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我有数以千计的DNA序列，范围在100到5000 bp之间，我需要对指定对进行比对并计算身份得分。Biopython pairwise2做得很好，但只适用于短序列，当序列大小超过2kb时，即使使用了'score_only‘和'one_alignment_only’选项，它也会显示严重的内存泄漏，从而导致the scriptjob 4945543.1 died through signal XCPU (24)
我知道还有其他用于比对
浏览 1提问于2015-11-10得票数 4
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我想要找到大约10KB序列的新颖和已知的RNA和转录本。如果序列在ensembl和UCSC浏览器中没有很好的注释，那么使用生物信息学工具最简单的方法是什么？拼接EST和RNA测序数据是一种选择吗？我刚接触生物信息学，你的建议对我很有用。
提前感谢
浏览 5提问于2012-09-04得票数 0
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我希望从大型文本文件(~870,000,000行)中提取某些行组。例如，在50行文件中，我可能需要第3-6、18-27和39-45行。通过浏览堆栈溢出，我发现bash命令：是获得一行或一组行的最快方法，从NUMstart开始，再到NUMend。然而，当读取多组行时，这似乎是效率低下的。通常情况下，这一技术并不那么重要，但是对于这么大的文件，它会产生巨大的影响。
有比对<
浏览 4提问于2017-01-03得票数 1
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我想知道是否有人知道有什么工具可以让我在多序列比对中的任何特定位置计算氨基酸的频率。例如，如果我有三个序列：Species 2 - MMLSA我想找到一种按位置搜索以下输出的方法：
Position 1 -我对R和Linux很熟悉，但如果有其他软件可以做到这一点，我相信我可以学到。
浏览 11提问于2022-09-09得票数 0
尝试实现用于生物序列比对的Needleman-Wunsche算法。在某些情况下，存在多个最佳编辑路径。
如有任何意见请见谅。
浏览 9提问于2014-01-18得票数 5
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我知道这是个模糊的问题。我试图在Linux机器上对一些磁盘进行一些性能测试。我得到了一些不一致的结果，在同一个磁盘上运行相同的测试。我知道磁盘具有不同的性能，这取决于正在访问的磁盘的哪个部分。特别是，由于接近恒定的数据密度和恒定的转速，对磁盘外部的读写比对磁盘内部的读写具有更高的吞吐量。
我想看看我的不一致是否可以归因于这个几何诱导的</
浏览 0提问于2011-09-09得票数 11
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我有一个fasta文件，包含一个特定蛋白质的多个序列(氨基酸序列)。序列的最后一个字符被表示为"*"，它实际上表示停止密码子。我试着用肌肉做多个序列比对，但是这个工具拒绝使用"*“结尾的所有序列。例如，我的输入文件是：MSDGFHS*MSDRFH*>seq1>Seq2
MSDRFH
浏览 0提问于2021-12-14得票数 -1
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公司有上云的准备，但是现有的一些工具和监控是否也可以接到云上，如：mysql同步表数据比对，这个在腾讯云上怎么实现？
浏览 116提问于2022-11-09
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我想问一个问题，在开发安卓应用程序时，当涉及到Drawable中的图标和图片时，你更喜欢做什么?在应用程序中，图标和图片将作为默认内容使用。
这更像是一个标准的问题，所以它不需要技术思维。您认为是否应该像android建议的那样使用4或5个不同大小的图像，并让Android自己决定适合使用的大小取决于设备屏幕大小(在带有4或5个文件夹的可绘制文件夹中，名为"hdpi，xhdpi，xhdpi等“)，还是只使用一个大型资产来优化apk的<
浏览 3提问于2018-01-16得票数 0
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我在QtCreator中有一个包含.c和.cpp文件的项目，现在在我当前的工具链GCC下构建和运行得很好。1-我需要使用linux-armv5te-linux-gnueabi- QTlibraries构建工具链，例如，
2-在QT中创建一个新项目，并将此版本的qt添加到其中。3-在qtcreator
浏览 1提问于2012-03-06得票数 0
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大多数在Linux上运行的软件都可以使用可选的内置兼容层在FreeBSD上运行。AIX基于UNIX System，具有与BSD兼容的扩展。IBM AIX中是否存在Linux兼容性层？
浏览 0提问于2015-02-09得票数 4
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我是这个论坛的新手，也是计算分析的新手，我第一次使用独立的NCBI Blast+ (blastp)，我有以下格式的结果文件：Length=6Length=739分数= 15.4位(28)，期望= 0.044，方法:基于组合的统计。身份= 5/6 (83%)，阳性= 6/6 (100%)，空白= 0/6 (0%)但是我想对所有的点击进
浏览 2提问于2014-12-27得票数 0
我正在尝试使用'Needleman -Wunsch‘的“全局比对”算法实现蛋白质成对序列比对。
我不清楚如何在我的源代码中包含'Blosum62矩阵‘来做评分或填充二维矩阵？我在谷歌上搜索了一下，发现大多数人都建议使用包含标准“Blosum62矩阵”的平面文件。这是否意味着我需要从这个平面文件中读取并填充我编码的"Blosum62矩阵“？此外，另一种方法可能是使用一些数学公式，并将其包含在您的</
浏览 1提问于2010-03-04得票数 3
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我有一个定制的参考基因组，gene.fa和18个床文件。我想要生成一个床文件，其中包含一个感兴趣的区域，5100-5600 bp，作为一个单一的条目，我可以使用我的18个床文件上的床工具相交，用于交叉口。我正在考虑从参考基因组中复制/粘贴感兴趣序列的区域，并将其对齐以生成我的床文件。问题是，我的参考基因组是一个三聚体，所以这个序列被重复了三次，在
浏览 12提问于2022-05-25得票数 0
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我发现是在Linux上为我的Java应用程序创建可执行文件的最佳工具。可执行文件在Linux上工作得很好，但我有一个关于这个工具的问题：
该工具迫使我将JRE嵌入到输出文件夹中，这会导致我的应用程序的输出很大。我可以在不嵌入JRE的情况下创建可执行文件吗？
浏览 0提问于2019-01-01得票数 1
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如何计算文本字符串的多序列比对
、、、、
我正在写一个程序，它必须计算一组字符串集的。我正在考虑用Python来做这件事，但如果更实用的话，我可以使用外部软件或其他语言。数据不是特别大，我没有很强的性能要求，我可以容忍近似(即。我只需要找到一个足够好的对齐方式)。唯一的问题是字符串是常规字符串(即，UTF-8字符串(可能包含应被视为常规字符的换行符)；它们不是DNA序列或蛋白质序列。我可以找到大量的工具和信息，用于生物信息学中的常见情况，具有特定的复杂文件格
浏览 1提问于2011-04-28得票数 22
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