每次安装mysql的时候都非常痛苦。因为至少要编译半个小时,在想有没有什么简单的办法,我一查官方文档,真让我看到一个简单的yum的安装办法。现在步骤如下:
yum -y remove mysql-libs.x86_64 yum -y remove mysql-*
要使用yum 安装mysql,要使用mysql的yum仓库,先从官网下载适合你系统的仓库 http://dev.mysql.com/downloads/repo/yum/ centos 6.5 对应的是mysql-community-release-el6-5.noarch.rpm 然后安装一下这个仓库列表 sudo yum localinstall mysql-community-release-el6-5.noarch.rpm 执行这个命令后就能看到可安装的mysql yum repolist enabled | grep "mysql.*-community.*" 如果我们是要安装最新的版本,那么可以直接执行 sudo yum install mysql-community-server 如果我们要选择版本,可以先执行下面这个命令查看一下有哪些版本 yum repolist all | grep mysql 如果要选择版本的话,有两种方式,一种是使用命令来 shell> sudo yum-config-manager --disable mysql56-community shell> sudo yum-config-manager --enable mysql57-community-dmr 这个命令就是在仓库中启用5.7版本的,禁用5.6版本子仓库 或者编辑/etc/yum.repos.d/mysql-community.repo文件 # Enable to use MySQL 5.6 [mysql56-community] name=MySQL 5.6 Community Server baseurl=//repo.mysql.com/yum/mysql-5.6-community/el/5/$basearch/ enabled=1 gpgcheck=1 gpgkey=file:/etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-mysql enabled=0表示禁用 比如要安装5.7版本的mysql,要确定5.6的enabled=0,5.7的enabled=1,一次保证只启用一个子仓库 # Note: MySQL 5.7 is currently in development. For use at your own risk. # Please read with sub pages: https://dev.mysql.com/doc/relnotes/mysql/5.7/en/ [mysql57-community-dmr] name=MySQL 5.7 Community Server Development Milestone Release baseurl=http://repo.mysql.com/yum/mysql-5.7-community/el/6/$basearch/ enabled=1 gpgcheck=1 gpgkey=file:/etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-mysql
MySQL/Mariadb介绍 MySQL是一个关系型数据库,由mysql ab公司开发,mysql在2008年被sun公司收购(10亿刀),2009年sun公司被oracle公司收购(74亿刀) sun公司主要做Java 在后期后学到jdk,jdk 就是由 sun 公司开发的 oracle公司,专门做数据库的,都是比较大型的,比如银行等金融企业 oracle通常会装在小型机上,小型机和linux不同,叫做 Unix ,操作系统是unix,是收费的 小型机是一个 “超级” 计算机,这个 “超级” 是
LAMP架构 : Linux+Apache(httpd)+Mysql+Php 当然LAMP的架构可以完全安装在一台server上面,也完全可以安装在不同的server上面,但是Apache和PHP必须要安装在一起。其原因是:APACHE不可以直接和Mysql打交道,必须要通过PHP模块进行交互。 ① 用户请求 ⇄ Apache (PHP) ⇄ Mysql (动态) ② 用户请求 ⇄ Apache (PHP) ⇄ 静态文件(静态) ---- Mysql : 小科普: Mysql 2008年被sun收购
要使用yum 安装mysql,要使用mysql的yum仓库,先从官网下载适合你系统的仓库 http://dev.mysql.com/downloads/repo/yum/ centos 6.5 对应的是mysql-community-release-el6-5.noarch.rpm 然后安装一下这个仓库列表 sudo yum localinstall mysql-community-release-el6-5.noarch.rpm 执行这个命令后就能看到可安装的mysql yum repol
MySQL 8.0 正式版 8.0.11 已发布,官方表示 MySQL 8 要比 MySQL 5.7 快 2 倍,还带来了大量的改进和更快的性能!
已经知道,对于int了tinyint了这些MySql类型,后面那个4或者11没啥实际意义,只是说(当位数不足时)前面填充多少个0,然后使之变为4位或者11位,对这个类型的字段实际能存的长度没啥影响.
