multiFASTA文件处理

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如何在R中创建包含多个序列的fasta文件

r、bioinformatics、fasta

我一直在从一个在线数据库(uniprot)中提取fasta文件，方法是使用下面的库获取它们的登录号： install.packages("protr") library("protr我遇到的问题是将多个序列写入一个单独的合并fasta文件。目前，我已经确定了一种方法，为我使用下面的代码抓取的每个单独的序列编写单独的fasta文件： x <- for(i in 1:length(Proteins_IDs)){ write.fasta(Proteins_IDs[i], names

浏览 168提问于2021-11-19得票数 1

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bioinformatics、biopython、fasta、bioconductor、bioperl

我很想知道是否有任何生物信息学工具能够处理multiFASTA文件，给我提供序列数量、长度、核苷酸/氨基酸含量等信息，并可能自动绘制描述性图。

浏览 2提问于2009-11-24得票数 7

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在单行Perl中打印DNA的反向补码

perl、bash、sequence

我想编写一个快速的单行perl脚本来生成DNA序列的反向补码。然而，下面的方法对我不起作用：有什么建议吗？我知道 tr -d "\n " < input.txt | tr "[ATGCatgcNn]" "[TACGtacgNn]"

浏览 0提问于2013-04-30得票数 1

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以用户定义的匹配开始和结束的文件中的序列计数

regex、perl、fasta

我想要做的是将这两个文件提供给perl程序，并从primers.txt文件中获取一个使用引物对找到序列的次数的输出文件。在这种情况下，我的外部文件将列出：1use strict;chomp( my $multi

浏览 0提问于2018-04-20得票数 1

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如何将多个fasta文件头转换为单个fasta头？

python、unix、fasta

我有一个multifasta文件，如下所示 >t_xth_1>t_xth_1>ocean>ocean>seaMNGTGHA>oceanMNGTGHAMNGTGHA 请帮我做同样的事情。

浏览 31提问于2021-08-11得票数 -1

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按DNA长度对multiFASTA文件排序

sorting、bioinformatics、bioperl

我正在尝试按长度对multiFASTA文件进行排序。我想出了按字母顺序排序的方法，但我似乎搞不懂数字排序。输出应该是经过排序的multiFASTA文件。这是另一个程序的选项。下面是代码。

浏览 0提问于2017-11-03得票数 0

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删除多fasta文件中fasta序列末尾的立体符号()*

awk、sed、grep

我有一个包含从2个abinitio工具预测的蛋白质的multifasta a文件。每个序列的末尾都包含一个立体符号(*)。我想把它从文件中删除。

浏览 3提问于2017-04-26得票数 0

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循环遍历存储为散列值的字符串Perl。

perl

%multifasta = ('sequence1', ACCGTG, 'sequence2' , AGTCGTAGC, 'sequence3' , AGTCGCTAGCATAGCA)while(my($key, $value) = each %multifasta){ my $len = length($value);

浏览 1提问于2018-12-21得票数 1

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为许多文件获得共识序列，而不仅仅是一个

perl、bioinformatics、fasta、consensus、emboss

我安装并配置了emboss，并可以运行简单的命令行参数，以获得一个先前对齐的multifasta文件的一致性：从多个对齐中创建一致序列输出序列dna.fasta：aligned.cons 这对于一次处理一个文件来说是完美的，但我有数百个文件要处理。我已经开始编写一个带有foreach循环的perl脚本来尝试处理每个文件，但是我想我需要在脚本之外运行这些命令。关于我如何运行一个命令行友好程序，从以前对

浏览 7提问于2016-06-11得票数 1

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将多个FASTA文件拆分成多个单独的文件，并保留其原始名称

awk、split、sequence、fasta

我正在尝试将包含多个DNA序列的大型FASTA文件拆分成单独的FASTA文件。我需要将每个序列分离到它自己的FASTA文件中，并且每个新FASTA文件的名称需要是来自原始的大型multifasta文件的DNA序列的名称(>之后的所有字符)。stackoverflow找到的这个脚本： awk '/^>chr/ {OUT=substr($0,2) ".fa"}; OUT {print >OUT}' your_inp

