我正在尝试用python开发一个GUI来分析tRNA-Seq数据,它可以在Linux和Windows上运行。为此,需要运行一些程序,如: bowtie2,samtools或bedtools,这些程序在Linux上可以很容易地通过anaconda下载,但在Windows上却令人头疼。这个程序不能在Windows上下载,所以我不得不安装Windows Subsystem for Linux (WSL),并尝试通过这种方式下载。
为此,我开发了以下python脚本(anaconda_setup.py):
import os
#Download the file for Linux, altough
我在amazonlinux中安装了BOWTIE,如下所示:
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.4/bowtie2-2.2.4-source.zip
unzip bowtie2-2.2.4-source.zip
cd bowtie2-2.2.4
make
echo "BOWTIE installed successfully."
当我发出'make‘命令时,我得到了下面的错误:
/bin/sh: hostname: command not found
有人能帮我解决这个问题
你好,我是新手,我需要一些帮助。 我的目标是索引基因组(使用bowtie2),但我需要一些替代步骤,具体取决于可用的文件 1> check if index already exist in storage (/storage/index)
2> if yes, copy index in local (/index)
3> if no, create index in local (/index)
4> then copy new index in storage (/storage/index) 我设法设置了一个bash脚本来检查现有文件和替代工作流。但我希望使用
我正在通过cmd中的Python运行一个工具。对于给定目录中的每个示例,我希望该工具执行一些操作。然而,当我在循环中使用process = subprocess.Popen(command)时,命令并不等到它完成,导致一次出现10个提示符。当我使用subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE)时,命令仍然是黑色的,我看不到进度,尽管它会等到命令完成。
有没有人知道如何在cmd中通过Python调用外部工具,这样可以等到命令完成,并且能够在cmd中显示工具的进度
#main.py
for sample in os.listdir
我试图使用Conda从安装一些软件包,但即使添加了通道,我还是会遇到以下错误:
C:\Users\matti>conda install -c bioconda pybedtools
Solving environment: failed
PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:
- pybedtools
Current channels:
- https://conda.anaconda.org/bioconda/win-64
- ht
我在找一个脚本,工具...对于linux,它可以找到所有文件和所有文件中的关键字,类似于OSX Finder (我不是在寻找具有相同Finder界面的应用程序,而只是相同的工作)
例如,如果我在OSX Finder中搜索"linux“,我会得到:
linux (directory with linux name)
linux-2.4.0 (directory with linux in name)
...
memory.h (file with linux in text)
...
command.c (file with linux in text)
...
so-08-filesy
我已经在我的ubuntu12.10beta2上下载了最新的android ndk r8b。我已经在PATH变量中包含了ndk目录(当我在终端中编写ndk-b并点击tab时,它会自动完成它)。但当我尝试时:
cd android-ndk/samples/san-angeles/jni
ndk-内部版本
我得到了这个错误:
make: /home/mixpro/Android/android-ndk/toolchains/arm-linux-androideabi-4.6/prebuilt/linux-x86/bin/arm-linux-androideabi-gcc: Command not f