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基因组是否存在未被DNA测序覆盖的区域(学徒翻译)

换言之:一些基因组区域不能很好地被NGS技术测序的DNA所覆盖。在此,我们将解释这一点的重要原因。 重复DNA序列 重复DNA序列(例如串联重复序列)在许多物种中广泛存在。...因此,重复会在比对和组装造成歧义,反过来,它也会在解释结果产生偏差和错误(1)。 G/C偏差 四种碱基(ACTG)在基因组通常分布不均匀。...因此,来自具有高/低GC含量的区域的片段的表现不足,导致读取覆盖率低且不均衡(图1)。 一个常见的例子是恶性疟原虫,一种疟疾病原体。其基因组的一些编码区具有70%的AT含量。...这导致各种基因组区域的不均匀覆盖,并且可导致欠/未覆盖区域。 总结 这些实例表明,使用NGS进行准确的DNA测序还存在许多技术难题需要解决。

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LINUX如何查看某个端口是否被占用的方法

之前查询端口是否被占用一直搞不明白,问了好多人,终于搞懂了,现在总结下: 1.netstat -anp |grep 端口号 如下,我以3306为例,netstat -anp |grep 3306(此处备注下...图1主要看监控状态为LISTEN表示已经被占用,最后一列显示被服务mysqld占用,查看具体端口号,只要有如图这一行就表示被占用了。...此处注意,图中显示的LISTENING并不表示端口被占用,不要和LISTEN混淆哦,查看具体端口时候,必须要看到tcp,端口号,LISTEN那一行,才表示端口被占用了 在linux查看进程占用的端口号...在Linux 上的 /etc/services 文件可以查看到更多关于保留端口的信息。...这时更建议使用以下这个journalctl 命令检查日志文件的详细信息。

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ubuntu copy命令

语法: cp [选项] 源文件或目录 目标文件或目录 说明:该命令把指定的源文件复制到目标文件或把多个源文件复制到目标目录。 该命令的各选项含义如下: – a 该选项通常在拷贝目录使用。...– d 拷贝保留链接。 – f 删除已经存在的目标文件而不提示。 – i 和f选项相反,在覆盖目标文件之前将给出提示要求用户确认。回答y目标文件将被覆盖,是交互式拷贝。...不会询问使用者,而强制复制; -i :若目的档(destination)已经存在,在覆盖时会先询问是否真的动作!...n # 重复作两次动作,由于 /tmp 底下已经存在 bashrc 了,加上 -i 参数, # 则在覆盖前会询问使用者是否确定!可以按下 n 或者 y 呢!...# 但是,反过来说,如果不想要询问,则加上 -f 这个参数来强制直接覆盖

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Linux的文件和目录常用命令

,如果目标文件已经存在,则会询问是否覆盖; -l:把目标文件建立为源文件的硬链接文件,而不是复制源文件; -s:把目标文件建立为源文件的软链接文件,而不是复制源文件; -p:复制后目标文件保留源文件的属性...9.移动文件或改名 [root@localhost ~]# mv 【选项】 源文件 目标文件 选项: -f:强制覆盖,如果目标文件已经存在,则不询问,直接强制覆盖; -i:交互移动,如果目标文件已经存在...,则询问用户是否覆盖(默认选项); -n:如果目标文件已经存在,则不会覆盖移动,而且不询问用户; -v:显示文件或目录的移动过程; -u:若目标文件已经存在,但两者相比,源文件更新,则会对目标文件进行升级...11.Linux命令的执行过程 Linux 命令的执行过程分为如下 4 个步骤。 1) 判断路径 判断用户是否以绝对路径或相对路径的方式输入命令(如 /bin/ls),如果是的话直接执行。...4) 查找外部命令对应的可执行文件 当用户执行的是外部命令,系统会在指定的多个路径查找该命令的可执行文件,而定义这些路径的变量,就称为 PATH 环境变量,其作用就是告诉 Shell 待执行命令的可执行文件可能存放的位置

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Linux常见指令(二)

i是删除前的询问是否要删除,如果是就输入y,否就输入n。...f是强制删除不许咬询问,看下面的删除baiye整个目录下的文件或者目录就会询问是否要删除,如果很多就要询问你很多次,如果选项再加一个f就不会有询问了。 这次就没有了询问。...常用选项: -f 或 --force 强行复制文件或目录, 不论目的文件或目录是否已经存在 -i 或 --interactive 覆盖文件之前先询问用户 -r 递归处理,将指定目录下的文件与子目录一并处理...当第二个参数是已存在的目录名称,源文件或目录参数可以有多个,mv命令将各参数指定的源文件均移至 目标目录。...-f :force 强制的意思,如果目标文件已经存在,不会询问而直接覆盖 -i :若目标文件 (destination) 已经存在,就会询问是否覆盖

