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用 Fast.AI 库实现癌症分类

癌症的有效治疗通常依赖于癌症初始位置点的确定,而测定转移性肿瘤的初始位置点是目前癌症治疗中仍未解决的问题之一。 通过肿瘤基因突变中的点突变对癌症进行分类极具难度,主要是由于数据稀少。...“ 我们要面对的困难有: 数据的表达——我们无法利用现有的数据表达预训练深度神经网络,即使深度神经网络在数据集上表现出优越的性能。...即使在基因水平上统计,肿瘤点突变数据也是稀缺的。有一个癌症生物学的有趣观察:在同一路径基因中的癌症突变通常是相互排斥的。下图是一个“贺曼”过程(路径)在癌症中受到影响的例子。...3.2 将突变数据转化为图像 之后,我们提取已经训练了嵌入在训练集中的1348个突变显著的基因的Gene2Vec,这步会产生一个方阵,再使用光谱算法( 谱是一种将N个数据点在i维空间中分成若干簇的技术...要是给定了数据的正确表示形式,构建最先进的分类器就会变得非常简单: 如此,我将先前的最高水准下犯的错误减少了30%以上,同时对更多的进行了区分。感谢Jeremy和Fast.AI。

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基于深度学习的直线检测算法

霍夫空间中每个点都代表一条直线,图像中同一直线上的点在霍夫空间会产生交点。在单位面积的霍夫空间中进行包含的像素点数统计,倘若高于设定阈值的,则认为包含一条直线。...LSD(line segment detection)也是传统的直线检测方法。它是一种“感知”方法,依赖于精心设计的图像特征和检测策略,其精度、算法复杂度等都要好于霍夫直线检测。...随后对这些特征依据邻近程度、方向相似度等进行,得到可能的直线区域。最后对这些区域进行筛选、后处理等,得到最终的直线检测结果。整个检测过程很复杂,为了得到较好的检测结果,需要精心调节多个算法参数。...(名字和网络架构都可体现) LCNN网络架构 LCNN首先进行特征提取,采用的backbone也是级联沙漏网络。随后,得到的特征图送入junction header,来预测可能的端点位置。...不同的直线建模方式 将直线表示成中点及到两端点的方向和距离,就可以同时去回归中点位置、直线方向、中点到两侧的距离。如此一来,就可以避免预测端点,再对端点两两组合预测分数的过程。

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ICLR 2020 | 同步平均教学框架为无监督学习提供更鲁棒的伪标签

也是ICLR收录的第一篇行人重识别任务相关的论文,代码和模型均已公开。 文 | 葛艺潇 编 | 贾伟 ---- 论文链接:https://openreview.net/forum?...1.2、动机 无监督领域自适应在行人重识别上的现有技术方案主要分为基于的伪标签法、领域转换法、基于图像或特征相似度的伪标签法,其中基于的伪标签法被证实较为有效,且保持目前最先进的精度 [2,3]...基于的伪标签法,顾名思义, (i)首先用算法(K-Means, DBSCAN等)对无标签的目标域图像特征进行,从而生成伪标签, (ii)再用该伪标签监督网络在目标域上的学习。...如上图所示,A1与A2为同一,外貌相似的B实际为另一,由于姿态多样性,算法产生的伪标签错误地将A1与B分为一,而将A1与A2分为不同类,使用错误的伪标签进行训练会造成误差的不断放大。...这里的难点在于,如何在三元组的图像特征基础上设计合理的"软"伪标签,以及如何设计对应的"软"三元损失函数。

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探寻 “学术宇宙” | 计算机领域会议和期刊星系结构的全方位揭示

当我们使用社区发现算法对网络进行时,出现了无法得到合适数量的效果难以解释等问题。总之,我们使用社区发现的方法对CS全领域数据集进行时,并没有得到令人满意的结果。...之前的力引导算法模型当中只存在一种形式的力,考虑到宇宙中存在四种不同形式的作用力,我们认为,想要保持效果,在保留原有力的基础上,有必要加入一种之间的作用力,使保持足够的“刚性”,以免被布局算法拉扯到...、ECCV在图中的位置,同时我们也能发现CV领域其他的会议或期刊,如IJCV、PR、CVGIP等。...这种以类似星系汇聚的现象也出现在网络与人工智能领域,其效果如下图所示: 网络(左)与人工智能(右)领域会议和期刊星系分布 微观层面,不再“混沌” 先前在对Nature杂志引用关系数据进行可视化时,主要关注点在于如何改良算法...于是我们在对进行布局时就已加入了去重步骤,并且对内部不同话题的论文渲染不同的颜色,进而得到较好的内部展示效果。

