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沙龙
1
回答
在AWS
上
通过Tibanna执行Snakemake工作流
、
、
我试图通过Tibanna在AWS
上
执行Snakemake官方
教程
的工作流程。 然而,我在
bwa
_map日志
上
写着:
浏览 8
提问于2020-09-07
得票数 0
回答已采纳
3
回答
如何快速识别Snakemake中的规则是否需要输入函数
、
、
、
、
我在他们的文档页面上学习了snakemake
教程
,并且在输入函数的概念
上
陷入了困境。基本
上
,它们将config.yaml定义为: A: data/samples/A.fastq以及没有任何输入函数的Snakefile"calls/all.vcf" "plots/quals.svg" &qu
浏览 20
提问于2022-06-29
得票数 3
回答已采纳
1
回答
在SnakeMake中使用Conda环境解决SGE集群问题
、
、
、
、
相关:rule
bwa
_sge_c_test: "
bwa
.yaml" "
bwa
> snaketest.txt"channels:dependencies:我使用以下命令
浏览 11
提问于2018-09-10
得票数 1
1
回答
如何在
linux
的windows子系统
上
运行burrows-wheeler校正器?
、
、
我已经在windows
上
安装
了ubuntu,现在可以从windows打开bash了。我还从Sourceforge:https://sourceforge.net/projects/bio-
bwa
/files/下载了burrow-wheeler aligner 从那里,我尝试提取bz2文件我将解压缩的文件夹添加到PATH中 但是当我在bash
上
输入
bwa
时,它会显示
bwa
: command not found 我完全是个初学者,想
浏览 19
提问于2021-04-24
得票数 0
3
回答
使Python脚本与
linux
包相结合,便于最终用户
安装
。
、
、
、
此外,我还运行包(例如samtools、
bwa
、GATK),在
linux
(apt
安装
)中
安装
是必需的。 我想以某种方式包装所有这些依赖项,使最终
安装
尽可能地对用户友好和稳定。
浏览 10
提问于2019-07-06
得票数 10
回答已采纳
1
回答
子进程:无法将“_io.BufferedReader”对象隐式转换为str
、
、
、
更准确地说,我正致力于将读取与
BWA
MEM与配对尾读()对齐。在脚本的第一部分,我迭代了我的文件中的名称列表(即fastq绑定的文件),然后在列表中对它们进行相应的排序。现在使用子流程,我希望通过使用bunzip2对它们进行解压缩,然后通过stdin将它们传递给
bwa
mem。
bwa
mem命令将fastq格式文件转换为.sam文件,然后使用samtools将它们与.bam格式进行转换。with open("sam/" + samp + ".bam", "w") as
浏览 2
提问于2017-04-10
得票数 4
2
回答
在本地
安装
zlib
、
我必须
安装
zlib才能让软件在我的institute服务器
上
运行。我知道我可以使用以下命令在本地
安装
zlib。/configure --prefix=/home/local/zlib 我最终使用make install命令
安装
了它。现在我需要把它放到path中来运行其他需要zlib的软件。如何设置路径?
浏览 12
提问于2013-03-31
得票数 2
1
回答
在Ubuntu命令行
上
运行spring工具套件(Windows子系统
Linux
)
、
、
我激活了Windows Subsystem
Linux
,并从微软商店
安装
了Ubuntu。我通过wget和解压在Ubuntu
上
安装
了Spring工具套件。 但是,我不知道如何从命令行启动sts应用程序。我只在Ubuntu Desktop
上
看到说明,但WSL
上
的Ubuntu没有Desktop模式。
浏览 13
提问于2019-07-07
得票数 0
1
回答
docker:在$PATH解决方案中找不到可执行文件而不更改CMD
、
我正在尝试运行官方的
bwa
码头,并且一直收到一个错误:docker: Error response from daemon: OCI runtime create failed: container_
linux
.gocan
浏览 0
提问于2018-10-15
得票数 1
回答已采纳
1
回答
如何加载正确的libavcodec.so共享库版本?(53)
、
我在我的项目中使用libavcodec和libavformat,但当我执行在另一台机器
上
构建的二进制文件时,我得到以下错误:我用libav
安装
了ffmpeg,并尝试了以下命令libavformat-devsudo apt-get inst
浏览 2
提问于2014-07-12
得票数 1
回答已采纳
2
回答
如何构建facebook的脚本?
