今天又有小伙伴微信问我perl模块安装的问题，因为ENSEMBL发布的大多数数据库以及软件都是基于perl的，尤其是分量很重的VEP，所以即使你再如何如何的讨厌perl，也不得不与之打交道。 这种细节问题问我，我当然无法直接给出答案咯。毕竟，我的知识积累都不是靠死记硬背的。所以需要取回过头查看一下我的博客，才意识到，我竟然已经写了7篇教程，关于perl的模块。目录如下： ubuntu服务器解决方案第七讲-perl安装模块 Perl用cpan在linux上面安装模块 Perl及R及python模块碎碎念 pe
circos对于小伙伴们应该都不会陌生，现在应用场景非常的广泛。小编在工作的时候也为了做出惊艳的circos曾大伤脑筋。为了能够让小伙伴们不再做重复性的基础工作，小编系统的整理分享perlcircos 的安装、配置和使用。perl 版本的circos 是Martin Krzywinski在2009年发表在Genome Research 上的一篇题为“Circos: An information aesthetic for comparative genomics”开发的软件。从发表到今天（2019/05/03）引用次数竟高达4296次。很多作图都是非常好看，甚至让人惊艳的。下边小编从官网转过来一些，请大家鉴赏。
Perl 是一种功能丰富的计算机程序语言，运行在超过 100 种计算机平台上，适用广泛，从大型机到便携设备，从快速原型创建到大规模可扩展开发。在生物信息分析领域，Perl 主要是做数据预处理、文本处理和格式转换、对算法效率要求不高的分析软件开发，系统管理和 pipeline 搭建等工作。这里对 Linux（主要是 CentOS）、Windows 下 Perl 的安装做一个备忘。
在调试 Perl 测试程序时，常常需要在测试路劲执行 Perl 脚本，相应的 .pm 模块测试程序也需并不在 Perl 默认的模块路径下，使用以下语句即可指定模块检索路径。
CentOS 8操作附带一个定制内核，以确保其完整性和与支持的硬件的兼容性。CentOS 8 Linux中附带的内核版本为4.18。Linux内核包括基本内核本身和许多内核模块。
1、特征：能理解分区的概念，知道安装linux系统和常见的数据库、桌面管理器、应用软件等，能做一些基本的配置（如网络、打印机、调制解调器等），参照手边资料依葫画瓢式的安装和配置常见服务（如NFS、HTTP、FTP、TELNET、 SSH、LDAP、NIS、邮件服务、SAMBA、打印服务等），能解决一些基本的简单问题，熟悉一些基本的常见命令，能理解系统的启动过程等等。
最近使用linux系统module模块安装中，使用root用户，执行以下高危命令后
为了更加方便、快捷的实现某些功能，Perl拥有很多其他的控制结构，这些结构也许不是必需的，但可以使程序更加简洁和具有逻辑性。
不必太纠结于当下，也不必太忧虑未来，当你经历过一些事情的时候，眼前的风景已经和从前不一样了。——村上春树
1. Nginx简介 Nginx (发音为[engine x])专为性能优化而开发，其最知名的优点是它的稳定性和低系统资源消耗，以及对并发连接的高处理能力(单台物理服务器可支持30000～50000个并发连接)， 是一个高性能的 HTTP 和反向代理服务器，也是一个IMAP/POP3/SMTP 代理服。
早期运维工作中用过稍微复杂的Puppet，下面介绍下更为简单实用的Saltstack自动化运维的使用。 Saltstack知多少 Saltstack是一种全新的基础设施管理方式，是一个服务器基础架构集中化管理平台，几分钟内便可运行起来，速度够快，服务器之间秒级通讯，扩展性好，很容易批量管理上万台服务器，显著降低人力与运维成本；它具备配置管理、远程执行、监控等功能，一般可以理解为简化版的puppet和加强版的func；通过部署SaltStack环境，可以在成千上万台服务器上做到批量执行命令，根据不同业务特性进
许多开发人员编写了他们自己的模块，将 Python 的功能扩展到了与 Python 打包在一起的标准模块库之外。安装第三方模块的主要方法是使用 Python 的 PIP 工具。该工具从 Python 软件基金会的网站pypi.python.org/安全地下载 Python 模块并安装到您的计算机上。PyPI，或者 Python 包索引，是一种免费的 Python 模块应用商店。
Python调用opencv的原理是：opencv编译出共享库文件，python把这个共享库文件作为一个模块加载并使用。通俗点就是，编译opencv的时候开启python接口选项，编译好了会产生cv2.so(linux下）或者cv2.pyd(windows下）这个共享库文件，python代码中import这个cv2就可以用了。为了能正确import它，往往需要把cv2.so放在python找包能找到的路径下，或者修改PYTHONPATH环境变量让它包含cv2.so所在路径。此外，python的opencv接口中，图像使用numpy数组表示的，所以往往还需要安装numpy、scipy、matplotlib这几个包。
Perl是典型的脚本语言，短小精悍，非常容易上手，尤其适合处理文本，数据，以及系统管理。它在老一辈的生物信息学分析人员中非常流行，出于历史遗留原因大家肯定会或多或少地接触 Perl，即使你再怎么推崇P
1、首先检查linux有没有安装python-pip包，直接执行 yum install python-pip