继上一次《TiDB Vector抢先体验之用TiDB实现以图搜图》后,就迫不及待的想做一些更复杂的应用。上一篇在 TiDB 社区专栏发布以后还是有很多社区朋友不明白向量的应用场景到底是什么,这次用一个更直观的场景来体现向量检索在 AI 应用开发的重要性。
对于甲基化芯片的差异分析,除了有探针水平的差异分析,还有差异甲基化区域DMR分析。
uname -a :可以查看你的系统是32位还是64位的操作系统 LAMP架构介绍 LAMP = Linux+Apache(httpd)+MySQL+PHP PHP网站(Google、淘宝、百度、51cto博客、猿课论坛) 三个角色可以在一台机器、也可以分开(httpd和PHP要在一起) httpd、PHP、MySQL三者如何工作 PHP是以模块的形式和Apache结合在一起的。 Apache不能直接跟Mysql打交道,只能通过PHP模块去Mysql拿数据,再交给Apache再交给用户。P
DNA 甲基化 (DNAm) 作为表观基因组学的一个重要分支,为转录调控提供了重要的依据,其中包括基因组印记、早期胚胎发育和癌症进展。尽管大量全基因组亚硫酸氢盐测序 (WGBS) 在绘制跨组织类型的 DNA 甲基化组图谱方面做出了巨大努力,但它在解释细胞异质性和理解特定生物学状态下的发育动态方面仍然存在一定的不足。另外,许多情况下(如哺乳动物早期胚胎发生),比较难获得大量细胞。目前开发的单细胞水平DNA甲基化策略包括:scRRBS和 scBS-seq,以及多组学方法,如 scTrioSeq2和 scM&T-seq。
今天学习的是阿里 2020 年的工作《Deep Match to Rank Model for Personalized Click-Through Rate Prediction》。
| 导语上一篇我们跟大家讲了docker镜像,关于镜像的特点和作用我想大家都明白了。那么如何比较专业的去定制我们需要的镜像呢?用commit?不对,我们说过这个方法比较黑盒。真正专业高大上的方法是用d
参考: https://dev.mysql.com/doc/mysql-yum-repo-quick-guide/en/ https://www.cnblogs.com/zhangyin6985/p/6307219.html
本文将介绍如何编译 TiDB Server 源码。以及阐释 TiDB Server 7.x 的部分新特性。
我们很高兴向大家宣布,TiDB 6.1 于 6 月 xx 日发布了,这是 TiDB 6 系版本的第一个长期支持版(Long Term Support)。
对于DNA 甲基化芯片而言,探针水平的差异针对的是单个CpG位点,在大多数的研究中,比如cancer_vs_normal 中,单个差异的CpG位点并不能作为疾病的特异性的marker 。为了更好的研究实验条件和差异的关系,提出了CpG Region的概念,比如CpG island, CpG island shores, genomic block, generic 2-kb region 等,本质上都是基因组上的一段区域,这个区域内的甲基化水平和疾病更好的关联。
LAMP架构介绍: MySQL、MariaDB介绍: Community 社区版本 =开源版本 Enterprise 企业版 = 收费版本 GA(Generally Available)
heatmap()的输入应该是一个矩阵(或者一个将被转换为单列矩阵的向量)。如果矩阵被分割成组,必须用split参数指定一个分类变量。注意spilt的值应该是一个字符向量或一个因子。如果它是一个数字向量,它将被转换为字符。
内部测试版本 (Alpha Releases) ,会引入新的功能和改进。Alpha 版是当前系列版本的最初版本。Alpha 版可能存在一些 bug,提供给尝鲜用户,可以用于测试最新的功能。
由于jdk官网的链接不直接支持wget,可以使用下面的方法下载jdk,其中jdk版本为jdk1.8.0_91:
前面用几篇推文详细介绍了ChAMP包用于甲基化分析的流程,并使用肠癌领域的GSE149282进行了演示。
