blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便，blast+是将blast模块化，分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库.../blast/executables/blast+/LATEST 得到最新版本的blast+压缩包：ncbi-blast-2.9.0+-x64-win64.tar.gz 对安装包进行解压: [wangh...@master Softbacks]$ tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz [wangh@master Softbacks]$ cd ncbi-blast...-2.9.0+ [wangh@master ncbi-blast-2.9.0+]$ vim ~/.bashrc # 对blast+进行环境配置,进入变量配置环境中后，按i或者o切换到插入(编辑模式下)输入下列路径...# ncbi-blast export PATH=/path/ncbi-blast-2.9.0+/bin/:$PATH #######按Esc键退出编辑环境，再输入 ：wq 命令进行写入保存(w)
主要的BLAST程序有以下几种： BLAST的在线版https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi可以方便的进行单一的同源性序列搜索，但是不方便进行大批量的数据操作，...接下来小编就要教大家如何建立本地的BLAST数据库。 基于BLAST优秀的算法，BLAST程序可以轻松的在普通的个人电脑中运行。...BLAST程序的官方下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 在网页中我们可以看到很多文件，其中*.md5是效验文件...，我们可以忽略它，现在一般是x64的操作系统，我们可以根据自己的电脑系统，下载x64的win或Linux或macosx版本。...R 输入cmd命令，再通过cd 命令进入当前的bin 文件夹，或者直接在bin文件夹内按住shift和鼠标右键，选择在此文件夹打开命令提示符 我们通过makeblastad -help命令，查看创建本地数据库的帮助文件
Blast2go本地化教程网上也有不少，但是都是13年之前的，由于最近有这个需求，我也重新收集了下资料，然后整理了下： 主要参考： http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation...GO: 基因本体论注释数据库 这里我们就讲解如何本地化Blast2go完成蛋白序列到GO数据库的注释。...（名字随意），解压上述文件，并将所有文件都放到blast2go目录下，然后cd到blast2go目录下，进行后续操作，文件总共有这几个： b2gdb.sql b2gdb.sql~ gene2accession...TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';" mysql -u root -p password -e "FLUSH PRIVILEGES;"...blast2go blast4it 测试 理论上，上述的步骤都没报错的话，下面的测试肯定没问题的 下载官网的测试例子https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5
本地 BLAST 不受网速、序列数目的限制，能够快速、准确地进行序列比对。...2009年 7 月，NCBI 发布了 BLAST 升级版——BLAST+，BLAST+使用了 BLAST 的核心算法，延续了 BLAST 的优势功能，发展并增强了如 BLAST 的 fastacmd 程序...BLAST+是一个全新设计的程序，在性能以及易用性上均有了很大提高，清晰的模块化将会极大地提高维护者的效率。NCBI 官方也强烈推荐用户放弃 BLAST，使用 BLAST+工具。...数据库 四、blast 数据库 4.1 NCBI blast 数据库 blast 比对需要建立索引，索引 index，是目录的意思。...网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 计算资源有限。
一、物种鉴定 当拿到一条未知序列时，可以直接与 ncbi nt 库或者 nr 库进行 blast 比对，鉴定未知序列。...将两个基因集氨基酸序列进行 blast 比对，将比对上的序列 ID 筛选出来。...相比于 blast程序，具有以下特点。...install -y diamond #现在预编译程序 wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v2.0.13/diamond-linux64.... tar.gz tar xzf diamond-linux64.tar.gz 2 选项参数 https://github.com/bbuchfink/diamond/wiki/3.
