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沙龙
1
回答
创建bash脚本以自动执行分析多个文件的任务
linux
、
bash
、
shell
、
loops
我有一个目录,其中包含许多其他文件,其中包括一组需要用程序分析的*.
phylip
文件。我想自动执行此任务。我认为循环bash shell脚本是合适的,尽管我可能是错的。如果我要在一个.
phylip
文件上手动执行分析,我会在终端中
使用
以下命令:对于bash/raxmlHPC-SSE3 -m GTRCAT -y
浏览 8
提问于2016-07-20
得票数 0
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1
回答
复制文件名和特定的文本字符串,然后将其放入子目录中所有文件的特定部分
python
、
regex
、
unix
、
bioinformatics
UCE-1…都包含两种相同的文件类型(一个.cfg文件和一个.
phylip
文件)。UCEs 我需要修改所有这些UCE-1...UCE-2000文件夹中的.cfg文件。具体地说,我需要复制.
phylip
文件UCE-13.
phylip
的文件名,并将其放在.cfg文件内的特定文本部分,例如change至我需要做的第二个修改是复制.<e
浏览 0
提问于2016-06-30
得票数 0
2
回答
如何创建bash脚本以在每个目录中创建目录和特定文件
bash
原始directory= /home/ag肺泡/data//sims/
phylip
_格式sim2.
phylip
这些新目录的内容应该是命名新目录的原始文件的副本该文件应包含.
phylip
文件的名称以及以下内容:UY /home/agalvez/data/sims/trees
浏览 13
提问于2022-07-14
得票数 0
回答已采纳
1
回答
.c文件在
phylip
中的安装
package-management
、
software-installation
、
make
、
makefile
我试图在
Linux
/ubuntu中安装
PHYLIP
的.C函数。我阅读了文档,并提到它非常容易编译和.C函数:谢谢
浏览 0
提问于2014-05-01
得票数 1
1
回答
将vcf文件转换为
phylip
格式但得到错误
python
、
linux
Traceback (most recent call last): main() sample_names = extract_sample_names(args.filename) File "vcf2
phylip
.py", lineUnicodeDecodeError:
浏览 17
提问于2022-10-28
得票数 -2
2
回答
如何将
PHYLIP
格式转换为FASTA
perl
、
bioinformatics
我刚刚开始
使用
perl,我有一个问题。我有
PHYLIP
文件,我需要把它转换成FASTA。我开始写一个脚本。
浏览 0
提问于2013-03-14
得票数 4
1
回答
从TextIOWrapper到Biopython中的解析
python
、
dictionary
、
biopython
我编写了一个脚本,
使用
循环创建了一个多对齐fasta,并将其存储在一个文件中。value in concat.items(): concatenation.write(output) 我想
使用
AlignIO的功能将我的fasta转换成
phylip
(并打开一个新文件),但是我无法找到解析我的‘example.fast’的方法。
浏览 10
提问于2018-01-29
得票数 0
1
回答
用于对齐的TabularMSA替换(scikit bio 0.4.1.dev0)
skbio
我想读取一个
PHYLIP
对齐(FASTA格式),更新序列标签,并将结果写回一个文件。如何编辑以下行,以便在scikit-bio0.4.1.dev0中
使用
(而不是前面支持的对齐): from skbio import Alignment ...new_to_old_ids = msa_fa.update_ids(func=id_mapper) msa_fa_update_ids.write(output_msa_phy_fp, format='
phylip
浏览 3
提问于2016-01-12
得票数 1
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1
回答
计算多个序列的(平均)序列散度
bioinformatics
、
biopython
、
dna-sequence
、
sequence-alignment
我有大约13K序列和120个碱基,我想比较它们,找出保守区域,它们之间的平均分歧或非常分散的异常值。那么,有没有人在这种规模下做了类似的事情,并能给我一些如何实现的提示?或者只是一些我应该寻找的小贴士?