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深入浅出算法

也是要确定一个物体的类别,但和分类问题不同的是,这里没有事先定义好的类别,算法要自己想办法把一批样本分开,分成多个,保证每一个中的样本之间是相似的,而不同类的样本之间是不同的。...通常的做法是根据簇内样本之间的距离,或是样本点在数据空间中的密度来确定。对簇的不同定义可以得到各种不同的算法。常见的算法有: 连通性。...黑色的样本离蓝色的中心更近,因此被划分到这一。 基于概率分布的。算法假设每种类型的样本服从同一种概率分布,如多维正态分布,典型代表是EM算法。 基于密度的。...层次 对于现实生活中的某些问题,类型的划分具有层次结构。如水果分为苹果,杏,梨等,苹果又可以细分成黄元帅、红富士、蛇果等很多品种,杏和梨也是如此。将这种谱系关系画出来,是一棵分层的树。...在用于任务时,它寻找概率密度函数的极大值点,即样本分布最密集的位置,以此得到簇。 ?

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可视化算法VxOrd论文研读

而且,像地形一样的可以表示 比 仅仅列出元素 更多的信息。 在山下的局部结构会显示出更细、更细的关系,当将其放大到地形的表示时(图1),数据对象在特定的或层次结构中并不是显式的成员。...在其他的序列布局中,这些相同的基因被跟踪观察它们的相对位置是如何变化的。 两个引人注目的模式出现了。 在一个案例中,尽管有不同的随机种子,但与第一个的几乎完全相同。...在第二种情况下,产生的是初始的镜像。 这种镜像是非常合理的,因为只要保持相对距离,就没有理由期望任何首选的自然位置,所以旋转和镜像应该是很正常且可以被观察到的。...对结构的更密切关注确实揭示了一些大的变化,例如在图9中,我们注意到红色从内部翻转到外部的位置。 这个红色的有一些非常相似的连接,将它与山脊连接起来,如图3所示。...这些结果表明,当呈现同一数据集时,序化工具具有健壮的稳定性。 有了这些信息,我们就开始了对相似数据的微小变化如何影响位置的研究。

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数据科学家们必须知道的 5 种算法

理论上,同一组中的数据点应具有相似的属性或特征,而不同组中的数据点应具有相当不同的属性或特征(即内差异小,间差异大)。...是一种无监督学习方法,也是一种统计数据分析的常用技术,被广泛应用于众多领域。 在数据科学中,我们可以通过算法,查看数据点属于哪些组,并且从这些数据中获得一些有价值的信息。...首先,你必须选择有分类组的数目(如为 3 ,则 K=3)。这并不能忽略,理想情况下,我们希望它使用算法来帮助我们理解这些数据,因为它的重点在于从数据中获得一些有价值的发现。...中心向最大密度点聚合的结果也是非常令人满意的,因为它的理解比较符合数据驱动的规律,且十分直观。缺点是窗口大小 / 半径 r 的选择是非常重要的,换句话说半径的选择决定了运行结果。...对于新簇中的第一个点,ε距离邻域内的点也成为同一个簇的一部分。然后对已经添加到群集组中的所有新点重复使ε邻域中的所有点属于同一个群集的过程。

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【视频】主成分分析PCA降维方法和R语言分析葡萄酒可视化实例|数据分享|附代码数据

原始特征通常显示出显着的冗余,这也是主成分分析在降维方面如此有效的主要原因。R语言主成分分析(PCA)葡萄酒可视化:主成分得分散点图和载荷图我们将使用葡萄酒数据集进行主成分分析。...数据数据包含177个样本和13个变量的数据框;vintages包含标签。这些数据是对生长在意大利同一地区但来自三个不同栽培品种的葡萄酒进行化学分析的结果:内比奥罗、巴贝拉和格里格诺葡萄。...R语言复杂网络分析:(社区检测)和可视化R语言中的划分模型基于模型的和R语言中的高斯混合模型r语言聚类分析:k-means和层次SAS用K-Means 最优k值的选取和分析R语言k-Shape...时间序列方法对股票价格时间序列基于LDA主题模型的商品评论文本挖掘R语言中实现层次模型用R语言进行网站评论文本挖掘R语言鸢尾花iris数据集的层次聚类分析R语言对用电负荷时间序列数据进行...K-medoids建模和GAM回归R语言算法的应用实例基于模型的和R语言中的高斯混合模型