、
、
、
我刚刚下载了facebook的脚本的源代码。我是个新手,读过readme.build文件后,我可以说我几乎不明白如何构建它。谁能给我一步一步的程序?谢谢..。:)
浏览 2
提问于2010-08-06
得票数 0
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5
回答
如何
安装
最新的mono和monodevelop?
、
我尝试在centOS 6.3
上
安装
mono和monodevelop。几个小时后,我能够
安装
mono,但使用monodevelop失败了。我真的很惊讶,在
linux
上
安装
最新的mono/monodevelop版本是多么的困难和耗时。有没有人愿意编写和维护一个
安装
/编译
教程
来获得最新的mono/monodevelop/monodata/ASP.NETMVC/...
安装
了主要<em
浏览 22
提问于2013-03-03
得票数 24
2
回答
Ubuntu18.04不启动华硕X541S双引导
、
、
、
我已经从Windows 10的双重引导中删除了
Linux
,我使用了本
教程
。当我去UEFI时,新的Ubuntu没有出现。Windows中的磁盘管理显示,Ubuntu已经
安装
在dev/sda6
上
,grub
安装
在dev/sda7
上
。 我使用了上面提到的
教程
来检查引导加载程序是否
安装
到UEFI。事实并非如此。我想找回grub2,就像我和<em
浏览 0
提问于2018-06-12
得票数 0
4
回答
在
Linux
上
安装
Oracle 10G
、
当我在
Linux
操作系统
上
安装
oracle 10g时,我遇到了一些问题,任何人都可以向我发送关于在
Linux
上
安装
oracle的确切
教程
或链接。谢谢
浏览 0
提问于2010-08-11
得票数 1
2
回答
如何在Ubuntu14.04
上
安装
Google?
、
在Askubuntu中搜索答案,但我发现的只是
安装
Ubuntu12.04
上
的谷歌驱动的方法,这对我没有用。 有人能给我一些想法吗?
浏览 0
提问于2014-11-02
得票数 66
回答已采纳
1
回答
Jenkins
Linux
主服务器和Windows从服务器: Maven构建配置
、
、
我在我们的网络中为Maven构建配置了一个
Linux
主服务器。为了提高性能,我决定在Windows机器
上
配置Jenkins从站(我目前没有其他
Linux
服务器)。我能否将我的构建配置为能够同时在
Linux
主服务器和Windows从服务器
上
运行?例如,项目配置包含一个包含“目标和选项:clean install -s /opt/hudson_home/m2-settings-
bwa
.xml -P -abgabe”的构建部分。那么,我应该如何配置
Linu
浏览 4
提问于2012-11-28
得票数 0
1
回答
我如何在Ubuntu的同时双引导Chromium?
、
我正在使用Ubuntu 15.10。我想用Chromium双重引导它。我查了一下官方网站,但不清楚每一步的意思。因此,我对这个过程有点警惕。请帮帮我。
浏览 0
提问于2016-05-21
得票数 0
1
回答
远程Ubuntu桌面17.10,如何使用ssh和GUI访问它
、
、
、
正如title说的,我有一台windows机器和一个通过ssh访问的远程ubuntu。我需要在上面运行一些可视化软件。如何使用GUI (如果可能的话,GNOME)访问遥控器?
浏览 0
提问于2018-06-13
得票数 3
回答已采纳
1
回答
linux
上
的opencl问题
、
、
我有一台装有
linux
和nvidia gforce 5200的台式机。显卡不支持opencl编程。因此,我
安装
了AMD APP SDK v.2来在CPU
上
编程opencl。
浏览 1
提问于2012-12-27
得票数 1
3
回答
Linux
+认证
在我学习的所有东西中,我的强项似乎是
Linux
。随着春假的临近,我想利用这段时间为我的
Linux
+认证考试做准备。 我正在寻找好的网站,书籍等的建议,从那些谁是
Linux
+认证。
浏览 0
提问于2012-03-13
得票数 7
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