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Linux | 像Windows一样,复制移动重命名等操作

-d:当复制符号连接,把目标文件或目录也建立为符号连接,并指向与源文件或目录连接的原始文件或目录; -f:强行复制文件或目录,不论目标文件或目录是否已存在; -i:覆盖既有文件之前先询问用户; -l:...才复制文件; -S:在备份文件,用指定的后缀“SUFFIX”代替文件的默认后缀; -b:覆盖已存在的文件目标前将目标文件备份; -v:详细显示命令执行的操作。...--backup=:若需覆盖文件,则覆盖前先行备份; -b:当文件存在覆盖前,为其创建一个备份; -f:若目标文件或目录与现有的文件或目录重复,则直接覆盖现有的文件或目录; -i:交互式操作...,覆盖前先行询问用户,如果源文件与目标文件或目标目录的文件同名,则询问用户是否覆盖目标文件。...答:会覆盖掉,所以复制和移动也要谨慎啊。 -07- 题外话 | 搭建Linux学习环境 简单说一说我现在用的这个东西。 1、下载VMware14,关于这个东西,有问题可以私戳我。

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Linux操作大全

Linux命令 查看Linux版本 # 查看内核版本命令 cat /proc/version # 查看Linux版本,lsb(Linux Standard Base) lsb_release -a 0、...$ 2、pwd print working directory,目录连接链接,-L 输出连接路径,-P 输出物理路径。...-v, --verbose 详细显示进行的步骤 rmdir ${目录名} 命令不能直接删除非空目录,可以加-p 5、mv 视mv命令第二个参数类型的不同(是目标文件还是目标目录),mv命令将文件重命名或将其移至一个新的目录...-b:若需覆盖文件,则覆盖前先行备份(新增了一个以~结尾的文件保存原文件) -f :不询问直接覆盖 -i :交互,询问是否覆盖 -u:若目标文件已经存在,且 source 比较新,才会更新 -t...6、cp 默认会询问,但是在shell默认不询问。常用 -f 、 -i 、 -r,此外,-a 会保持复制前后两个文件/目录时间一致,不加则会更新时间。

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Linux系统编程】基础指令(二)

1.man指令 在Linux,man指令用于查看系统命令、库函数和配置文件的帮助手册。 Linux的命令有很多参数,我们不可能全记住,我们可以通过查看联机手册获取帮助。...常用选项: -f 或 --force 强行复制文件或目录, 不论目的文件或目录是否已经存在。 -i 或 --interactive 覆盖文件之前先询问用户。...选项: -f :force 强制的意思,如果目标文件已经存在,不会询问而直接覆盖 -i :若目标文件 (destination) 已经存在,就会询问是否覆盖 例如: 如上图所示当前目录下有dir1...dir1 结果如下: 交互式地将文件file1重命名为file2,如果目标文件已存在则询问用户是否覆盖: 如上图所示,现在当前1目录下有file1和file2文件,现在我们使用下面的命令:...mv -i file1 file2 结果如下: 这里我们看到; 有询问用户是否覆盖,回答y之后file1就覆盖了之前的文件file2 4.cat指令 语法: cat [选项][文件]

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linuxmv命令使用详解

当第二个参数是已存在的目录名称,源文件或目录参数可以有多个,mv命令将各参数指定的源文件均移至目标目录。   在跨文件系统移动文件,mv先拷贝,再将原有文件删除,而链至该文件的链接也将丢失。...3.命令参数(即选项):   -b:若需覆盖文件,则覆盖前先行备份。    -f :force 强制的意思,如果目标文件已经存在,不会询问而直接覆盖。   ...-i :若目标文件(destination) 已经存在,就会询问是否覆盖!   -u:若目标文件(destination) 已经存在,且 源文件source 比较新,才会更新(update)。   ...-------------------------------------------------------- 实例四:将文件log1.txt改名为log2.txt,如果log2.txt已经存在,则询问是否覆盖...命令: mv -i log1.txt log2.txt -i :若目标文件(destination) 已经存在,就会询问是否覆盖

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