背景介绍 blast+：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST blast db：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast.../db README：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看 README，我们知道 nt 和 nr 库的内容：nr 是蛋白库（非冗余的），nt...下载 blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast 数据库。...ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 100M -k 1 -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast...111 76 186 1.92e-49 206 real 0m15.609s user 1m17.647s sys 0m31.350s 本地
下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对...BLAST has many subtle functions that most users never need....一、软件安装 使用conda安装 conda install blast 二、blast类型 ? 三、blast的用法 1. 本地BLAST的基本步骤 1....用makeblastdb为BLAST提供数据库 2. 选择blast工具，blastn,blastp 3. 运行工具，有必要的还可以对输出结果进行修饰 2....建立检索所需数据库 BLAST数据库分为两类，核酸数据库和氨基酸数据库，可以用makeblastbd创建。可以用help参数简单看下说明。 ?
1、创建本地blast库 平常来说，我们使用NCBI的在线blast功能就能解决绝大多数问题。但是，当我们有大量序列需要对比时，在线查找已经不能满足我们。因此，我们需要构建一个本地blast库。...1.1、安装ncbi-blast+ NCBI的本地blast软件已经构建的非常好了，只需要下载就可以直接使用。...## 下载安装包 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz...tar zxvf ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz ## 解压 mv ncbi-blast-2.11.0+ ~/biosoft/blast/ ## 移动到自己常用的软件目录并改名...本文部分代码及思路来自以下文章，在此致谢 《使用本地nt数据库对reads和Trinity结果进行blast》——周小钊【简书】 《Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程》——不知道怎么取名字
之前看论文从全基因组重测序数据中提取叶绿体的reads会使用blast，自己一直在想如何具体实施，原来blast有一款工具专门在做这个事情的 —— Magic-Blast Magic-Blast is...The reference genome or teanscriptome can be given as a Blast database or a Fasta file. it is preferable...to use Blast database for large genomes, such as human, or transcript collections....论文题目、发表期刊及发表时间 Magic-BLAST, an accurate DNA and RNA-seq aligned for long and short reads 好像还没有发表，自己是在.../ 介绍 https://ncbi.github.io/magicblast/ 帮助文档 下载地址 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast
我们在获取到webshell之后，经常会遇到Linux的操作系统，这是我们需要对Linux系统本地的敏感资源进行信息收集，下面就是一些有用的信息获取方式。...获取内核，操作系统和设备信息 命令 作用 uname -a 打印所有可用的系统信息 uname -r 内核版本信息 uname -n 系统主机名字 hostname 主机名 uname -m Linux...network/interfaces 列出网络接口信息 arp -a 查看系统arp表 route 打印如有信息 cat /etc/resolv.conf 查看dns配置信息 netstat -an 打印本地端口开放信息...program_name% 查找有用的软件 which %program_name% 查找有用的软件 cat /etc/apache2/envvars 查看运行apache的帐号 总结 这些内容基本上包含了在linux
序列比对和序列特征分析总目录 网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 运行方式：本地或web ---- 基本的BLAST工具包括： ?...所以 NCBI提供了本地化安装的blast软件包，这样就可以构建自己的数据库，提高同源性分析的准确性和一致性。...-2.8.1+-x64-linux.tar.gz’ saved [241992963] 接下来解压缩 $ tar -xzvf ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz $ rm...ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz $ mv ncbi-blast-2.8.1+/ blast $ cd blast $ cd bin $ ls 可执行文件显示如下...手册《BLAST Command Line Applications User Manual》 2.1本地建库 第1️⃣：NCBI下载nt和nr库文件到本地 BLAST database 获取blast
BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列，能迅速与公开数据库进行相似性序列比较，BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。...BLAST是免费软件，除了在线比对检索服务，也可以从NCBI文件服务器上下载获得本地版本。...本地运行须有BLAST格式的数据库，常用的有NCBI的DNA数据库（nt）和蛋白质数据库（nr），均可从NCBI官网下载。...此外，也可以使用任意数据库序列文件通过BLAST提供的格式转换工具由其他格式序列文件转换而得到，如下所示： 软件下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables...BLAST XML2, 15 = Single-file BLAST JSON, 16 = Single-file BLAST XML2, 18 = Organism Report
我们做本地中运行BLAST后，往往会得到以文字形式的BLAST结果。如果我们需要查看比对的确切结果，这会给我们带来一定的烦恼。...今天给大家介绍一个网页based的可视化BLAST结果的小工具：Kablammo简介Kablammo可以让你您从Web浏览器创建BLAST结果，并进行交互式可视化。并且你不需要安装任何软件。...实例操作 BLAST的一些基本参数 首先，先介绍一下BLAST结果里面一些名称。Query就是一段你所感兴趣的DNA或者RNA序列，用以搜索的目标序列。（例子，某些生物的基因序列）。...该比对，是经过BLAST的算法后得出的，query至少会有部分序列比对到subjects的序列上。如上图，在query和subjects中，就有两段能够比对上的片段。...可视化BLAST的结果接着就是重头戏，如何进行可视化BLAST的结果。首先，你可以移动鼠标，然后点击到其中一段的比对。
工具提供 网页版（online visualization tool） http://tools.bat.infspire.org/circoletto/ 本地版（software package for...offline use） https://github.com/infspiredBAT/Circoletto 各有优缺点：网页版对上传文件大小有限制，最大文件20M；本地版安装依赖Bioperl，Blast...暂时先不尝试本地版。 最简单的用法：直接上传Blast结果，然后点运行就可以（输出结果png或者svg格式可选） 网页版提供一个Blast的输出结果作为例子，下载下来上传运行，结果 ?...自己运行blast，然后上传结果 #构建数据库 makeblastdb -in database.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out database_name
今天有同学问我LULU的第一步blast的问题，我看他用的blast的命令比较奇怪，一问才知他用rBLAST这个包跑的blast。简单看了一下用法mark一下。...mhahsler/rBLAST library(devtools) devtools::install_github("mhahsler/rBLAST") library(rBLAST) ##需要自己下载blast...#寻找本地可用的blast Sys.which("blastn") #如果找不到需要自己设置环境变量 Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"), "path_to_BLAST...file.path(dir, "seqs.fasta"), dbtype = "nucl", args="") #dbtype:"nucl" or "prot" #args:其他参数 ## 加载数据库 bl <- blast
软件说明 linux系统：CentOS-6.7 系统镜像：CentOS-6.7-x86_64-bin-DVD1.iso、CentOS-6.7-x86_64-bin-DVD2.iso 1....在Linux中，一切皆文件，所以用sr0来这个文件来表示DVD1这个设备，用sr1这个文件来表示DVD2这个设备，但是这两个代表设备的文件是不能直接打开来查看其中的内容的，需要挂载到指定的目录下，才能查看其中的内容...看到系统开始安装软件，说明本地yum源配置成功！ 5....配置本地yum源的第二种方法 (1) 条件 系统中已经安装了httpd服务 启动httpd服务：service httpd start 设置httpd服务开机自启动：chkconfig httpd...其他说明 本地yum源使用iso镜像，其中有6575个常用的软件安装包，用yum repolist命令可以查看，但是还是会出现我们要安装的软件在该yum源中找不到的情况，这时候可以在/etc/yum.repos.d
struct tm *localtime(const time_t *timer)
操作之前准备好以下环境: VMWare Workstation SecureCRT CentOS-6.7-x86_64-minimal.iso //用来安装minimal版本的Linux虚拟机...CentOS-6.7-x86_64-bin-DVD1.iso //用来制作本地YUM源 YUM是什么?...YUM源可以简化我们在Linux上安装软件的过程，但是，我们的生产环境通常无法上网，不能连接外网的YUM源，所以，就无法使用yum命令安装软件。...为了在生产环境的内网中也可以使用YUM安装相关的软件，就要配置本地YUM源。...1.使用CentOS-6.7-x86_64-minimal.iso在VMWare上安装好Linux虚拟机，主机名设置为mini1,通过实体机的网络与共享中心菜单查看虚拟路由VMnet8的配置: ?
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对。...## 下载Blast wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64-...linux.tar.gz ## 解压 tar -xvzf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz 在进行序列比对前，我们首先需要构建数据库。
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