MySQL 是全球最受欢迎的开源数据库,长期位于 DB-Engines Ranking 排行榜第二名,在世界范围内拥有数量庞大的企业用户和开发者。然而,随着时间的推移,MySQL 用户正面临新挑战。Oracle 官宣将在 2023 年 10 月终止 MySQL 5.7 版本的官方技术支持。据第三方统计显示,目前仍有超过一半的 MySQL 服务器运行在 5.7 版本。在未来几个月,大量的 MySQL 实例必须升级至 8.0 及更高版本,否则将无法享受 Oracle 提供的技术支持和重要补丁更新,企业级用户将面临重大考验。
上次主要演示了ChAMP包需要的样本信息csv文件的制作以及IDAT数据读取过程。
近日,华中农也大学和美国明尼苏达大学合作解析了玉米自然群体中的DNA甲基化变异,揭示了DNA甲基化变异的遗传基础以及DNA甲基化变异与基因表达和表型的关联。该成果发表在开放获取期刊Genome Biology上。
作者是生信技能树组建的表观遗传学学习小组的小组长,前面已经发过一个: 学员分享-Chip-seq 实战分析流程 本文是看到生信技能树有个450K甲基化芯片数据处理传送门,我呢,恰好不久前用一个集成度很高的ChAMP包分析过850K的甲基化芯片数据。所以,就想着把自己的笔记整理下,可以和更多的小伙伴学习交流,还有个原因可能是因为这是四月份打算学生信时,接手的第一个任务,曲曲折折好几个月才跑通流程,遇到的坑也比较多,想记录下来。 我之前分析时是参考ChAMP包的源文档,非常详细的整个流程的介绍,但是,在笔记快整
随着时代的发展,单一研究转录组、蛋白代谢、甲基化等已经难以满足研究者越来越高的研究期望,大家更多地期望联合多种数据进行多组学联合分析。那么这时候,一种好的展示结果的方式无疑会为发表高分文章增光添彩。
就有非常棒的一站式教程投稿,也因此我结识了优秀的六六,以及其教程大力推荐的R包作者,见:
共6列数据,制表符分隔,每一行代表一个甲基化位点,前5列很好理解,描述甲基化位点的染色体位置和类别,默认情况下bbseq用于分析CpG类型的甲基化位点。当然其他类型的数据,比如CHG, CHH也支持,但是需要调整参数。Cov代表覆盖到这个位点的reads数,M代表其中发生了甲基化的reads数目。
MySQL 是全球最受欢迎的开源数据库之一,广泛应用于各种业务场景。而在各种版本中,MySQL 8.0 可以说是一个里程碑式的版本。今天,我们就来深入探讨 MySQL 8.0 的小版本选择策略和声明周期计划,以助力你做出更合适的数据库版本选择。
MySQL 8 正在变得原来越好,而且这也在我们MySQL复制研发团队引起了一阵热潮。我们一直致力于全面提升MySQL复制,通过引入新的和一些有趣的功能。此外,我们还听取了社区的建议和反馈。因此,我们很荣幸能够与你一同见证最新版本(MySQL 8.0.2)的里程碑式的发布,为此我们总结了其中的一些值得注意的变化。跟随我们下面的博客,我们将会分享这些新功能的一些见解。
关键词:VT-d, apple VTD, 黑苹果,英特尔wifi蓝牙无法打开,AX210, WIFI 6E, disableIOMapper, disableIOMapperMapping
当我们得到差异的探针或者差异的甲基化区域之后,通常都会分析这些差异区域对应的基因是否在特定功能上有富集。在ChAMP中,通过champ.GSEA函数来实现功能富集分析。
哺乳动物基因组CpG位点通常集中在称为CpG岛(CpG island,CGI)的区域中,并且已知人基因启动子~60%含有CpG岛。CpG岛上下游不超过2000个碱基对(2kb)的基因组区域称为CpG“岛岸”(shores),其中CpG shelves指位于CpG shores 上下游2kb以内的区域,open sea指CpG islands、CpG shores和CpG shelves之外的其他区域。这4种情况形成了CpG resort。CpG位点的密度从island到open sea递减。
在 ComplexHeatmap 中单个热图由热图主体和热图组件组成。热图主体可按行或列进行拆分。热图组件包括标题,进化树,矩阵名称和热图注释,可分别放置于热图主体的四个侧面上,这些组件也可根据热图主体的顺序进行重新排序或拆分。
前言 趁着学生期间,买了一个云服务器拿来自己练练手,刚配置一个环境就让自己各种无语,把自己配置的步骤和遇到的问题整理一下。 安装过程: 安装JDK 看了很多资料,都推荐用Oracle JDK,避免Open JDK。因此,这里避免以后出现问题,推荐用Oracle JDK。 安装方式:rpm安装 下载地址: http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/java-archive-downloads-javase7-521261.html 将下载
