wget 下载地址 通过ftp 上传文件到服务器 由于我通过wget 方式文件下载速度过于感人，我选择先将它下载至电脑上，再上传到服务器中。...解压与使用 https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.9/bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip我是通过...先来解压 下载的文件是bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip，直接用unzip 就好。...unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip 查看文件文档 可以看到，bowtie2 文件用绿色标记出来了，这表示它是一个可执行文件，因此我们可以通过输入绝对路径的方式调用它.../root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/bowtie2 # 我的路径 # 如果不把bowtie2 文件添加到PATH中，则需要通过相对路径或绝对路径调用软件 阅读帮助文件
Linux 4 文本处理 Linux中的指令格式为命令+参数+文件/目录，但在实际使用过程中并非严格如此。视频以实际应用为基础，介绍了从下载文件到查看文件再到对文件内容进行索引、排序等一系列命令。...Linux 5 软件安装 熟悉了Linux中常用命令之后就需要安装一些软件来实际应用了，Linux中软件安装是怎样的呢？...Linux 8 shell脚本编程 视频通过几个方面讲解了Linux中脚本编程，一是变量，变量是指代码中的可变部分，可以赋值可以索引；二是参数，在程序运行时变换参数会得到不同的结果；三是通配符， 像ls...首先赋值： bowtie2=bowtie2命令所在路径 B. 使用时： $bowtie2 第二种方法： A. 使用 alias bowtie2=bowtie2命令所在路径 B....=~/biosoft/bowtie2/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/bowtie2 #每次打开终端都需要重新设置 $bowtie2 2) 修改配置文件中的环境变量 vim ~
按文件属性查找 1按文件名查找 find + 查找的目录 + -name +“文件的名字” $ find /mnt/f/kelly/bioTree/linux20/ -name me.txt /mnt.../f/kelly/bioTree/linux20/me.txt 通配符 *统配多个字符 ?.../biosoft/bowtie2/bowtie2-2.2.9/bowtie2-align-l ..../biosoft/bowtie2/bowtie2-2.2.9/bowtie2-align-s ..../biosoft/bowtie2/bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip 3 按文件类型 文件类型 find + 文件目录 + -type + d/f/b/c/s/p/l $
传统安装 下载 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml 在Linux系统下将上述的链接下载到本地 sudo wget https...://jaist.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.3.4.1/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip 解压 unzip...bowtie2在当前目录中首先查找指定的索引，然后在BOWTIE2_INDEXES环境变量中指定的目录中查找。...使用此选项指定的序列必须与文件中的文件和读取的文件一致。读数可能是不同长度的混合。如果-指定，bowtie2将从“标准输入”或“标准输入”文件句柄读取队友1。...使用此选项指定的序列必须与文件中的文件和读取的文件一致。读数可能是不同长度的混合。如果-指定，bowtie2将从“标准输入”或“标准输入”文件句柄中读取队友2。
虚拟机的安装 主要参考网易云课堂 Linux生信分析环境搭建Bio-linux课程 设置共享文件夹需要的命令 sudo mount -t vboxsf share /home/student/share...fastq文件转化为fasta（使用seqtk） seqtk seq -a input.fastq > output.fasta 使用到的软件 wgsim (模拟生成fastq文件) bowtie2...samtools view -b - S -o Ecoli.bam Ecoli.sam samtools sort Ecoli.bam -o Ecoli.sorted.bam 第四步 提取基因组重测序数据中可能属于叶绿体的...reads 使用bowtie2比对(双末端测序数据) bowtie2-build Malus_baccata.fasta Malus_baccata bowtie2 -x Malus_baccata -...sorted.bam #过滤没有比对到参考基因组的reads samtools view -F 4 eg2.sorted.bam > eg2.aligned.sam #根据fasta文件将header添加到sam文件中
anaconda/miniconda/ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc ## 安装好conda后需要设置镜像。...samblaster 下载参考基因组 这里一步到位下载bowtie2的参考基因组:http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml wget...使用bowtie2和samblaster一步到位的干净比对 命令很简单 bowtie2 -x $index -U $id | samblaster -e -d $sample.disc.sam -s $...;do(samtools sort -o ${id%%.*}_sort.bam $id);done ls *.bam |xargs -i samtools index {} ## 实际上可以直接 bowtie2
