aligned_fasta.fasta 读取fasta文件，转化： library(devtools) library(phylotools) dat <- read.fasta("aligned_fasta.fasta") dat2phylip
比如序列比对我习惯使用MAFFT。MAFFT输出结果默认为fasta格式，clustal可选；如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树，需要将其转化为NEXUS格式。...inputFormat) VAL : Input format (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP...-io (--inputOS) VAL : Input operating system (Linux, MacOS or Windows)...-oo (--outputOS) VAL : Output operating system (Linux, MacOS or Windows.../output.nex -of NEXUS -op MrBayes -oo Linux # 运行结果 : FASTA format detected.
导读 本文将介绍三种使用VCF文件，构建系统发育树的方法，包括程序的安装，使用，已及系统发育树的可视化与美化。 1....Phylip PHYLIP[4]是用于推断系统发育的免费程序包。 2.1....安装 源码编译安装 # 下载PHYLIP wget -c http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz...# 编译 make install # 可能需要sudo 权限 conda安装 # 新建phylip环境，并安装phylip conda create -n phylip -c bioconda phylip...建树 构建配置文件 seqboot.par test.phy # 本程序的输入文件 R # 选择bootstrap 100 # 设置bootstrap的值，即重复的replicate的数目，通常使用1000
导读本文将介绍三种使用VCF文件，构建系统发育树的方法，包括程序的安装，使用，已及系统发育树的可视化与美化。1....安装源码编译安装# 下载PHYLIP wget -c http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz# 解包...# 可能需要sudo 权限conda安装# 新建phylip环境，并安装phylipconda create -n phylip -c bioconda phylip -y2.2....建树构建配置文件seqboot.partest.phy # 本程序的输入文件R # 选择bootstrap100 # 设置bootstrap的值，即重复的replicate的数目，通常使用1000或者...建树IQ-tree 建树（简单）iqtree -s test.phy替代模型选择与详细的分支评估，见http://www.iqtree.org/中说明上面三种示例程序运行过程中使用的参数，需要根据自身数据进行调整
Input Data 输入文件为多序列比对的结果，支持以下两种格式 phylip interleaved phylip sequential 这两种格式的文件都可以有 muscle 产生， 代码如下...phylip interleaved muscle -phys -in input.fa -out output.phys phylip sequential muscle -phyi -in...input.fa -out output.phyi 需要注意的是，muscle默认输出的phylip格式不能满足phyml的要求，需要进行调整，把序列合并成一行就可以了。...其他的多序列比对软件，mafft 只支持输出fasta和clustalw格式的多序列比对结果，clustal 可以产生phylip 格式的文件。 目前存在的问题是，缺少多序列比对格式转换的脚本。
10行数据 Linux文件系统结构 / : 根目录 /home： 主文件夹，登录用户的主文件夹 /etc ：操作系统配置文件的保存位置 /usr : 用于添加的程序文件，用户的很多应用程序和文件都放在这个目录下...本地文件 ：上传本地文件到远程服务器 ，只能是压缩文件，比如.tar.gz push abc.txt : 上传本地当前文件abc.txt到远程服务器 exit : 退出 windows 操作Linux...pyttty 开源软件 Linux打包命令 tar -czvf 包文件.tar.gz 文件夹1 文件夹2...System /正则 ：向后查找 n 查找下一个 先使用?...vi编辑器修改 重启tomcat，我们使用zip安装方式安装的，因此需要在Tomcat的bin下执行： .
