在试图计算一个有光泽的公式时,我得到了一个错误。作为一个简短的例子,重新激活评估是由一个输入按钮提供的。让我们假设它包含一个字符向量(例如,年龄)。Adonis可以从素食图书馆获得。
values <-reactiveValues(data = NULL)
adof <- function()({
#metadata is a dataframe with columns variables for each sample (Age,gender...)
metadata <- as(sample_data(phyloseq), "dat
我想修改phyloseq包生成的图(从github下载)。Phyloseq图是ggplot2对象,所以我认为可以通过向phyloseq创建的对象添加ggplot2对象来添加元素。在某些情况下,这是有效的,但在其他情况下不是,我不明白为什么。例如:
require(phyloseq)
require(grid)
require(ggplot2)
require(plyr)
#use the GlobalPatterns dataset from the Phyloseq package
GP <- GlobalPatterns
#do some preprocessing to the d
我正在使用SIBER软件包开发一个包含三个组的图,我想根据一个传说为每个组着色。SIBER pdf建议使用clr命令,该命令说明 用于着色每个框区域的颜色矩阵。默认值为灰度grDevices::gray((9:1)/10),复制的列数与dat中的列数相同。当用户指定时,行包含在probs中指定的每个置信度区域的颜色,列表示dat中数据列的ecah。这样,每个组都可以有蓝色、红色和黄色的阴影。 但是,如果您在帮助网站(https://rdrr.io/cran/SIBER/man/siberDensityPlot.html)上运行代码以获得具有指定颜色矩阵的“彩色”图而不是灰度图: # A ba
我试图做一个相对丰富的条形图,但是图中的条形图没有颜色,尽管传说中有颜色。下面是我使用的脚本。请帮忙。我贴了一张图的样子的照片。
library(phyloseq)
library(vegan)
library(ggplot2)
require(vegan)
library(gplots)
library(dplyr)
library(scales)
##create the phyloseq object (I just give the basic command here, but don't forget to rarefy)
table = read.table (fil
我正在尝试在一个包含一些附加内容的框图中显示数据。在盒子图的顶部,我还想打印所有的数据点,因为没有那么多。将有许多并排的箱形图,并且数据点将对应,因此一个图中的每个数据点将在另一个箱形图中表示,但是它们的顺序可以改变。这就是为什么我要给这些点着色的原因。到目前为止,我得到的结论是:
plot data using (1):($1) with boxplot,\
data using (1):($1) with points lc variable
[more plots...]
这需要在每个数据文件中有一个额外的列,用于指定线条颜色。如果我
我有一个按类别分隔的箱形图,我需要绘制所有箱形图中第一个四分位数,中位数,第三个四分位数的值,但我不能。我有以下代码:
a <- runif(10,1,100)
b <-c("A","A","A","A","A","B","B","B","B","B")
t <- cbind(a,b)
bp<- boxplot(a~b)
我可以通过bp$stats命令获得的值,但我不能在