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【视频】主成分分析PCA降维方法和R语言分析葡萄酒可视化实例|数据分享|附代码数据

原始特征通常显示出显着的冗余,这也是主成分分析在降维方面如此有效的主要原因。R语言主成分分析(PCA)葡萄酒可视化:主成分得分散点图和载荷图我们将使用葡萄酒数据集进行主成分分析。...数据数据包含177个样本和13个变量的数据框;vintages包含标签。这些数据是对生长在意大利同一地区但来自三个不同栽培品种的葡萄酒进行化学分析的结果:内比奥罗、巴贝拉和格里格诺葡萄。...R语言复杂网络分析:(社区检测)和可视化R语言中的划分模型基于模型的和R语言中的高斯混合模型r语言聚类分析:k-means和层次SAS用K-Means 最优k值的选取和分析R语言k-Shape...时间序列方法对股票价格时间序列基于LDA主题模型的商品评论文本挖掘R语言中实现层次模型用R语言进行网站评论文本挖掘R语言鸢尾花iris数据集的层次聚类分析R语言对用电负荷时间序列数据进行...K-medoids建模和GAM回归R语言算法的应用实例基于模型的和R语言中的高斯混合模型

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手中无y,心中有y——算法的正确建模方式

3 那如果我们的关注点是弹珠的颜色,可能会成为图4所示的几类,红色系、黄色系、蓝色系和紫色系等; 图4 上面的例子我们可以看到,即使对于同一笔资料,根据需求的不同,分群的结果也不太一样,如果一个商业需求...那么第二个问题:如何根据这些相似性将类似的观测值分到同一?这就是涉及到的算法。...、广西、福建、辽宁、河北是另外一,浙江、江苏、山东、是第四,那么现在看看算法的跟我看左图的肉眼观察是否一致,如果一致,那说明算法在解释上也是很好的; 不过看右边的树形图展示,其两是建议的,即福建...图14 首先在我需要分类的数据上随机选5个中心点(即K=5),然后计算观测点与中心点的距离,划分到相应的中心点所属的群里,接着不用第一次设置的中心点,现在重新设置5个中心点的位置,继续计算观测点与现在中心点的位置...,b(i)表示观测点i到不同类内所有点距离的均值的最小值,S(i)表示观测i的轮廓系数,若a(i)小于b(i)则说明该观测点在中是合理的,此时a(i)/b(i)的值趋向于0,那么S(i)越接近1

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有关照片算法的思考

作者:俞尚 1.的规则是模糊的,无法精确描述的 空间当前的规则是 1KM 或 1 小时内的照片会聚在同一中。目前来看规则太简单,也不够准确,容易产生一些错误的。...另外近期记忆也是如此,我在办公室上班一整天,然后下班后 20 分钟内在 1.5 公里远处吃饭。...[1498532529573_6340_1498532529568.png] 3.某些有些点距离虽然也小于 1km,但是本身是个不在同一个地点,不对 。...[1498532571409_7583_1498532571401.png] 如上图所示,低于这条线的点会被聚在同一中。 效果有改善,但仍然有问题。算法指定了太多的魔术数字。...3.照片时间与位置两个因素怎么平衡,目前只考虑了位置信息,后面可以讨论具体算法。 4.也要考虑不同的时间段和场景。比如,对较近时间内,推荐发说说时,应该更加严格。

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【美团技术解析】自动驾驶中的激光雷达目标检测(上)