因为我平时会用到Python，所以第一步安装的是Anaconda，版本是Anaconda3-4.4.0-Linux-x86_64.sh....数据下载 处理过程中需要下载必要的数据,参考生物信息学常见的数据下载（http://www.biotrainee.com/thread-857-1-1.html） mm10基因组 mkdir -...然后用fastqc看数据质量 ls *fastq|xargs fastqc -t 10 用Bowtie2将fastqc结果比对到mm10基因组上去 bowtie2 -p 6 -3 5 -...然后call peaks，首先要进入py27的虚拟环境中 source activate py27 macs2 callpeak -c IgGold.bam -t suz12.bam -m...4.总结 本次实践过程，只是单纯把软件安装，数据下载，代码跑了一遍，其中参数的设置及含义也没有仔细查看，这个要在之后的练习中不断学习。 多谢Jimmy分享的教程，能够让读者快速进入实战分析！
基本信息 information 环境： Ubuntu arrch64 GNU/Linux 软件版本号： conda 23.5.2 trimmomatic (0.39) bowtie2 (2.5.1)...phred33/64都是测序数据质量编码方式，用于描述测序数据中每个碱基的质量值。简单来说。illumina测序时，碱基结合产生的荧光数据被捕捉并绘制成荧光曲线。...从荧光数据中可以识别碱基类别，但现实中波峰的形态可能发生模糊，并可能导致数据的失真。Phred就是用来评估这种错误率，Phred以 Q来表示，在测序文件中被编码、转换并储存为ASCII字符。...-quiet: 在处理过程中不输出冗余信息，保持安静模式。 -validatePairs: 对配对的数据进行验证，确保数据完整和一致性。...使用Bowtie2 去除宿主序列 Removing host sequences with Bowtie2 可以使用bowtie2 -h命令查看使用帮助，得到如下反馈。
Linux ESC :wq 和:wq!的区别 Linux ESC:wq 和:wq!...的区别 发布者：IT人在线 ｜ 发表时间：2018-12-4 17:20:43 Linux ESC :wq esc(键退出)->:(符号输入)->wq(保存退出) wq(存盘并退出 write%quite
先从linux command入手，来跑一遍CUT RUN的流程，用的数据是实验室测序的数据。...chrom.sizes" seacr="/home/cheny5/han00433/project/SEACR/SEACR_1.3.sh" histControl= N8_NC Cutadapt 和整理数据 ##== linux...GRCh38 and E.coli 在bowtie2 比对的时候需要构建索引 #homo spices 建索引 #下面有建好的索引我就直接用了，因为建索引所需资源比较多，时间长。...end" ## Bowtie2 Ecoli echo "$histName Bowtie2 Ecoli" echo Job started at `date` bowtie2 --local --...我们首先生成一个 「包含 6 列中的中点信息的新 bed 文件」，并使用 「plotHeatmap」 来实现热图可视化。
bowtie2 以前都是和samtools组合，如下： bowtie2 -x $index -U $id | samtools sort -@ 4 -o $sample.bam - 运行速度很慢，现在有高效工具啦...samblaster主页） -r --removeDups 去掉重复(-e --excludeDups类似) --addMateTags 添加MC and MQ tags -M 与bwa mem -M 类似 命令组合 bowtie2
python2 python-devel python2-pip pip install pysam pip install "scipy<1" pip install bx-python # bowtie2...yum install -y wget wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.1/bowtie2-...2.3.4.1-linux-x86_64.zip unzip bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip # samtools yum install bzip2 bzip2-devel...参考基因组索引 软件采用bowtie2将reads比对到参考基因组上，所以需要对基因组的fasta文件建立索引，用法如下 bowtie2-build hg19.fasta hg19 3....zerkalo.curie.fr/partage/HiC-Pro/HiCPro_testdata.tar.gz tar xzcf HiCPro_testdata.tar.gz HiC-Pro的所有参数都记录在配置文件中，
首先需要明白数据分析流程，可以查看第一讲：三维基因组学习笔记，提炼流程如下： Hi-C标准分析流程(比对及过滤，原始互作图谱构建) 下载参考基因组及构建bowtie2索引 把fq测序数据比对都参考基因组...的索引 物种是：新月柄杆菌 Caulobacter crescentus，它是一种经常用于实验室实验中的细菌，通常含有扁平囊泡（绿色），包裹着贮存颗粒（橙色）。...5c-hi-c-chia-pet-category 如果没有conda就先安装咯： wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...files ice_norm : run ICE normalization on contact maps - require .matrix files 只使用s 参数才会分步运行，因为5步中还是
