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使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

在日常的计算化学研究中,我们经常需要将计算得到的分子或者固体/晶体体系简谐振动通过动画的方式直观地呈现在屏幕上,从而可以清楚地知道在某个特定的振动模式下是哪些原子在运动。一方面,这种振动的可视化可以在实验测量得到了振动光谱(红外、拉曼)的情况下帮助我们借助理论计算对振动谱图进行指认;另一方面,在反应机理研究的过渡态计算中,通过对虚频振动的观察,我们可以很快知道计算得到的过渡态结构是否能把反应物、产物的结构串起来。 以最常用的量化计算程序高斯为例,与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。类似地,Q-Chem也有一个配套的IQmol程序(免费、开源)可以呈现Q-Chem的振动分析结果。此外,一些第三方的程序如Avogadro、MOLDEN等也可以对高斯程序的振动分析结果进行可视化。计算化学公社的社长sob老师曾经写过一个可以将ORCA的振动分析结果转换为高斯输出格式的工具(http://sobereva.com/498)以及一个可以在VMD程序中显示振动模式静态矢量的工具(http://sobereva.com/567)。

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手把手教你绘制临床三线表

各位科研芝士的小伙伴,本站本着给大家提供科研便利的宗旨,继续给大家提供干货, 一般的临床研究,统计分析就“三把斧”:统计描述、差异性比较和回归建模。R语言完美解决了统计分析“三把斧”结果整理成规范三线表的麻烦。在统计描述上,R可以根据不同数据的特征给出不同的统计描述方法,在差异性比较方面,R可以给出不同数据比较的不同差异性比较方法,包括t、F、卡方、fisher法和秩和检验;在回归分析上,不仅是Cox回归,线性回归、logistic回归,R同样可以形成规范的表格。这些表格,如果人工来整理,不仅慢,而且不规范!今天我们就攻下这个高地,学习一下如何整理成三线表。

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