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沙龙
1
回答
Entrez和SeqIO“在句柄中没有发现记录”
、
、
我注意到,这个方法适用于其他
数据库
--例如“核苷酸”。这是Pubmed的问题吗?这需要不同的格式吗?谢谢。
浏览 1
提问于2016-04-19
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2
回答
如何从efetch (Biopython,Entrez)中提取摘要?
、
、
u'Minute': '0', u'Month': '3', u'Day': '18', u'Hour': '6', u'Year': '2016'}, attributes={u'PubStatus': u'
medline
浏览 2
提问于2016-03-18
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5
回答
使用bash将文件传递到程序中
将一个文件传递到程序中进行数据处理,我想知道我的语法是否正确 /home/mumps/CS3150/Script/HW1/textfiles/CardioAndPulmonary.txt | /home/mumps/
Medline
2012然而,getDocs也调用了位于
Medline
2012中的一个文本文件,我相信这就是错误的来源。
浏览 13
提问于2013-02-26
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1
回答
ssrs报表中基于符号的换行符
、
、
我不知道如何为此编写表达式
Medline
Industries, Inc.~email inv to: A~PO Box 876~Mundelein IL 60060-0876~USA~~
Medline
Industries, Inc.email inv to:vendorinvoices@
medline</em
浏览 14
提问于2019-10-10
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1
回答
用python和mongoDB索引20M记录
、
、
、
我需要使用
Medline
()的所有文章。对于那些不熟悉
Medline
数据库
的人,我添加一些信息: 我已经创建了一个
medline
解析器,并为每个记录创建了一个用于mongoDB的JSON条目,并在pubmedID进行索引之后创建了JSON条目。
浏览 2
提问于2011-05-03
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1
回答
是否有包含普通医学术语的NLP语料库?
、
、
我正在尝试使用NLTK库从病人的医疗报告中提取表示医疗症状的关键词。例如,我有一份医疗报告如下:在这里,我想找到所有的关键字或图表
浏览 0
提问于2021-03-01
得票数 6
1
回答
在
medline
数据库
中使用entrez和biopython搜索标题
、
、
下面是我的代码:from Bio import
Medline
records =
Medline
.parse(handle) import re from Bio import
Medline
浏览 1
提问于2016-04-19
得票数 2
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1
回答
使用r (httr)获取多个发布摘要
、
、
、
这是我试图从这个问题中执行的相同任务的延续。现在,我试图获得这些摘要的标题和全文(作为2列dataframe,一个用于标题,一个用于抽象文本)。library(XML)library(glue)#### reqq = glue ('https
浏览 1
提问于2021-09-13
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1
回答
循环问题解析xml树
、
我有3个文件,它们都是同一个文件的副本,具有不同的名称来尝试循环,这些文件的名称如下:
Medline
_02.xmlimport os
浏览 0
提问于2015-11-25
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1
回答
使用漂亮的汤导航到下一页
、
、
如何使用漂亮的汤浏览所有页面的结果。例如,我必须刮这个网站: “((肿瘤学)和乳腺癌)并导致”我怎么把所有的页都取下来?我试着查看请求头中的表单数据。试着修改一些字段。我可以修改它得到200个条目每页。但不会再有了。实际上,我需要遍历页面来获取所有内容。任何帮助都将不胜感激。守则的有关部分: 'term' : val, 'EntrezSystem2.PEntrez.PubMed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DisplayBar.
浏览 1
提问于2015-02-14
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1
回答
NameError:名字“火花”没有定义,怎么解决?
、
import pubmed_parser as ppfrom pyspark.sql import Row parse_results_rdd =
medline
_files_rddfile_name=os.pa
浏览 3
提问于2020-05-09
得票数 0
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1
回答
如何将“_INC”(字符串)附加到List中的每个元素的末尾?
、
Arrays.asList("asco_genes", "pubmed_oa_genes", "wiley_journals_genes", "mms_genes", "elsevier_genes", "
medline
_genes"asco_drugs", "pubmed_oa_drugs", "wiley_journals_drugs", "mms_drugs", "else
浏览 44
提问于2018-12-04
得票数 1
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3
回答
从大型xml文件中提取大xml块的最佳方法
、
、
、
、
我正在使用XPath从XML文件中提取大块。我的xml文件很大,它们来自PubMed。我的文件类型的一个例子是: Node result = (Node)xPath.evaluate("PubmedArticleSet/PubmedArticle[MedlineCitation/PMID = "+PMIDtoSearch+"]", doc, XPathConstants.NODE); 我在PMIDtoSearch上得到了这篇文章,所以它是完美的。但这需要很长时间。我得做800.000次,所以这个解决方案需要两个多月的时间。有些块有超过400行
浏览 0
提问于2017-07-31
得票数 3
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2
回答
Regex -在两个字符串之间获取文本
、
它总是以: 文本: 1. Br J Biomed Sci. 2015;72(3):93-101.PMID: 26510263 [PubMed - indexed for
MEDLINE
]
浏览 1
提问于2015-11-27
得票数 0
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1
回答
如何解析纯
MEDLINE
格式文件
、
、
我需要用以下结构处理
MEDLINE
文件:OWN - NLMDCOM- 20121113OWN - NLMDCOM- 20121113OWN - NLMDCOM- 20121113 TI - [Bio
浏览 5
提问于2019-12-20
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1
回答
使用XLM数据集的NLP
、
、
、
、
74457.xml = '''<pubmedarticle><pmid"><month> 9 </month></pubmed
浏览 11
提问于2022-05-15
得票数 1
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1
回答
在csv python中写入for循环的输出
标题=文章标题,摘要=文章摘要,但它只保存输出中的一个元素而不是全部 import numpy as np from Bio import
Medline
Entrez.esearch(db="pmc", rettype = "
medline
)
浏览 45
提问于2019-01-03
得票数 0
4
回答
将XML转换为关系
数据库
、
、
我正在寻找一个程序、脚本或web服务,它可以将一个XML文件作为输入,并从它构建一个关系
数据库
(模式+填充它)。理想情况下,MySQL,MariaDB或Postgres。两个XML文件示例(它们都具有相同的结构):https://www.dropbox.com/s/rcjoggt1wa5u7z9/<
浏览 0
提问于2016-07-01
得票数 4
1
回答
搜索数据;整数到字符串问题
、
JSON.stringify "[{'imf':6546,'description':'DEXTROSE-5%-INJ-250ML','group':'C4PV','vendor':'
MEDLINE
INDUSTRIES','vsn':'BHL2B0062QH'},{'imf':6546,'description':'GLYCINE-1.5
浏览 2
提问于2022-09-22
得票数 0
1
回答
从原始的xmls创建xmls文件的子集,同时保持相同的结构。
、
、
、
在处理
Medline
数据库
时,最好的方法是什么?最有效的方法是什么?
浏览 0
提问于2019-07-04
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