Nginx (发音为engine x)专为性能优化而开发，其最知名的优点是它的稳定性和低系统资源消耗，以及对并发连接的高处理能力(单台物理服务器可支持30000～50000个并发连接)， 是一个高性能的 HTTP 和反向代理服务器，也是一个IMAP/POP3/SMTP 代理服。
前两天遇到Nginx使用if语句导致Nginx逻辑混乱的问题，Mail给agentzh@gmail.com。他推荐使用ngx_lua module 来处理较为复杂的逻辑，毕竟if is evil。
其中网页工具和云平台都不是针对专门的生物信息学工程师设计的，因为并不需要使用者会编程语言，所以使用起来非常简单。下面来一一介绍一下它们：
linux的发行版非常多，其实本质上差别不大，哪怕是mac的OS应该是也是同样的管理操作模式。以下针对于ubuntu适用，当然ubuntu本身也有版本的区别，目前是16，我下面的操作是在12上进行的。 java1.7.0_03的安装 1、JDK官网上 http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html选择 2、将打开终端，建立目录： Sudo mkdir /usr/lib/java 3、将下载的jdk-7u3-linux-i5
Linux内核（英语：Linux kernel）是一种开源的类Unix操作系统宏内核。整个Linux操作系统家族基于 该内核部署在传统计算机平台（如个人计算机和服务器，以Linux发行版的形式）和各种嵌入式平台，如路由器、无线接入点、专用小交换机、机顶盒、FTA接收器、智能电视、数字视频录像机、网络附加存储（NAS）等。工作于平板电脑、智能手机及智能手表的Android操作系统，它的底层操作系统也是Linux。尽管在桌面计算机的占用率较低，但基于Linux的操作系统统治了几乎从移动设备到主机的其他全部领域。实际Linux的发行版Ubuntu，其易用性也逐渐接近Windows。
B. 当IIS中的ASP仅用于后台，同时使用人数较少.前台页面主要以HTML静态页面展示，ASP用来做的事情较少，本身对系统的负担很轻
图 1. Webmin 配置屏幕 用户也可以使用 Webmin有一个图标用来配置可选的 Usermin 软件包,这个软件包提供了一个基于 Web 的工具,用户可以借助它完成修改密码、管理系统邮件等任务。使用 Usermin 不能访问系统配置文件。Usermin 和 Webmin 都将是免费的产品。 System 窗体可以进行操作系统的总体配置。在这里,您可以配置文件系统、用户、组和系统通常的引导行为。您可以控制系统中运行的服务,通过选择 Bootup 和 Shutdown 图标来决定它们是否自动启动。不过,对那些服务的具体配置是由 Servers 窗体完成的。尤其要注意“Software Package”工具,它可以方便地查看您系统中已经安装的软件包,以及到发行版本升级库和 rpmfind.net 的接口,rpmfind.net 是 Internet 上的一个公用的 RPM 库。 Servers 窗体可以对您可能会在系统中运行的各个服务进行配置。BIND 和 DHCP 工具非常便捷。同时 Samba 工具也很好用,可以为 Windows 和其他客户机配置文件和打印机的共享。SMTP 服务器 Sendmail 以其极复杂的配置文件而出名。Webmin Sendmail 工具同样为您解决了这一问题。
Node 是一个让 JavaScript 运行在服务端的开发平台，它让 JavaScript 成为与PHP、Python、Perl、Ruby 等服务端语言平起平坐的脚本语言。 发布于2009年5月，由Ryan Dahl开发，实质是对Chrome V8引擎进行了封装。 Node对一些特殊用例进行优化，提供替代的API，使得V8在非浏览器环境下运行得更好。V8引擎执行Javascript的速度非常快，性能非常好。Node是一个基于Chrome JavaScript运行时建立的平台， 用于方便地搭建响应速度快、易于扩展的网络应用。Node 使用事件驱动， 非阻塞I/O 模型而得以轻量和高效，非常适合在分布式设备上运行数据密集型的实时应用。
lua安装 在此我的机器环境是cenos 6.8 我安装的是lua5.1.4版本
项目测试通过，到了上线部署阶段。部署的机器安全限制比较严格，不允许访问外网。此外，没有对外网开放ssh服务，无法通过ssh远程操作。
环境介绍： OS:RHEL 5.5 Python版本：2.7.6 Python之所以强大，最重要原因是Python有很丰富的库(模块)可以比较方便地处理各种各样的问题。 那么问题来了，Python的第三方modules一般安装在哪？ Unix(Linux): prefix/lib/pythonX.Y/site-packages 默认路径：/usr/local/lib/pythonX.Y/site-packages Windows: prefix\Lib\site-packages 默认路径：C:\PythonXY\Lib\site-packages 另外，在Unix-like系统上，Python自身build-in的模块一般位于：/usr/lib/pythonX.Y/site-packages 从源代码安装模块的命令一般为：setup.py install 当然，可以根据需要改变默认的第三方模块安装路径，在命令中可以加上参数：–user, or –home, or –prefix and –exec-prefix, or –install-base and –install-platbase 等来指定安装路径。 需要注意的是：模块的安装路径一定要在 sys.path 这个List中，才能在脚本中可以正常地 import 进来。 关于模块的安装， Python官方参考文档是： https://docs.python.org/2/using/windows.html#finding-the-python-executable
