我正在编写python脚本,如果可能的话,我希望将查询序列信息作为字符串变量而不是FASTA格式文件传递给blastn。所以看起来就像这样for record in SeqIO.parse("transcript_sequences.fasta", "fasta"):所以字典是这样的
{'var_F':
我正在尝试运行blastn,然后再独立筛选。然而,我遇到了数据库配置问题,因为我得到了以下信息:BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [db/swissprot/] in search path [/home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b:::]
在从其
我试图在我的机器(Mac)上运行独立的ncbi-blast-2.2.29+,但在我的数据库中运行blastx (或blastn)时收到以下错误消息:
No alias or index file found我尝试了其他的tblast和blastx,它们都返回了类似的错误,除了它说的是蛋白质数据库而不是核苷酸