R是包含了数据可视化功能的用于统计分析的编程语言。该语言通过Comprehensive R Archive Network（CRAN）拥有高度的可扩展性，该网络托管了10,000多个R包，用于生成出版数据，专用计算工具等。
为了保证可以自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像，只需要运行这两行代码即可：
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
为了保证我们可以自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像，其实是可以在Rstudio中进行设置的，只需要运行这两行代码即可：
This section is the further study of single cell data analysis following the previous BIC.
R 是一门开源编程语言和自由的环境，主要用于统计分析、绘图。它由 R 基金会支持，主要用于统计分析。它主要被数据统计和分析师们用来开发统计软件，并用来进行数据分析。
首先用file.edit()来编辑文件：file.edit('~/.Rprofile')
方法一：手动设置，Tools→Packages→Primary CRAN repository
R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例，学习生信R语言必学的原因是丰富的图表和biocductor的各种生信分析R包，包的使用是一通百通的，以dplyr为例，讲解一下R包
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
安装命令是install.packages(“包”)（安装在CRAN里的包），或者BiocManager::install(“包”)（安装在Biocductor）即可安装对应的包。之前已经安装过dplyr包了，所以直接加载即可
R包是多个函数的集合，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
还有一种像Linux一样直接修改R中的相当于Linux中的.bashrc/环境文件一样的R的环境文件.Rprofile即可
devtools::install_github("用户名/包名称") 注意一定要知道用户名
（1）CRAN网站 install.packages()
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))：
R包安装命令是install.packages(“包”)#安装的包存在于CRAN网站
（1）在Rstudio程序设置中设置，可以用options()$repos来检验，但有时候还是不能成功，也不能下载Bioconductor的包
summarisedplyr的两个实用技能%>%(cmd/ctr + shift + M)
function()是创造函数的函数，括号里是形式参数，有默认值就写上，例如这里的m=2
inner_join()函数和merge()函数都用于将两个数据框按照某些共同的列进行合并，但它们有一些区别：
install.packages() R包在Biocductor BioManager::install()
将 CRAN 镜像地址设置为了清华大学的镜像站点。这样，在使用 R 语言安装或更新包时，系统会优先从清华大学的镜像站点下载，从而加快下载速度
使用到哪个包就去安装和加载，知道要用的函数以及简单使用规律，查看帮助文档入门，统计学学到一定的程度，不要默认值，去指定值，这个过程可以调试。
为了一劳永逸地完成镜像配置，我们需要在将镜像链接设置在R的初始配置文件.Rprofile里。
options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
R包直接在Rstudio页面下载的3大来源：官网CRAN、Biocductor、github
学生信为啥要学R语言：R语言拥有丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
首先用file.edit('~/.Rprofile')打开.Rprofile文件；然后在.Rprofile文件内添加下列两行代码
参见：https://mp.weixin.qq.com/s/UJ3S2bFYASG9P4xBWDLQQg
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))清华源
菜单栏-Tools-Packages-Primary CRAN repository-选择国内镜像
参见：https://cloud.tencent.com/developer/article/1728636
（原网址http://www.bio-info-trainee.com/3727.html）
install.packages()/BiocManager::install()
13.简单合并：cbind（）&rbind() 注：c:col指行，r:row指列
但有时候，我们可能需要通过biocmanager 安装包，就无法通过R studio 来修改了。
深感遗憾，我以前的教程还特意选择了他，比如下面的安装最新版R语言： sudo vi /etc/apt/sources.list# deb http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/ xenial/sudo apt-get updatesudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9sudo apt-get updatesudo apt-get in
dplyr是一个在R语言中非常流行的数据处理包，它提供了许多功能强大且易于使用的函数，包括 select、 filter、mutate、arrange和summarize 等。这些功能使得dplyr成为数据清洗、处理和分析的首选包。
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