数限制、else用法...Python 冷知识(四)

优雅的反转字符串/列表 反转序列并不难,但是如何做到最优雅呢? 先来看看,正常是如何反转的。 最简单的方法是使用列表自带的reverse()方法。...>>> ml = [1,2,3,4,5] >>> ml.reverse() >>> ml [5, 4, 3, 2, 1] 但如果你要处理的是字符串,reverse就无能为力了。...mstr1 = 'abc' ml1 = list(mstr1) ml1.reverse() mstr2 = str(ml1) 对于字符串还有一种稍微复杂一点的,是自定义递归函数来实现。...>>> mstr = 'abc' >>> ml = [1,2,3] >>> mstr[::-1] 'cba' >>> ml[::-1] [3, 2, 1] 改变递归次数限制 上面才提到递归,大家都知道使用递归是有风险的...如果你这字符串太长啦,使用递归方式反转,就会出现问题。 那到底,默认递归次数限制是多少呢?

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Xcode中修改变量名、类名及字符串的替换操作

Xcode中修改变量名、类名及字符串的替换操作         在做iOS开发代码优化的工作时,优化代码结构之前,我们应该先整理好工程的外貌,将文件和类的命名进行规范,在Xcode中为我们提供了方便而强大的名称修改功能...第二步 修改相关字符串:         通过第一步,我们的类的文件名,类名都已经更改,但并不全面,因为某些注释,字符串动态创建类对象以及类函数创建类对象时的类名并没有更改,我们需要做这一步,将更改前的类名在...检索出以检索条件开头的对象         Ending with:检索出以检索条件结尾的对象 我们选择Matching,进行检索,将检索出来的地方进行Replace替换,通过这一步,我们可以替换代码中的注释,字符

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基因组测序简介

基因组测序 一个非常简单的语言类比 想象一个由30亿字符组成的长字符串,其中大约有25,000个单词与其他字符交错在一起。有些单词甚至连成了一句话。...更改、添加或删除字符字符组都可能会改变单词甚至句子的结构或含义。 [dt00f3blez.png] 每个长字符串都有大约一千万到三千万个可能出现这种差异的地方,这使得事情变得有趣了起来。...当然,事实上基因组肯定比字符串更复杂。但是它确实是基因组数据的合理抽象类比。 在基因组中,我们一直在积累关于词(基因)在字符串(碱基)中位置的知识,并且试图发现它们产生差别的地方(变量)。...[5a2b5dr3mk.jpeg] 基因组测序简介 基因组测序就是使用化学方法和记录技术依次(按顺序)读取编码基因组字符(A,G,C,T)。...[基本组测序的基本流程] 数据最初是以短字符串的形式读取的。对于一个人基因组的30倍覆盖(30倍是一个普遍的目标),可能有大约6亿个长为150个字符的短字符串。

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使用Retrofit打印请求日志,过滤改变服务器返回结果,直接获取String字符串直接获取字符串手动解析查看Retrofit请求网络日志自定义Interceptor实现过滤改变请求返回的数据(可使用

库 compile 'com.squareup.retrofit2:converter-gson:2.0.2' compile 'com.google.code.gson:gson:2.7' 直接获取字符串手动解析...除了这种情况,我们经常会因为后台传来的数据的不稳定性,我们需要自己手动去解析字符串,那么就引入了这个 compile 'com.squareup.retrofit2:converter-scalars...Globals.SERVER_ADDRESS) //02采用链式结构绑定Base url .addConverterFactory(ScalarsConverterFactory.create())//首先判断是否需要转换成字符串...30, TimeUnit.SECONDS)//网络请求超时时间单位为秒 .build(); .addInterceptor()可以调用多次 自定义Interceptor实现过滤改变请求返回的数据...getInteger("code") == 500) { /** *这里改变返回的数据

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【AI系统首次实现真正自主编程】利用遗传算法,完爆初级程序员

要使用遗传算法生成软件程序,必须首先创建一个基因组(genome)。基因组是一组被组合在一起作为单个单元的基因。...在每一代,AI Programmer利用随机选择以及交叉和变异来创建子程序,其中包含轻微的随机扰动,并且可能比其父母更好的基因组来解决目标任务。 ? 图3展示了从浮点数组中构建基因组的实例。...这导致特定基因的值发生修改,使所得到的编程指令发生变化,进而改变整个程序。 ? 可执行程序根据其执行情况进行排名,如图5所示。...AI Programmer使用结果:输出“Hello World”,反转字符串,加减乘,输出斐波那契数列…… AI Programmer由C#.NET设计的模块化框架组成。...如果目标程序旨在生成一个字符串,如”Hello World”(见上图),测试分数可能是字符串中的数字。但由于AI Programmer是在字节级生成代码,测试分数应将输出字符的增量差考虑在内。

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AI系统首次实现自主编程,完爆初级程序员!

