我已经在phyloseq对象中使用了这个函数，它正常工作，您知道问题是什么吗?我如何修复它？
浏览 27提问于2022-11-22得票数 0
lattice_0.20-35 permute_0.9-4
[4] phyloseqGraphTest_0.0.1 ggplot2_2.2.1 phyloseq
浏览 0提问于2018-04-18得票数 0
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我在工作中经常使用phyloseq。这里讨论了for循环是否比一般的应用慢：data(enterotype)phyloseq <- filter_taxa(enterotype(phyloseq_object)$Nationality == nation &
sample
浏览 22提问于2019-10-25得票数 3
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我已经尝试过以下代码phyloseq::taxa_names(ps_phylum) <- phyloseq::tax_table(ps_phylum)[, "Phylum"]
ggplot(data = ., aes(x = Status, y
浏览 46提问于2020-11-12得票数 0
既然我已经有了phyloseq对象，我如何更改这些名称以对应于真正的序列？
提前谢谢克里斯蒂娜·保罗
浏览 6提问于2021-12-20得票数 0
library(tidyverse)library(phyloseq)
unifrac_unweighted <- UniFrac(tree, weighted = F)我已经尝试重新安装phyloseq，但没有帮助。如何避免这个错误？
浏览 65提问于2020-04-10得票数 1
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不工作temp = phyloseq_to_deseq2(p2, ~i)}temp = phyloseq_to_deseq2(p2, ~Cooling)下面的问题突出说明了str引用不是函数中的r对象的问题。Phyloseq_to_deseq2需要phyloseq包。如何在期望参数中的函数中使用变量？
浏览 0提问于2019-04-26得票数 0
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因为我已经从我的RStudio中删除了phyloseq包。每次我运行任何代码时，下面的行都会一次又一次地出现，并停止我的代码。每当我打开RStudio时，下面的行就会一次又一次地出现在控制台中。Loading required package: phyloseq unable to find required package‘phyloseq’In library(package, lib.loc =
浏览 10提问于2022-09-09得票数 0
它涉及使用phyloseq作为依赖项。
每个样本的组在sam_data中指定，系统对象"df_family“中的列"type”是由多样性估计和标准误差组成的列表。
浏览 9提问于2022-03-14得票数 0
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metadata <- as(sample_data(phyloseq), "data.frame") adof <- function()({
dis
浏览 1提问于2018-06-20得票数 0
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X22:0.025639):0.033446):0.009294,(X49:0.049533,X3:0.048877):0.011889):0.010353);
当我尝试使用import_mothur {phyloseq
浏览 2提问于2014-12-12得票数 2
#Biocmanager::install("phyloseq")data(GlobalPatterns)
phyloseq_1.34.0
浏览 4提问于2021-05-26得票数 0
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库(“phyloseq”)；packageVersion("phyloseq")库(“ggplot2”)；packageVersion("ggplot2")图书馆(“生物格式”)；packageVersion(生物格式)t
浏览 0提问于2018-01-18得票数 0
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我使用这个名为"phyloseq“的R包来分析生物信息数据。, "Phylum", "Class", "Order", "Family", "Genus", taxmat
OTU = otu_table(otumat, taxa_are_rows = TRUE)
TAX = tax_table(taxm
浏览 2提问于2016-04-26得票数 0
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我最初的尝试只是：然而，这产生了：asv_table_num <- data.matrix(asv_table, rownames.force = NA)
Error in validObject(
浏览 37提问于2019-11-13得票数 1
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我需要计算我的系统对象的每一个样本的前6个分类群。它似乎应该是一个简单的request...but，我还没有找到一个方法来做到这一点！
浏览 3提问于2022-05-20得票数 0
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plot_heatmap(otu, sample.label="SampleType")Error in get_variable(physeq, sample.label) :library("phyloseq")
浏览 1提问于2016-06-10得票数 0
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函数firstsub2基本上会将一个对象子集为一个较小的对象，方法是删除出于某种原因我们不想保留的样本(这是使用phyloseq包中的subset_samples函数)。) )#To install phyloseq#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
#biocLite("phylose
浏览 0提问于2018-06-28得票数 0
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我在使用phyloseq库。这是我的代码，我试着把颜色/颜色/颜色更改为"NA“，结果是一样的。我只是不喜欢那个薄薄的黑色轮廓。library(phyloseq)gp.ch <- subset_taxa(GlobalPatterns, Phylum == "Spirochaetes
浏览 0提问于2018-10-10得票数 1
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15000_json.biom"Formal class 'phyloseq' [package "phyloseq"] with 5 slots
..@ otu_table:Formal class 'otu_table' [package "<
浏览 3提问于2017-04-10得票数 3
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