成功坚持下来的朋友们累积了 200多文献阅读笔记，反而是公众号编辑忙不过来，所以大多数好的笔记无缘跟粉丝见面，不过我自己的笔记可以开绿色通道，现在开启系列连载： 预测BRCA基因功能缺陷的HRDetect基因集 TNBC分型研究的来龙去脉...本次更新的《BRCA分型之PAM50》为2019 第十周分享 乳腺癌是高度异质性疾病，临床分期及病理分级相同的患者对治疗的反应和预后大不相同。...的分类可以作为机器学习预测指标 通常我们有了转录组表达量信息，就可以使用PAM50分类器来判断乳腺癌的亚型。...但假设我们同时也有病人的其它指标，比如age, ER,PR, HER2 and Ki67 status等等，就可以使用机器学习模型来根据这些指标训练模型关联到其PAM50分类值。...进行分类，然后在补充材料里面，给出了11-gene proliferation signatures 和 8-gene luminal signature 科普网站关于PAM50分类介绍 https:/
不过大部分情况下，并没有病人的全基因表达谱，因此许多学者研究采用免疫组织化学发（IHC）作为确定浸润性乳腺癌分子分型的替代方法。....2018.342 提到他们研究团队把HR+/HER2–, HR+/ HER2+, HR–/HER2+, and triple-negative breast cancer (TNBC) 这4类，跟 PAM50...分型信息。...BRCA.LumA BRCA.LumB BRCA.Normal 173 73 508 191 139 这个时候需要构建IHC分型和...PAM50分子分型的比较矩阵。
做乳腺癌研究的都是知道PAM50分型，以及TNBC内部继续各种算法分子亚型划分的，最近看到CRC的研究，分型就简单很多，最出名的应该是下面这个： ?...有趣的是，不同癌症的分子分型的研究程度很不一样！...感兴趣的可以深入读文献：October 2015 The consensus molecular subtypes of colorectal cancer 其它分子分型研究 CRC的分子分型肯定不会只有上面提到的最流行的...其它癌症分子分型，比如胃癌 已有的胃癌分型包括Lauren分型和WHO分型，不过这些分型的临床指导意义有限。...很多分子分型研究只能是被后人的综述总结归纳一下，也算是引用了，其实本研究的数据量还可以啦。
在15年发表于Nat Med的一篇文章中STAD被分成4个分子亚类（MSI-H，MSS/TP53+，MSS/TP53-，MSS/EMT），其中MSI-H亚类预后较好。...发现了免疫负调控因子的表达差异后，为进一步深入研究MSI-H1和MSI-H2亚组的分子signatures，作者使用MSigDB数据库中的hallmark gene sets进行了基因集富集分析（GSEA...经过分析作者发现MSI-H1亚组中起免疫抑制作用的免疫检查点分子PD-L1，PD-L2，CTLA-4，TIM3（又称HAVCR2）和TIGIT表达显著高于MSI-H2亚组（图4B）。...考虑到TIME的组成比较复杂，作者还探讨了T细胞耗竭标志物TIM3，TIGHT与CCLs之间的相关性（图4D），发现二者总体上呈正相关，说明肿瘤中出现的T细胞耗竭与CCL分子的上调存在相关。...而经典的免疫检查点分子受体PD-L1与IDO1（r=0.64），TIGIT（r=0.55），CTLA4（r=0.51），PD-L2（r=0.5）和TIM3（r=0.5）也观察到了相关性，但稍弱。
2.2 亚型的免疫情况 这里是热图展示不同亚型的特定免疫细胞的表达和检查点通路分子的表达；同时用箱线图展示了6种免疫细胞和8种免疫检查点分子的表达情况，这里主要看p值了解是否为显著差异； 24种免疫细胞的数据集来源于...3 结语 文章依然是TCGA作测试集，GEO作验证集展开分析；这里主要是免疫相关的一些分析，利用表达数据进行免疫细胞和免疫检查点的表征，最后再落到不同亚型的预后差异（一般分型后，生存分析总是绕不开的）上