要使用遗传算法生成软件程序,必须首先创建一个基因组(genome)。基因组是一组被组合在一起作为单个单元的基因。...在每一代,AI Programmer利用随机选择以及交叉和变异来创建子程序,其中包含轻微的随机扰动,并且可能比其父母更好的基因组来解决目标任务。 ? 图3展示了从浮点数组中构建基因组的实例。...这导致特定基因的值发生修改,使所得到的编程指令发生变化,进而改变整个程序。 ? 可执行程序根据其执行情况进行排名,如图5所示。...AI Programmer使用结果:输出“Hello World”,反转字符串,加减乘,输出斐波那契数列…… AI Programmer由C#.NET设计的模块化框架组成。...如果目标程序旨在生成一个字符串,如”Hello World”(见上图),测试分数可能是字符串中的数字。但由于AI Programmer是在字节级生成代码,测试分数应将输出字符的增量差考虑在内。

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AI系统首次实现真正自主编程:利用遗传算法,完爆初级程序员

要使用遗传算法生成软件程序,必须首先创建一个基因组(genome)。基因组是一组被组合在一起作为单个单元的基因。...在每一代,AI Programmer利用随机选择以及交叉和变异来创建子程序,其中包含轻微的随机扰动,并且可能比其父母更好的基因组来解决目标任务。 ? 图3展示了从浮点数组中构建基因组的实例。...这导致特定基因的值发生修改,使所得到的编程指令发生变化,进而改变整个程序。 ? 可执行程序根据其执行情况进行排名,如图5所示。...AI Programmer使用结果:输出“Hello World”,反转字符串,加减乘,输出斐波那契数列…… AI Programmer由C#.NET设计的模块化框架组成。...如果目标程序旨在生成一个字符串,如”Hello World”(见上图),测试分数可能是字符串中的数字。但由于AI Programmer是在字节级生成代码,测试分数应将输出字符的增量差考虑在内。

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AI系统首次实现自主编程,完爆初级程序员!

要使用遗传算法生成软件程序,必须首先创建一个基因组(genome)。基因组是一组被组合在一起作为单个单元的基因。...在每一代,AI Programmer利用随机选择以及交叉和变异来创建子程序,其中包含轻微的随机扰动,并且可能比其父母更好的基因组来解决目标任务。 ? 图3展示了从浮点数组中构建基因组的实例。...这导致特定基因的值发生修改,使所得到的编程指令发生变化,进而改变整个程序。 ? 可执行程序根据其执行情况进行排名,如图5所示。...AI Programmer使用结果:输出“Hello World”,反转字符串,加减乘,输出斐波那契数列…… AI Programmer由C#.NET设计的模块化框架组成。...如果目标程序旨在生成一个字符串,如”Hello World”(见上图),测试分数可能是字符串中的数字。但由于AI Programmer是在字节级生成代码,测试分数应将输出字符的增量差考虑在内。

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基于Salmon的转录组定量流程

Salmon是不基于比对计数而直接对基因进行定量的工具,适用于转录组、宏基因组等的分析。...其优势是: 定量时考虑到不同样品中基因长度的改变(比如不同isoform的使用) 速度快、需要的计算资源和存储资源小 敏感性高,不会丢弃匹配到多个基因同源区域的reads 可以直接校正GC-bias 自动判断文库类型...Salmon定量依赖于cDNA序列和原始的FASTQ序列,新版本也可以提供基因组序列以处理某些能同时比对到已经注释的基因区和基因间区的reads,获得更准确地定量结果。 ?...第一步,构建索引 从ENSEMBL下载基因组和基因注释文件,具体参考NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件。...transcript.fa.tmp # gffread生成的fasta文件同时包含基因名字和转录本名字 grep '>' GRCh38.transcript.fa.tmp | head # 去掉空格后面的字符

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图说|新抗原与基因组不稳定性对免疫表型和免疫治疗反应的影响

然而,这些高保真过程可能会受到各种基因组改变的影响,从而导致癌症的发展,在这种变化中,正常的全基因组突变率会加快。...通常,这一结果是由于生殖系的遗传或从头改变影响了参与这些过程的酶的正常功能,从而导致基因组不稳定的不同表现。...图解 由于通常确保基因组复制保真度的酶功能被改变,由此产生的错误可能导致几种类型的次生体细胞改变,这些改变可能改变基因组中的蛋白质编码序列。当与癌症相关的基因发生改变时,就会发展成恶性肿瘤。...在这两种情况下,由转录和翻译的基因的基因组不稳定性(直接或间接)引起的改变,编码了癌细胞特有的新肽序列。...总结 癌症的基因组不稳定性是多种基因组改变的结果,包括生殖系和体细胞。这些改变可以通过反映潜在基因及其改变的这种可变性的不同方法来检测,这些因素决定了对免疫调节药物的可能反应。

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这篇12分只有2张图的文章思路值得借鉴

作者对致命性前列腺癌的未治疗初级样本以及去势抵抗后的样本进行了基因组测序,分析了前列腺癌原发肿瘤活检中的基因改变,评估相同患者的、匹配的未治疗样本和去势抵抗样本的基因变化,以判断在治疗过程中是否有基因组改变...但是,根据预测的基因组生物标志物指导治疗选择的前列腺癌分子分层仍是一个未满足的临床需求。最近的基因组研究已经阐明了这种患者间的异质性,确定了多个潜在的可操作的改变,目前正在临床试验中进行评估。...因此,本研究旨在描述致命前列腺癌原发肿瘤活检的基因组概况。作者假设这些原发肿瘤会因先前与mCRPC相关的改变而富集,并且与那些不复发的原发前列腺肿瘤不同。...BRCA2是DDR基因最常见的改变(7%)。在470例病例中有11例(2%)发现错配修复基因的改变。...的富集改变显著(P < 0.001);BRCA2 (P = 0.015),以及CDK12 ( P = 0.04) 的富集改变有差异。

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