因为这种结构有很强的规律性所以很多物体检测算法的思路是先做地面分割然后做,最后将得到的物体进行识别。...常见的算法流程为: 将三维点云映射为某种结构,例如Graph和Range Image; 提取每个节点或像素的特征; 将节点或像素; 通过一定规则或分类器将一个或多个确定为地面; 结合地面信息,通过分类器对其他进行物体级别的识别...右侧的图是左侧的局部放大版本。 建图的目的是在空间中离散的三维点之间建立某种联系,从而为后续的和分割做准备。一般这种建图的方法不设定边的权重,依靠节点的特征进行和分割。...得到特征之后就可以根据相邻节点之间的特征相似性进行的首要目的一般是求出属于地面的节点即地面分割。 Douillard为不同的数据类型提出了不同的地面分割方法【2】。...建图之后使用基于图的分割算法(例如【4】)即可得到结果。 这种方法建图的速度非常快,在实际使用过程中还需要处理多个点映射到同一个像素的情况,其建图的结果和直接在三维点云中建图相比非常接近。

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Mysql:小主键,大问题

既已如此,「记录」便是具有确定性(相对)的信息,其确定性即唯一性。我们得出第一条原因: 「1.数据记录需具有唯一性」 世界是由客观存在及其关系组成的。「数据」是数字化和模型化的存在关系。...所以体现在数据存储上,「主键」的第二作用,也是存在的第二因素即: 「2.数据需要关联」 「数据」用于描述客观实在的,本身没有意义。...则主键第三个作用: 「3.数据库底层索引用于检索数据所需」 二、为什么主键不宜过长 这个问题的点在「长」上。那「短」比「长」有什么优势?(嘿嘿嘿,内涵)—— 短不占空间。...这就要求同一个叶子节点内(大小为一个内存页或磁盘页)的各条数据记录「按主键顺序存放」,因此每当有一条新的记录插入时,MySQL 会根据其主键将其插入适当的节点和位置,如果页面达到装载因子(InnoDB...四、业务 Key VS 逻辑 Key 「业务 Key」,即使用具有业务意义的 id 作为 Key,比如使用订单流水号作为订单表的主键 Key。

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一文详尽系列之K-means算法

1.2 算法步骤 所以 K-means 的算法步骤为: 选择初始化的 k 个样本作为初始中心 ; 针对数据集中每个样本 计算它到 k 个中心的距离并将其分到距离最小的中心所对应的中;...如此往复多次,通常 20 次,我们可以得到 20 个 。对这 20 个数值求平均值,就得到了的近似值。最终可以计算 Gap Statisitc。...核方法的主要思想是通过一个非线性映射,将输入空间中的数据点映射到高位的特征空间中,并在新的特征空间中进行。...非线性映射增加了数据点线性可分的概率,从而在经典的算法失效的情况下,通过引入核函数可以达到更为准确的结果。...这也比较符合常理,中心当然是互相离得越远越好。 但是这个算法的缺点在于,难以并行化。

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6个常用的评价指标

确定“正确”簇数量或“最佳”簇通常是一个主观的决定,即使对领域专家也是如此。一个人认为是有意义的簇,另一个人可能会认为是巧合。 在许多真实世界的数据集中,簇之间的界限并不明确。...内部指标 由于的目标是使同一簇中的对象相似,而不同簇中的对象不同,因此大多数内部验证都基于以下两个标准: 紧凑性度量:同一簇中对象的紧密程度。...基于这些系数,可以建立一个轮廓图,它提供了一种评估每个对象在其簇中的位置的方法。在这张图中,每个点的轮廓系数用一条水平线表示(更长的条形表示更好的)。这些条按簇排列和分组。...CHI值越高,表示效果越好,因为这意味着数据点在之间的分布比在内部的分布更分散。...计算簇分配和标签之间的一致数与总数据点对数的比值: A是具有相同类标签且属于同一的点对的数目,B是具有不同类标签且属于不同聚的点对的个数。N是总点数。

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【ML】一文详尽系列之K-means算法

1.2 算法步骤 所以 K-means 的算法步骤为: 选择初始化的 k 个样本作为初始中心 ; 针对数据集中每个样本 计算它到 k 个中心的距离并将其分到距离最小的中心所对应的中;...如此往复多次,通常 20 次,我们可以得到 20 个 。对这 20 个数值求平均值,就得到了的近似值。最终可以计算 Gap Statisitc。...核方法的主要思想是通过一个非线性映射,将输入空间中的数据点映射到高位的特征空间中,并在新的特征空间中进行。...非线性映射增加了数据点线性可分的概率,从而在经典的算法失效的情况下,通过引入核函数可以达到更为准确的结果。...这也比较符合常理,中心当然是互相离得越远越好。 但是这个算法的缺点在于,难以并行化。