今天在群里看到一个提问，很有趣，好像是有一个网页工具可以把fastq格式转为phylip格式。我虽然没有使用过这个软件，但是我觉得这个提问，可能是忽略了计算过程，直接说结果。应该是问题本身就错误的。...其中就有数据格式专题，目录如下： 1.FastQ和FastA格式 2.SAM格式 3.gff/gtf格式 4.Bigwig/Wiggle格式 5.bed格式 6.vcf格式 7.Blast&Blat 虽然没有phylip...系统发生树 这个就比较常规了，如果只有Windows电脑的，使用mega就足够了 ?...如果有Linux操作系统，可以参考我以前的博客： http://www.bio-info-trainee.com/659.html Muscle进行多序列比对 http://www.bio-info-trainee.com
File—open file—选Fasta（All_Lentitheciaceae_LSU_Aligned.fasta）—OK—输出 .nex的文件（All_ALIGNED.nex） 然后选File—export—Phylip...(DNA/RNA)—OK—参数选择序列最长字母数—导出.phylip格式的文件（All_ALIGNED.phy）。...PHYLIP介绍 PHYLIP是一个包含了大约30个程序的软件集，基本囊括了系统发育分析的所有方面，而且是免费软件，如上面提到的DNADIST和PROTDIST。...在线进行系统发育树构建： 进入ATGC网站 http://www.atgc-montpellier.fr/ 我们选择左端Online programs，新页中选择PhyML，如下图 上传上一步得到的PHYLIP
linux下安装的代码如下 wget https://www.drive5.com/muscle/downloads3.8.31/muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz tar xzvf...muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz mv muscle3.8.31_i86linux64 muscle chmod +x muscle 由于解压后的文件名很长，这里对文件进行了重命名...默认输出的比对结果也为fasta格式，也支持phylip, msf, clustalw等其他格式。...muscle时，其默认参数设置就能够满足绝大部分的使用场景，只有对于较大的输入序列，才需要调整参数。...对于500条以下而且数据量小于1Mb的序列，可以直接使用该在线服务。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—
phylip <- read.alignment(file = system.file("sequences/test.phylip", package ="seqinr"), format =..."phylip") res <- consensus(phylip, method = "profile") bxc <- barplot(res, col =c("green", "blue",
如果使用了 –template 选项，而未使用 BSP， 您可以使用 petalinux-config 命令来选择与您的电路板设计接近 的默认电路板配置， 如下所示 petalinux-config...构建镜像位于 /images/linux 目录中。 生成uImage 如果想使用 uImage，请使用 petalinux-package –image。...使用以下方法之一来启动系统镜像： a. 利用 SD 卡在硬件上启动 PetaLinux 镜像，请参见 利用 SD 卡在硬件上启动 PetaLinux 镜像。 b....生成的 rootfs.tar.gz 文件将出现在 images/linux 目录中。若要提取，请使用 tar xvf rootfs.tar.gz。...petalinux-build命令使用这些配置文件构建项目。可以运行petalinux-config修改它们。
查看磁盘空间使用情况 df -h 查找占用空间大的目录 du -sh * 查找出大于400M的文件 find /home/zhang -size +400M 使用dd拷贝镜像 dd bs
最新版的是Iqtree2，其安装方法如下所示： tar -zxvf iqtree-2.0.6-Linux.tar.gz cd iqtree-2.0.6-Linux 解压后iqtree执行文件就在bin/...-s：序列比对文件（支持多个文件逗号隔开，或者包含比对文件的文件夹），可选PHYLIP、FASTA、NEXUS、CLUSTAL、MSF --seqtype：序列类型，可选BIN、DNA、AA、NT2AA...% --redo：忽略检查重写输出文件，默认为off，也即从上次意外中断处开始 -T：程序运行使用的核数，可设置具体数字或者AUTO（推荐），默认为1 --threads-max：最大可使用的核数，默认为所有核...的树，搭配-B使用 --alrt：SH近似似然比检验重复次数 -m：模型选择，设置MF自动选择最佳模型但不建树；设置MFP自动检测最佳模型并建树。...100 -T AUTO 使用超快速bootstrap自助法计算节点支持率： iqtree -s example.phy -m MFP -B 1000 --bnni -T AUTO 使用上述设置构建500