浏览 6提问于2014-01-31得票数 0

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如何创建(重写)输出文件？

regex、perl

我有两个输入文件。第一个是包含多个fasta文件的文件，头文件如下： '>AH008024.2 Angelica acutiloba internal transcribed spacers 1 and 2, partial最终输出的行数必须与第二个输入文件(primer文件)的行数相同，在本例中为420行，但我当前的输出写入了292140行，它正在进行匹配，但没有正确写入。我一直在编写我向你展示的这段代码。如果有人想尝试一下，我想上传我的输入文件和当

浏览 17提问于2019-05-28得票数 1

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向fasta文件中的标头添加序列长度

bash、fasta

我有一个multifasta文件，并希望通过保留序列将序列长度添加到标头。

浏览 20提问于2019-12-31得票数 2

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Python：'_io.TextIOWrapper‘类型的对象没有len()

python、string、function、loops

当我运行我的代码时，我一直收到这个错误： TypeError:类型为‘的对象_io.TextIOWrapper‘没有len()函数我如何让它打开/读取文件并在循环中运行它？下面是我尝试导入的文件的链接：DNA序列的下载链接 def mostCommonSubstring(): mink

浏览 92提问于2018-02-10得票数 4

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将Fasta序列与组播文件的子字符串进行比较并更改ID名称

python、python-3.x、bioinformatics、biopython、fasta

我正在尝试比较两个multifasta文件。一个是microRNA前体(70nt)，另一个是成熟microRNAs (22nt)。我想要将成熟的microRNA与前体文件的前20个nt进行比较，如果包含该序列，我希望它将成熟的>ID_5p中的is更改为microRNA。到目前为止，我写了一个脚本，它给我的输出只是我的成熟文件中的一些序列被多次复制。你能帮我吗？

浏览 9提问于2019-11-27得票数 1

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将前一序列的长度相加后计算序列的长度

python、biopython、fasta

我想确定multifasta文件中单个序列的长度。1]), "fasta"):(seq_record.id, len(seq_record))我的输入文件如下

浏览 1提问于2016-07-27得票数 0

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在python中解析包含multifasta* BLAST结果的xml文件*

python、xml、bioinformatics、biopython、blast

我正在尝试解析包含multifasta BLAST结果的xml文件-这是 -它的大小约为400kB。程序应该返回四个序列名。Iteration_iter-num>sequence: gi|171864|gb|AAC04946.1| Yal011wp [Saccharomyces cerevisiae] 如何从这个xml文件中获得另一个

浏览 0提问于2016-04-15得票数 1

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强制从bash脚本代码内部刷新到stdout文件

python、bash

mafft_default-none-none-none -m sptree_fasttree_all -o provaflush --cogs coglist_species_filtered.txt -a multifasta_speciesunique.fa

浏览 15提问于2022-05-19得票数 0

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读取序列时未创建输出文件

linux、perl

因此，当它运行时，它应该将fasta文件的输出缩短为几个序列，并将输出放到文本文件中，但我在这里遇到的问题是无法创建输出文件，并且我不知道脚本中的错误是什么。我将在下面发布我的代码以供参考。SYNOPSIS This script would calculate the number of individual per multifasta

浏览 0提问于2020-05-06得票数 1

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Snakemake-使用检查点从输出目录创建通配符

python、bioinformatics、snakemake

我正在将一个多fasta文件解析成单个fasta文件，我想为每个文件创建通配符，因为下一条规则需要为每个文件并行化。我的问题是我无法从生成的fasta文件创建通配符，因为输出会根据我拥有的多fasta文件而动态变化。output: shell:简而言之，我想为我的多fasta输入文件中的每个

浏览 22提问于2021-06-02得票数 0

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