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什么是

在地球观测数据库中相似地区的确定,汽车保险单持有者的分组,及根据房子的类型、价值和地理位置对一个城市中房屋的分组上也可以发挥作用。也能用于对Web上的文档进行分类,以发现信息。...对于输入记录的顺序不敏感: 一些算法对于输入数据的顺序是敏感的。例如,同一个数据集合,当以不同的顺序交给同一个算法时,可能生成差别很大的结果。开发对数据输入顺序不敏感的算法具有重要的意义。...假设你的工作是在一个城市中为给定数目的自动提款机选择安放位置,为了作出决定,你可以对住宅区进行,同时考虑如城市的河流和公路网,每个地区的客户要求等情况。...应用目标如何影响方法的选择也是一个重要的研究课题。...同时高维数据也是技术的难点。

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数据分析师必须掌握5种常用算法

理论上,属于同一的数据点应具有相似的属性或特征,而不同类中的数据点应具有差异很大的属性或特征。 类属于无监督学习中的一种方法,也是一种在许多领域中用于统计数据分析的常用技术。...4、重复以上步骤来进行一定数量的迭代,或者直到簇中心点在迭代之间变化不大。你也可以选择多次随机初始化簇中心点,然后选择看起来像是最佳结果的数据,再来重复以上步骤。...而且该算法的效果也是非常理想的,在自然数据驱动的情况下,它能非常直观的展现和符合其意义。算法的缺点是固定了窗口大小/半径“r”。...这个过程使ε邻域内的所有点都属于同一个簇,然后对才添加到簇中的所有新点重复上述过程。 4、重复步骤2和3两个过程直到确定了中的所有点才停止,即访问和标记了的ε邻域内的所有点。...我们使用数据点位置的加权和来计算这些新参数,其中权重是数据点属于该特定簇的概率。为了更直观的解释这个,我们可以看看上面的图片,特别是黄色的簇。

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五种方法_聚类分析是一种降维方法吗

理论上,同一组中的数据点应具有相似的属性或特征,而不同组中的数据点应具有相当不同的属性或特征(即内差异小,间差异大)。...是一种无监督学习方法,也是一种统计数据分析的常用技术,被广泛应用于众多领域。 在数据科学中,我们可以通过算法,查看数据点属于哪些组,并且从这些数据中获得一些有价值的信息。...首先,你必须选择有分类组的数目(如为3,则K=3)。这并不能忽略,理想情况下,我们希望它使用算法来帮助我们理解这些数据,因为它的重点在于从数据中获得一些有价值的发现。...中心向最大密度点聚合的结果也是非常令人满意的,因为它的理解比较符合数据驱动的规律,且十分直观。缺点是窗口大小/半径r的选择是非常重要的,换句话说半径的选择决定了运行结果。...与其他算法相比,DBSCAN具有一些很大的优势。 首先,它根本不需要pe-set数量的簇。 它还将异常值识别为噪声,而不像mean-shift,即使数据点非常不同,它们也会将它们引入群集中。

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时间序列自监督学习综述

基于预训练和微调策略,即使是少量的标记数据也能实现高性能。...然而,该方法的缺点在于处理时间依赖性是一个挑战,因为增强对比的本质在于区分正样本和负样本对的特征表示,而不是显式地捕捉时间依赖性。选择适当的时间序列数据增强方法也是一个具有挑战性的问题。...2.4 原型对比法 原型对比方法是一种基于约束的对比学习框架,它通过将样本与中心进行对比来学习时间序列数据的表示。该方法可以减少计算量,并鼓励样本在特征空间中呈现出友好的分布。...具体来说,原型对比方法将样本分为不同的,将中心作为原型,然后将样本与原型进行对比,以学习时间序列数据的表示。...自回归预测任务也是一种时间序列预测任务。 分类和。分类和的任务目标是识别特定时间序列样本所属的真实类别。由于基于对比的自监督学习方法的核心是识别正样本和负样本,因此其是这两个任务的最佳选择。

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