检测质量的一些方式： 1). peaks中reads的数量，如果peaks的reads普遍较少，则质量一般。 2). peaks信号高，背景低。 3). 测序深度深 。 4)....SPP package - Unix/Linux (PV Karchenko, Nature Biotechnol, 2008.) 3)....ENCODE中的标准流程 2.序列比对 (mapping of fastq) 序列比对一般用BWA或者Bowtie2，两者效果差不多。...的用法： bowtie2-build reference.fa index # 创建index bowtie2 -p 8 -x index -1 test_read1.fq -2 test_read2...去重的软件中samtools rmdup （基本已不用），samtools markdup（更新后的）和picard最常用。
而Linux的文件类型和后缀无关（后缀名可以作为提示，用户可以使用后缀区分文件类型），但是对linux来说区分文件和文件本身的后缀是无关的（但是gcc等工具对文件后缀可能有要求）。...开始之前，我们输入ll指令，来看看前面10个字符代表什么意思： 在linux中，是通过ll显示的众多属性列中的第一列的第一个字符来区分文件类型的。...则无法用ls等命令查看目录中的文件内容....可写权限: 如果目录没有可写权限, 则无法在目录中创建文件, 也无法在目录中删除文件 所以这也是为什么系统规定目录的起始权限从777开始，所有的目录被创建出来，一般都要能够被进入 换句话来讲, 就是只要用户具有目录的写权限..., 用户就可以删除目录中的文件, 而不论这个用户是否有这个文件的写权限。
给变量赋值为某个对象 bowtie2=/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/bowtie2 $bowtie2 # 调用变量 2）使用alias。类似于快捷方式。...alias bowtie2=/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/bowtie2 # 给变量简称 bowtie2 # 调用变量 3）添加环境变量。...export PATH="$PATH:/root/biosofts/bowtie2/bowtie2-2.2.9/" # 需要在 /.bashrc 中添加。...这时候，在任意位置都可以使用bowtie2 啦。但需要注意的是，在环境变量中提过，这种方式在重新连接服务器后会失效。因此我们可以尝试第二种。 这里还提供一种方式。可以修改.bashrc文件。...如果我们将x2 的目录添加到环境变量中，以后便可以直接通过访问该链接来调用原x1 软件。比如我通常习惯创建一个bin 文件夹，将其放到环境变量里。
http://gmod.org/wiki/JBrowse_FAQ 我简单浏览了一下FAQ； 似乎我想的简单了，还是去我的linux里面安装吧~ 用的是下面的方法来安装jbrowse： ?...data=sample_data/json/yeast 只访问测试数据当然不算成功啦，我们要学会自己做数据，这里我选择bowtie2自动的参考基因组和测序数据来用Jbrowse格式化好数据以供访问。...wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.9/bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip unzip...bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip ?.../bowtie2-2.2.9/bowtie2 -x ./bowtie2-2.2.9/example/index/lambda_virus -U .
方法1：whereis python 查看所有python的路径，不止一个 方法2：which python 查看当前使用的python路径
下载数据 -- prefech 下载SRA文件 # Linux 中使用Prefetch 进行下载 for i in $(cat SRR.txt);do prefetch $i;done 使用Fastq-dump...fastq-dump 进行文件分割 SRA -> fastq.gz for i in $(cat SRR.txt);do fastq-dump --gzip --split-3 $i/$i.sra;done 使用bowtie2...进行比对，比对前需要构建index nohup bowtie2-build hg19.fa hg19 & > nohup01.out bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x /reference...# -B 会保存更多的信息在bedGraph文件中，如fragment pileup, control lambda, -log10pvalue and -log10qvalue scores # -q...得到以下结果 图片 Rscript model.r 得到Pdf 文件 后续可视化进行中......
linux基础（通配符的使用） 你好！...这里是面向新手的linux入门指南，这节课我会整理我所知道的linux中的通配符，希望和大家一起学习 通配符的概念 首先通配符绝对不是正则表达式，通配符基础只有4个： ** * ，?...：表示代替单个字符 符号[list]：表示匹配 list 中的任意单一字符 【0，9】—-代表范围中所有字符 {0，9}—-其中打出来的字符 {string1,string2,…}：表示匹配 sring1
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