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沙龙
1
回答
我需要在一张图上画两张图
、
、
因此,我对蜥蜴和蛇做了一些MDS和
PCOA
分析
,以获得显着的结果。无论如何,我想绘制: MDS 2-
PCOA
1关系和我只想要两种关系的点,没有线,但不同颜色的点,以显示哪种关系。任何帮助都是最好的!谢谢。
浏览 0
提问于2020-08-20
得票数 0
1
回答
如何在R中的基包中添加颜色和图例?
、
、
、
、
图(主坐标
分析
)。<- cmdscale(dat.db, eig = TRUE, k = 3)explainvar2 <- round(dat.
pcoa
$eig[2] / sum(dat.
pcoa
$eig), 3) * 100 explainvar3 <- round(dat.
pcoa
Plot Parameter
浏览 3
提问于2017-03-09
得票数 2
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1
回答
PCoA
函数
pcoa
提取向量;解释方差百分比
、
、
、
我被建议对我的数据运行一个
PCoA
(主坐标
分析
)。我用纯素和猿猴包装来做的。这是我将csv文件加载到r中后的代码,我称之为数据。#data.dis<-vegdist(data,method="gower",na.rm=TRUE)然后我被告知从
pcoa
数据中提取向量,所以然后它返回了132行值,但是20列值(例如从Axis 1到Axis 20)。我的另一个问题是
浏览 3
提问于2019-02-25
得票数 0
1
回答
多维缩放
我有5x14的数据矩阵。我在用MDS获取感知图。我可以正确地做MDS并得到结果。我使用的代码如下:ads.dis<-dist(perp)x <- perp_mds$points[,1]plot(x,y, xlab = &
浏览 0
提问于2011-07-07
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1
回答
改变素食者网的颜色:
、
我试图绘制
PCoA
分析
的结果。现在,我正在尝试R基本情节,我可能会搬到ggplot2。
pcoa
_final <-
pcoa
_sqrt$points spp_
pcoa
<- envf
浏览 2
提问于2020-11-04
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1
回答
使用R betadisper函数时的错误
、
素食者R中的“betadisper”函数根据距离计算一组位点的多元离散度。dis <- vegdist(correct_tree_data)groups <- factor(c(rep(1,144), rep(2,49), rep(3,121), rep(4,81), rep(5,81), rep(6,81), rep(7,36), rep(8,289), rep(9,324), rep(10,225), rep(11,256), rep(12,225
浏览 4
提问于2016-07-04
得票数 0
2
回答
在pyLDAvis.sklearn.prepare () -函数中,参数"mds“意味着什么?
、
、
、
、
有关默认函数的详细信息,请参见js_
PCoA
()。字符串表示目前接受
pcoa
(或大写变体)、mmds (或大写变体)和tsne (或大写变体),如果为后两者安装了sklearn包。mds='
pcoa
',mds='mmds',mds='tsne'? 谢谢!
浏览 7
提问于2018-06-19
得票数 2
1
回答
ggplot geom_point和geom_seg的单独颜色
、
)tmp = rename(pnt_centroids, c("
PCoA
1" = "
PCoA
1_ctr", "
PCoA
2" =
浏览 22
提问于2017-08-09
得票数 1
1
回答
如何用约束因子预置
PCoA
、
、
、
、
我使用以下代码执行了以下
PCoA
:spe.braysq.
pcoa
<-
pcoa
(sqrt(spe.dist))但是,我现在想要执行受约束的
PCoA
。
浏览 2
提问于2022-10-19
得票数 0
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1
回答
如何将标签放置在不透明文本框中的组质心椭圆中?
、
library(vegan) ordiellipse(jac_
pcoa
, groups =
pcoa
_grps, lwd = 2) kind
浏览 3
提问于2022-03-28
得票数 0
2
回答
如何从R中的距离矩阵生成排序图
、
、
、
这里我有另一个“图形”问题:20F3D1 0.222664由于这个距离矩阵来自一个
PCoA
浏览 4
提问于2017-07-06
得票数 1
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1
回答
根据R中的特征值计算体积
、
、
所以我有了数据:3.2601 0.5313 0.1950 0.1174 0.0688 0.0494 并且想要转换成体积
浏览 2
提问于2011-09-16
得票数 1
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1
回答
主坐标
分析
(
PCoA
)中的复特征值
、
、
、
、
在主坐标
分析
(
PCoA
)中,我有一个关于复特征值的问题。任何帮助都非常感谢!的目的:在系统发育距离矩阵上执行
PCoA
,->在回归模型中包含排序轴,以解释植物物种间的系统发育相关性(n = 1013种)。问题:错误消息,指示在执行
PCoA
时生成复杂的特征值(如果我正确理解错误的话)。我在默认设置中使用了ape::
pcoa
() (ape版本5.4.1)。有趣的是,如果我使用
PCoA
执行stats::cmdscale() (stats版本3.6.3),就不会收到任何错误消息。此外,我最近
浏览 3
提问于2021-04-12
得票数 2
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1
回答
使用给定的
PCoA
距离矩阵在R中创建UniFrac图
、
我有一个距离矩阵(加权的UniFrac距离),我想用R来执行
PCoA
分析
。 距离矩阵: ?
浏览 58
提问于2019-09-27
得票数 0
2
回答
更改R中biplot()的轴标签
、
我正在尝试通过在R中制作一个双图来可视化
PCoA
{ape}的结果。轴现在得到默认标签轴1和轴2,但我想编辑这个。这是我尝试过的代码: xlabs="PC10.00000), ncol=10) ntnames <- c("A","B","C","D"
浏览 1
提问于2016-05-29
得票数 2
1
回答
数据不是公认的冲积物形式。
、
、
、
、
其思想是在x轴上有3个变量,对应于PCA、
PCoA
和PLN模型。5 1 6 PLNPCA7 3 5 PLNPCA9 1 8
PCoA
10 2 4
PCoA
12 4 4
PCoA
", header = TRUE) 以下是我
浏览 4
提问于2022-04-26
得票数 1
1
回答
有没有办法将质心和蜘蛛添加到这个
PCoA
绘图代码中?
、
我正在尝试修改一个用于生成
PCoA
图的脚本,以包含质心和“蜘蛛”(将每个样本数据点连接到质心的线段)。与所附图片类似。:p.
pcoa
.wuniRM <- plot_ordination(ps2.prev_RM, ord.
pcoa
.wuniRM, color = "Location", axes= c(4,5)) + labs(title = "
PCoA
of w
浏览 3
提问于2021-01-23
得票数 0
1
回答
R
PCoA
图的个体按群着色
、
、
、
3 13 7 6 8 9我使用Vegan执行了一个
PCoA
浏览 1
提问于2018-06-29
得票数 1
0
回答
如何获取` `skbio`‘
PCoA
(主坐标
分析
)结果?
、
、
、
、
我正在研究skbio's
PCoA
方法的attributes (如下所列)。m) distance measure
PCoA
= skbio.stats.ordination.
pcoa
(DM_dist)
浏览 9
提问于2016-07-15
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1
回答
"metaMDS“可以同时执行
PCoA
和NMDS吗?
、
我正在学习如何做
PCoA
,但是当我测试metaMDS时,结果是不同的。我以为MDS是
PCoA
的,而NMDS不是,上面的样本意味着metaMDS可以同时做MDS和NMDS吗?
浏览 1
提问于2015-12-22
得票数 0
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