由于BL2和UNS亚型的可重复性较差，研究人员经过重新分型和删除BL2亚型后，确定了5个稳定的TNBC亚型，即BL1, IM, LAR, M和MSL，用于后续研究。...classifier 确定了 intrinsic molecular (PAM50) subtypes 在TNBC和5个稳定的TNBC亚型中的分布。...使用Cox比例风险回归模型，发现PAM50分类与总生存率显著相关，其中HER2-E亚型的预后较差，LAR亚型的预后较差，而IM亚型预后较好。...分类和TNBC分子亚型，CNAs影响的基因组百分比。...注 本篇文献是建立在较完善的TNBC分型的基础上的，生信菜鸟团曾对与TNBC分型相关文献进行过汇总，可通过【生信文献200篇】57 横跨10年-11篇TNBC分型文献 系统了解TNBC分型。
亚型的信息：管腔亚型患者的生存率最高，而基底型和管腔p53样型肿瘤的预后较差。 图 1.TCGA 队列的特征 2....用于可视化的类激活映射 组织病理学特征相关的分类:DN分子亚型，密度大、核深染、低至中等多型性似乎与作者的模型最为相关。基底亚型， 具有多个(不止一个)非典型核仁(形状和大小不同)的大的多形性核。...管腔型 p53 样亚型， 以小细胞巢或肿瘤细胞弥漫性浸润， 它们常被富含软骨细胞的间质所包围，呈粘液样外观。 CAM帮助理解错误的类：从标本中提取的具有管腔分子亚型的图像，该分子亚型被划分为基底型。...对于基底样型、管腔型、管腔p53样型，这些型别成功鉴别的概率不超过 80%，且鉴别为这些型别的决策准确的概率不超过 80%；调和了召回率和精确度之后输出的 F1 score表明预测的精度不超过 80%。...对于双阴型，基底样型、管腔型、管腔p53样型，负例覆盖率均较高。以上证明mibCNN 模型准确性更高。
接下来群友讨论部分癌症其实是有分子分型的，也引出来了一个很有意思的话题，就是引入肿瘤分子分型能提高临床分期的预后能力吗？...，其实呢，我们应该是以病人为单位，进行分子分型！...所以我们仅仅是保留01A类型的病人即可： 分子分型 接下来把分子分型信息和病人生存情况合并： brca_phe = merge(phe,sub, by = 'bcr_patient_barcode...不过，大家其实可能更想看分子分型本身是否有生存意义，或者前面的 Ductal和Lobular起源的乳腺癌 是否有生存差异！...也是很有意思： 总体上来说，这个分子分型还是可以区分生存的，在stage2和stage3以及stage4里面都是 Her2和Basal的病人死得快，符合大家的认知。
as published in Sotiriou et… sig.oncotypedx Signature used to compute the OncotypeDX signature as… pam50...(PIK3CA-GS) 上面列出的这些数据集都是可以打开看的： library(genefu) data(pam50) data(pam50.scale) data(pam50.robust) data...(scmod2.robust) pam50 str(scmod2.robust, max.level=1) 最重要的功能就是根据已知基因集来对乳腺癌进行分子分型 所有的分型都是用molecular.subtyping...函数，预背了很多可以进行乳腺癌进行分子分型的基因集，比如大名鼎鼎的PAM50，下面是演示： rm(list = ls()) library(breastCancerMAINZ) library(breastCancerTRANSBIG...#08519c"), legend = c("Basal","Her2","LumA","LumB"),bty = "n") plot(main = "Surival Curves PAM50
分子分型也是生信灌水的常见知识点之一。可以用于分子分型的方法非常多，比如：一致性聚类、非负矩阵分解、PCA等等，当然这些方法不需要我们手动去计算，都是有成熟的R包帮我们做。...比较常见的做分子分型的R包：ConsensusClusterPlus, cola, CancerSubtypes, MOVICS, diceR，等等。...可以用于分子分型的数据那更是五花八门啦，理论上只要你有一个数值型矩阵，都可以做分型。 今天给大家演示一个根据免疫浸润结果进行分子分型的示例。...abbreviated variable name ¹`Activated CD8 T cell` #save(im_ssgsea,file = "step_ssgsea.rdata") 有了这个结果就可以进行分子分型的操作了...我们今天介绍的是ConsensusClusterPlus一致性聚类进行分子分型。
