aligned_fasta.fasta 读取fasta文件,转化: library(devtools) library(phylotools) dat <- read.fasta("aligned_fasta.fasta") dat2phylip
inputFormat) VAL : Input format (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP...-io (--inputOS) VAL : Input operating system (Linux, MacOS or Windows)...outputFormat) VAL : Output format (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS , PHYLIP...-oo (--outputOS) VAL : Output operating system (Linux, MacOS or Windows.../output.nex -of NEXUS -op MrBayes -oo Linux # 运行结果 : FASTA format detected.
Phylip PHYLIP[4]是用于推断系统发育的免费程序包。 2.1....安装 源码编译安装 # 下载PHYLIP wget -c http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz...# 解包 tar zxf phylip-3.697.tar.gz # 进入程序文件夹 cd phylip-3.695/src/ # 复制文件 cp Makefile.unx Makefile...# 编译 make install # 可能需要sudo 权限 conda安装 # 新建phylip环境,并安装phylip conda create -n phylip -c bioconda phylip...unzip v2.8.zip 转换为PHYLIP matrix python vcf2phylip.py -i test.vcf # PHYLIP matrix是默认格式,不同输出格式,见下参数
Input Data 输入文件为多序列比对的结果,支持以下两种格式 phylip interleaved phylip sequential 这两种格式的文件都可以有 muscle 产生, 代码如下...phylip interleaved muscle -phys -in input.fa -out output.phys phylip sequential muscle -phyi -in...input.fa -out output.phyi 需要注意的是,muscle默认输出的phylip格式不能满足phyml的要求,需要进行调整,把序列合并成一行就可以了。...其他的多序列比对软件,mafft 只支持输出fasta和clustalw格式的多序列比对结果,clustal 可以产生phylip 格式的文件。 目前存在的问题是,缺少多序列比对格式转换的脚本。
安装源码编译安装# 下载PHYLIP wget -c http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz# 解包...tar zxf phylip-3.697.tar.gz # 进入程序文件夹cd phylip-3.695/src/# 复制文件cp Makefile.unx Makefile# 编译make install...# 可能需要sudo 权限conda安装# 新建phylip环境,并安装phylipconda create -n phylip -c bioconda phylip -y2.2....v2.8.zip转换为PHYLIP matrixpython vcf2phylip.py -i test.vcf# PHYLIP matrix是默认格式,不同输出格式,见下参数# -f FASTA matrix...建树# 在 phylip 文件夹下,依次运行下面的命令# seqboot.
File—open file—选Fasta(All_Lentitheciaceae_LSU_Aligned.fasta)—OK—输出 .nex的文件(All_ALIGNED.nex) 然后选File—export—Phylip...(DNA/RNA)—OK—参数选择序列最长字母数—导出.phylip格式的文件(All_ALIGNED.phy)。...PHYLIP介绍 PHYLIP是一个包含了大约30个程序的软件集,基本囊括了系统发育分析的所有方面,而且是免费软件,如上面提到的DNADIST和PROTDIST。...在线进行系统发育树构建: 进入ATGC网站 http://www.atgc-montpellier.fr/ 我们选择左端Online programs,新页中选择PhyML,如下图 上传上一步得到的PHYLIP
今天在群里看到一个提问,很有趣,好像是有一个网页工具可以把fastq格式转为phylip格式。我虽然没有使用过这个软件,但是我觉得这个提问,可能是忽略了计算过程,直接说结果。应该是问题本身就错误的。...其中就有数据格式专题,目录如下: 1.FastQ和FastA格式 2.SAM格式 3.gff/gtf格式 4.Bigwig/Wiggle格式 5.bed格式 6.vcf格式 7.Blast&Blat 虽然没有phylip...如果有Linux操作系统,可以参考我以前的博客: http://www.bio-info-trainee.com/659.html Muscle进行多序列比对 http://www.bio-info-trainee.com
phylip <- read.alignment(file = system.file("sequences/test.phylip", package ="seqinr"), format =..."phylip") res <- consensus(phylip, method = "profile") bxc <- barplot(res, col =c("green", "blue",
