我想从pdb文件中提取链。我有一个名为pdb.txt的文件,其中包含pdb,如下所示。前四个字符表示PDB is,最后一个字符是链is。
1B68A
1BZ4B
4FUTA
我想1)逐行读取文件2)从相应的PDB文件下载每个链的原子坐标。
3) save the output to a folder.
我使用以下脚本提取链。但此代码仅打印pdb文件中的A链。
for i in 1B68 1BZ4 4FUT
do
wget -c "http://www.pdb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&
通常,循环使用basename提取文件名为一个单独的变量:
# remove .pdb extension from filename in new variable and print name of the file without it
for pdb in "${storage}"/complex*.pdb ; do
pdb_name=$(basename "$pdb" .pdb)
echo this is "$pdb_name" without its extension!
done
如何使用相同的basename表达式从每个文件中删除
总的来说,我对VMD和编程非常陌生。我需要将两个子单元的pdb文件合并成两个子单元的组合pdb和psf文件。我使用了Namd教程,使用了两个名为BChain270VerCTrue.pdb和barn_noH2o_ChainD.pdb的pdb文件,并在VMD中运行了这个pgn:
package require psfgen
topology top_all27_prot_lipid.inp
pdbalias residue HIS HSE
pdbalias atom ILE CD1 CD
segment A {pdb BChain270VerCTrue.pdb}
segment
在workdir中,我有很多文件。
mol0.pdb
mol1.pdb
mol2.pdb
...
mol888.pdb
我需要重命名这个文件,更改每个文件的编号+1,这样就可以变成这样:
mol1.pdb
mol2.pdb
mol3.pdb
...
mol889.pdb
你能建议我一些简单的解决方案吗?使用bash终端,不可能每次编写一个脚本并运行一个循环:
for file in *.pdb
do
# some command to change the number e.g. using i conter with mv
done
我正在将目录中的文件名与我从excel特定工作表生成的文件名列表进行比较,然后将具有匹配文件名的文件移动到名为‘moved _ files’的新文件夹中。为什么我的if语句被忽略,并且当代码运行并在最后打印"done“时,没有文件被移动?
我在最后一条if语句之前使用了Print语句来查看pdb_filename和filename_gen,并且一些filename_gen确实与pdb_filename匹配。尽管目录中有结尾为.pdb的文件,但打印语句并不打印。
以下是代码
for filename_gen in list_filename_gen:
for pdb_filena
我在visual studio 2010中制作的一个C项目中使用了mysqlclient.lib静态库。程序构建得很好,但是当我尝试调试我的程序时,断点被挖空了,并说“断点当前不会被击中。没有为这个文档加载任何符号”。我已经包含了mysqlclient.lib的调试版本,但是在构建时我收到了一堆链接器警告。
mysqlclient.lib(sha.obj) : warning LNK4099: PDB 'taocrypt.pdb' was not found with
'mysqlclient.lib(sha.obj)' or at '/my proj
我有100个.pdb文件,需要连接到另一个.pdb文件。我正在使用bash脚本和cat命令,但不能正确地编写增量变量!!有一个T0950-A.pdb文件和100个T0950-B_1.pdb文件,使用文件名中的最后一个数字递增地编号到100。这是我的剧本:
#!/bin/bash
#concatenate pdb A file to 100 pdb B files
COUNTER=0
while [ $COUNTER -lt 101 ]; do
./cat T0950-A.pdb T0950-B_[$COUNTER].pdb > Frodock-T0950_[$COUNTER]
我的python脚本遍历目录中的许多填充,并对每个文件执行一些操作,使用exec()函数将每个文件的结果存储在特定变量中,为每个文件定义结果:
# consider all filles within the current dirrectory, having pdb extension
pdb_list = glob.glob('*.pdb')
#make a list of the filles
list=[]
# loop over the list and make some operation with each file
for pdb in pdb_list:
我试图使用Biopython拆分大量pdb文件,然后将它们保存为名为pdbid_chain.pdb的单独文件。到目前为止,我没有成功。此外,我对python非常陌生。
任何帮助都是非常感谢的!
这是我的代码:
#pdb_list contains a list of 208 pdb structures
io = PDBIO()
#parse structures
for f in pdb_list:
pdb_parsed = PDBParser().get_structure(pdb_ids, str(PDB_RAW_DIR) + '/' + f)
我想要连接两个或更多的文件,这取决于它们的名称是否包含数组中的元素。
我正在逐行阅读这种文件(proteome.pisa):
2PJY_p chain=(B C) hresname=() hresnumber=() hatom=() model=() altconf=()
2Q7N_p chain=(A E F G H I J K L) hresname=(FUC MAN NAG) hresnumber=() hatom=() model=() altconf=()
对于每一行,该脚本提取第一列上的字符串,并将其定义为变量pdbid。然后它获取第二列并
在更新到VS 2013更新3之后,每当我在调试模式下运行它时,我的web服务就会中断。
我每次都会收到这个错误,因为VS试图加载System.Web.pdb文件,但找不到它或加载它:
System.StackOverflowException was unhandled
Message: An unhandled exception of type 'System.StackOverflowException' occurred in System.Web.dll
符号加载信息:
C:\Program Files (x86)\IIS Express\System.Web.pdb
我正在尝试使用Bio.PDB模块(BioPython)下载PDB文件。注册号列表来自一只熊猫DataFrame。这是我目前使用的代码:
def get_pdb(accession, dir='/Users/my_folder'):
pdb1 = PDBList()
pdb1.retrieve_pdb_file(accession, pdir=dir)
for i in df.loc[:, 'Structure_(PDB)_id']:
get_pdb(i)
代码能够将2个文件下载到my_folder,但是之后,出现了这个错误:550 Ca
我刚刚在我的代码商店得到了一台Windows7 (64位)机器。我们运行Visual Studio 2005。我填写了工具|选项|调试|符号面板,指向Microsoft Symbol Server并缓存到C:\windows\symbols,然后启动了我们的应用程序的一个新实例。在联系MS符号服务器时有一个停顿,然后EULA出现,我接受了,但随后没有符号加载。这是一个相当大的问题,因为我所在部门的大部分问题都与内存管理有关,这需要操作系统符号。
应用程序的所有本地符号加载正常,以及(显然) MFC80U.i386.pdb。当我检查ntdll.dll的符号加载信息时,我得到了这样的结果:
C:\