Molecular subtype classification and distribution 分子亚型分类和分布 根据IHC(a，e)、NMC(b，f)、PAM50(c，g)和Consensus(...SMC中Luminal A 亚型的比例明显低于TCGA，而B型的比例明显高于TCGA。...得益于多组学技术的发展以及TCGA计划，西方人群体的乳腺癌的分子分型和遗传特性研究的比较清楚。也有一些研究比较了年轻一点的乳腺癌患者和年长一点的乳腺癌患者。...乳腺癌领域之PAM50分类 什么是PAM50 ？...、SCMOD2 、simple three-gene model (SCMGENE） 利用genefu包来熟悉PAM50分类器 这个是Bioconductor的包，使用正确的方式安装好官方教程在：https
前 · 言 第二单元第八讲：乳腺癌领域之PAM50分类 什么是PAM50 首次接触这个名词肯定很蒙，因为它是乳腺癌领域的分类名词，需要看许多资料才能了解，我也一样，看了一些推文、英文资料、文章，才做了一些总结...、SCMOD2 、simple three-gene model (SCMGENE） 利用genefu包来熟悉PAM50分类器 这个是Bioconductor的包，使用正确的方式安装好官方教程在：https...最后一个breastCancerNKI使用的是Agilent公司芯片 用包需知 2 这个R包除了包装了PAM50分类，还加入了其他许多分类标准，详见https://rdrr.io/bioc/genefu...SS2_15_0048_A5 3.415452 0 0.000000 0 SS2_15_0048_A4 6.848774 0 7.168196 0 可以进行genefu分析了，分型就是使用...Basal Her2 LumB LumA Normal 42 58 46 543 79 # 可以利用原始的样本信息数据框df进行clust分组与分子分型之间关系的探索
其实TNBC是临床病理分类（基于IHC结果），它与分子分型（PAM50）的 basel-like 组别重合度很高，如下： ?...名词解释 新辅助化疗 病理完全缓解（pCR）指标 最出名（2011）的分子分型研究 依据全局基因表达进行分型最出名的是Lehmann的2011那篇JCI的芯片整合分析文章，还开发了网页工具：http:/...有了分子分型的理论基础，加上有简单方便的网页工具供大部分生物学家使用，而且是TNBC领域第一篇，该分型方法想不广为流传都难，这也就是它在不到10年就被引用超过2000次的原因。...分子分型的临床意义 因为该分子分型的深入人心，所以就有有大量的研究基于其来探索分子分型的临床意义 发表在 Clin Cancer Res. 2013 October的 文章 Differential response...这个就是我在2018年第46周文献分享，TNBC亚型的研究：https://zhuanlan.zhihu.com/p/49574829 其分组与PAM50对比，和与2011的分型结果对比如下： ?
乳腺癌还根据使用PAM50分为五种“内在”分子亚型：luminal（LumA和LumB）、HER2富集（HER2E）、基底样basal-like和正常样normal-like。...临床医生根据PAM50的结果，进行诊断和治疗。而分子分型和临床分型有 70-80% 的一致性。...SCSubtype:利用scRNA数据 对样本进行“内在”分子亚型 将scRNA-seq数据，作为一个 pseudobulk数据，进行PAM50分型分析，同时利用TCGA数据集进行验证。...得到一个可靠的鉴定不同细胞分型的基因集，但这个基因集仅有4个与PAM50中的50个基因有重复。...主图： a：根据scRNA数据，得到用于分型的基因集； b: scRNA分型结果，与临床分型的相似性。CID4471只有10%的恶性细胞，因此将其注释为Normal_Like亚型。
作者进行了TCGA-LUAD的分子亚型分析和关联分析，并在9个独立的验证队列中验证了在TCGA队列中的发现。 二.分析流程 ?...图5B：在高风险亚型中，参与细胞周期检查点的分子标记显著上调（G1 / S检查点中的CCND1，CCNE1，CDK2，CDK4和CDK6，以及G2 / M检查点中的CCNA2和CDK1）。 ?