一般情况下使用 TiDB 单表大小为千万级别以上在业务中性能最优,但是在实际业务中总是会存在小表。例如配置表对写请求很少,而对读请求的性能的要求更高。TiDB 作为一个分布式数据库,大表的负载很容易利用分布式的特性分散到多台机器上,但当表的数据量不大,访问又特别频繁的情况下,数据通常会集中在 TiKV 的一个 Region 上,形成读热点,更容易造成性能瓶颈。
对于如何使用minfi 分析甲基化芯片数据,我们在之前的文章中详细讲解了每一步处理的具体用法。今天主要给出一个piepeline, 包括从文件读取一直到最终的DMP/DMR差异结果。
LAMP是Linux Apache MySQL PHP的缩写,即把Apache、MySQL以及PHP安装在Linux系统上,组成一个环境来运行PHP的脚本语言。Apache是最常用的Web服务软件,而MySQL是比较小型的数据库软件。三个角色可以安装在一台机器上,也可以分开(但httpd和php要在一起的)
作者:李彦锋,腾讯 IEG 运营开发工程师 一直想写一篇关于C语言的文章,里面包含C语言的发展史、创始人等相关事迹。但是却迟迟未写,主要原因是因为:在我看来,这个语言太过于伟大、耀眼。作为一个仅仅使用过C语言的普通开发来说,完全没资格去写。但是,最近在看过一篇丹尼斯.里奇写的《C语言发展史》之后,坚定了我写这篇文章的决心。不是歌功颂德,仅仅是以一种客观的视角去欣赏。 1. C语言发展史 任何一种新事物的出现都不是来自于偶然,而是时代所驱使的必然结果。 1.1 C语言有多伟大 如果你问我:C语言有多伟大
官网MySQL有四个版本:GA版、DMR版、RC版、Beta版。一般生产和测试环境使用GA版(常规可用的版本,经过bug修复测试)
LAMP是由Linux, Apache, MySQL, PHP组成的,即把Apache、MySQL以及PHP安装在Linux系统上,组成一个环境来运行PHP的脚本语言。Apache是最常用的Web服务软件,而MySQL是比较小型的数据库软件。三个角色可以安装在一台机器上,也可以分开(但httpd和php要在一起的)
将整个基因组划分为Promoter, Body, 3UTR, Intergenic 4种区域,其中Promoter区又细分为TSS200, TSS1500, 5UTR, 1stExon 4种情况。
说明: 服务器上的图片、js、css等文件属于静态文件;数据库文件是动态文件。
英文标题 Identification of epigenetic modulators in human breast cancer by integrated analysis of DNA methylation and RNA-Seq data
Mototrbo TMS 协议分析 作者:BG7NYT 三年前我就分析出了Mototrbo TMS协议,一直动笔写这篇文章,最近比较闲,就想起了这事。 起初只是好玩,使用P8668发送短信输入太麻烦,我就想开发个软件从电脑发送短信跟 Mototrbo 终端。 另外当时微信很火,微信推出了菜单服务。例如关注微信公众号后出现:当时微信很火,微信推出了菜单服务。例如关注微信公众号后出现: 主菜单 XXX服务 XXX 通过输出数字跟微信交互。我就相处了Mototrbo 的短信服务也能这么干。可以实现订阅天气预报,发
这个列表包含了几乎所有经常更新的大数据的博客,属于一个广泛的类别:数据科学,数据分析,商业智能,机器学习,数据可视化,数据挖掘,NoSQL,Hadoop的等等。博客是按字母顺序排列。如果我们错过了任何重要的博客,请告诉我们。 1. 451 Caos Theory 2. A Beautiful Www 3. A Blog By Tim Manns 4. A Computer Scientist In A Business School 5. A.C. Thomas, Scientist 6. Abbott
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