浏览 26
提问于2016-09-20
得票数 1
1
回答
多个输入文件作为来自biopython的单个文件输出
python
、
io
、
bioinformatics
、
biopython
、
format-conversion
我正在编写代码,将对齐从多个文件转换为
phylip
格式,然后将所有对齐输出到单个文件。我似乎找不到让AlignIO.write()接受多个输入文件并生成单个输出文件的好方法。alignment in AlignIO.parse(filename, "nexus"): AlignIO.write(alignment, "all_alignments", "
phylip
-relaxed
浏览 2
提问于2018-11-06
得票数 0
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2
回答
如何在snakefile中将通配符参数传递给perl脚本?
perl
、
snakemake
{domain}.fa.aligned.rp.me-25.id.
phylip
",domain=DOMAINS, supergroup=SUPERGROUPS), shell
浏览 2
提问于2017-03-16
得票数 1
2
回答
Biopython给出了ValueError:序列都必须是相同的长度,即使序列的长度相同
python
、
dataframe
、
biopython
、
phylogeny
我将这个dataframe保存为.phy文件,如下所示: 我得到"ValueError:序列必须都是相同的长度“ 我不知道我为什么要得到这个,也不知道怎么解决它
浏览 5
提问于2020-02-18
得票数 1
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4
回答
子进程无法捕获标准输出
python
、
subprocess
、
biopython
AlignIO.read(child.stdout,"fasta")AlignIO.write([align],outfile,'
phylip
浏览 4
提问于2010-05-18
得票数 1
回答已采纳
2
回答
将DNA数据转换为
phylip
格式的氨基酸
python
、
translate
我有
Phylip
格式的DNA数据,我想将其转换为氨基酸。我尝试过搜索可以做到这一点的库(或模块),但所有这些库(或模块)似乎都能转换/生成FastA格式的文件。/usr/bin/python finalrst = open('/path/to/translated/
phylip
/
浏览 2
提问于2016-04-23
得票数 1
1
回答
修复
phylip
生物信息学文件的头文件,以准确反映文件中更新的样本数量(S)
text-processing
、
bioinformatics
、
wc
我有一个数据集,我正在
使用
由我一直在编辑的
phylip
文件组成。
Phylip
是一种生物信息学格式,它包含样本数和序列长度,然后是每个样本及其序列。
浏览 0
提问于2019-05-15
得票数 3
回答已采纳
2
回答
比较序列时出错-字符串解释为数字
python
、
biopython
可以在中找到对齐文件records = list(SeqIO.parse(file(filename),'
phylip
'))ValueError:
浏览 4
提问于2011-09-05
得票数 0
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1
回答
在没有输入文件的Biopython中创建对齐方式
biopython
我在字典中有一个蛋白质序列对齐(id_prot作为键,对齐序列作为值;可以是另一种格式),我想
使用
这种对齐来构建一个带有Biopython的NJ树。例如: 有人知道如何在不读取输入文件的情况下加载aln变量中的序列吗?
浏览 1
提问于2019-08-31
得票数 3
1
回答
混合
使用
bash和R命令
r
、
bash
我需要
使用
用户定义的函数。我的想法如下;setwd($output/) convert <- function(fasta.file, file.name="
phylip
.phy
浏览 11
提问于2018-01-30
得票数 0
1
回答
如何
使用
automake创建JNI/JNA可以
使用
的共享库(dylib)?
c
、
shared-libraries
、
jna
、
automake
、
libtool
如果我显式地做一些事情,这是有效的:cp libclique.dylib我
使用
-shared标志创建了dylib (根据生成的Makefile)。但是当我试图从Java Native Access中
使用
它时,我得到了一个"symbol not found“错误。注意:我是在Mac上测试,但我也将不得不在Windows和
Linux
机器上做这件事,这就是为什么我试图把它放到Automa
浏览 0
提问于2013-01-08
得票数 2
1
回答
通过Trace()更改.R文件中的代码以在终端中提供正确的输出
r
、
function
、
terminal
、
trace
、
hpc
我在我的Mac和R/3.4.0计算机集群(UMass GHPCC)上的1.1.447/R3.4.4版本的RStudio中
使用
包Rphylip,函数Rdnadist()。Rphylip
使用
setPath()连接到我的目录中的
phylip
-3.697/exe文件夹。这使您可以访问
PHYLIP
中包含的程序。其中一个程序是./dnadist,在R中是Rdnadist。我在RStudio中
使用
trace()和fix()做到了这一点。然而,每次我运行脚本时,我都会看到"
浏览 4
提问于2018-07-28
得票数 1
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