，为了实现这些目的，基因检测，如OncotypeDx和PAM50, 已经被开发并在多个临床实验中得以验证 基于基因在癌症中的表达，乳腺癌可以分为5个固有的分子亚型 Luminal A：荷尔蒙受体阳性（雌激素受体...Luminal B这种类型的癌症一般比Luminal A型的癌症生长较快而且预后也较差。...Normal-like: 类似于Luminal A型癌症：荷尔蒙受体阳（性雌激素受体(ER)或者/以及雄激素受体(PR)阳性），HER2阴性伴随着较低水平的Ki-67。...尽管normal-like型乳腺癌有一个较好的预后，它的预后依然要比Luminal A型癌症的预后要差。...R 语言实现PAM50分类：genefu load(file = 'step1-output.Rdata') # 每次都要检测数据 dat[1:4,1:4] dim(dat) class(dat)
甲基化分析发现MS2超甲基化 （3）临床病理学特征：TCGA结果与TMDU结果有高一致性， 四、与其他分子分型的比较分析 （1） 过去二十年的HCC分子分型主要有这几个工作：Lee，Hoshida，Boyault...和Chiang's （2） 下图展示本研究的TMDU数据分型、TCGA数据分型与上述几种分型比较情况，以及用TCGA数据分型与TCGA的 iCluster分型的比较情况。...TMDU数据中Group A与Lee's分型中的SURVIVAL_DN型，Hoshida's分型中S1和S2型，Boyault's分型中的G1/2 型和 G3 型的一致性高。...（4）比较分子分型和免疫分型 （Thorsson V, et al....说明HCC分子分型受外在条件如肿瘤微环境的约束。
BRCA分型之PAM50 本次更新的《BRCA的甲基化信号分型》为2019 第十一周分享 文章发表于：Breast Cancer Res. 2016; 通过对188个乳腺癌患者样本的450K甲基化芯片...背景知识 对乳腺癌来根据IHC或者分子表达分型已经非常成熟了，包括： 两个ER受体阳性的亚型 relatively low (luminal A) and high (luminal B) expression...)，低表达 ER, progesterone receptor (PR), and HER2 还有一个normal-like 但是在甲基化领域研究比较少，所以研究者纳入188位乳腺癌患者甲基化数据进行分型...modulators in human breast cancer by integrated analysis of DNA methylation and RNA-Seq data 其它组学数据分型研究...IntClust和PAM50分类应该是比较出名的了
这一篇笔记梳理下Y型分束器的相关知识点。Y型分束器作为集成光路中的一个基本元件，其结构非常简单，也就是Y型，其主要作用是实现光的分束与合束。 1....工作原理 Y型分束器的典型结构如下图所示，主要由三部分构成，branch区域、taper区域和直波导区域。 ?...主要参数 对于Y型分束器，其主要性能参数是插损和尺寸。因此在设计Y型分束器时，出发点比较直接，如何用较小的器件，实现较小的插损。...（图片来自文献3） 另外一个比较有趣的设计，将Y型分束器设计成不对称的结构，进而实现任意比例的分束，如下图所示， ?...（图片来自文献4） 以上是对Y型分束器的简单梳理，作为光路中最基本的器件之一，Y型分束器的结构简单，尺寸较小，工作带宽非常宽。 文章中如果有任何错误和不严谨之处，还望大家不吝指出，欢迎大家留言讨论。
从示意图可以看出，一个HLA Allel 可以分成四个字段，在加上最后的修饰后缀，共5个字段；在定义HLA 分型结果的分辨率时，会根据分型结果的最大位数来判断，如果只给出了字段一，即血清学分类的信息，代表是...2位的分型结果；如果最多给出了字段二，即对应的蛋白信息，代表是4位的分型结果；如果最多给出了字段三，即CDS区信息，代表是8位的分型结果；如果分型结果给出了最后的后缀，代表是9位的分型结果。...HLA分型的技术手段很多，比如芯片，高通量测序等；不同手段识别到的HLA Allel 分辨率不同，如果只能给出2位的分型结果，则属于低分辨率；如果给出4位分型结果，属于中分辨率；能够给出8位或以上分型结果...本篇文章主要介绍HLA reporter 软件，该软件可以利用高通量测序的结果进行HLA 分型。其分型结果分辨率高，最多可到9位。下图是该软件与其他同类软件的比较结果 ?...可以看到，在测试样本中，HLAreporter 软件分型结果由于HLAminer 的结果。
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