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ISLES'2024——缺血性中风病变分割挑战赛

关于缺血性中风患者治疗的临床决策取决于对核心(不可逆受损组织)和半影(可挽救组织)体积的准确估计。估计灌注量的临床标准方法是反卷积分析,包括 i) 通过灌注 CT (CTP) 反卷积估计灌注图和 ii) 对灌注图进行阈值化。然而,不同的反卷积算法、其技术实现以及软件包中使用的可变阈值会显着影响估计的病变。此外,由于半暗组织的不可逆损伤,核心组织往往会随着时间的推移而扩张,梗塞的生长速度因患者而异,并取决于血栓位置和侧支循环等多种因素。了解核心的生长速度对于根据转运时间评估将患者转移到综合性卒中中心的相关性在临床上至关重要。此外,由于并非每次机械血栓切除术再灌注治疗都能实现完全再灌注,因此预测梗塞生长可能会为介入放射科医生提供有关额外再灌注尝试的潜在益处的见解。因此,预测急性成像数据的时间核心演变是临床决策的关键。

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Nat. Biotechnol. | DestVI:识别空间转录组数据中细胞类型的连续性

本文介绍由以色列魏茨曼科学研究所免疫学系的Ido Amit和美国加州大学伯克利分校电气工程与计算机科学系的Nir Yosef共同通讯发表在 Nature Biotechnology 的研究成果:大多数空间转录组学技术都受到其分辨率的限制,虽然与单细胞RNA测序的联合分析可以缓解这一问题,但目前的方法仅限于评估离散的细胞类型,揭示每个位点内细胞类型的比例。为了识别同一类型细胞内转录组的连续变异,本文作者利用变分推理开发了空间转录组图谱的反卷积模型(DestVI)。经实验证明,DestVI在估计每个位点内每种细胞类型的基因表达方面优于现有的方法,DestVI还可以为实验中的细胞组织提供高分辨率、准确的空间特征,并识别不同组织区域或不同条件之间基因表达的细胞类型特异性变化。

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