前言 在前面的博客【Linux】编译器-gcc/g++使用已经分享了关于编译器的使用，而编译器的使用离不开调试，这次就来分享一下Linux调试器-gdb使用。 2....使用 3.1 进入gdb 默认系统中会安装gdb，使用方法就是gdb后面直接加上调试的可执行程序名： gdb myprocess-debug 就会默认进入到调试模式 想要退出就直接输入quit或者...如果想要从程序第一行开始查就用命令： l 0 还可以使用l加程序名再加0的方式 l myprocess.c:0 不可以直接查文件，但是加上行号就可以查。...进入到函数体里面就退不出来 如果想要跳转到某一行，就用到命令： until 试一下跳转到12行： 总结一下gdb使用就是： set var：修改变量的值 把指定变量直接修改为目标值
文章更新 20170408 初次成文 问题提出: 在之前的文章中，小苏为大家介绍过使用常规方式和使用镜像方式部署Linux系统的方法，但是这两种方法各有利弊: 使用常规方式部署时，镜像大小可以灵活调节...使用镜像方式部署Linux系统时，虽然可以免去部署时下载大量数据的麻烦，但是使用别人部署好的镜像，初始实现的功能依别人部署好的镜像而定，不能个性化定制系统，也不能调整镜像大小。 ...那就是先在Linux Deploy中部署和安装所需要的环境和软件包，然后使用Linux Deploy的导出功能，将Rootfs打包为tar.gz文件，之后，我们只需要将此tar.gz文件导入Linux...Deploy，就可以完整还原打包时的Linux系统了。...因为在Repository中，作者使用各发行版的官方软件源作为软件源，这样一来，一是服务器节点远离中国，软件包下载速度一般都很慢，二是在我国ipv6还未普及，使用官方软件源在部署过程中有一定几率解析到ipv6
apt install -y libboost-dev #conda安装 wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc #添加软件源 conda config --add channels bioconda...jmodeltest #-------------------------------------------------------------------------------- #(49)phylip...已安装 apt-get install phylip #-----------------------------------------------------------------------....tbl2asn.gz #chmod 755 linux64.tbl2asn #linux64.tbl2asn -h 验证安装成功 #---------------------------------
(1) who是查看当前谁登录了linux系统 |是在两个程序之间建立一个管道， who | wc -l who的输出成为了wc 的输入 当然也可以自己创建linux的命令，创建一个文件，赋值给其执行的权限...x ,当然也可以直接在脚本中使用set -x 来打开执行跟踪的功能，使用set +x 来关闭执行跟踪功能 ctrl +a 快速切换命令到行首 ctrl + e 快速切换命令到行尾 (2)查找与替换...sed 命令进行替换 's；被替换值；要替换的值；'使用s后紧跟的界定符分割； 如果末尾是以g结尾则会进行全局替代，当然在后面添加数字代表替代哪一个,使用p结尾代表是否打印 当然可以将替换的命令放入脚本中使用...； anonuid/anongid ：要和root_squash 以及 all_squash一同使用，用于指定使用NFS的用户限定后的uid和gid，前提是本机的/etc/passwd中存在这个uid...启动完NFS后，就该使用NFS服务了。
定时任务 任务调度的crond常驻命令 crond 是linux用来定期执行程序的命令。当安装完成操作系统之后，默认便会启动此任务调度命令。...而linux任务调度的工作主要分为以下两类： 1、系统执行的工作：系统周期性所要执行的工作，如备份系统数据、清理缓存 2、个人执行的工作：某个用户定期要做的工作，例如每隔10分钟检查邮件服务器是否有新信...Day 每月的第几天执行该任务 Month 每年的第几个月执行该任务 DayOfWeek 每周的第几天执行该任务 对于程序员来说最关注的莫过于使用示例...，通过示例可以一目了然的掌握如何使用定时任务 注意：在 crontab 命令中只有 “绝对路径”，不存在相对路径，故执行任何命令都需要写绝对路径 1、每小时的第5分钟执行 ls 命令 5 * * * *...对应的 mdd.toml 和 mdd.log 都是在 cd 到的目录下，此时就不需要全部写全目录了，如果不使用 cd 命令，最终的写法如下： 0 * * * * /data/GoProjects/bin
在Linux系统中，sed命令是一种非常强大和灵活的工具，可以帮助用户进行多种文本操作，如文本替换、删除、插入、打印等等。...下面是sed命令的详细介绍和使用示例： 命令格式 sed命令的基本格式为： sed [选项] '动作' 文件名 其中，选项用于指定sed的行为，动作则是对文件进行的操作，文件名表示需要处理的文件。
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