linux下安装的代码如下 wget https://www.drive5.com/muscle/downloads3.8.31/muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz tar xzvf...muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz mv muscle3.8.31_i86linux64 muscle chmod +x muscle 由于解压后的文件名很长,这里对文件进行了重命名...默认输出的比对结果也为fasta格式,也支持phylip, msf, clustalw等其他格式。
apt install -y libboost-dev #conda安装 wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc #添加软件源 conda config --add channels bioconda...jmodeltest #-------------------------------------------------------------------------------- #(49)phylip...已安装 apt-get install phylip #-----------------------------------------------------------------------....tbl2asn.gz #chmod 755 linux64.tbl2asn #linux64.tbl2asn -h 验证安装成功 #---------------------------------
最新版的是Iqtree2,其安装方法如下所示: tar -zxvf iqtree-2.0.6-Linux.tar.gz cd iqtree-2.0.6-Linux 解压后iqtree执行文件就在bin/...-s:序列比对文件(支持多个文件逗号隔开,或者包含比对文件的文件夹),可选PHYLIP、FASTA、NEXUS、CLUSTAL、MSF --seqtype:序列类型,可选BIN、DNA、AA、NT2AA
下面我们就分别来介绍一下这两个 Linux 世界最著名的 Linux 发行版本。...Ubuntu 的口号是“ Linux for Human Beings”,给人类使用的 Linux。...这句话好像在说以前的 Linux 系统不是给正常人类使用的,这句话也没说错,因为之前的 linux 确实不是适合普通消费者使用的。是计算机极客们的最爱。...Ubuntu 尝试将 linux 系统简化,适合普通用户使用。...install -y bedtools apt install -y seqtk apt install -y minimap2 apt install -y bowtie2 apt install -y phylip
方法如下所示: dist.seqs(fasta=sample.0.03.0.03.subsample.0.03.rep.fasta, output=lt, processors=20) clearcut(phylip...=sample.0.03.0.03.subsample.0.03.rep.phylip.dist) 注意所输入的fasta文件也必须是比对的文件。...然后进行多样性指数计算: phylo.diversity(tree=sample.0.03.0.03.subsample.0.03.rep.phylip.tre, count=sample.0.03.0.03...sobs-chao-shannon-simpson, freq=100, processors=20) phylo.diversity(tree=sample.0.03.0.03.subsample.0.03.rep.phylip.tre
SWISSPROT格式文件、Clustal(*.aln)格式文件、GCG/MSF(Pileup)格式文件、RSF 格式文件、GDE格式文件、Mega格式文件、Genbank格式文件、NEXUS格式文件、Phylip
使用 AliView 的“文件”菜单中的“另存为 Phylip(全名和填充)”选项,将文件以 Phylip 格式保存为 16s_filtered.phy。...在文本编辑器中打开 Phylip 和 Nexus 文件以查看文件格式之间的差异。
在此列出需注意的几项,更多详情参见网页: Sequence Data:上传的文件格式要求为 CLUSTALW, FASTA, plain flatfile, MSF, NBRF, PIR, NEXUS和PHYLIP
output参数获得 #使用计算系统发育多样性产生的tre文件计算Unifrac距离矩阵 unifrac.unweighted(tree=sample.0.03.0.03.subsample.0.03.rep.phylip.tre...rep.count_table, distance=square, random=F) unifrac.weighted(tree=sample.0.03.0.03.subsample.0.03.rep.phylip.tre...多样性距离热图 样品间的β距离矩阵可以通过聚类距离热图来进行可视化,接下来我们均以weighted unifrac距离矩阵为例进行分析,方法如下所示: dist=read.table("new.weighted.phylip.subsample.dist
今天就来说说这个R语言包,这个包是非常新的包,发表文章的剪影如下: 这款可以对进化树进行注释的包——GGTREE,支持多种数据格式,包括newick, nexus, NHX, phylip 和 jplace
FastTree要求输入的多序列比对结果为FASTA或者Phylip格式,对于蛋白质的进化树构建,基本用法如下 FastTree protein.fasta > tree 也可以选择LG或者WAG替换模型
mafft novel_virus.fasta > novel_virus_aligned.fasta 使用在线程序http://www.sing-group.org/ALTER/将比对结果转化为phylip
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