&& cd /blast RUN tar zxvpf ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz && rm nc
浏览 2提问于2017-04-25得票数 15
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我正试图在我的电脑上本地复制我使用BLAST在他们的网站上运行mirbase得到的东西。“搜索序列”选项是:成熟的miRNA，我已经下载到我的计算机上，并使用以下命令将其作为BLAST数据库：.Downloads/mature.fa -dbtype 'nucl' -out /home/marianoavino/Downloads/mature然后在mirbase上，我看到它们使用的e值为10，我将其留在本地testinputblast.fasta -ta
浏览 3提问于2017-11-20得票数 0
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我尝试使用biopython blast工具在python脚本中的两个序列之间运行成对blast。通过向blast_cline添加参数db='blast_database'，我可以在本地数据库上运行blast。我的代码： from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
blast_cline = NcbiblastnCommandline(query='t
浏览 32提问于2019-02-08得票数 0
我已经下载了一个非常大的fasta文件，并建立了一个本地的BLAST数据库。我试图保持存储空间，并想知道输入fasta文件是否可以删除后，本地BLAST数据库已经建立？
浏览 3提问于2014-06-19得票数 1
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我正在研究一组生物序列，其中涉及ncbi-blast的使用。在使用python regex处理输出文件时，我需要一些帮助。
浏览 0提问于2018-03-21得票数 1
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我使用tkinter和pyinstaller/py2exe (任何一个都可以)，从我的python脚本创建一个可执行文件作为单个文件。我可以创建可执行文件，当不将捆绑选项与py2exe或-F选项与pyinstaller一起使用时，它将按预期运行。我正在使用os.system()在我的代码中运行第三方python脚本，并且在创建之后可以简单地将这些脚本放在'dist‘目录中，以便它能够工作。该命令有几个参数:输入文件、输出文件、threads..etc的数量，所以我不确定如何使用导入将其添加到我的代码中。不幸的是，这是在Windows上，所以一些同事可以使用GUI，并希望发布单个可执行文
浏览 14提问于2016-07-27得票数 2
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我已经多次使用NCBI blast进行本地blast搜索，但现在我正在寻找有趣的替代方案。在我的搜索过程中，我发现了一些有趣的结果，如CUDA-Blast，GPU-Blast，WU-Blast，BlastStation2，mpiBlast和Turboblast。有没有人使用过这些工具？有什么重要的商业或非商业blast工具我错过了吗？谢谢,
Beeth
浏览 1提问于2011-05-05得票数 2
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并行BLAST程序耗时太长
、、、、
当我运行以下代码时，我甚至没有得到一个blast结果。有没有人能告诉我如果他们发现了bug？from Bio.Blast import NCBIWWWfrom Bio.Blast import NCBIXMLimport time
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn&
浏览 35提问于2021-03-10得票数 0
$BINPATHRUN curl ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-bl
浏览 2提问于2015-12-06得票数 5
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换句话说，我想构建一个类似于NCBI blast的工具，它将在本地与SQL数据库中的专有序列一起工作。谢谢！
浏览 2提问于2022-04-21得票数 2
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我运行这一行代码它无法删除该文件夹，我正在使用它的根电源。我可以检查一下我的Linux命令到底出了什么问题。root@S1ND45:/var/www/html/manga/cache/L
浏览 4提问于2015-08-29得票数 0
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: Linux; Mac:Darwin; Windows: Windows
blast_file = path.join(blast_path, 'blast.tgz')
浏览 9提问于2018-07-24得票数 1
我使用了谷歌的一些代码，但问题是，当用户点击心脏，它只是动画，但无法计数的价值，无法存储在本地存储。我希望将点击计数值存储在本地存储中，这样如果用户单击心脏，它将在刷新后将该值保存在他的浏览器中，并且他的单击值也应该保存在他的浏览器中，直到他保留单击的值以移除心脏为止。 cursor: pointer;}
.heart-blast<
浏览 3提问于2022-05-27得票数 -2
我想用不同的序列运行几个BLAT查询，然后对结果执行多个序列对齐。我知道有一种使用BLAT的方法，但我不确定BLAT。
浏览 1提问于2014-08-13得票数 0
这个示例在codepen上工作得很好，但是当我的机器在本地不能工作时。控制台报告警告和错误。会很感激社区的帮助。警告: jQuery.Deferred异常：$(.).blast不是函数TypeError：$(.).blast不是函数在j ()“文件名”："““科诺”：31635
/
浏览 3提问于2017-03-07得票数 0
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BINPATH
RUN curl ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-bl
浏览 4提问于2016-01-09得票数 2
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我正在尝试从一个目录中的几个文件中自动执行blast输出。这里的变量是硬编码的，但稍后将由用户定义。我的目标是用几批较大的fasta文件的输入在本地运行blast，这样blast将按顺序运行每个批处理文件，输出到tsv中，我在tsv中解析数据并传递给clustalw本地对齐。import NcbiblastpCommandlineNcbiblastpCommandline.outfile=Filena
浏览 1提问于2018-04-27得票数 1
尝试使用NCBIBLAST+进行本地爆破，已经在上述路径中下载。我正在使用Win10和Spyder。from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandlinebl
浏览 2提问于2022-03-17得票数 1
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