Perl5是一种全功能的编程语言。它用于所有类型的生产项目，包括世界各地的商业业务系统。Perlbrew是Perl5的安装和版本切换工具，您可以安装，删除，并在之间切换Perl版本。
电影里的黑客们聊天不想我们生活中的一样，用QQ、微信的客户端，都是通过命令行来进行聊天交流的，大概是为了提升逼格吧。
要判断一个模块是否安装，非常简单，在终端中进入python，然后输入import 模块名。然后如果安装成功没有任何提示，直接显示下一
3.出现报错 ImportError No module named setuptools
请按前面第七章使用 GIT 下载源码、使用 repo 下载工具链，并配置了交叉编译工具链。
npm 是 Node 的模块管理器，功能极其强大。它是 Node 获得成功的重要原因之一。 正因为有了npm，我们只要一行命令，就能安装别人写好的模块 。 $ npm install 本文介绍 np
下载： http://mirrors.kernel.org/gnu/m4/m4-1.4.13.tar.gz 拷贝到centos系统上，并解压：
PHP运行模式有4钟：http://blog.csdn.net/hguisu/article/detPHP
将此whl文件下载成功后，放置于目录：D:\python\python3.6.2\Scripts下【这个是我本地python安装目录，大家在实际操作过程中，替换为自己本地python的安装目录即可】
将此whl文件下载成功后，放置于目录：D:\python\python3.6.2\Scripts下
CGI即通用网关接口(Common Gateway Interface)，它是一段程序, 通俗的讲CGI就象是一座桥，把网页和WEB服务器中的执行程序连接起来，它把HTML接收的指令传递给服务器的执行程序，再把服务器执行程序的结果返还给HTML页。CGI 的跨平台性能极佳，几乎可以在任何操作系统上实现。 CGI已经是比较老的模式了，这几年都很少用了。
---- 脚手架命令动态加载功能架构设计图 📷 是否执行本地代码 设置全局的 targetPath // 设置全局的 targetPath program.on('option:targetPath', () => { process.env.CLI_TARGET_PATH = params.targetPath; }); 新建一个 exec 包，动态加载命令 lerna create @hzw-cli-dev/exec 新建一个 package 包，放在 models 目录下面 lerna cr
在日常工作学习生活中，我们常见的系统有三种：Windows、Mac、Linux。而Linux常见的有Redhat、Ubuntu、Centos。
距离上一次更新有一段时间了，主要是最近更忙一些，一般来说，有时间我会尽量更新，如果比较忙的话就更新慢一些。
今天在电脑在Xcode的build Phase中Run Script执行一个别人写好的python脚本时，突然报出一个错误
LAMP是Linux Apache MySQL PHP的缩写，即把Apache、MySQL以及PHP安装在Linux系统上，组成一个环境来运行PHP的脚本语言。Apache是最常用的Web服务软件，而MySQL是比较小型的数据库软件。三个角色可以安装在一台机器上，也可以分开（但httpd和php要在一起的）
经常在使用python的时候需要安装各种模块，而pip是很强大的模块安装工具，但是由于国外官方pypi经常被墙，导致不可用，所以我们最好是将自己使用的pip源更换一下，这样就能解决被墙导致的装不上库的烦恼。
在涉及到物种或基因组间差异分析的方法中，LEfSe是目前常见的方法。LEfSe实现的方式主要有在线分析和本地分析，在线分析会受到网络及其他因素影响，因而速度可能极慢。本地分析可基于Windows或Linux系统，调参更加灵活。本文以Windows系统为例，向大家展示如何在自己的本本上运行LEfSe，再也不用去求公司了…… 首先，我们要安装好Pyhthon（2.7版本）和R（安装方法不再赘述），然后把软件的安装路径添加到电脑的系统环境变量，如R我是安装在“D:\Rnew\R-3.4.4”，那么我复制这个路径，如下图：
本文适用于vue.js新人，因为作者也是刚刚接触vue.js，也只记录作者学习过程。
最近在学习 React ，发现有的教程中使用 npm install 的--save 有的使用的是 --save-dev ，我之前对这两个参数的理解也是模糊的，随查阅资料，找到一篇文章，转载过来方便自己以后查阅。
Spring Boot CLI 是运行 SpringBoot 命令的命令行工具，能够帮助你快速的构建 Spring Boot 项目。只需要编写简单的 groovy 脚本，即可用最少的代码构建并运行一个完整的 Spring Boot 项目。
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